单细胞测序第6页

2021-12-25

Nature|单细胞分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1．本文使用单细胞谱和谱系追踪

图灵基因·2024-01-22 02:10

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

单细胞小提琴图

4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32

一只小脑斧·2024-01-21 17:37

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一

周小钊·2024-01-21 15:18

高通量测序数据质控神器Trimmomatic

简介高通量测序下机的原始数据中存在一些低质量数据、接头以及barcode序列等，为消除其对后续分析准确性产生的影响，在数据下机以后对原始数据进行质控处理就成了至关重要的环节。

kongxx·2024-01-21 15:56

04高通量测序-R实现主成分分析

R实现主成分分析如何使用prcomp()函数来做PCA如何使用基础图形和ggplot2绘制PCA图如何确定每个主成分占多少变动如何检查载荷得分（LoadingScores），以确定哪些变量对图表有最大的影响。构建数据集首先，让我们生成一个可以在演示中使用的假数据集。#我们将用10个样本制作一个数据矩阵，在每个样本中测量100个基因data.matrixstr(pca)Listof5$sdev:nu

不到7不改名·2024-01-21 12:35

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

本研究测序组装了香蕉B基

百迈客生物·2024-01-21 08:08

周报第十八周

周报第十八周学习时间入门第十八周：2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences

Twenrr·2024-01-20 22:48

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。

茄子_0937·2024-01-20 16:45

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。

生物医学小站·2024-01-20 07:54

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以

沐阳追月·2024-01-20 07:33

【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish

前言：nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。

卡布达b1·2024-01-20 02:44

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

scRNA-seq Course 学习

对scRNA-seq的介绍scRNA-seq是对单个细胞进行测序分析，便于研究单个细胞水平的问题，例如：鉴定细胞类型，鉴定细胞基因表达差异，细胞反应的差异，单个细胞内部的基因表达调控。

劳工小朋友·2024-01-20 01:29

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。

dulunar·2024-01-20 01:58

8+生信，肿瘤分型+实验验证，氨基酸代谢正火！

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，欢迎交流。研究背景：肝细胞癌(HCC)

生信小课堂·2024-01-19 21:25

学习小组Day7笔记--Monomania

2020年4月20日Day7：测序知识今天学习的主题是测序的相关知识，主要是测序技术的历史、高通量测序的分类以及一些相关的测序基础知识。学习资料有点多，感觉一时半会儿也不能全部理解，得多看看总结总结。

Just_Monomania·2024-01-19 18:46

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign

八段锦1134·2024-01-19 03:54

听书《基因革命》

听书《基因革命》，可以基因测序，进一步了解自己。

梦幻剑晖·2024-01-18 23:40

时间序列数据的季节性检测

时间序列分析是统计学和数据科学的一个基本研究领域，它为理解和预测序列数据中的模式提供了一个强大的框架。特别是时间序列数据，它捕获连续时间间隔内的信息，使分析师能够揭示趋势，季节性模式和其他时间依赖性。

python收藏家·2024-01-18 20:22

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（二）：数据加载

输入/输出Immunarch包提供了以下函数进行数据的读取和保存：repLoad-toloadtherepertoires,havingcompatibleformat.repSave-tosavechangesandtowritetherepertoiredatatoafileinaspecificformat(immunarch,VDJtools).其中，repLoad函数可以自动检测输入文件

Davey1220·2024-01-18 18:05

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10

Tiger Z·2024-01-18 12:30

工智能基础知识总结--隐马尔可夫模型

隐马尔可夫模型的定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔科夫链随机生成不可检测的状态随机序列（状态序列），再由各个状态生成一个观测而产生观测随机序列（观测序列）。

北航程序员小C·2024-01-18 12:54

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献

生信宝典·2024-01-18 07:04

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。

MyPrayer_·2024-01-18 06:26

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。

生信大碗·2024-01-18 00:53

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的

Wei_Sun·2024-01-17 18:45

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。

海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

小白使用GSEA的注意事项

经过不断的试错，我终于找到了目前看过最好的GSEA教程，在细节之处非常贴心，小心心送给你～传送门：ChevyXu的高通量测序数据处理学习记录（三）：Path

墨墨如·2024-01-17 15:26

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。

潇子雯·2024-01-17 15:08

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。

生信宝典·2024-01-17 09:34

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。

愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制

恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。

一只小脑斧·2024-01-16 20:43

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DNA甲基化变化如何介导衰老对肝再生的不利影响呢？2023年02月13日，美国德克萨斯农工健康科学中心Ro

易基因科技·2024-01-16 13:52

Cell｜易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面！

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。北京时间2023年11月9日，《Cell》期刊以封面文章的形式在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心，中国科学院广州生物医药与健康研究院等单位牵头，题为《Livebirthofchimericmonkeywithhighcontributionfromembryonicstemce

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面（cell/IF64.5）02、oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

易基因科技·2024-01-16 13:51

易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

测序技术进步允许大规模同时分析病毒感染的多个方面，为植物-病毒互作的分子机制产生新的见解。然而尚未对双生病毒感染期间宿主转录组、sRNA谱

易基因科技·2024-01-16 13:21

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

爱基百客作为一家专注于测序服务的公司，我们在这一年里经历了许多挑战，也取得了令人鼓舞的成绩。前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！

爱基百客·2024-01-16 12:40

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。

小贝学生信·2024-01-16 11:55

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

群体结构分析

对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR……当然，对于重测序应用的最多的还是

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

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