基因组信息学

生物信息学和计算生物学中的扩散模型

生物信息学和计算生物学中的扩散模型摘译李升伟1张俊鹏2（1.特趣生物科技有限公司，广东深圳；2.大理大学工学院，云南大理）去噪扩散模型包含一种生成人工智能,可应用于计算机视觉、自然语言处理和生物信息学。
lisw05·2023-11-18 21:34

宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算

-3.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～注明来意，请实名学校+名字-2.两组样品，目的是通过宏基因组找到两组间的差异以及差异的成因-
深山夕照深秋雨OvO·2023-11-17 16:22

高校计算机课程期末考试试卷分析,大学计算机基础期末考试试卷分析与评价

《大学计算机基础》期末考试试卷分析与评价(云南师范大学信息学院，云南昆明650500)摘要：为评估我校2011级非计算机专业本科生期末考试试卷的质量，随机抽选出2011级非计算机专业本科生60人/份次的期末考试试卷进行统计分析
EDopamine·2023-11-17 13:12

【国科大——期末复习】生物信息学(陈润生)_期末考试答案（持续更新~）

有遗漏的题，大家在评论区告诉我，我去找细节：计算的题都是整数待更新~一、什么是生物信息学？你如何理解生物信息学的含义？
码农耕地人~go·2023-11-17 12:49

玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

来评估基因的变化情况，识别loss还是gain,流程示意如下对于CNV分析的结果，提出了SEG这种存储格式，内容示意如下第一列为样本ID,第二列到第四列为segmentation分析后划分好的拷贝数相同的基因组区域
生信修炼手册·2023-11-16 11:34

CNV数据分析专题

CNV全称为CopyNumberVariatiosn,即拷贝数异常，是广泛存在于基因组上的一种结构变异现象。
marraybug·2023-11-16 11:27

拷贝数变异(Copy number variation, CNV)分析简介

拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)分析简介拷贝数变异简介（CNV）CNV，即拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV),是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为
荞麦agan·2023-11-16 11:23

无向图的双连通分量算法详解 + 模板题 ：冗余路径 矿场搭建 Critical Network Lines

(16条消息)有向图强连通分量tarjan算法详解（适合新手）+模板题：《信息学奥赛一本通》,USACO,HAOI2006受欢迎的牛_wsh1931的博客-CSDN博客无向图的双连通分量：一：边双连通分量首先介绍一下桥的概念
啥也不会hh·2023-11-16 08:32

雷达基础系列文章之四：雷达专业国内期刊

目录1.国内核心期刊1.1电子学报（核心）1.2电子与信息学报（核心，EI）1.3信号处理（核心）1.4系统工程与电子技术（核心）1.5现代军事（核心）1.6电波科学学报（核心）1.7现代雷达（核心）1.8
kissgoodbye2012·2023-11-16 05:09

Radiology 谈人工智能在放射学领域的10个预测方向 [文献阅读]

人工智能(AI)和信息学正在改变放射学。十年前，没有哪个专家会预测到今天放射人工智能行业的蓬勃发展，100多家人工智能公司和近400种放射人工智能算法得到了美国食品和药物管理局(FDA)的批准。
Tina姐·2023-11-15 22:20

进博会再现上亿大单 EZZ携手HIC海橙嗨选签署2024年度合作备忘录

11月6日，在澳大利亚新南威尔士州政府代表的见证下，澳交所基因组龙头上市公司EZZ生命科学和中国跨境社交电商龙头HIC海橙嗨选签署2024合作备忘录，在未来的一年，EZZ与HIC将达成近亿人民币的合作意向
唐天下文化·2023-11-15 22:50

GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换vcf数据为二进制

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。
Odd_guy·2023-11-15 22:15

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析
Odd_guy·2023-11-15 22:44

WP光电信息学院2023年网络安全季度挑战赛-测试赛

签个到就跑WPMiscMISC-没爱了，下一个下载附件压缩包解压之后，获得一个流量包文件使用wireShark打开流量包，Ctrl+F搜索flag{即可获得flagflag{Good_b0y_W3ll_Done}MISC-送你一朵小花花下载附件压缩包解压之后，获得一个JPG图片文件用010打开查看，在文件尾部发现Unicode编码使用随便一个在线解Unicode编码的网站解密https://c.r
Fab1an·2023-11-15 21:06

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

10月客户文章盘点——累计IF 141.5

现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在国际期刊上发表了大量文章。
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:01

宏基因组分析项目再创新，汞元素循环

汞（Hg）是一种具有强烈神经毒性的元素，其单质以及多种化合物都有不同程度的毒性，会造成慢性中毒。汞是一种全球性污染物，大气中的汞可通过干湿沉降进入地表水和土壤，环境因素的变化可导致汞的转化。从无机汞转化而来的甲基汞（MeHg）可通过食物链进行生物积累，对人类健康构成威胁。微生物活动在汞生物地球化学循环中发挥关键作用，例如，merA基因编码的汞还原酶能够将Hg²﹢还原为HgO。已有研究表明[1]，即
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:54

基于谐波参数空间的卷积神经网络自动三维牙齿分割

论文连接：https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1524070320300151机构：a英国卡迪夫大学计算机科学与信息学院b中国科学院大学北京
Scabbards_·2023-11-15 05:58

2023.11.10 信息学日志

2023.11.10信息学日志1.CF1613ECrazyRobot题目描述题目概况思路点拨1.CF1613ECrazyRobot题目描述https://www.luogu.com.cn/problem
_Zhx_·2023-11-15 04:35

2017NOIP普及组初赛真题解析

这个链接可以刷题有助于复习：信息学奥赛-NOIP-少儿编程培训-有道小图灵第一题第二题第三题第四题第五题第六题第七题第八题第九题第十题第十一题第十二题第十三题第十四题第十五题第十六题第十七题第十八题第十九题第二十题填空
西瓜视频_粉尘闯世界·2023-11-15 02:29

Go C 画图 CSP-J CSP-S NOIP 信息学奥赛 2023.07.11 测试题（可以选做3-5题）

（课程7）难度：1登录36、899.从0开始（课程7）难度：1登录1031.练习5：蛇形矩阵3a(课程ZA)难度：1登录1032.练习6：蛇形矩阵4(课程ZA)难度：1登录2041：【例5.9】新矩阵信息学奥赛一
dllglvzhenfeng·2023-11-15 02:58

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-14 22:57

2023NOIP A层联测9 (ACCODER 410)

2023NOIPA层联测9(ACCODER410)2023年10月12日/比赛/信息学代码与题面A.长春花长春花有愉快的回忆的寓意。题面及代码见文首下载包。
DeepSeaSpray·2023-11-14 18:50

2023NOIPA层联测12(ACCODER413)

2023NOIPA层联测12(ACCODER413)2023年10月16日/信息学/算法[ABC267F]ExactlyKSteps题目见洛谷。
DeepSeaSpray·2023-11-14 18:50

2020.8.24丨生信工作站硬盘选择

SolidStateDisk或SolidStateDrive，简称SSD）基于闪存的固态硬盘基于DRAM类机械硬盘即是传统普通硬盘（HDD），固态硬盘与机械硬盘的区别固态硬盘的选购选购因素参考产品结语最近根据老板要求，新增基因组组装业务
穆易青·2023-11-14 10:00

江西农业大学计算机信息学院,江西农业大学计算机及信息工程学院.doc

江西农业大学计算机及信息工程学院PAGEPAGE1江西农业大学计算机与信息工程学院规章制度1.办公室主任(副主任)岗位职责…………………………………12.教研室主任岗位职责………………………………………………23．实验室主任(副主任)岗位职责……………………………………34.教师岗位职责………………………………………………………45．教学秘书岗位职责…………………………………………………56.学院
兔肉菌·2023-11-14 07:54

【学习笔记】山东大学生物信息学-02 序列比较

课程地址：山东大学生物信息学文章目录二、序列比较2.1认识序列2.2序列相似性2.3替换记分矩阵2.4序列两两比较：打点法2.5序列两两比较：序列比对法（定量）2.6一致性和相似度2.7在线双序列比对工具
taotaotao7777777·2023-11-14 01:43

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的
穆易青·2023-11-14 01:43

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除
穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除
穆易青·2023-11-14 01:12

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca
穆易青·2023-11-14 01:12

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第四节 隐马尔可夫模型）

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。
穆易青·2023-11-14 01:10

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

《生物信息学》阅读笔记 （三）：序列比对原理

这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性（similarity
wxw060709·2023-11-14 00:40

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导
穆易青·2023-11-14 00:36

QUST 青岛科技大学 信息学院 一些竞赛

零、介绍计算机专业2019级学生，推免至国防科技大学此篇blog介绍一下我参加过的竞赛按我参加的比赛的时间顺序来一、第十一届蓝桥杯-省赛（B类）（2020.10）1.蓝桥杯的比赛类型？答：个人赛，算法类型比赛。每道题以最后一次提交为准，赛前赛后均不知道具体得分。2.用多久时间准备？时间一个寒假足矣，保证高效。3.蓝桥杯如何准备？去“洛谷-题单”刷题/去PTA平台刷往年团体程序设计天梯赛题目4.蓝桥
学徒小昊·2023-11-13 19:30

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

信息学奥赛一本通（1133：输出亲朋字符串）

1133：输出亲朋字符串时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:19389通过数:13535【题目描述】编写程序，求给定字符串s的亲朋字符串s1。亲朋字符串s1定义如下：给定字符串s的第一个字符的ASCII值加第二个字符的ASCII值，得到第一个亲朋字符；给定字符串s的第二个字符的ASCII值加第三个字符的ASCII值，得到第二个亲朋字符；依此类推，直到给定字符串s的倒数第二个字符。
橙子教师·2023-11-12 13:32

信息学奥赛一本通 1133：输出亲朋字符串 | OpenJudge NOI 1.7 05:输出亲朋字符串

【题目链接】ybt1133：输出亲朋字符串OpenJudgeNOI1.705:输出亲朋字符串【题目考点】1.字符与ASCII码【解题思路】输入字符数组s1，结果储存在字符数组s2，将s1的相邻字符的值相加，得到数组s2对应位置的字符s1的第i和第i+1字符相加，得到s2的第i字符,即s2[i]=s1[i]+s1[i+1]。s1长度为len，当第i字符是最后一个字符，即i为len-1时，应该有s2[
君义_noip·2023-11-12 13:01

第5章 数的存储与组织 《信息学奥赛一本通 编程启蒙C++版》第66、67课

第66课图的存储方式[例66.1]图论入门信息学奥赛一本通-编程启蒙（C++版）在线评测系统[例66.2]朋友关系信息学奥赛一本通-编程启蒙（C++版）在线评测系统练66.1黑马篮球队信息学奥赛一本通-
dllglvzhenfeng·2023-11-12 13:30

第68课 认识字符数组 《信息学奥赛一本通 编程启蒙 C++版》

[例68.1]自动应答器信息学奥赛一本通-编程启蒙（C++版）在线评测系统[例68.2]简单密码信息学奥赛一本通-编程启蒙（C++版）在线评测系统[例68.3]忽略大小写的字符串比较信息学奥赛一本通-编程启蒙
dllglvzhenfeng·2023-11-12 13:00

3165：练27.2 布纳特难题《信息学奥赛一本通编程启蒙（C++版）》

3165：练27.2布纳特难题《信息学奥赛一本通编程启蒙（C++版）》3165：练27.2布纳特难题时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:2163通过数:1752【题目描述】德国“数学王子
阿斯顿叫才能·2023-11-12 12:21

3166练27.3 称心如意《信息学奥赛一本通编程启蒙（C++版）》

3166练27.3称心如意《信息学奥赛一本通编程启蒙（C++版）》【题目描述】每次测试后狐狸老师总会把成绩输入计算机，进行处理分析。
阿斯顿叫才能·2023-11-12 12:21
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