穆宗永和十二年 356年
八月，段龕遣其屬段蕰來求救，詔徐州刺史荀羨將兵隨蕰救之。羨至琅邪，憚燕兵之強，不敢進。王騰寇鄄城，羨進攻陽都，會霖雨，城壞，獲騰，斬之。
十月，荀羨聞段龕已敗，退還下邳，留將軍諸葛攸、高平太守劉莊將三千人守琅邪。參軍譙國戴遂等將二千人守泰山。燕將慕容蘭屯汴城，羨擊斬之。
升平元年 357年
春，正月，壬戌朔，帝加元服。太后詔歸政，大赦，改元，太后徙居崇德宮。
八月，丁未，立皇后何氏。後，故散騎侍郎廬江何淮之女也。禮如鹹康而不賀。
十二月，以太常王彪之為左僕射。
升平二年 358年
春，正月，司徒昱稽首歸政，帝不許。
秋，八月，豫州刺史謝弈卒。弈，安之兄也。司徒昱以建武將軍桓雲代之。雲，溫之弟也。訪於僕射王彪之。彪之曰：「雲非不才，然溫居上流，已割天下之半，其弟復處西籓；兵權萃於一門，非深根固蒂之宜。人才非可豫量，但當令不與殿下作異者耳。」昱頷之曰：「君言是也。」壬申，以吳興太守謝萬為西中郎將，監司、豫、冀、並四州諸軍事、豫州刺史。
王羲之與桓溫箋曰：「謝萬才流經通，使之處廊廟，固是後來之秀。今以之俯順荒餘，近是違才易務矣。」又遺萬書曰：「以君邁往不屑之韻，而俯同群碎，誠難為意也。然所謂通識，正當隨事行藏耳。願君每與士卒之下者同甘苦，則盡善矣。」萬不能用。
徐、兗二州刺史荀羨有疾，以御史中丞郗曇為羨軍司。曇，鑒之子也。
冬，十月，泰山太守諸葛攸攻燕東郡，入武陽，燕主俊遣大司馬恪統陽騖及樂安王臧之兵以擊之。攸敗走，還泰山，恪遂渡河，略地河南，分置守宰。
十二月，燕泰山太守賈堅屯山茌，荀羨引兵擊之；堅所將才七百餘人，羨兵十倍於堅。堅將出戰，諸將皆曰：「眾少，不如固守。」堅曰：「固守亦不能免，不如戰也。」遂出戰，身先士卒，殺羨兵千餘人，復還入城。羨進攻之，堅歎曰：「吾自結髮，志立功名，而每值窮厄，豈非命乎！與其屈辱而生，不若守節而死。」乃謂將士曰：「今危困，計無所設，卿等可去，吾將止死。」將士皆泣曰：「府君不出，眾亦俱死耳。」乃扶堅上馬。堅曰：「我如欲逃，必不相遣。今當為卿曹決鬥，若勢不能支，卿等可趣去，勿復顧我也！」乃開門直出。羨兵四集，堅立馬橋上，左右射之，皆應弦而倒。羨兵眾多，從塹下斫橋，堅人馬俱陷，生擒之，遂拔山茌。羨謂堅曰：「君父、祖世為晉臣，奈何背本不降？」堅曰：「晉自棄中華，非吾叛也。民既無主，強則托命。既已事人，安可改節！吾束脩自立，涉趙歷燕，未嘗易志，君何匆匆相謂降乎！」羨復責之，堅怒曰：「豎子，兒女御乃公！」羨怒，執置雨中，數日，堅憤惋而卒。
燕青州刺史慕容塵遣司馬悅明救泰山，羨兵大敗，燕復取山茌。燕主俊以賈堅子活為任城太守。
荀羨疾篤，征還，以郗曇為北中郎將、都督徐、兗、青、冀、幽五州諸軍事、徐、兗二州刺史，鎮下邳。
升平三年 359年
六月，高昌不能拒燕，秋，七月，自白馬奔滎陽。
八月，泰山太守諸慕攸將水陸二萬擊燕，入自石門，屯於河渚。燕上庸王評、長樂太守傅顏帥步騎五萬與攸戰於東阿，攸兵大敗。
冬，十月，詔謝萬軍下蔡，郗曇軍高平以擊燕。萬矜豪傲物，但以嘯詠自高，未嘗撫眾。兄安深憂之，謂萬曰：「汝為元帥，宜數接對諸將以悅其心，豈有傲誕如此而能濟事也！」萬乃召集諸將，一無所言，直以如意指四坐云：「諸將皆勁卒」。諸將益恨之。安慮萬不免，乃自隊帥以下，無不親造，厚相親托。既而萬帥眾入渦、穎以援洛陽，郗曇以病退屯彭城。萬以為燕兵大盛，故曇退，即引兵還，眾遂驚潰。萬狼狽單歸，軍士欲因其敗而圖之，以安故而止。既至，詔廢萬為庶人，降曇號建武將軍。於是許昌、穎川、譙、沛諸城相次皆沒於燕。
十二月，封武陵王晞子王逢為梁王。
升平四年 360年
八月，謝安少有重名，前後徵辟，皆不就，寓居會稽，以山水、文籍自娛。雖為布衣，時人皆以公輔期之，士大夫至相謂曰：「安石不出，當如蒼生何！」安海游東山，常以妓女自隨。司徒昱聞之，曰：「安石既與人同樂，必不得不與人同憂，召之必至。」安妻。劉惔之妹也，見家門貴盛而安獨靜退，謂曰：「丈夫不如此也？」安掩鼻曰：「恐不免耳。」及弟萬廢黜，安始有仕進之志，時已年四十餘。征西大將軍桓溫請為司馬，安乃赴召，溫大喜，深禮重之。
十一月，封桓溫為南郡公，溫弟沖為豐城縣公，子濟為臨賀縣公。
升平五年 361年
正月，東安簡伯郗曇卒。二月，以東陽太守范汪都督徐、兗、青、冀、幽五州諸軍事，兼徐、兗二州刺史。
夏，四月，桓溫以其弟黃門郎豁督沔中七郡諸軍事，兼新野、義城二郡太守，將兵取許昌，破燕將慕容塵。
五月，丁巳，帝崩，無嗣。皇太后令曰：「琅邪王丕，中興正統，義望情地，莫與為比，其以王奉大統！」於是百官備法駕迎於琅邪第。庚申，即皇帝位，大赦。壬戌，改封東海王弈為琅邪王。秋，七月，戊午，葬穆帝於永平陵，廟號孝宗。
九月，戊申，立妃王氏為皇后。后，濛之女也。穆帝何皇后稱穆皇后，居永安宮。
徐、兗二州刺史范汪，素為桓溫所惡，溫將北伐，命汪帥眾出梁國。冬，十月，坐失期，免為庶人，遂廢，卒於家。
子寧，好儒學，性質直，常謂王弼、何晏之罪深於桀、紂。或以為貶之太過。寧曰：「王、何蔑棄典文，幽沈仁義，游辭浮說，波蕩後生，使搢紳之徒翻然改轍，以至禮壞樂崩，中原傾覆，遺風餘俗，至今為患。桀、紂縱暴一時，適足以喪身覆國，為後世戒，豈能回百姓之視聽哉！故吾以為一世之禍輕，歷代之患重，自喪之惡小，迷眾之罪大也。」
是歲，歸義侯李勢卒。
哀帝 隆和元年 362年
春，正月，甲寅，減田租，畝收二升。
燕豫州刺史孫興請攻洛陽，曰：「晉將陳祐弊卒千餘，介守孤城，不中取也！」燕人從其言，遣寧南將軍呂護屯河陰。
二月，辛未，以吳國內史庾希為北中郎將、徐、兗二州刺史，鎮下邳，龍驤將軍袁真為西中郎將、監護豫、司、並、冀四州諸軍事、豫州刺史，鎮汝南並假節。希，冰之子也。
丙子，拜帝母周貴人為皇太妃，儀服擬於太后。
燕呂護攻洛陽。三月，乙酉，河南太守戴施奔宛，陳祐告急。五月，丁巳，桓溫遣庾希及竟陵太守鄧遐帥舟師三千人助祐守洛陽，遐。岳之子也。
溫上疏請遷都洛陽。自永嘉之亂播渡江表者，一切北徙，以實河南。朝廷畏溫，不敢為異。而北土蕭條，人情疑懼，雖並知不可，莫敢先諫。散騎常待領著作郎孫綽上疏曰：「昔中宗龍飛，非惟信順協於天人，實賴萬里長江畫而守之耳。今自喪亂已來，六十餘年，河、洛丘墟，函夏蕭條。士民播流江表，已經數世，存者老子長孫，亡者丘隴成行，雖北風之思感其素心，目前之哀實為交切。若遷都旋軫之日，中興五陵，即復緬成遐域。秦山之安，既難以理保，烝烝之思，豈不纏於聖心哉！溫今此舉，誠欲大覽始終，為國遠圖；而百姓震駭，同懷危懼，豈不以反舊之樂賒，而趨死之憂促哉！何者？植根江外，數十年矣，一朝頓欲拔之，驅踧於窮荒之地。提挈萬里，逾險浮深，離墳墓，棄生業，田宅不可復售，舟車無從而得。捨安樂之國，適習亂之鄉，將頓僕道塗，飄溺江川，僅有達者。此仁者所宜哀矜，國家所宜深慮也！臣之愚計，以為且宜遣將帥有威名、資實者，先鎮洛陽，掃平梁、許，清壹河南。運漕之路既通，開墾之積已豐，豺狼遠竄，中夏小康，然後可徐議遷徙耳。奈何捨百勝之長理，舉天下而一擲哉！」綽，楚之孫也。少慕高尚，嘗著《遂初賦》以見志。溫見綽表，不悅，曰：「致意興公，何不尋君《遂初賦》，而知人家國事邪！」
時朝廷憂懼，將遣侍中止溫，揚州刺史王述曰：「溫欲以虛聲威朝廷耳，非事實也；但從之，自無所至。」乃詔溫曰：「在昔喪亂，忽涉五紀，戎鍬肆暴，繼襲凶跡，眷言西顧，慨歎盈懷。知欲躬帥三軍，蕩滌氛穢，廓清中畿，光復舊京，非夫外身徇國，孰能若此？諸所處分，委之高算。但河洛丘墟，所營有廣，經始之勤，致勞懷也。」事果不行。
溫又議移洛陽鐘虡。述曰：「永嘉不競，暫都江左，方當蕩平區宇，旋軫舊京。若其不爾，宜改遷園陵，不應先事鐘虡！」溫乃止。
朝廷以交、廣遼遠，改授溫都督並、司、冀三州；溫表辭不受。
秋，七月，呂護退守小平津，中流矢而卒。燕將段崇收軍北渡，屯於野王。鄧遐進屯新城。八月，西中郎將袁真進屯汝南，運米五萬斛以饋洛陽。
十二月，庾希自下邳退屯山陽，袁真自汝南退屯壽陽。
兴宁元年 363年
春，二月，己亥，大赦，改元。
三月，壬寅，皇太妃周氏薨於琅邪第。癸卯，帝就第治喪，詔司徒會稽王昱總內外眾務。帝欲為太妃服三年，僕射江虨啟：「於禮，應服緦麻。」又欲降服期，虨曰：「厭屈私情，所以上嚴祖考。」乃服緦麻。
夏，四月，燕寧東將軍慕容忠攻滎陽太守劉遠，遠奔魯陽。
五月，加征西大將軍桓溫侍中、大司馬、都督中外諸軍、錄尚書事，假黃鉞。溫以 撫軍司馬王坦之為長史。坦之，述之子也。又以征西掾郗超為參軍，王珣為主簿，每事 必與二人謀之。府中為之語曰：「髯參軍，短主簿，能令公喜，能令公怒。」溫氣概高邁，罕有所推。與超言，常自謂不能測，傾身待之，超亦深自結納。珣，導之孫也，與謝玄皆為溫掾，溫俱重之。曰：「謝掾年四十必擁旄杖節，王掾當作黑頭公，皆未易才也。」玄，奕之子也。
以西中郎將袁真都督司、冀、並三州諸軍事，北中郎將庾希都督青州諸軍事。
癸卯，燕人拔密城，劉遠奔江陵。
冬，十月，燕鎮南將軍慕容塵攻陳留太守袁披於長平；汝南太守朱斌乘虛襲許昌，克之。
以征虜將軍桓沖為江州刺史。十一月，姚襄故將張駿殺江州督護趙毘，帥其徒北叛；沖討斬之。
兴宁二年 364年
二月，燕太傅評、龍驤將軍李洪略地河南。
三月，庚戌朔，大閱戶口，令所在土斷，嚴其法制，謂之《庚戌制》。
帝信方士言，斷谷餌藥以求長生。侍中高崧諫曰：「此非成乘所宜為；陛下茲事，實日月之食。」不聽。辛未，帝以藥發，不能親萬機，褚太后復臨朝攝政。
夏，四月，甲辰，燕李洪攻許昌、汝南，敗晉兵於懸瓠，穎川太守李福戰死，汝南太守朱斌奔壽春，陳郡太守朱輔退保彭城。大司馬溫遣西中郎將袁真等御之，溫帥舟師屯合肥。燕人遂拔許昌、汝南、陳郡，徙萬餘戶於幽、冀二州，遣鎮南將軍慕容塵屯許昌。
五月，戊辰，以揚州刺史王述為尚書令。加大司馬溫揚州牧、錄尚書事。壬申，使侍中召溫入參朝政，溫辭不至。
王述每受職，不為虛讓，其所辭必於不受。及為尚書令，子坦之白述：「故事當讓。」述曰：「汝謂我不堪邪？」坦之曰：「非也，但克讓自美事耳！」述曰：「既謂堪之，何為復讓！人言汝勝我，定不及也。」
秋，七月，丁卯，詔復徵大司馬溫入朝。八月，溫至赭圻，詔尚書車灌止之，溫遂城赭圻居之，固讓內錄，遙領揚州牧。
燕太宰恪將取洛陽，先遣人招納士民，遠近諸塢皆歸之；乃使司馬悅希軍於盟津，豫州刺史孫興軍於成皋。
初，沈充之子勁，以其父死於逆亂，志欲立功以雪舊恥；年三十餘，以刑家不得仕。吳興太守王胡之為司州刺史，上疏稱勁才行，請解禁錮，參其府事，朝廷許之。會胡之以病，不行。及燕人逼洛陽，冠軍將軍陳祐守之，眾不過二千。勁自表求配祐效力；詔以勁補冠軍長史，令自募壯士，得千餘人以行。勁屢以少擊燕眾，摧破之。而洛陽糧盡援絕，祐自度不能守，乃以救許昌為名，九月，留勁以五百人守洛陽，祐帥眾而東。勁喜曰：「吾志欲致命，今得之矣。」祐聞許昌已沒，遂奔新城。燕悅希引兵略河南諸城，盡取之。
兴宁三年 365年
春，正月，庚申，皇后王氏崩。
大司馬溫移鎮姑孰。二月，乙未，以其弟右將軍豁監荊州、揚州之義城、雍州之京兆諸軍事，領荊州刺史，加江州刺史桓沖監江州及荊、豫八郡諸軍事，並假節。
司徒昱聞陳祐棄洛陽，會大司馬溫於洌洲，共議征討。丙申，帝崩於西堂，事遂寢。
帝無嗣，丁酉，皇太后詔以琅邪王奕承大統。百官奉迎於琅邪第，是日，即皇帝位，大赦。
燕太宰恪、吳王垂共攻洛陽。恪謂諸將曰：「卿等常患吾不攻，今洛陽城高而兵弱，易克也，勿更畏懦而怠惰！」遂攻之。三月，克之，執揚武將軍沈勁。勁神氣自若，恪將宥之。中軍將軍慕輿虔曰：「勁雖奇士，觀其志度，終不為人用，今赦之，必為後患。」遂殺之。
恪略地至崤、澠，關中大震，秦王堅自將屯陝城以備之。
太宰恪還鄴，謂僚屬曰：「吾前平廣固，不能濟辟閭蔚；今定洛陽，使沈勁為戮；雖皆非本情，然身為元帥，實有愧於四海。」朝廷嘉勁之忠，贈東陽太守。
臣光曰：沈勁可謂能子矣！恥父之惡，致死以滌之，變凶逆之族為忠義之門。《易》曰：「干父之蠱，用譽。」《蔡仲之命》曰：「爾尚蓋前人之愆，惟忠惟孝。」其是之謂乎！
——《通鉴 晋纪二十二&二十三 孝宗穆帝中之下&下 哀帝》