单细胞聚类第9页

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

Seurat 对象的构建和信息提取

本期来介绍一下单细胞分析的第一步，Seurat对象的构建和信息提取。

小汪Waud·2024-01-22 13:22

单细胞测序3 丨丨构建文库

上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增，主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程：GEMs形成、mRNA逆转录、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。

知之为知之不知否·2024-01-22 10:02

时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA：斑马鱼胚胎发育时空图谱

深圳华大生命科学研究院联合华中农业大学等团队，利用华大自主研发的Stereo-seq时空组学技术，结合多切片策略，在单细胞分辨率水平上，对斑马鱼受精后24h（hpf,hourpost-fertilization

尐尐呅·2024-01-22 03:46

癌症分子亚型的聚类

通过查看基于表达丰度进行癌症分子亚型聚类的文献中相关的部分，并进行学习，将相关方法应用于George的数据。

芒果芭乐·2024-01-22 03:27

2021-12-25

Nature|单细胞分辨率下恶性克隆适应性的非遗传决定因素原创骄阳似我图灵基因2021-12-2521:26收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1．本文使用单细胞谱和谱系追踪

图灵基因·2024-01-22 02:10

【R语言】WGCNA分析blockwiseModules函数报错

它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。

生信交流平台·2024-01-22 02:12

数学建模——经典美赛O奖论文65123研读

65123论文解读一、原题目概述二、论文处理三、论文写作三.数学模型方法部分Ⅰ.K-Means聚类分析Ⅱ.主成分分析PCA方法步骤：Ⅲ.模糊评价Ⅳ.熵权法一、原题目概述这是美赛2017E题优秀论文。

清上尘·2024-01-21 17:25

数学建模常见算法的通俗理解（2）

目录6K-Means（K-均值）聚类算法（无需分割数据即可分类）6.1粗浅理解6.2算法过程6.2.1选定质心6.2.2分配点6.2.3评价7KNN算法（K近邻算法）（K个最近的决定方案）7.1粗浅理解

菜只因C·2024-01-21 17:22

单细胞小提琴图

4BPY(OOQ%IXO29{`L}7K2%5.png#############差异小提琴图tumor%as.data.frame()head(rownames(df.data))Cs%as.data.frame()%>%t()%>%as.data.frame()Cs$id=0.05){pval.label="non.sig"}#自定义颜色blue<-"#619CD6"green<-"#89C32

一只小脑斧·2024-01-21 17:37

论文阅读“Cluster Analysis with Deep Embeddings and Contrastive Learning”

etal.ClusterAnalysiswithDeepEmbeddingsandContrastiveLearning[J].arXivpreprintarXiv:2109.12714,2021.摘要导读本文提出了一种新的端到端的聚类框架

掉了西红柿皮_Kee·2024-01-21 15:50

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一

周小钊·2024-01-21 15:18

基于DPRNN的信号分离任务（科研小记）

特别是在纯语音分离领域，深度聚类方法和置换不变训练方法为语音分离的起步夯实了基础。在传统的信号分离任务中，基于时频域的信号分离需要将信号进行短时傅里叶变换，将时域信号转换为时频域信号。

maplesea7·2024-01-21 13:29

MATLAB聚类工具箱

本文借鉴了数学建模清风老师的课件与思路，可以点击查看链接查看清风老师视频讲解：【1】MATLAB聚类工具箱：提前预览工具箱的核心功能_哔哩哔哩_bilibili关于工具箱的获取，在数学建模学习交流公众号里发送

Wolves_YY·2024-01-21 12:47

OpenCV-Python(48):K均值聚类

目标学习K值聚类的概念以及工作原理。K均值聚类的OpenCV实现背景下面用一个最常用的例子来给大家介绍K值聚类。话说有一个公司要生产一批新的T恤。很明显他们要生产不同大小的T恤来满足不同客客的要求。

图灵追慕者·2024-01-21 08:46

机器学习--K-means算法优化

主要的聚类算法可以划分为如下几类：划分方法、层次方法、基于密度的方法、基于网格的方法以及基于模型的方法。

YCzhao·2024-01-21 08:36

机器学习第二十六周周报 ARIMA & Clustering model

文章目录week26ARIMA&Clusteringmodel摘要Abstract一、龙格库塔方法二、文献阅读1.题目2.abstract3.网络架构3.1ARIMA模型3.2K-means聚类3.3评估标准

沽漓酒江·2024-01-21 06:48

机器学习之聚类-2D数据类别划分

方式一：站着或坐着方式二：全身或半身方式三：蓝眼球或不是蓝眼球没有对与错寻找数据的共同点优点：算法不受监督信息（偏见）的约束，可能考虑到新的信息不需要标签数据，极大程度扩大数据样本主要应用：聚类分析、关联规则

小旺不正经·2024-01-21 06:08

周报第十八周

周报第十八周学习时间入门第十八周：2023.9.4-2023.9.10本周进度1.阅读了一篇关于单细胞解卷积的论文《scMD-celltypedeconvolutionusingsingle-cellDNAmethylationreferences

Twenrr·2024-01-20 22:48

【大数据分析与挖掘技术】Mahout推荐算法

Francek Chen·2024-01-20 21:17

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

在空间转录组之前，我们可以利用单细胞数据进行推断CNA，用到的软件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我们这里就不详细叙说了，大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

NLP深入学习（三）：TF-IDF 详解以及文本分类/聚类用法

文章目录0.引言1.什么是TF-IDF2.TF-IDF作用3.Python使用3.1计算tf-idf的值3.2文本分类3.3文本聚类4.参考0.引言前情提要：《NLP深入学习（一）：jieba工具包介绍

Smaller、FL·2024-01-20 18:00

NLP深入学习（四）：贝叶斯算法详解及分类/拼写检查用法

.基于贝叶斯算法实现拼写检查器5.参考0.引言前情提要：《NLP深入学习（一）：jieba工具包介绍》《NLP深入学习（二）：nltk工具包介绍》《NLP深入学习（三）：TF-IDF详解以及文本分类/聚类用法

Smaller、FL·2024-01-20 18:00

NLP深入学习（五）：HMM 详解及字母识别/天气预测用法

2.1字母序列识别2.2天气预测3.参考0.引言前情提要：《NLP深入学习（一）：jieba工具包介绍》《NLP深入学习（二）：nltk工具包介绍》《NLP深入学习（三）：TF-IDF详解以及文本分类/聚类用法

Smaller、FL·2024-01-20 18:57

机器学习实验||分类机器学习建模分析

实验目的掌握机器学习建模分析掌握回归分析、分类分析、聚类分析、降维等了解各分类器之间的差异实验环境操作系统：作系统：Windows11应用软件：JupyterNotebook实验内容与结果（题目、源程序

小嘤嘤怪学·2024-01-20 16:23

机器学习||机器学习发展&人工智能 VS 机器学习 VS 深度学习一种新的编程范&机器学习机器学习分类&分类&回归&聚类$&降维&机器学习术语&机器学习的三个要素步骤假设空间\评价指标\优化目标寻解算

目录一、机器学习发展二、人工智能VS机器学习VS深度学习三、机器学习1.机器学习：一种新的编程范式2.机器学习任务四、机器学习分类1.分类2.回归3.聚类4.降维五、机器学习术语六、机器学习的三个要素（

小嘤嘤怪学·2024-01-20 15:21

主动轮廓——计算机视觉中的图像分割方法

图像分割是指通过对图像的像素值进行聚类来划分输入图像。它主要用于从图像中识别各种

无水先生·2024-01-20 11:54

机器学习Python7天入门计划--第一天-机器学习基础-讲人话

需要解决的问题：如分类、回归、聚类等。机器学习种类：监督学习、无监督学习、

M.D·2024-01-20 09:39

全球单细胞测序平台介绍

2009年，单细胞测序技术问世。2013年被NatureMethods评为年度技术。2015年以来，10XGenomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现。

生物医学小站·2024-01-20 07:54

Day 353 夜读

因为在根子上所有的生物最初都是源于单细胞。单细胞生物存在的问题，生命展开后出现的问题，最终都可以

沐阳追月·2024-01-20 07:33

【C++PCL】点云处理DBSCAN点云聚类分割

作者：迅卓科技简介：本人从事过多项点云项目，并且负责的项目均已得到好评！公众号：迅卓科技，一个可以让您可以学习点云的好地方本专栏特色：根据经验和大家分享每个参数的调试规范，解决大家因为参数的问题而产生的苦恼。目录1.原理介绍2.代码效果3.源码展示

迅卓科技·2024-01-20 04:05

聚类算法（KMeans）模型评估方法（SSE、SC）及案例

一、概述将相似的样本自动归到一个类别中，不同的相似度计算方法，会得到不同的聚类结果，常用欧式距离法；聚类算法的目的是在没有先验知识的情况下，自动发现数据集中的内在结构和模式。

小林打怪中·2024-01-20 02:21

单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

正好前段时间刚做过单细胞转录组分析，今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。

木舟笔记·2024-01-20 01:01

细胞基因完整矩阵转10xGenomics稀疏矩阵文件

经常分析单细胞数据的同学都知道，10xGenomics的细胞基因矩阵通常存储在三个关键文件中，这些文件共同描述了单细胞测序数据。

我是胡锦州·2024-01-20 01:27

数学建模学习笔记||绪论

目录比赛时间比赛结果公布时间题目分类奖项设置数学建模论文内容比赛流程建模过程数据处理插值拟合小波分析，聚类分析（高斯混合聚类，K-均值聚类）主成分分析，线性判别分析，保留局部投影等均值，方差分析，协方差分析等统计方法关联与分析灰色关联分析

展信佳：）·2024-01-20 00:41

8+生信，肿瘤分型+实验验证，氨基酸代谢正火！

另外还有基于单细胞的分型分析如果想做类似的分析，欢迎交流。研究背景：肝细胞癌(HCC)

生信小课堂·2024-01-19 21:25

2018年认证杯SPSSPRO杯数学建模A题(第二阶段)海豚与沙丁鱼全过程文档及程序

2018年认证杯SPSSPRO杯数学建模基于聚类分析的海豚捕食合作策略A题海豚与沙丁鱼原题再现：沙丁鱼以聚成大群的方式来对抗海豚的捕食。

数模竞赛Paid answer·2024-01-19 18:11

R语言--ELM极限学习机（elmNNRcpp包）

极限学习机(ExtremeLearningMachine)具有学习效率高和泛化能力强的优点，被广泛应用于分类、回归、聚类、特征学习等问题中。本文利用elmNNRcpp包实现极限学习机的回归和分类算法。

FTDdata·2024-01-19 14:13

An overview of recent multi-view clustering

由于传统的聚类算法无法处理此类数据，多视图聚类成为研究热点。在本文中，我们回顾了一些最新的多视图聚类算法，并将其合理地分为三类。为了评估它们的表现，我们在七个真实世界的数据集上进行了广泛的实验。

zelda2333·2024-01-19 12:55

OpenCV-Python(39):Meanshift和Camshift算法

目标学习了解Meanshift和Camshift算法在视频中找到并跟踪目标Meanshift原理Meanshift算法是一种基于密度的聚类算法，用于将数据点划分为不同的类别。

图灵追慕者·2024-01-19 06:12

yolo9000：Better, Faster, Stronger的目标检测网络

BatchNormalization(批量归一化)（2）HighResolutionClassifier---高分辨率分类器（3）AnchorBoxes---锚框（4）DimensionClusters---数据集标准框的长宽进行聚类

慕溪同学·2024-01-19 03:09

2021-04-14小白安装单细胞软件iTALK安不上，报错v8没有，一步步解决

背景介绍我们课题组是租用的公司的共享服务器，当然也就没有管理员权限（他们说的root权限，所以用conda建小环境，conda安软件很重要，后面会提到）。第一步安装报错，排除网络问题（下载不下来软件）我直接在R上安装iTALK，2种方式都尝试了：方法1,直接从github上去下载安装，代码是devtools::install_github("Coolgenome/iTALK",build_vign

八段锦1134·2024-01-19 03:54

机器学习笔记（十）聚类算法DBSCAN原理和实践

在前面的文章中，我们分别介绍了《K-means原理和实践》和《Birch和层次聚类》两种聚类算法，本文我们继续介绍另一种常用的聚类算法DBSCAN。

大白兔黑又黑·2024-01-19 01:04

【机器学习】DBSCAN算法

dd6ce77bfb8a1介绍DBSCAN(Density-BasedSpatialClusteringofApplicationwithNoise)算法是于1996年提出的一种简单的、有效的基于密度的聚类算法

zcongfly·2024-01-19 01:33

安装snownlp包过程出现Requirement already satisfied:及Read timed out.问题解决方法

遇到问题：最近在做一个情感分析聚类方面的项目，使用电脑中安装的pycharm，解释器为python3.10运行一个python文件时，出现了ModuleNotFoundError:Nomodulenamed'snownlp

爱吃修狗的菜包·2024-01-18 19:40

聚类模型评估指标之内部方法

聚类算法的理想结果是同一类别内的点相似度高，而不同类别之间的点相似度低。聚类属于无监督学习，数据没有标签，为了比较不同聚类模型的好坏，我们也需要一些定量的指标来进行评估。

生信修炼手册·2024-01-18 18:34

聚类模型评估指标之外部方法