单细胞测序

单细胞转录组基础分析六：伪时间分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析六：伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija·2024-02-19 12:25

scIMC：scRNA-seq插补方法基准

在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件，它扭曲了基因表达，显著影响了单细胞转录组的下游分析。
tzc_fly·2024-02-19 12:03

转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅·2024-02-15 04:49

机器学习---概率图模型（概率计算问题）

1.直接计算法给定模型和观测序列，计算观测序列O出现的概率。
三月七꧁ ꧂·2024-02-14 17:06

2022-12-01

Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化（2）原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术，碱基特异性原位测序（BaSISS
图灵基因·2024-02-14 08:35

单细胞测序最好的教程（一）：质量控制

目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（二）：归一化

由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

单细胞测序最好的教程（三）：特征基因选择

前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。
Starlitnightly·2024-02-14 06:18

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873·2024-02-14 06:17

PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析

关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实
TS的美梦·2024-02-14 06:47

TO G不易：“萌新”产品经理 V.S.“老炮儿”销售

有时候你不得不感叹，销售们真的是个单细胞动物。分不清公司产品，经常错把你的产品商机录入到了别的产品经理那边去了；搞
稀奇星球·2024-02-14 06:51

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。
Starlitnightly·2024-02-14 06:46

Python 资源大全（七）

官网bcbio-nextgen：这个工具箱为全自动高通量测序分析提供符
忘了呼吸的那只猫·2024-02-14 05:46

单细胞数据分析之PCA再认识与ScaleData函数

我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交，样本呈高斯分布；2、主成分分析假设源信号间彼此非相关；那么这里我们需要讨论一下，我们的单细胞或者空间转录组数据是呈现高斯分布的么
单细胞空间交响乐·2024-02-14 04:18

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之汇总（scSeqComm）

这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析，参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm
单细胞空间交响乐·2024-02-14 02:25

介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet

作者：童蒙编辑：amethyst引言随着技术的进步，测序成本的降低，单细胞转录组的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁·2024-02-14 01:55

SLICER：从单细胞RNA-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹

image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法，该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化，自动选择与该过程相关的基因，并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER（SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships），是一种使用局部线性嵌入（LLE）重
生信编程日常·2024-02-14 00:51

单细胞注释

单细胞-注释-2022-01-17多个样本单细胞分析流程-(jianshu.com)一、人工注释人工注释需要借助文献检索marker或者结合常用的注释数据库，例如两个常用的数据库：CellMarker（
刘综一·2024-02-13 23:57

CyTOF 质谱流式技术在CAR-T治疗中取得的最新成果

CyTOF技术作为最前沿的单细胞蛋白检测技术在CAR-T细胞治疗中具有不可替代的关键性作用，接下来分享三篇近期CAR-T细
普罗亭·2024-02-13 22:29

06高通量测序-RPKM,FPKM,and TPM

,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度
不到7不改名·2024-02-13 20:56

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255·2024-02-13 18:32

R、python读取空间转录组的8种方式

“空间转录组测序主要包括5个步骤，我们着重下游分析部分：空转数据分析和可视化。
生信小博士·2024-02-13 18:01

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落
f70420f979c3·2024-02-13 18:02

pacbio三代扩增子测序序列比对

新手小白求问一个fasta文件里面包含很多序列有什么办法能够把TTA开头的提取出来，ATGG开头的提取出来，如图一。关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法，比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律，该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一
小鹿不吃香菜·2024-02-13 18:58

单细胞测序生信分析1-Seurat

单细胞分析的经典包——Seurat包有自己的官方教程，跟着教程过一遍可以get大致过程（https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html
18b79e7933ad·2024-02-13 08:46

10.单细胞 RNA-seq：聚类分析

学习目标：评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量，并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞RNA-seq聚类分析现在我们已经进行了整合，我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型
denghb001·2024-02-13 01:02

Smart seq2 2014

需要单细胞分辨率来增加我们对细胞间变异性的理解。我们的团队最近证明了Smart-seq
韧_7e6f·2024-02-12 23:08

分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定

gzh：BBio，欢迎关注scanpy软件由TheisLab实验室开发，和Seurat相同都是常用的单细胞数据分析工具。
BBio·2024-02-12 20:44

2021-10-10

CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱：海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组测序
图灵基因·2024-02-12 20:33

2022-09-20

NatComm|肝母细胞瘤单细胞分析预测化疗敏感性原创图灵基因图灵基因2022-09-2010:39发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制肝母细胞瘤是儿童最常见的肝癌形式。
图灵基因·2024-02-12 16:51

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2022-07-28

CancerDiscov|8万个单细胞测序揭示肿瘤浸润淋巴细胞分化动态原创huacishu图灵基因2022-07-2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272
图灵基因·2024-02-12 13:17

10X空间转录组的文献思路简单分析

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的
单细胞空间交响乐·2024-02-12 12:59

我们能成为孩子的上帝吗—— 谁来管理非法行医的贺建奎

贺建奎，原南方科技大学副教授，毕业于美国斯坦福大学，拥有多学科交叉的背景，并在基因测序仪研究，CRISPR基因编辑，生物信息学等多个领域取得研究突破。
闲月农·2024-02-12 06:31

小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查

Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目：小鼠嗅球的单细胞
猫姐Lily·2024-02-12 06:26

最新8.4分纯生信，中性粒相关热点值得推荐！

影响因子：8.44本文的思路是通过单细胞数据分析识别了某种免疫细胞特有的marker基因，然后利用这些基因进行预后模型的构建。
生信小课堂·2024-02-12 03:57

2022-01-27

参考：生物信息学100个基础问题——第1~5题答案公布-知乎(zhihu.com)掌握FASTQ格式特点第2行就是测序得到的序列信息，一般用ATCGN来表示，其中N用于荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基时的代表符号
学习生信的小兔子·2024-02-12 01:29

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv
小潤澤·2024-02-12 00:57

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。
小谷头·2024-02-11 21:58

高通量测序的前世今生

“高通量测序”这词我想大部分人都不会感到陌生，因为现如今它算得上是一个比较热门的领域，但是您又知道多少关于高通量的知识呢？接下来小编来聊聊它的前世以及今生，带您走进高通量测序的世界。
南博屹生物医学·2024-02-11 21:53

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

随着单细胞技术应用的增长，对探索这些大型、复杂数据集工具的需求也越来越大。自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。
尐尐呅·2024-02-11 17:03

种出个地球观后感

这让我很惊讶，我原以为现在的一切起因都是因为细菌的诞生，它们不断的进化，从单细胞生物进化成复杂的生物，而植物只是一个意外。但当我看完后我才发现植物才是第一个登上陆地的王者。
张静怡9460·2024-02-11 14:36

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
天涯清水·2024-02-11 14:47

使用GC含量归一化对深度测序数据的拷贝数变化进行无对照calling

简要我们提出了一种利用深度测序数据进行无对照拷贝数
亦是旅人呐·2024-02-11 10:16

链特异性测序及在IGV中的可视结果

1.介绍与链特异性测序相对的是传统的非链特异性文库。通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的reads跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。
LeoinUSA·2024-02-11 09:26

跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计
TOP生物信息·2024-02-11 08:57

2021-10-01

从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS)样本的进行了全基因组测序
图灵基因·2024-02-11 07:28

基因组组装----SOAPdenovo2

1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。
bcl_hx·2024-02-10 22:11

单细胞分析之细胞注释工具Garnett

本文摘自公众号【生信诊断所】原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/eV0m1H6a9gyf4FMZjqQnzA摘要Garnett是一个单细胞自动注释软件包，输入数据包括一个单细胞数据集和细胞类型定义文件
11的雾·2024-02-10 19:00

芯周刊·第15期 | 代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应

01代谢组+转录组+单细胞转录组揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答，参与免疫检查点阻断治疗，但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚，胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润
生物芯时空·2024-02-10 15:23
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