单细胞聚类

关于heatmap

相同实验分组的几个生物学重复应该聚类在一起。直观展示重点研究对象的表达量数据差异变化情况：一次实验中
果蝇饲养员的生信笔记·2024-01-18 15:48

无监督学习 - 均值聚类（K-Means Clustering）

什么是机器学习K-Means聚类是一种无监督学习算法，用于将数据集分成K个不同的组（簇），每个组内的数据点与组内其他点的相似度较高，而与其他组内的点相似度较低。
草明·2024-01-18 14:11

无监督学习 - 层次聚类（Hierarchical Clustering）

什么是机器学习层次聚类是一种无监督学习的聚类算法，它以树状结构（层次结构）的形式组织数据集中的样本。
草明·2024-01-18 14:11

文献阅读：单细胞 RNA 测序揭示分子定义的肌间神经元类别的多样化

文献介绍「文献题目」Diversificationofmolecularlydefinedmyentericneuronclassesrevealedbysingle-cellRNAsequencing「研究团队」UlrikaMarklund（KarolinskaInstitutet）「发表时间」2020-12-07「发表期刊」NatureNeuroscience「影响因子」25.0「DOI」10
Tiger Z·2024-01-18 12:30

基于Word2vec词聚类的关键词实现

一.基于Word2vec词聚类的关键词步骤基于Word2Vec的词聚类关键词提取包括以下步骤：1.准备文本数据：收集或准备文本数据，可以是单一文档或文档集合，涵盖关键词提取的领域。
Algorithm_Engineer_·2024-01-18 09:13

【机器学习实例讲解】机器学习-鸢尾花数据集多分类第02课

问题定义与理解：明确机器学习任务的目标，是分类、回归、聚类、强化学习还是其他类型的问题。确定业务背景和需求，了解所处理数据的现实意义。
德天老师·2024-01-18 08:45

第一篇新冠单细胞文献！|解读

我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读，基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析，而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞转录组分析，是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献
生信宝典·2024-01-18 07:04

伴你称王

单细胞的船长面对着大海许下了诺言，孩子气的笑脸在阳光的照射下显得那样灿烂。或许最初的原因已经忘记了，不过不要紧，因为现在有了新的理由，戴在头上的草帽并不只是虚无的存在，那是我与你诺言的见证，杰克。
MyPrayer_·2024-01-18 06:26

IT行业都有哪些职位，初学者该如何选择

1.产品2.UI3.CSS4.JS5.后端（Java/php/python）6.DBA(mysql/oracle)7.运维（OP）8.测试（QA）9.算法（分类/聚类/关系抽取/实体识别）10.搜索（Lucene
活字印刷·2024-01-18 06:09

机器学习——python训练RNN模型实战（傻瓜式教学，小学生都可以学会）代码开源

python训练决策树模型实战第三章python训练神经网络模型实战第四章python训练支持向量机模型实战第五章python训练贝叶斯分类器模型实战第六章python训练集成学习模型实战第七章python训练聚类模型实战第八章
苏苏不是叔·2024-01-18 01:01

机器学习——python训练CNN模型实战（傻瓜式教学，小学生都可以学会）代码开源

python训练决策树模型实战第三章python训练神经网络模型实战第四章python训练支持向量机模型实战第五章python训练贝叶斯分类器模型实战第六章python训练集成学习模型实战第七章python训练聚类模型实战第八章
苏苏不是叔·2024-01-18 01:00

一文带你读懂单细胞测序

本文首发于“生信大碗”公众号，转载请注明出处单细胞测序技术自2009年汤富酬老师发表单细胞文献后被广泛了解，2013年被NatureMethods评为年度技术，至此越来越多地被应用在科研领域。
生信大碗·2024-01-18 00:53

实用机器学习：线性回归的实际应用与解读

用于分类、回归、聚类等算法中，通过概率模型进行预测和决策。统
m0_61254808·2024-01-17 19:18

VCG 基于连通性网格面片聚类

文章目录一、简介二、实现代码三、实现效果参考资料一、简介这里的思路其实与点云的欧式聚类非常类似，区别在于点云的欧式聚类是通过搜索半径对点云进行聚类，至于基于连通性网格面片聚类则是通过面片的邻近关系对面片进行聚类
大鱼BIGFISH·2024-01-17 17:44

生命的进化与演进

地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。
海阔天空下的农民·2024-01-17 15:14

社区游戏｜元宇宙里的我

我是一只生活在6000米深海的单细胞多孔动物，俗称海绵，不是海绵宝宝哦，我也没有像派大星那样的伙伴陪伴在身边。在阳光照不到的深海，我孤独的活着，活了五亿年了。
潇子雯·2024-01-17 15:08

PolarNet: 一种改进的时实激光雷达点云语义分割网格表示方法

PolarNet介绍github工程代码：https://github.com/edwardzhou130/PolarSeg点云语义分割在自动驾驶领域的感知模块占据重要地位,从多年前基于传统的点云聚类和分割
AI松子666·2024-01-17 10:12

Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

我导再也不用担心我不认识marker啦我们在进行单细胞测序的时候，通常情况下是通过高变genes来辨别细胞类型（于是一大堆不认识的），除了免疫细胞可能容易分析出来，其他的细胞我是两眼一抹黑。
生信宝典·2024-01-17 09:34

深度学习常用代码总结(k-means, NMS)

目录一、k-means算法二、NMS一、k-means算法k-means是一种无监督聚类算法，常用的聚类算法还有DBSCAN。
BIT_Legend·2024-01-17 07:00

一只草履虫的故事

有这么一只草履虫，从来不愿意承认自己是单细胞的生物，总是刻意装出有别于它们族群的样子，渐渐的，也忘记了自己的本质。它把自己当成一只猫去生活，去成长。
愿有加一碗饭的幸福·2024-01-17 03:01

单细胞转录组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析

前言最近接触比较多肝纤维化项目，包括空转、单细胞和普通的BULK转录组，本文是肝脏疾病类器官构建，所以结果是比较确定的，只是对比不同处理和培养哪种效果更好，适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与，以及其机制
恩喜玛生物·2024-01-16 23:07

2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活

在这里，我们使用单细胞多组学分析，从107,201细胞中研究了细胞异质性、转录组调控和微环境因素的动态变化，这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本，这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。
一只小脑斧·2024-01-16 20:43

kmeans算法入门案例以聚类中心数的确定

目录kmeans案例分析kmeans具体流程案例讲解生成的数据代码结果聚类中心数的确定肘部法手肘法案例分析生成的数据代码结果kmeans案例分析kmeans具体流程第一步：指定聚类类数k（文章后面会讲解
晓宜·2024-01-16 18:32

【机器学习】机器学习上机作业聚类算法

一、实验内容自编代码实现C均值聚类和FCM聚类，在“IRIS数据集(鸢尾花数据集)”上进行实验，验证所编代码是否正确，并计算准确率。
yuzhangfeng·2024-01-16 12:16

锐意进取，蓬勃发展｜爱基百客2023全景图

前面我们盘点了表观产品和单细胞产品，今天再邀您回顾我们的2023全景图！
爱基百客·2024-01-16 12:40

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。
小贝学生信·2024-01-16 11:55

《如何制作类mnist的金融数据集》——0.背景

在上图所示的论文中，他们对市场5-h价格进行了聚类，以根据市场的下一个5-h时间框架找到每个时间t的代表性。然后，训练一个深度网络模型来
wo~he!·2024-01-16 10:55

机器学习学习笔记（吴恩达）（第三课第一周）（无监督算法，K-means、异常检测）

欢迎聚类算法：无监督学习：聚类、异常检测推荐算法：强化学习：聚类（Clustering）聚类算法：查看大量数据点并自动找到彼此相关或相似的数据点。
kgbkqLjm·2024-01-16 10:30

【白话机器学习的数学】读书笔记(1)简介机器学习

一、简介机器学习1.机器学习擅长的任务回归分类聚类2.聚类与分类的区别：数据带不带标签。
JunLal·2024-01-16 10:27

根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（
SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

无监督深度学习

SOM是一种无监督神经网络，它通过降低输入的维度来创建输入数据集的聚类。SOM在很多方面与传统的人工神经网
AI-智能·2024-01-16 10:13

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建
SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

MATLAB Deep learning

regularizationandvalidationregularization正则化validation验证机器学习的类型有监督学习分类Classification回归Regression无监督学习聚类强化学习
JNU freshman·2024-01-16 09:37

群体结构分析

进化树和PCA本质上都是计算样本序列间的差异程度，然后利用两两差异度聚类（进化树）或降维（PCA）
滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容
单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

K - 近邻算法

要区分一下聚类（如Kmeans等），KNN是监督学习分类，而Kmeans是无监
想做后端的前端·2024-01-16 03:58

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊
ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因

在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，可以说是构建同源群的神器。
学术程稻属·2024-01-15 20:05

4.贪心算法 含例题

文章目录贪心算法一、一个基本的贪心算法问题：区间调度问题二、区间调度的推广：多个资源下的贪心算法三、最小延迟调度——交换论证四、最优超高速缓存问题五、图最短路径问题六、最小生成树问题七、实现kruskal八、聚类
anditty·2024-01-15 19:49

基于特征选择和机器学习的酒店客户流失预测和画像分析

基于特征选择和机器学习的酒店客户流失预测和画像分析基于特征选择和机器学习的酒店客户流失预测和画像分析摘要1.业务理解2.数据理解和处理2.1特征理解2.2数据基本情况2.3特征相关性分析3.酒店客户流失预测模型构建和评估3.1支持向量机3.2K-means聚类用户画像构建
OverlordDuke·2024-01-15 19:18

科学彩虹堂——在自然世界探索对称的奥秘

知乎达人、中科院遗传学博士李雷曾在知乎上回答了这么一个问题，“为什么生物从单细胞进化到现在，所有动物几乎都是左右对称的？”
神奇小瘪斯·2024-01-15 18:22

pyscenic生成auc.loom文件却缺失regulon信息

pyscenic在通过loom文件读入单细胞数据运行，最后会生成所有的文件，包括最后一步AUCell的结果，但是实际提取时会发现regulon信息的缺失，Theattribute'Regulons'isnotavailableinthisloomfile.Theloomdoesn'tcontainreguloninformation
纷纷不可诉·2024-01-15 17:59

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。
晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来
单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

python Kmeans算法解析

而这一类算法，应用最为广泛的就是“聚类”。聚类算法可以对数据进行数据归约，即在尽可能保证数据完整的前提下，减少数据的量级，以便后续处理。也可以对聚类数据结果直接应用或分析。而Kmeans算法可以
大数据_zzzzMing·2024-01-15 15:35

毕业设计：基于python微博舆情分析系统+可视化+Django框架 K-means聚类算法（源码）✅

1、项目介绍技术栈：Python语言+Django框架+数据库+jieba分词+scikit_learn机器学习（K-means聚类算法）+
vx_biyesheji0001·2024-01-15 14:44

聚类算法之Kmeans聚类详解

聚类算法是无监督学习算法，它根据样本之间的相似性，将样本划分到不同的类别中；不同的相似度计算方法，会得到不同的聚类结果，常用的相似度计算方法有欧氏距离法。
进击的卡特琳娜·2024-01-15 09:50

机器学习 | 无监督聚类K-means和混合高斯模型

机器学习|无监督聚类K-means和混合高斯模型1.实验目的实现一个K-means算法和混合高斯模型，并用EM算法估计模型中的参数。
rookiexiong·2024-01-15 08:23

半监督学习 - 半监督聚类（Semi-Supervised Clustering）

什么是机器学习半监督聚类是一种集成了有标签数据和无标签数据的聚类方法，其目标是在聚类的过程中利用有标签数据的信息来提高聚类性能。在半监督聚类中，一部分数据集有已知的标签，而另一部分没有标签。
草明·2024-01-15 06:47

pytorch 通用训练代码讲解(very good)

文章目录1.模型训练参数设置2.保证模型可复现性3.设置device4初始化模型权重及加载预训练权重4.1初始化模型权重4.2加载预训练权重4.3在线下载预训练权重5k-means聚类anchors6多卡同步
@BangBang·2024-01-15 04:54
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