wsi

一个全自动病理处理分析工具——CLAM

执行预分割step3：调整分割参数step4：批量分割5.特征提取6.模型训练6.1数据集划分6.2模型训练6.3模型验证6.4热图可视化1.简介CLAM是一种基于深度学习的数据高效、弱监督的全幻灯片（WSI

qq_42894217·2024-08-28 02:45

[病理图像质控]分割病理图像（whole slide images，WSI）中包含组织的区域，去掉空白区域

在处理全病理切片（WSI）的时候，经常会碰到一个问题。就是整个WSI很大，其中有很多空白的地方，深度学习或者传统的图像处理都不需要处理的，如何把这些空白区域去掉。

水博的两年半·2024-02-14 08:36

病理图像wsi

一、病理图像（Whole-slideimage）的处理https://zhuanlan.zhihu.com/p/254761464https://wenku.baidu.com/view/4666e8a3a26925c52dc5bfb2?channel=aggregation&fr=tag&word=%E4%B8%8D%E6%98%8E%E5%8E%9F%E5%8F%91%E4%BD%8D%E8%

如意的小家·2024-02-14 08:36

WSI 病理图像预处理（python）安装spams (失败)

安装spams1、尝试方法12、尝试方法23、尝试方法34、尝试方法41、尝试方法1使用python对WSI（病理图像）进行预处理的时候，使用颜色标准化工具需要spams但是使用pipinstall安装很可能会出现失败

H_SQ__·2024-02-14 08:05

病理WSI配准库valis教程

病理WSI配准库valis教程项目地址环境配置（linux）（1）JDK配置（2）Maven配置（3）Openslide配置（4）libvips配置（5）conda虚拟环境配置使用案例官方文档项目地址https

Toby不写代码·2024-02-14 08:01

Python实现病理图像mrxs格式转SVS

事先说明一下，这个代码是采用一次性读取整个WSI后，再转存为svs的方式。所需要的内存需要满足一次性读取整个WSI的要求。这个代码也可以用来tif转svs。

水博的两年半·2024-01-02 17:59

TCGA超过1G的病理wsi数据下载-gdc-client

使用网页端下载TCGA超过1G的病理wsi数据，数据下载到1G后就不能完整下载。遂采用gdc-client下载。

hx2024·2023-12-27 02:42

QuPath病理流程学习 ③ IHC、H&E （WSI的处理）实战

示例数据示例样本获取，里面有HE和IHC两种切片数据HamamatsuNDPI(cmu.edu)Celldetection—QuPath0.5.0documentation在QuPath中，病理选择BrightfieldH&E和BrightfieldDAB代表了不同的染色方式。H&E代表了HematoxylinandEosin（苏木精和伊红）染色技术，而DAB代表了3,3'-Diaminobenz

hx2024·2023-12-27 02:41

在Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP

二、操作步骤1.环境2.安装Openslide3.ASAP安装总结参考资料前言在标注和处理全视野病理切片(WSI)时，Openslide和ASAP几乎都是必不可少得工具，最近在服务器上安装了Openslide

Furyboyyy·2023-11-01 03:27

Git命令大全

Git命令必知必会系列一、GitGit是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：Linux、kernel）,管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pro

阿Q正砖·2023-09-20 15:47

WindAPI文档

WindAPI文档目录WindAPI文档2.调用WindPy3.获取日时间序列函数WSD4.获取日截面数据函数WSS5.获取分钟序列数据函数WSI6.获取日内tick数据函数WST7.实时行情数据函数WSQ8

小黄人的黄·2023-09-15 14:53

Linux Graphics 周刊（第 5 期）

drm_dev_init()说再见drm/gem:删除drm_gem_vram_kmap()接口binder:新增BINDER_FREEZEioctlfastboot:新增modules分区Mesa-dev：GLX/WSI

何小龙·2023-09-14 11:21

如何关闭联想台式机电脑USB键盘的FN功能

一.下载驱动(链接在上面)https://support.lenovo.com.cn/lenovo/wsi/Modules/DriverDetail.aspx?

奥利奥龙卷风·2023-09-14 08:09

联想 f1-f12键恢复默认--win10（64/32）通用版

官网下载地址：https://support.lenovo.com.cn/lenovo/wsi/Modules/DriverDetail.aspx?

不会看源码·2023-08-27 20:43

Git 常用命令详解

Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：linuxkernel），管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pro）Git的更多介绍，请参考我的上一篇博客

沅芷沣兰·2023-08-17 19:25

Vulkan 绘制显示设计

背景众所周知，Vulkan是个跨平台的图形渲染API，为了友好地支持跨平台，Vulkan自然也抽象出了很多接口层去对接各个操作系统，抹平系统间的差异，SwapChains即为WSI。

很久没安静的回忆了·2023-08-09 22:53

WSI分类

Multi-taskLearningofHistologyandMolecularMarkersforClassifyingDiffuseGliomaMultimodalPathologyImageSearchBetweenH&ESlidesandMultiplexedImmunofluorescentImagesSelf-superviseddrivenconsistencytrainingfo

junjian Li·2023-06-21 14:05

Vulkan Tutorial 2 presentation

为了在Vulkan和窗口系统之间建立连接，将结果呈现在屏幕上，我们需要使用WSI（窗口系统集成）扩展。VK_KHR_surface。

奇迹小缘·2023-06-09 02:23

Vulkan Tutorial 窗口面

为了在屏幕上展示Vulkan结果，我们需要使用WSI（窗口集成系统）扩展。

hbigman·2023-06-09 02:51

DTFD-MIL: Double-Tier Feature Distillation Multiple Instance Learning for WSI_论文笔记

其中，WSI幻灯片(包)的数量有限，而单个WSI的分辨率很大，这导致从该幻灯片中裁剪大量补丁(实例)。为了解决这个问题，我们提出通过引入伪包的概念来

Sjmanman·2023-04-10 03:02

Docker下Ubuntu18.04+OpenCV460+jdk1.8

疯狂叠BUFF，折腾了三四天，如果java项目带opencv的可以直接拉取这个Docker镜像使用dockerpullnightszzz/wsi:0.0.5编写如下Dockerfile文件，将jar包与

Simple.3·2023-03-30 11:23

git 提交新分支到远端_Git怎么推送本地分支到远程新分支上面去

匿名用户1级2017-04-22回答Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码(如：linuxkernel)，管理私人的文档和源代码也有很多优势(如：wsi-lgame-pro

weixin_39922476·2023-03-21 14:25

病理图像处理个人手札（三）WSI & MIL

1.什么是WSI？WSI全称是WholeSlideImage，也就是全视野数字切片，主要应用在病理学细胞图像领域。

爱学习的柏少·2023-02-02 11:02

[医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小

摘要最近需要对WSI图像进行处理，以前没弄过，所以整理下方法。

LeYOUNGER·2023-02-02 11:01

DICOM: Whole Slide Image

WholeSlideImage具体程序具体示例程序见：https://github.com/Wa-Ma/WSILIB简介：WholeSlideImage:全视野数字切片(WholeSlideImage,WSI

@alittlehorse·2023-02-02 11:01

Multitask Classification of Breast Cancer Pathological Images Using SE-DenseNet

全幻灯片图像（WSI）通常存储在多分辨率金字塔中，我们的数据集包含Camelyon16在*5、*20、*40，三倍放大率下的patches。

Maragleangel·2023-02-02 11:01

CLAM：基于全幻灯片图像的数据高效和弱监督的计算病理学

CLAM：基于全幻灯片图像的数据高效和弱监督的计算病理学前提知识：MIL多示例学习：CLAM处理的是多分类问题，对于输入的WSI图，根据它的形态学特征可以分为N个类别，一张WSI图只能属于其中的一个类。

宫灵均·2023-01-07 14:59

跑通CLAM

项目场景：从github上下载CLAM代码，上传Camelyon-16中的部分WSI图像，将代码跑通。

DragonJ__·2023-01-07 14:25

（WSI分类）WSI分类文献小综述

今天介绍一些WSI分类的文献。涉及三种比较主要的技术：传统的特征分类，CNN和Transformer。

qq_782808845·2023-01-05 21:41

（病理图像读写）病理图像（whole slide images，WSI）的读写（.svs, .tiff）,使用openslide,和pyvips以及matlab

今天对病理图像的读写进行一个小介绍。先说结论，如果不需要读很小倍率的图像，pyvips比openslide快很多，写SVS的话用matlab。病理图像的存储有很多种格式，可以看如下图：常见的是.svs,.tif，.mrxs。今天就只讲.svs和.tif。.mrxs手上没有数据。但依然可以用openslide读取，以后有机会再展开。在python上读取.svs和.tif的方式是一样的，因为.svs本

qq_782808845·2023-01-05 21:10

论文笔记Clinical-grade computational pathology using weakly supervised deep learning on WSI

Clinical-gradecomputationalpathologyusingweaklysuperviseddeeplearningonwholeslideimages这是关于多实例学习MIL（MultipleInstanceLearning）用于数字病理切片WSI

懂麻子·2022-12-30 01:12

三、生成heatmap(一）裁背景和组织patch

某张tif及所画病灶if__name__=='__main__':wsi=WSI()#创建一个wsi对象#含read_wsi_tumor()、find_roi_n_extract_patches_tumor

名字太简单就记不住·2022-12-21 07:02

使用Colab运行github中的项目

Deep_learning_in_WSIinGoogleColab基于深度学习的病理图像分析项目地址：https://github.com/BohriumKwong/Deep_learning_in_WSI.git1

Lil mercy.·2022-12-16 19:56

查看本地WSI图像

为了观察WSI图像的整体情况，最直接的方法就是将其打开查看，但是由于WSI的分辨率较大，通常无法直接打开查看，针对于该问题，可以直接使用openslide缩略图查看，也可通过借助Flask和openslide

breezehasai·2022-12-03 10:31

openslide

在医学图像中，通常使用数字扫描仪将病理图像存储到计算机上，即幻灯片的数字版本称为WSI(wholeslideimage)。

breezehasai·2022-12-03 10:01

Clinical-grade computational pathology using weakly supervised deep learning on whole slide images

naturemedicine代码：https://github.com/MSKCC-Computational-Pathology/MIL-nature-medicine-2019动机：由于病理图像所使用的WSI

breezehasai·2022-12-03 10:31

python遍历文件夹下的所有图片

importosimportglobWSI_MASK_PATH='E:\\contest\\insect\\insect\\JPEGImages\\test'#存放图片的文件夹路径paths=glob.glob(os.path.join(WSI_MASK_PATH

系统随机·2022-11-24 19:29

论文(三):Dual-stream Multiple Instance Learning Network for Whole Slide Image Classification

Dual-streamMultipleInstanceLearningNetworkforWholeSlideImageClassificationwithSelf-supervisedContrastiveLearning基于自监督对比学习的病理图像分类双流多实例学习网络Abstract病理图像(WSI

小王不叫小王叭·2022-11-20 05:34

论文(四)：DTFD-MIL: Double-Tier Feature Distillation Multiple Instance Learning for Histopathology Whole

Double-TierFeatureDistillationMultipleInstanceLearningforHistopathologyWholeSlideImageClassification--CVPR(2022)DTFD-MIL:双层特征蒸馏多实例学习用于组织病理学整片图像分类Abstract背景：MIL越来越多的用于WSI

小王不叫小王叭·2022-11-20 05:34

论文(五)：Cluster-to-Conquer: A Framework for End-to-End Multi-Instance Learning for Whole Slide Image

AFrameworkforEnd-to-EndMulti-InstanceLearningforWholeSlideImageClassification--PMLR(2021)Cluster-to-Conquer:整个幻灯片图像分类的端到端多实例学习框架C2C：AbstractIntroductionMethodAbstract背景：WSI

小王不叫小王叭·2022-11-20 05:34

论文(六)：Beyond Classification: Whole Slide Tissue Histopathology Analysis By End-To-End Part Learning

**方法:**每个WSI被建模为由K

小王不叫小王叭·2022-11-20 04:13

Git 常用命令详解

Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：linuxkernel），管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pro）Git的更多介绍，请参考我的上一篇博客

DADA随记·2022-06-28 22:35

电脑突然无法连上wifi怎么解决

3.打开联想驱动官网http://support1.lenovo.com.cn/lenovo/wsi/Modules/NewDrive.aspx//找到与自己电脑相对应的3-1.勾选下载//下载之后,进行安装

·2022-02-21 12:23

论文 | 图网络应用之WSI病理图像分析

文|全世界最乖巧的小猪GraphCNNforSurvivalAnalysisonWholeSlidePathologicalImages这篇论文是基于上一篇论文|图网络理论之AGCN在WSI病理图像上的应用

VTS三只小猪·2022-02-12 08:36

lenovo 电池管理软件的下载

无奈网上的都不正确所以特意找了这个正确的方法QQ图片20180707210429.png好了废话不多说直接上方法第一步：打开lenovo的官网：http://support.lenovo.com.cn/lenovo/wsi

端木安玉·2021-06-20 16:21

Mac安装ffmpeg，亲测，好用

如果其他的方法都安装不上，不妨尝试一下这种方式，亲测有效1、下载lame：https://pan.baidu.com/s/16hRlYhX9wu9pFViF1x2YkA提取码:1wsi2、进入下载目录，

永不言弃_9bb3·2020-12-30 14:58

Git 常用命令详解

05-0218:278475人阅读评论(2)收藏举报Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：linuxkernel），管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pr

weixin_34248849·2020-09-14 08:01

医学图像处理之病理图像（HE或者WSI）图像标准化方法小介绍

虽说是CSDN，但因为处理的过程中要用到病理图片，所以这里简单的介绍一下病理图像的标准化。首先介绍一下我们的病理图像。病理图像就是我们高中时候用的玻片在扫描仪下拍摄的高分辨率图像。具体制作过程可以参见百度。https://wenku.baidu.com/view/60b5d0fe2af90242a995e58a.html病理图像可以帮助医生对病人做出诊断。通过病理图像，我们可以看到肿瘤细胞的具体情

qq_782808845·2020-09-13 02:59

git常用命令

Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：linuxkernel），管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pro）1.git高频使用命令：gitstatus

IT_大白·2020-08-22 18:10

Git 常用命令详解

Git是一个很强大的分布式版本管理工具，它不但适用于管理大型开源软件的源代码（如：linuxkernel），管理私人的文档和源代码也有很多优势（如：wsi-lgame-pro）Git的更多介绍，请参考我的上一篇博客

wuChen4646·2020-08-22 13:07

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