基因组信息学第20页

基因组信息学

【CIPS 2016】(11-12章)信息检索、信息推荐与过滤 (研究进展、现状&趋势)

CIPS2016笔记整理《中文信息处理发展报告（2016）》是中国中文信息学会召集专家对本领域学科方向和前沿技术的一次梳理，官方定位是深度科普，旨在向政府、企业、媒体等对中文信息处理感兴趣的人士简要介绍相关领域的基本概念和应用方向

striving长亮·2023-11-25 23:10

计算最长公共子序列算法

概述最长公共子序列问题是计算机科学与技术领域中一个重要的问题，广泛应用于字符串匹配、版本控制、生物信息学等领域。解决最长公共子序列问题的动态规划算法具有高效、可靠的特点，因此被广泛采用。

大宝贱·2023-11-25 15:34

Smart-seq total 2021

Single-cellquantificationofabroadRNAspectrumrevealsuniquenoncodingpatternsassociatedwithcelltypesandstates期刊：PNAS通讯作者：StephenR.Quake1.背景每个细胞转录了近85%的基因组

韧_7e6f·2023-11-25 15:36

量子计算基础（二）

量子计算基础（二）1.量子测量-测量公设的量子信息学描述对于一个由状态∣ψ⟩|\psi\rangle∣ψ⟩描述的量子系统，可以由一组测量算符{Mm}\{M_m\}{Mm}描述，这些算符作用在被测量系统的态空间上

上官永石·2023-11-25 13:27

基因组控制鸡模型中腹部脂肪沉积的多个因素

GenomicInsightsIntotheMultipleFactorsControllingAbdominalFatDepositioninaChickenModel摘要肉鸡过快的生长速度伴随着过多的腹部脂肪沉积，这些对肉质特性和饲料成本产生不利的影响，基因组学技术确定了与腹部脂肪沉积相关的多种遗传因素

奶盐味·2023-11-25 09:27

基因工程实验Ⅱ大肠杆菌质粒DNA的抽提及检测『Protocol』

一、实验原理：质粒的抽提与纯化实质上是将质粒DNA与细菌的基因组染色体DNA、RNA、蛋白质、细胞膜等细胞器及其他大分子物质分离的过程，因此质粒的抽提大致可分为：细菌的培养、收集与裂解；质粒DNA的分离与纯化

生菜小科狗·2023-11-25 00:37

万份水稻样本，挖掘罕见变异

2023年10月，基因组所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所和河南大学等单位在《NucleicAcidsResearch》（IF=14.9）上在线发表了题为“Aricevariationmapderive

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:28

【无标题】

泛基因组（pangenome）泛基因组是一个多基因组组合而成的综合性参考基因组，具备全面捕获各染色体位点上更广泛的可变性和多样性信息的能力。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

真菌基因组研究高分策略（一）：比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源

随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

单细胞测序技术(singlecellsequencing)，简单来说，就是在单个细胞水平上，对基因组、转录组及表观基因组进行测序分析的技术（图1）。图1.单细胞测序技术◆为什么做单细胞转录组测序？

爱基百客·2023-11-24 23:27

文献阅读 | GAM：基于ligation-free方法捕获基因组中增强子间的复杂互作 (Part III：SLICE model）

文章梳理：文献阅读|GAM：基于ligation-free方法捕获基因组中增强子间的复杂互作(PartI：文章梳理）原文链接：BeagrieRA,ScialdoneA,SchuelerM,etal.Complexmulti-enhancercontactscapturedbygenomearchitecturemapping.Nature

阿狸的窝·2023-11-24 22:15

【金猿案例展】某国家级研究所——组学大数据分析平台建设

生物信息学经过近30年的发展，从最初的基因组数据的收集和存储，到利用数学建模和人工智能思想，挖掘数据背后的生物学意义、对样本数据进行合理分类、建立合理的二级和三级数据库，

数据猿·2023-11-24 20:46

生物信息学之玩转Linux---学习笔记（一)---生信技能树

Linux系统是进行生物信息学分析的基石，许多生物信息学软件都是基于Linux系统开发的。所以学习Linux对于生物信息学分析尤为重要。

LiuYueRR·2023-11-24 20:58

图神经网络的数学原理总结

许多现实生活问题使GDL成为万能工具：在社交媒体、药物发现、芯片植入、预测、生物信息学等方面都显示出了很大的前景。

金戈鐡馬·2023-11-24 18:41

信息学奥赛一本通（C++版）第一部分 C++语言第二章顺序结构程序设计

第二章顺序结构程序设计第一节运算符和表达式T1006:A+B问题【题目描述】大部分的在线题库，都会将A+BA+BA+B问题作为第一题，以帮助新手熟悉平台的使用方法。 A+BA+BA+B问题的题目描述如下：给定两个整数AAA和BBB，输出A+BA+BA+B的值。保证A,BA,BA,B及结果均在整型范围内。现在请你解决这一问题。【输入】一行，包含两个整数A,BA,BA,B，中间用单个空格隔开

「已注销」·2023-11-24 17:11

信息学奥赛2024题：【例4.10】末两位数

时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:30155通过数:17447【题目描述】求n个1992与1992的乘积的末两位数是多少？【输入】输入n。【输出】如题述的末两位数。【输入样例】3【输出样例】88【提示】【数据范围】对于所有数据：nusingnamespacestd;intmain(){intn;cin>>n;intnum=1,a=1992;for(inti=0;i

青小俊·2023-11-24 16:20

信息学奥赛一本通（C++版）OJ：2023题【例4.8】数据统计

时间限制:1000ms内存限制:65536KB提交数:41259通过数:16741【题目描述】输入一些整数，求出它们的最小值、最大值和平均值（保留3位小数）。输入保证这些数都是不超过1000的整数。【输入】一行，若干个整数。【输出】一行，即，最小值、最大值和平均值（保留3位小数）。【输入样例】123【输出样例】132.000【提示】【数据范围】数据个数不超过100。这道题的难度并不高，笔者太久没有

青小俊·2023-11-24 16:49

【分子指纹】化学分子指纹的概念和应用

DrugDiscovToday｜化学分子指纹的概念和应用2022年9月13日，哈尔滨医科大学药物基因组信息学教研室陈秀杰教授、哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院解洪波副教授团队在期刊DrugDiscoveryToday

DJ.马·2023-11-24 12:45

23年（级）东南大学920考研经验专业课140，总分400+

今年专业920信号和数电综合140分，总分400+，努力一年如愿上岸东南大学信息学院，总结一下去年复习经验，希望对后来的同学有帮助。

一个通信老学姐·2023-11-24 09:32

专业课140+总分420+东南大学920专业综合考研，信息学院通信专业考研分享

专业课140+总分420+东南大学920专业综合考研，信息学院通信专业考研分享我是三月开始系统考研备战，寒假先看的高数全书，奈何在家效率极其低下，才草草看了前三四章。

一个通信老学姐·2023-11-24 09:19

53.《Bioinformatics Data Skills》之实战：统计落在外显子区域dbSNP数目

寻找区域间的overlap算得上是基因组最常见的操作，貌似简单的寻找overlap追究细节之后也会变得非常复杂，比如为了解决RNA-seq表达定量的问题就衍生出一系列专业的工具或者R包（例如RSEM，TopHat

DataScience·2023-11-24 08:34

案例025:基于微信小程序的移动学习平台的设计与实现

Maven3.5.4小程序框架：uniapp小程序开发软件：HBuilderX小程序运行软件：微信开发者目录前言系统展示管理员功能实现教师管理课程分类管理学生管理作业信息管理课程资源管理教师功能实现课程信息课程资源作业信息学生信息学生功能实现

Selina .a·2023-11-24 07:32

STRING||蛋白互作数据库在线分析基因互作网络（PPI）

它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因。

生信编程日常·2023-11-24 07:29

文献翻译--哺乳动物器官发育中的选择性剪切模式

摘要：选择性剪接(AS)在哺乳动物基因组中普遍存在，但跨物种比较主要局限于成体组织，大多数AS事件的功能仍不清楚。研究人员评估了六种哺乳动物和一只鸟类的七个器官产前和产后发育中的AS模式。

ECHO1216·2023-11-24 04:23

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）

“文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning摘要：病毒宏基因组数据增长快速，

乔伊nikkie·2023-11-24 02:57

基于 Dash Bio 的生物信息学数据可视化

DashBio是面向生物信息学，且与Dash兼容的组件，它可以将生物信息学领域中常见的数据整合到Dash应用程序，以实现响应式的生物信息学数据可视化。

Python中文社区·2023-11-24 01:51

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！

生物信息与育种·2023-11-23 22:43

2022-12-02

《基因组学与个性化医疗》基因的序列是固定的，但是他的改变却是多样的。有些疾病就是因为基因的改变而导致无法治愈。在我们的日常生活中。基因的检测异常重要。

九字班·2023-11-23 20:41

PheWAS(全表型组关联分析)----GWAS and PheWAS(一)

1.GWASGWAS，全基因组关联分析，是对不同个体的全基因组遗传变异进行研究，以了解任何变异(基因)是否与某一性状(表型)有关。

bcl_hx·2023-11-23 14:59

GATK4.0的更新

从去年开始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）进行人类基因组的SNVCalling工作。

栽生物坑里的信息汪·2023-11-23 13:07

基因组组装----k-mer

k-mer：在生物信息学中，k-mers是包含在生物序列中的长度为k的子序列。比如序列：GTAGAGCTGT,根据k值不同，可得到以下k-mer。

bcl_hx·2023-11-23 12:16

每日文献：2018-01-22

植物基因组的同线性和共线性原文题目：SyntenyandCollinearityinPlantGenomes先明确两个概念，虽然synteny和collineraity翻译之后都有线性，但是要注意两者的联系和区别

xuzhougeng·2023-11-23 08:26

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

Kraken2是一款快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。

土雕艺术家·2023-11-23 08:28

学习：StatQuest-RNA-seq

image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq原始文件是fastq文件:image.png过滤掉一些低质量的readsimage.png把参考基因组分成若干小的

小潤澤·2023-11-23 06:32

【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（2）

文献阅读”CHEER:HierarCHicaltaxonomicclassificationforviralmEtagEnomicdataviadeepleaRning接上文：【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析

乔伊nikkie·2023-11-23 01:56

第十三讲视野：基因组暗物质不是“垃圾DNA”

01暗物质是基因组里重要的缓冲区，它们用自身的暗流汹涌，保障了基因的安全。02艰难时刻，暗物质减缓蛋白质的合成，延缓能量的消耗。03人高等的原因在于基因的开关特殊，而非基因本身。

寒冬之城·2023-11-22 20:34

New Phytologist | 解析无细胞壁“裸藻”超级生命力的分子遗传机制

该研究发布了平藻纲首个染色体水平绿藻基因组，揭示了

尐尐呅·2023-11-22 19:43

2021-10-17周总结（复盘）

一、信息学oj-1331：【例1-2】后缀表达式的值(1)问题描述从键盘读入一个后缀表达式（字符串），只含有0-9组成的运算数及加（+）、减（—）、乘（*）、除（/）四种运算符。

追求卓越&·2023-11-22 16:31

2021-10-11每日刷题打卡

一、信息学oj-1331：后缀表达式的值1.1问题描述从键盘读入一个后缀表达式（字符串），只含有0-9组成的运算数及加（+）、减（—）、乘（*）、除（/）四种运算符。

追求卓越&·2023-11-22 16:01

10+生信文章鉴赏：如何将靶点与癌症的关系研究透彻

该研究利用生物信息学的方法，在零实验的情况下，通过对shelterin在各种癌症中的表达、突变以及与免疫通路的关系，系统性的研究了shelterin作为靶点以及作为癌症标志物的可能性。

概普生信·2023-11-22 15:46

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了在单细胞分辨率下的全基因组基因表达水平的高通量信息

掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

本周最新文献速递20211205

20211205一、精细解读文献一文献题目：Large-scaleintegrationoftheplasmaproteomewithgeneticsanddisease不想看英文题目：血浆蛋白质组、基因组

橙子牛奶糖·2023-11-22 03:09

综述机器学习方法从基因组到网络再到解码疾病的应用

综合利用实验技术产生的大量的人类基因组序列数据和相关的分子表型、基因组表达、表观基因组学等相关数据，理解变异的影响，阐明异常

GenomicAI·2023-11-22 03:08

经典工具 | 使用SIFT预测错义突变的有害性

SIFT就是这样一个应用于基因组学研究的经典工具。SIFT可预测多种生物体的基因组变异，主要是错义突变的影响与效应，最大的特点是物种丰富，是一个经典的、普适性的研究工具。

生信宝典·2023-11-22 03:03

从头测序+重测序 | 利用细菌二/三代测序组装全基因组草图，注释，并应用于遗传分析...

这个问题部分地解决了：仍存在的"Error"可能与原核特殊的密码子使用、基因组存在gap区、snpEff的进一步参数选择有关。那么我们完成了什么？