单细胞聚类

讲解机器学习中的K-均值聚类算法及其优缺点

K-均值聚类算法是一种常用的无监督学习算法，主要用于将数据集划分为K个不重叠的簇。其基本思想是将数据点划分到簇中，使得同一簇内的数据点之间的相似度最大化，不同簇之间的相似度最小化。
东北霸主劳德利·2023-12-29 08:09

【CBY_231225】Kmeans聚类及LSTM时间序列预测

importrandomimportstringfromdatetimeimportdatetimedefgenerate_random_string(length=3):characters=string.ascii_uppercasereturn''.join(random.choice(characters)for_inrange(length))defgenerate_timestampe
civilpy·2023-12-29 07:04

无监督学习(上）

无监督算法有聚类，密度估计，常常用在做分类或者异常检测上。
歌者文明·2023-12-29 05:23

科研学习|论文解读——融合类目偏好和数据场聚类的协同过滤推荐算法研究

论文链接（中国知网）：融合类目偏好和数据场聚类的协同过滤推荐算法研究-中国知网(cnki.net)摘要：[目的/意义]基于近邻用户的协同过滤推荐作为推荐系统应用最广泛的算法之一，受数据稀疏和计算可扩展问题影响
博士僧小星·2023-12-29 04:07

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因·2023-12-28 23:50

深度解析TB用户购物行为：系统搭建与优化

深度解析TB用户购物行为：系统搭建与优化引言系统搭建数据集技术选型系统功能1.用户维度分析2.产品维度分析3.聚类结果分析创新点系统优化与展望优化展望结语引言在电商时代，了解用户购物行为并从中提取有价值的信息对于企业制定营销策略和优化用户体验至关重要
爱欲无极·2023-12-28 23:19

人工智能_机器学习077_Kmeans聚类算法_亚洲国家队自动划分类别_3维可视化实现---人工智能工作笔记0117

然后我们上一节使用聚类算法对,2006年世界杯,2010年世界杯,2007年亚洲杯,足球队进行了自动类别划分,然后这一节,我们使用代码对,聚类算法的划分结果,进行一下可视化plt.figure(figsize
脑瓜凉·2023-12-28 22:09

2022-03-05

NatComm|高级别卵巢癌单细胞肿瘤免疫微环境原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制研究人员已经揭示了卵巢癌中肿瘤细胞与免疫系统的相互作用。
图灵基因·2023-12-28 20:28

数据分析入门自学计划制定--20180520

2、深入浅出统计学：要了解常用数理统计模型(描述统计指标、聚类、决策树、贝叶斯分类、回归等)，重点放在学习模型的工作原理、输入内容和输出内容，至
先生买多花吧·2023-12-28 19:30

细胞发育-胰岛类器官_Cell

获取单细胞领域最新研究动态，可关注微信公众号2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（81篇速递文章汇总)。
安哥生个信·2023-12-28 16:44

机器学习层次聚类

1层次聚类层次聚类是一种基于树形结构的聚类方法，常用的是自底向上的结合策略（AGNES算法）。
黄粱梦醒·2023-12-28 16:07

Kmeans聚类算法简介

1.Kmeans聚类算法简介由于具有出色的速度和良好的可扩展性，Kmeans聚类算法算得上是最著名的聚类方法。
aikiliger·2023-12-28 15:06

〖书评〗 八一八《肠道的小心思》 ——我们都是管状的培养皿

要知道，很久很久以前，地球首先在水中有了单细胞生物，或藻类、或细菌，这个阶段持续了几十亿年才演化出略微复杂的多细胞生物。由各类细胞各司其职而组合成的生物，为维持存在就必须靠有规律的新陈代
拜伊良·2023-12-28 15:00

数据挖掘--聚类

1.什么是聚类？按照某个特定标准(如距离)把一个数据集分割成不同的类或簇，使得同一个簇内的数据对象的相似性尽可能大，同时不在同一个簇中的数据对象的差异性也尽可能地大。
全是头发的羊羊羊·2023-12-28 12:10

数据挖掘（作业3

任务一对以下数据集使用K均值聚类算法：1）观察实验结果是否符合预期；2）利用SSE标准确定K值；3）自行调参并观察对聚类结果的影响。注意：需要把类别信息去掉。
全是头发的羊羊羊·2023-12-28 11:59

Python遥感影像深度学习指南(4)-利用层次聚类方法实现高分辨率影像分类（水体识别）

聚类分析是一种非监督技方法，用于识别多维数据空间中的相似样本。在遥感数据中，它主要用于像素分类。
gis收藏家·2023-12-28 11:05

模式识别与机器学习-无监督学习-聚类

无监督学习-聚类监督学习&无监督学习K-meansK-means聚类的优点：K-means的局限性：解决方案：高斯混合模型（GaussianMixtureModels，GMM）多维高斯分布的概率密度函数
Kilig*·2023-12-28 11:29

第9章-用户分群方法-聚类评估指标

目录简单例子轮廓系数均方根标准差R-SquareARI聚类是一种无监督分类算法，通常给定的样本没有类别或标签，聚类结果的好坏难以使用有监督模型的评估方法衡量。
leboop-L·2023-12-28 11:29

敬畏万千规律

如果要简单，你为什么不做单细胞生物呢？单细胞生物多简单？人类可能是最复杂的生命之一，消化系统，呼吸系统，眼球，更别说是大脑了。人类怎么可能简单！那到底什么是简单？规律是简单的。
李宗员·2023-12-28 10:50

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

然而，现有的数据库还没有提供单细胞水平上各种人类和小鼠正常组织和疾病的全面GRN信息。基于已知的TF-靶点关系和从公共数据库收集的大规模单细胞RNAseq数据以及癌症
生信小鹏·2023-12-28 09:14

单细胞分析（二）——细胞注释（SingleR自动注释）

单细胞分析数据后，得到族群后，如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR进行简单的自动注释。安装需要的R包需要两个包SingleR和celldexif(!
生信小鹏·2023-12-28 09:43

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据摘要IntroductionGRN推理的方法论基础Correlation-basedapproaches（基于相关性的方法）Regressionmodels（回归模型
生信小鹏·2023-12-28 09:43

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC工作流程摘要WorkflowPre-processing(Steps1–4)Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration
生信小鹏·2023-12-28 09:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

单细胞分析（五）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection
生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏·2023-12-28 09:42

基于神经网络的浮游植物种类图像分类

然而，最近的研究表明，水中的细菌存在，特别是称为浮游植物的单细胞生物的存在，可以帮助我们了解海洋活动和生态系统。由于浮游生物位于水生食物链的底部，这些细菌的不同物种可能对水下系统产生深远影响，并且
woshicver·2023-12-28 09:04

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。
周运来就是我·2023-12-28 08:31

SCAU课堂 | 「比较基因组分析」专用 Docker 镜像

基因家族聚类和物种树获取物种分歧时间基因家族扩展与收缩分析WGD分析（基于Ks
生信石头·2023-12-28 01:32

Semi-Supervised Learning With Deep Embedded Clustering for Image Classification and Segmentation

文中我们结合基于深度卷积神经网络的有监督方法和基于概率分布和网络学习到的特征表达进行深层嵌入式聚类的方法来实现半监督学习。
你笑起来就像好天气·2023-12-27 21:15

【头歌实训】Spark MLlib ( Python 版 )

文章目录第1关：基本统计编程要求测试说明答案代码第2关：回归编程要求测试说明参考资料答案代码第3关：分类编程要求测试说明参考资料答案代码第4关：协同过滤编程要求测试说明参考资料答案代码第5关：聚类编程要求测试说明参考资料答案代码第
撕得失败的标签·2023-12-27 20:26

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。
生信编程日常·2023-12-27 17:31

机器学习(23) SVM 示例4:【Python】解决二分类(示例1、2、3)

sklearn)是机器学习中常用的第三方模块，对常用的机器学习方法进行了封装，包括回归(Regression)、降维(DimensionalityReduction)、分类(Classfication)、聚类
luyouqi11·2023-12-27 15:16

人工智能_机器学习078_聚类算法_概念介绍_聚类升维_降维_各类聚类算法_有监督机器学习_无监督机器学习---人工智能工作笔记0118

首先看一下什么是聚类,我们可以进入sklearn的官网去看看可以看到这里,首先classification这个分类我们学完了,然后就是regression回归我们也学完了对吧,其实我们现实生活中的,大部分问题就是这两种问题就可以解决了
脑瓜凉·2023-12-27 11:23

模型系列：聚类_五个聚类算法比较综述

文章目录介绍1.聚类算法的类型2.设置2.1数据集2.2导入库2.3导入数据2.4一些可视化展示2.5特征工程2.6异常值检测异常值检测模型选择2.7数据伸缩3.确定最佳聚类数3.1肘部法则3.2Silhouette
愤斗的橘子·2023-12-27 11:18

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。
maliming·2023-12-27 08:54

哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱题目：Thesingle-cellepigeneticregulatorylandscapeinmammalianperinataltestisdevelopment期刊：预印版bioRixv预印时间：2021-5-17物种：小鼠时间点：E18.5；P0.5，P2.5，P5.5样本数：4只小鼠技术：scATAC-se
科研菜鸟·2023-12-27 07:21

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

image文献汇总|2019的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约
生信宝典·2023-12-27 07:53

KMeans算法实现《逍遥游》的聚类分词，python

一、前言Summary：本文不会详细讲解python基础知识，主要重点描述KMeans的基本原理和python实现一个案例的全过程，附源码。KMeans算法介绍：https://www.cnblogs.com/zhahuhu/archive/2019/10/26/11745484.htmlConditions：1、熟悉python基础语法和数据结构。2、熟悉机器学习基本理论。3、熟悉KMeans算
吾系司机·2023-12-27 06:16

聚类 | KMeans理论与算法实现

01物以类聚经过半年的不懈努力，我们已经学习并实践了经典的分类算法和经典的回归算法，下面我们开始学习经典的聚类算法(兴奋~~~)目前打算对三种聚类算法进行学习和代码实操(俗称“造轮子”)：KMeansAprioriFP-Growth
Sudden·2023-12-27 05:04

图像识别SLIC、Haralick texture features（自备）

SLIC简单线性迭代聚类(SLIC),它采用k-means聚类方法来有效地生成超像素。
hx2024·2023-12-27 02:12

2021-03-01文献阅读

DefiningtheTeratomaasaModelforMulti-lineageHumanDevelopment数据：179,632cellsacross23teratomasfrom4celllines细胞类型：approximately20celltypesacrossall3germlayers观点：单细胞实验
Zane_bio·2023-12-27 00:05

10X单细胞空间联合分析揭示慢性Trypanosoma brucei感染期间小鼠大脑中的相互小胶质细胞-浆细胞crosstalk

周三了，又是新的一周的最黄金的时间，不知道为什么，29岁的自己如此的焦虑，可能自己是个loser吧，又到了我们单细胞空间联合分析的内容了，今天分享的文章在Integrativesinglecellandspatialtranscriptomicanalysisrevealreciprocalmicroglia-plasmacellcrosstalkinthemousebrainduringchro
单细胞空间交响乐·2023-12-26 20:13

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

图片.png首先第一步，识别inferface这个界面可以是大家空间聚类后的cluster_cluster界面，但最好的人工识别的组织界面，比如肿瘤组织的间质肿瘤的界面，界面两端临近的spot纳入后续的通讯分析
单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

Python手撕kmeans源码

参考了两篇文章K-Means及K-Means++算法Python源码实现-CSDN博客使用K-means算法进行聚类分析_kmeans聚类分析结果怎么看-CSDN博客#定义kmeans类fromcopyimportdeepcopyfromsklearn.datasetsimportmake_blobsimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltclassk
cuier520·2023-12-26 19:40

单细胞转录组数据挖掘推荐

数据挖掘推荐单细胞转录组测序（Single-cellRNASequencing）通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究动植物单个细胞的行为
周运来就是我·2023-12-26 14:25

C均值算法例子

有如下数据，试使用C-均值聚类将该数据集聚为2类。初始聚类中心为P1和P2，写出计算过程。
satadriver·2023-12-26 09:19

模糊C均值聚类将一堆数据聚成了若干类，这几类数据数据分布不一致吗？不同类和数据分布有必然的联系吗？

前言我的观点——不同类和数据分布没有必然的联系1.第一点2.第二点3.第三点总结前言模糊C均值聚类（FuzzyC-meansClustering）是一种基于模糊理论的聚类方法。
小桥流水---人工智能·2023-12-26 09:46

ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图

1.效果图2.预处理及绘图#输入数据>head(dat)Speciescidvariablevalue1setosa1Sepal.Length5.12setosa2Sepal.Length4.93setosa3Sepal.Length4.74setosa4Sepal.Length4.65setosa5Sepal.Length5.06setosa6Sepal.Length5.4#预处理及绘图row.
biomooc·2023-12-26 08:21

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

cellranger是10XGENOMICS单细胞上游分析的软件，主要有4个流程mkfastq、定量count、组合aggr、reanalyze。
Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

r语言赋值为na_如何将R数据中的NA值替换为0？

其他有用的潮汐替换方法的聚类地点：指数mutate_at(c(5
weixin_39980129·2023-12-26 06:52
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