单细胞测序第4页

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy这种数据结构的话，可以对比学习一下seurat中数据结构单细胞直播三

生信小博士·2024-02-07 03:01

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。

Pandora qiu·2024-02-07 03:01

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。

RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

谷歌终究还是没忍住，把特朗普扯得淡给辟谣了。

拒绝使用世卫组织的测序试剂盒，坚持自主创新；迟迟不下放检测权利，所有检测都需要FDA批准通过。

d724eb5603f7·2024-02-06 22:04

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

给我们点赞

恭喜上海基因检测中心成立，主要针对人体基因测序，染色体遗传筛查，生命密码解析，我们的理念是揭开神秘生命密码，通过科学健康的方式让你健康活到140岁，需要了解定制的朋友可以详细了解我们！图片发自App

茗莘·2024-02-06 13:12

六个样本+转录组标准分析=IF5.81——最新项目文章：氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制

近些年，转录组测序凭借其周期短，价格低，普适性高等优势，备受科研人员的青睐。

ee00dc6faab7·2024-02-06 02:30

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

单细胞分析常用包

安装基础包install.packages("devtools",dependencies=T)install.packages("BiocManager",dependencies=T)install.packages("tidyverse",dependencies=T)install.packages('Seurat',dependencies=T)设置国内镜像options(BioC_mi

Drgexy·2024-02-05 10:18

14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

前言随着高通量测序技术的发展，越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。

生信宝典·2024-02-05 06:57

20200814（287）生存空间

从单细胞生物到多细胞生物，从无脊椎动物到脊椎动物，从鱼类到爬行动物到我们的祖先猿人，所能存活的生存空间越来越小。

Larus_317b·2024-02-05 01:55

2021-10-14

NatGenet|单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞

图灵基因·2024-02-05 01:12

2023-04-07

重测序分析-使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是Broad开发的用于二代测序数据变异检测的软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。

小谷头·2024-02-05 00:49

2022-08-25

NatMethods|细胞级表达图谱匹配测序和病理图像，发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐

图灵基因·2024-02-04 23:21

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。今天跟大家分享的这篇文章来自于TheCropJournal杂志，题目是“Currentadvancesingenomesequencingofcommonwheatanditsancestralspecies(10.

Neal_Bio·2024-02-04 20:11

Jellyfish进行Kmer评估基因组大小

我们对一个新物种进行基因组denovo测序时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。

吕强强学生信·2024-02-04 18:45

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。

橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

一个中国并发癌症家系的全外显子组测序研究

PMID:31452746PMCID:PMC6676670DOI:10.3892/ol.2019.10573摘要癌症是中国的主要死亡原因之一，并且由于其发病率和死亡率不断上升，对公众健康构成威胁。并发癌症定义为同一个体的一个或多个器官同时或连续发生≥2个原发性恶性肿瘤；然而，并发病例很少见，而且研究很少。本研究招募了一个呈现多例并发癌症病例的中国家庭，并对一个未受影响的个体和两个受影响的个体进行了

亦是旅人呐·2024-02-04 03:25

高通量测序介绍

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志

基因组分析·2024-02-03 23:19

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

2014突破性科学技术：超隐私智能手机

杂志每年5月份必出的精品专栏，每年杂志的编辑和作者都会为全球的读者提供当年最火热、最具突破和创新精神的科学技术，比如智能手表、记忆植入体、层叠制造工艺（3D打印）、超级电网、临时社交媒体、胎儿产前基因测序

雅然风懿·2024-02-03 16:52

200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引

hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的转录组流程-subread生信软件|bowtie2（测序序列与参考序列比对

dicklim·2024-02-03 15:13

NLP_统计语言模型的发展历程

其中，词向量表示的学习为语言模型提供了更高质量的输入信息（词向量表示）1948年，著名的N-Gram模型诞生，思路是基于前N-1个项目来预测序列中的第N个项目，所谓的“项目”，就是词或者短语。

you_are_my_sunshine*·2024-02-03 10:58

第31周-乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性

乳腺癌病人的转移瘤多点采样测序看异质性于2017年发表在NatureCommunications杂志，标题是：Phylogeneticanalysisofmetastaticprogressioninbreastcancerusingsomaticmutationsandcopynumberaberrations

小梦游仙境·2024-02-03 06:29

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。

宣Xuanan·2024-02-03 05:04

2023-04-10

NatRev|单细胞和空间多组学的方法和应用原创夏天图灵基因2023-04-1011:52发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：夏天IF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、文章主要介绍了单细胞和空间多组学技术

图灵基因·2024-02-03 02:37

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

第一位读者做的是非模式物种的单细胞。

TOP生物信息·2024-02-03 00:42

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是AnnotatedData。

Dream of Grass·2024-02-02 18:31

测序数据文件中MD5是个啥？不要无视我的存在！

测序公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件，对于不太了解MD5的老师，可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢？

组学大讲堂·2024-02-02 17:03

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)

该教程的总结随机测序生信技术的进步，研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest，该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。

lakeseafly·2024-02-02 16:51

FFPE 损伤简述

主要是，经过福尔马林处理之后，细胞中的DNA会发生破裂，损伤，交联，造成测序结果的假阳性较多。具体结论FFPE样本，随着保存时间的增加和缓冲溶液的PH降低，DNA的破碎情况会加剧；破

茄子_0937·2024-02-02 16:06

序列拼接和做完点突变后的序列比对

反向互补(ReverseComplement)-免费在线工具http://www.detaibio.com/sms2/rev_comp.html由于测序一次只测n个bp，不完整，所以需要把几次结果拼接起来才能看到完整的序列

很多个故事·2024-02-02 15:27

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

病原菌共感染研究思路

随着测序的发展，应用高通量转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入，今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用，希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考

爱基百客·2024-02-02 15:43

生物竞赛系列---细胞生物学Chap.15细胞分化与胚胎发育

管家基因一般在s期早期复制，奢侈基因在表达它的细胞中早期复制，不表达则晚期复制管家基因数量少，起始部位没有TATAbox，仅有CpG岛，内含子短单细胞甚至原核生物也有细胞分化(如芽殖酵母有3种细胞:二倍体

生竞圣剑·2024-02-02 07:49

10X空间转录组数据分析之方法小结

这篇文章前面了做了很多单细胞方面的内容，其中对于细胞类型的识别尤为细致，做有关研究的同学可以借鉴一下其中的ma

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

---大师大师，我想学单细胞转录组数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下？单细胞是生命科学的一个里程碑事件，而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

伟大的中国共产党

一个民族最深沉的追求，一定要在其薪火相传的民族精神中来进行基因测序。中华民族是热爱和平的民族，血液里没有侵略他人、称霸世界的基因。

白鸽123456·2024-02-01 19:15

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记

SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:22

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

OTU的定义与解读----了解笔记

在16S测序中，OTU通常使用97%的identitythreshold。