单细胞转录因子分析第33页

文献阅读记录--单细胞分辨率下的玉米顺式调控图谱

Acis-regulatoryatlasinmaizeatsingle-cellresolution关键词：chromatin；single-cell；epigenomics；maize；generegulation；ATAC-seq；plantdevelopment；pseudotime；transcriptionfactor；cis-regulatoryelements原文链接：https:/

chengchengSY·2023-07-28 00:18

精准医疗是谁都要独一无二的治疗方法？共识分子分型了解一下！

随着基因组学、转录组学及高通量测序等技术的发展，从2012年起，基于不同基因表达谱分

唯问生物·2023-07-27 19:37

10X单细胞 & 10X空间转录组联合分析之细胞连续变化状态（scvi-tools）

hello，大家好，今天来分享一个新的分析内容，那就是单细胞空间联合分析过程种存在的问题，就是目前大多数单细胞空间联合分析的软件，在没有明确方法将细胞分层为离散类型或亚型的环境中应用更具挑战性。

单细胞空间交响乐·2023-07-27 14:12

PrediXcan

PrediXcanPrediXcan是一种基于全转录组关联分析的方法，用于预测基因表达谱和表型（如疾病）之间的关联性。

木得感情的程序员·2023-07-27 12:06

动物演化史

原核生物是单细胞动物，也是无脊椎动物，

R贾虹莹·2023-07-27 05:36

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se

果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

2022-04-06

huacishu图灵基因2022-04-0614:09收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=66.675推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者研究了TAM在各种癌症适应症中的多样性，以及随着单细胞技术的出现

图灵基因·2023-07-27 01:37

一个月的文献

1.YkäHelariutta教授该研究以拟南芥为模式植物，揭示了6个可在细胞之间移动的PEAR转录因子调控形成层发育的分子机制。

龙小树·2023-07-26 23:12

基因测序之常见测序类型整理

革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing，NGS)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能

生信包工头·2023-07-26 18:46

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

chSNP·2023-07-26 16:33

【数学建模】Topsis优劣解距离法

开心星人·2023-07-26 03:12

stereoscope：利用scRNA-seq和空间转录组数据对细胞类型和空间分布进行概率推断

空间转录组技术正在广泛应用，然而目前一些转录组的空间分析还达不到单细胞的分辨率水平。

尐尐呅·2023-07-26 03:57

单细胞分析识别控制B细胞发育和转化的动态基因表达网络

该研究利用单细胞测序技术精确地描述了B细胞发育的不同阶段，发现

晶典教你玩转科研·2023-07-26 02:19

有文化的老男人的爱情

肚里有些墨水又戴了眼镜斯斯文文的于是，被加强着重斯文败类人民的智慧和创造力让人民自己都汗颜四五十岁的老男人想二十几岁的姑娘正常楔子我想把题记给掐了直接进入主题到底是用第一人称还是第三人称或者我是小池塘里的一颗单细胞生物瞧着这人间奇情男人拿下眼镜匍匐在女人膝盖上叹息着

风影汗·2023-07-26 01:39

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片

rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

优雅的分析单细胞数据

https://satijalab.org/seurat/v4.0/weighted_nearest_neighbor_analysis.htmlWeightedNearestNeighborAnalysisCompiled:October12,2020Thisvignetteintroducestheweightednearestneighbor(WNN)workflowfortheanalys

xmu_zhang_lab·2023-07-25 16:08

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

imagehttps://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这

生信宝典·2023-07-25 15:57

2021-10-28

表观转录组学：再探RNA为了找到新的思路，科学家们有时会查阅几十年前发表的研究报告。这就是WendyGilbert最近在RNA修饰研究中所做的。

844ed84ba80d·2023-07-25 08:06

如何利用单细胞测序研究乳腺发育分化

本研究利用单细胞转录测序（SinglecellRNAsequencing,scRNA-seq）确定不同发育时期MECs基因表达情况，构建MECs细胞动态图谱，为成人乳腺发育过程提供认识和见解。

基迪奥生物·2023-07-24 22:01

(转录)

分享给朋友共赏。原来真没认真查找过更详细的解释，以为“不着四六”就是不着调、不靠谱的意思。今天才真正涨知识了！一年有四季，每季有六个节气。懂得这个四六，就懂得了生存之道。我们生活在大自然中，按照二十四个节气适时播种、收割，吃穿住行都源自大自然，因此要感恩大自然。“天”字四划，“地”字六划。懂得这个四六，知道我们生活在天地间，就要敬畏天地。“父”字四划，“母”字六划。懂得这个四六，就要感恩父母的养育

绿叶_d570·2023-07-24 14:57

0基础看懂转录组分析结果及后续数据应用

无论是生活中还是科研中都会遇到各种陌生事物和难题，比如这种：或者是这样的：此时你的心情可能是这样的：做科研的时候碰到了这种难题，又没有系统指导的话，很可能掉进坑里：或者反复的犯同一个错误：有过类似经历的同学，在第一次拿到转录组厚厚的三四十页结题报告和几百兆的结果文件的时候

组学大讲堂·2023-07-24 13:17

单细胞免疫组库测序：助力免疫治疗应答机制研究

本研究中，研究者通过单细胞转录组+TCR测序技术对接受抗PD1治疗的乳腺癌患者治疗前、中样品进行分析，探究治疗前后肿瘤内细胞表达特征的变化。

SBC生物芯片·2023-07-24 11:57

2022-03-29

03-2909:48收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过将带条形码的人类开放阅读框(ORF)进行过表达处理来识别T细胞功能的正调节因子；由此开发了单细胞基因组学方法

图灵基因·2023-07-24 08:24

免疫三千问—单细胞测序之肿瘤微环境

现在10xGenomics单细胞V(D)J测序技术在肿瘤免

贝瑞科服·2023-07-24 07:00

2021-11-23

NatComm|单细胞测序跟踪肺癌细胞谱系进展原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=14.919推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：对收集自LUAD四个组织学阶段的25名患者的268,471

图灵基因·2023-07-23 21:43

没有对未来的恐惧

对未知的恐惧没有对未来的恐惧我不同，我一直被称为是单细胞动物，从来都是随遇而安，除了生老病死就没觉得还有恐惧的事。可是这一状态就在刚进入2019年给打破了。

N1058周丽·2023-07-23 20:42

SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包

SingleR包可基于参考数据集，实现对单细胞数据细胞类型的自动注释。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注释细胞类型的BulkRNA-seq/microarray参考数据。

小贝学生信·2023-07-23 14:30

ArchR官网教程学习笔记11:鉴定Marker峰

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-07-23 13:42

【R语言】根据映射关系来替换数据框中的内容

例如将数据框中的转录本ID转换成基因名字。我们直接结合这个具体的例子来进行分享。

生信交流平台·2023-07-23 10:18

人类早期胚胎发育DNA甲基化图景

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰在基因转录表达、基因印记的维持、X染色体失活和转座子元件的表达等一系列生物学过程中扮演重要的角色。哺乳动物中最具有戏剧性

生信阿拉丁·2023-07-23 09:06

多组学高分文献15-乳腺癌的综合蛋白转录组学揭示了与亚型和生存相关的蛋白质-mRNA一致性

Integratedproteotranscriptomicsofbreastcancerrevealsgloballyincreasedprotein-mRNAconcordanceassociatedwithsubtypesandsurvival乳腺癌的综合蛋白转录组学揭示了与亚型和生存相关的蛋白质

纪伟讲测序·2023-07-23 07:48

【文献速览】-成年小鼠大脑的分子图谱

目的是利用空间转录组学基于对空间定义特征的无偏识别，对成年小鼠大脑进行内部系统分类。发现分子信息足以推断出复杂而详细的大脑神经解剖组织，无监督聚类揭示了新的特定区域和层的亚区域，与异皮层和海马

基因侦探·2023-07-23 01:57

Atlas Antibodies品牌产品——传承工匠基因助力科研硕果

HPA项目于2003年由瑞典研究人员发起，运用人类蛋白抗体和转录组学，对人体正常及癌变细胞组织样本进行免疫染色(IHC)，建立shi界上第一个以IHC染色结果为主的、可供开放访问的人类蛋白图谱数据库，以推动人类在新型诊断

博迈伦生物·2023-07-22 23:33

妈妈，我想你（转录歌词）

我第一次睁开眼睛，看见的是你我第一次哭泣，为我擦干的是你我第一次跌倒时，搀扶的是你我第一次喊妈妈呀，最开心的是你我第一次离开家，送我的是你我第一次有成绩，最激动的是你我第一次绝望时，呼唤的是你我第一次懂事时，夸奖的是你妈妈呀，妈妈呀，我想你没有你的夜里，我好孤寂我时常时常把您惦记妈妈累了，您就好好休息妈妈呀妈妈呀，我想你你走后的天空一直下着雨带上你心爱的油纸伞妈妈，你要照顾自己妈妈呀，妈妈呀，我想

兰姐_3f0c·2023-07-22 22:54

day46 转录组质控

学习资料：B站jimmy大神的视频一、质控命令用到的fastqc是北鲲云上自带的，multiqc是在conda的py3.7环境里自己装的。针对昨天转成fastq.gz的四个数据进行质控：建立rnaseq-qc.slurm文件。对比以前在学校服务器上编的sh文件，其实没有什么太多不同。只不过就是要调用自带软件需要输入moduleaddXXX罢了，别的都一样。#!/bin/bash#SBATCH--o

meraner·2023-07-22 19:13

第19周-单细胞转录组探索CRC病人的一致性

单细胞转录组探索CRC病人的一致性文章是：Referencecomponentanalysisofsingle-celltranscriptomeselucidatescellularheterogeneityinhumancolorectaltumors.NatGenet2017May

小梦游仙境·2023-07-22 15:01

JointVAE用于单细胞多模态插补和embedding

单细胞多模态数据能够测量细胞的各种特征，从而深入了解细胞和分子机制。然而，多模态数据的生成仍然昂贵且具有挑战性，同时缺失模态也经常发生。

tzc_fly·2023-07-22 14:39

写作到底有什么用

我买了他所有作品，甚至，把两本新华字典般厚的《文学回忆录》（该书为学生转录的上课笔记）当作枕边读物，每每拿起《文学回忆录》都满心欢喜，又不舍得读完。

孔巧玉·2023-07-22 13:29

宏转录组方法_Cell：基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

尽管最近在理解海洋微生物的物种和基因组组成方面取得了进展，但对其转录组在全球范围内的变化知之甚少。

weixin_39917811·2023-07-22 12:01

宏转录组方法_中山大学医学院施莽教授学术讲座：宏转录组方法在病原生物学领域的应用...

题目：宏转录组方法在病原生物学领域的应用主讲人：施莽中山大学医学院教授主持人：杨子峰教授时间：2019年7月8日(星期一)上午10:00地点：广州医科大学越秀校区16号楼五楼大会议室在线直播地址：讲座内容

weixin_39960145·2023-07-22 12:01

宏转录组方法_综述:分析微生物组的最佳做法

本文讨论了微生物组学研究的各个阶段，从设计实验到收集和储存样本，到最后序列数据的图形展示等，有助于研究人员考虑实验和分析中遇到的各种影响因素，指导我们更好地进行微生物组学研究。分析微生物组的最佳做法Bestpracticesforanalyzingmicrobiomes作者：RobKnight,AlisonVrbanac,etal.时间：2018.5期刊：NatureReviewsMicrobio

weixin_39535527·2023-07-22 12:00

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

宏转录组方法_土壤宏转录组RNA的提取方法评价

微生物被认为是地球最大的分解者。据估算，每克土壤中微生物的数量最高可达上百亿，物种可达数十万种[。这些数量巨大、种类繁多、功能多样的微生物推动了土壤的发生和发育，决定了地球演化的方向和进程，形成了人类赖以生存的土壤历史自然体。然而，栖息于土壤中难以计数的海量微生物中，绝大多数被认为难以培养、生理功能未知，最高可达99%之多，学术界甚至将其类比为物理学中的暗物质，提出了生物暗物质的理念[。因此，如何

咖啡猫的眼泪·2023-07-22 12:30

黑色素瘤免疫检查点治疗反应相关的 T 细胞状态

转录因子TCF7在CD8+

生信米·2023-07-22 12:54

10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）算法解读

hello，接上一篇文章10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graphconvolutionalnetwork），我们回来解读SpaGCN对空间聚类和找空间高边基因的算法。

单细胞空间交响乐·2023-07-22 05:45

单细胞CNV分析--CopyKAT

目前，最常用于单细胞CN

七哥就是我·2023-07-22 04:51

分析思考||单细胞转录组中实验步骤对分析有哪些影响

//实验原理先考古一下2017年10xGenomics单细胞转录组的技术文献：Massivelyparalleldigitaltranscriptionalprofifili

BBio·2023-07-22 02:00

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之Pando

今天的内容是分析单细胞或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scRNA和scATAC的数据进行联合分析，非常给力，我们来看看简介。

单细胞空间交响乐·2023-07-22 01:26

文献解读| 利用单细胞转录组测序技术绘制人类发育图谱

该研究利用单细胞转录组测序技术绘制了高质量的人类胚胎时期肠道等内胚层器官的转录组图谱，并筛选器官发育过程中重要的调控因子，为胚胎组织与类器官的结合分析提供了研究思路。接

百奥益康·2023-07-22 01:31

拿到FPKM文件后该怎么转录组下游分析

文献标题是:OncogeniclncRNAdownregulatescancercellantigenpresentationandintrinsictumorsuppression不过不需要看文章，大家只需要做差异分析即可，这个时候需要注意的是，作者提供的是RPKM值表达矩阵！6个样本，分成2组，是RPKM值表达矩阵，做差异分析，看GO通路，跟文章比较作业:(f)EnrichmentofGObi

Seurat_Satija·2023-07-21 20:57

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