vcf

Stairway-plot群体动态图

一首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令cd/home/yl/biosoft/BayeScan-master
铃_0d92·2023-03-12 04:40

遗传多样性参数计算

1使用vcftool计算pi值输入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD过滤，若文件较大则过滤更好工作路径：/home2/yl/abi/Gorilla/fq_data/2021/PI/每个物种目录整理为一个文件夹
铃_0d92·2023-03-11 01:16

VAF，MAF，肿瘤纯度，MCF，CCF的概念和计算方法 （转载）

以VCF文件中的字段为例，其中DP代表TotalDepth，AD代表AlleleDepth，因此VA
是Billy呐~·2023-02-23 21:55

SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析

一AMOVA分析1将VCF转换为arp格式，定义populationPGDspider软件vcftoarp.png2导入Alrequin并定义groupArlequin_set_group.png3starting
铃_0d92·2023-02-19 04:01

35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本处理利器bioawk

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。
DataScience·2023-02-07 04:05

三 docker 容器基本命令

查看容器标准输出dockerrun-vcomputer_dir/:docker_dir/wes/bedtools:2.29.1bedtoolsintersect-adocker_dir/sample.vcf-bdocker_dir
XuningFan·2023-02-06 21:38

处理vcf文件之替换snpID

zcatchicken223.sv.vcf.gz|awk-vOFS="\t"'/^#/||$3=$1"_"$2{print$0}'>finally.vcf
宗肃書·2023-02-03 15:24

十三、AOSP-通讯录导入

.一、vcf文件制作二、adb导入方法三、删除导入的提示一、vcf文件制作BEGIN:VCARDVERSION:2.1N:cc;ff;;;FN:ffccTEL;CELL:1-375-667-8808END
无休止符·2023-02-03 07:56

「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释

该SNP数据集包括414个西瓜，2000万个SNP信息，数据大小为22G.数据准备根据文章提供的下载地址，我们分别下载西瓜的基因组，GFF注释文章和存放的VCF的数据集。
xuzhougeng·2023-01-31 19:21

PyVCF 变异基因数据处理

PyVCF是一个用于处理VCF(VariantCallFormat)文件的python库。
loong_XL·2023-01-29 20:36

Extract high quality variants from VCF files

HereshowsaconvenientwaytoextractthehighqualityvariantsitesformmultipleVCFfilesusingasimplePythonscript.ThescriptjustscreenthewholeVCFfile,selectthehighqualityvariationsandgenerateanewVCFfilethatonlyin
生物数据分析笔记·2023-01-26 18:39

IQtree：使用 SNP 数据（vcf file）构建玉米群体的 无根 系统发育树

本文为用vcf格式的SNP数据构建系统发育树的教程，主要包括：Vcf文件转Phylip文件、Phylip文件输入IQtree建树两部分。数据集本教程使用的数据集矩阵大小为577×10000
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:53

创建联系人vcf文件通讯录

于是随便写了一下代码生成了.vcf后缀的联系人文件，可以直接导入到手机里面去。下面代码一些写的不规范：比如流的关闭、异常的处理、数据刚好是1000的倍数的时候最后一个文件为空等。
菜鸟凯一枚·2023-01-09 07:21

变异记录文件格式 vcf

vcf文件做记录个体或群体突变的文件格式，在生物信息学应用中举足轻重。主流的生物信息分析软件，在处理变异信息时，也基本上需要考虑支持解析或输出vcf格式的文件。
新爷话数据·2023-01-07 16:33

DNA 6. 基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）

傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号（maftools）DNA5.基因组变异文件VCF
桓峰基因·2022-12-14 11:21

NGS 分析流程 （三）

NGS分析流程（三）一、注释1.SnpEff注释2.bedtools过滤一、注释1.SnpEff注释代码如下（示例）：all_marked_vcf=$1prefix_anno_vcf=$2isoform_v1.0
毒鸡蛋·2022-11-23 06:13

2021-11-12bedtools学习

bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.html)作为基因组数据处理的利器，适用于处理BED,BEDPE,GFF,GENOME,SAM/BAM及VCF
阿乜太帅·2022-11-14 15:03

SMC++计算历史有效群体含量（自用）

1转为SMC++输入格式首先对VCF文件进行bgzip压缩和建tbi索引smc++vcf2smctest.vcf.gzCHR1.smc.gzCHR1POP1:sample1,sample2#CHR1取决于
Cabot16·2022-11-13 11:53

BCFtools常规使用

BCFtools可用于处理VCF和BCF文件；具体可参考BCFtools说明文档进行详细学习。
斩毛毛·2022-10-30 22:10

Jason自习室导航

220415更新221020更新内容主要分成两大块：1.DataScience统计学和RRShiny(更新中)ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结
Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

NGSCheckMate：数据配对正确性检查好工具

原理软件处理fasq、bam、vcf等格式，获得VAF的信息，通过计算VAF的相关性，来判断样本是否来自同一个样本。如何实现fastq的VAF统计？vcf文件中直接存在有VAF的信息，对于b
桓峰基因·2022-10-04 07:13

vcftools安装及基础用法

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。
Wei_Sun·2022-09-01 18:28

python PyVCF文件处理VCF文件格式实例详解

目录引言PyVCF库的安装PyVCF库的导入PyVCF库详细介绍使用实例：_Record对象------位点信息的储存形式Reader对象------处理vcf文件，构建结构化信息综合使用：引言vcf文件的全称是
·2022-07-01 13:36

golang生成vcf通讯录格式文件详情

目录1.源码2.源码解析3.运行结果前言：vcf文件：VCF是通讯录格式文件，一般需要用手机通讯录导入导出的文件格式都是vcf格式。
·2022-03-25 13:38

基于Vcf文件进行基因单倍型分析

单倍型分析举例：不同样本中TtBtr-A基因的单倍型分布TaHY5-like基因的单倍型全球分布我们以目的基因X来进行实战分析(1)提取基因X的基因区SNPbcftoolsfilterAll.vcf.gz
DumplingLucky·2022-03-08 22:14

VCF变异统计及绘制染色体分布图

VCF文件的变异分布图，除了使用Circos图之外，统计特定材料间的变异分布情况时可能会用到染色体分布图，为了节省时间，实现统计及绘图的自动化，现提供统计数量用的Python脚本和绘图使用的R脚本，仅供参考
生物数据分析笔记·2022-02-15 13:32

SNP位点注释

数据准备做SNP位点注释需要三样原件，分别是：参考基因组序列文件，参考基因组序GFF注释文件和之前Call好的SNP数据VCF文件。使用SnpEff注释VCF文件推荐使用sn
EwanH·2022-02-07 17:51

不同版本坐标转换工具CrossMap

人类参考基因组有多个版本，在分析中，我们可能会用到不同的版本，抑或有事我们得到的bed、bam或者vcf文件并非我们想要的参考基因组的，这时便可以通过CrossMap进行坐标转换。
井底蛙蛙呱呱呱·2022-02-03 10:07

bcftools根据样品拆分vcf文件

文件1：需要提出的样品的id，文件名DB_sample.listSYH10SYH11SYH12文件2：含有不同样本的变异位点的vcf文件image.png利用bcftools提取DB_sample.list
17号小行星·2022-01-25 15:23

R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

这两天看用vcf文件做单倍型网络的内容，找到了一篇plosone上的论文论文题目是AworkflowwithR:Phylogeneticanalysesandvisualizationsusingmitochondrialcytochromebgenesequencesimage.png
小明的数据分析笔记本·2022-01-14 18:13

VCF文件参数解读

VCF(variantcallformat)文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。
ytbao·2021-12-22 15:12

转变Genotype数据格式（Hapmap，Plink ，VCF ，Haplotype， Numeric ， BLUPF90 格式的相互转化）

image.png主要使用blupADC完成题目的功能,此包是华中农业大学梅全顺编写。在使用以下6与7功能之前，通常需要提前下载好DMU软件(DMU下载网站)和BLUPF90软件(BLUPF90下载网站)。如果您想将DMU和BLUPF90用作商业用途，请务必联系DMU和BLUPF90的作者！！！下载首先查看Github的主页：https://github.com/TXiang-lab/blupAD
Hello育种·2021-12-15 06:20

在线手机号码VCF批量导入工具

在线手机号码VCF批量导入工具在线手机号码VCF批量导入工具本工具可以将电话号码列表生成vcf格式，快速导入手机通讯录中。
·2021-10-25 22:23

Fst

vcftools计算Fstvcftools--vcfld0818_0.5.vcf--weir-fst-popfar2.txt--weir-fst-popfar1.txt--out21_fst_win--
铃_0d92·2021-10-13 14:20

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:39

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.10 利用vcf信息判断物种染色体倍数

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcf数据包含了所有的等位对立基因的信息
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:33

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.9 如何单独分离染色体

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析从参照序列提取单独染色体会用到ape
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:27

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.8 窗口缩放

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcfR可以对单独的每一段染色体进行分析
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:20

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.7 测序深度覆盖度

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析vcf数据里除了位点的ATGC的对比
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:14

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.6 vcf可视化2

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析在上一篇文章vcf可视化1里，主要介绍了针对数据全体
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:08

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析本文介绍的案例和方法简介里一样，但是会有更加详细的说明
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:03

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.4 tidy vcfR

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析相信经常使用R的同学们对tidy格式的数据并不陌生
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:44

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.3 从vcf文件里提取有用信息

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析提取矩阵数据一般的VCF文件都很大
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:38

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录前言方法简介从vcf文件里提取有用信息tidyvcfRvcf可视化1vcf可视化2测序深度覆盖度窗口缩放如何单独分离染色体利用vcf信息判断物种染色体倍数CNV分析1.读取数据vcfR可以直接读取vcf
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:31

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.1 前言

花了时间和钱做了分析拿到了vcf结果，还得去花时间去学处理vcf的linux软件，结果回报的是一大堆报错，可谓生产力低下。所以在此给同行小伙伴推荐一款R语言包vcfR来轻松应对生信分析。
Jason数据分析生信教室·2021-09-06 12:47

重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤

最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（cleandata到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写循环语句，这里我仅举一个例子“sample1”作为样品进行脚本编写
93830eddc2a4·2021-08-30 10:41

pi分析

（π）vcftools--vcftest.vcf--window-pi3000--outTeneratest.vcf为输入文件andTeneraTajimi'sD是一种统计检验。
超级宇航员·2021-07-26 15:53

生信分析常见文件格式说明

【原创】生信分析常见文件格式说明生信分析中经常会遇到各种格式特殊的文件，例如：fasta、gff、gtf、gbk、m8、sam/bam、vcf等；本文主要就生信分析中常见的一些文件格式做简单说明，持续更新中
枫狂灬呆子·2021-07-02 15:29

SnpEff：vcf注释软件安装及应用

需要准备的内容:环境：Linux或Ubuntu，已经安装openjdk文件：通过GATK流程得到的变异或者VCF格式的文件参考文件：对应基因组版本的gff或gtf注释文件、参考基因文件软件：SnpEff
文章收集器·2021-06-25 20:34

使用SNPhylo构建群体系统发生树

SNPhylo是一个基于SNP数据构建群体系统发生树的流程工具，它能接受VCF,HapMap和简单SNP数据格式作为输入，经过一系列的过滤（低质量数据、连锁不平衡）得到用于构建系统发生树的输入数据，最后会自动调用
xuzhougeng·2021-06-21 17:30
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