基因组第6页

基因组变异文件VCF格式详解

这期介绍一下基因组变异结果常见的文件格式VCF。

90066456ace6·2024-01-11 14:43

遗传算法总结（迭代版本2：附带MATLAB例题代码）

它是由一系列基因组成的，每个基因对应着解决方案的一个组成部分。基因（Gene）：基因是染色体中的一个元素，它对应着解决方案的一个特定部分。基因可以是二进制、整数或实数等不同的

CTGU-Yoghurt·2024-01-11 12:31

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

如何从干血斑中提取高质量的基因组DNA？

操作步骤1.请自行准备：无水乙醇、1.5ml离心管。2.取出洗涤液A和洗涤液B，按以下操作：a)洗涤液A：7mL加入3mL无水乙醇；14mL加入6mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：3mL加入7mL无水乙醇；6mL加入14mL无水乙醇，混匀。3.取1.5ml灭菌离心管1支，加入200μL裂解液和20μL消化液，振荡混匀，再加入3-6片直径6mm干血斑，300rpm振荡8-12分钟，至干血斑滤纸片变白

清风拂面vv·2024-01-10 22:26

生物信息学软件：两种风格

基因组浏览器：NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。生物信息学领域非常依赖于互联网来获取序列

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

HEK-293细胞培养特性及注意事项

早期报道中指出该细胞基因组中含有腺病毒5（Ad5）基因组的左侧端和右侧端的DNA，但是现在明确了只存在其左侧端的DNA。经过

cas9x细胞基因敲除·2024-01-10 10:25

Treehouse-一个10000+肿瘤sample的数据库

难道还是image.pngTreehouse儿童肿瘤研究是UCSC基因组学研究所的研究机构的一个研究目标，希望通过这些大规模的数据集来确定哪些药物可以更

医科研·2024-01-10 07:02

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。

CallumZhao·2024-01-10 05:50

基因组数据拼接软件：shovill简单的使用方法

shovill--R11_pair.fq.gz--R22_pair.fq.gz--outdirmydir--minlen200shovill：这是你要运行的软件。–R11_pair.fq.gz：指定包含第一对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（1_pair.fq.gz）。–R22_pair.fq.gz：指定包含第二对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（2_pair.fq.gz）

橄榄熊·2024-01-10 03:39

如何快速查找物种间对应的同源基因

1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种，共44233组同源基

JeremyL·2024-01-09 19:29

基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化

需要的原始文件是基因组注释gff3文件，我们想要的信息只有SBT家族基因长度，基因id，exon的长度，在基因上的起始和终止

逐鸿·2024-01-09 15:59

读《教学勇气》04

我说的自身认同是一种发展的联系，在这种联系中，自我生命中所有力量汇聚，这样形成神秘的自我：我的基因组成，赋予我生命的父母的性格，我成长的文化环境，支持过我的人，伤害过我的人；我对别人和对我自己做过的有益的或无益的事情

生活_遇见美好·2024-01-09 13:06

【泛基因组】进展学习（1）

随着越来越多的植物基因组的组装，人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性，这导致了泛基因组概念的产生。

jjjscuedu·2024-01-09 10:50

2022-04-16

Science|完整人类基因组中的片段重复及其变异原创风不止步图灵基因2022-04-1610:15收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：文章比较了人类（

图灵基因·2024-01-09 09:19

2022-12-06

重测序SNP分析------二代测序数据检测；SNPcalling；SNP过滤；遗传多样性分析；PCA分析；群体遗传结构分析；系统进化分析；QTL连锁不平衡分析；GWAS全基因组关联分析（关键基因挖掘）

王钦_ce33·2024-01-08 16:01

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2

javen_spring·2024-01-08 15:16

【文献分享】第一个水稻稻瘟病基因图谱绘制

写在前面这是第一篇系统讲述稻瘟病的文献，包括它的基因组、生活史、侵染变化以及对应植物的防卫反应，引用量高达到1030次，基本上发表和稻瘟病相关的文章都会引用这篇文献，就像做植物免疫的都会引用zig-zagmodel

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-08 06:44

SCI 文章中基因组的突变信号（maftools）

90066456ace6·2024-01-08 03:38

全基因组CNV分析3. 深入CNVkit分析管道

值得一提的是CNVkit设计的出发点是可以针对hybridization原理的NGS数据进行分析，把on-target和off-target区域分开来考虑。但是我们的目标是WGS数据，不存在什么off-target，所以分析主线就是一条直线(无视左上角的Targetregions和Anti-targetregions)。就和前文快速上手所介绍的流程一样，bam-cnn(Bincoverages)-

Jason数据分析生信教室·2024-01-07 23:31

跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT初步尝试

论文Mastergraph:anessentialintegratedassemblymodelfortheplantmitogenomebasedonagraph-basedframeworkhttps://academic.oup.com/bib/article-abstract/24/1/bbac522/6854450?redirectedFrom=fulltext&login=falseb

小明的数据分析笔记本·2024-01-07 22:52

利用基因组信息改善牲畜 -综述（2019）

这边综述从家畜物种（即牛、绵羊、山羊、猪、家禽和鲑鱼）的可用基因组资源的状况，以及如何使用这些资源来加速缺陷致病基因的发现和管理，以提高准确性并扩展GS的范围，确定基因组编辑策略的方向，并开发利用日益广泛可用的基因组信息的新应用

Hello育种·2024-01-07 20:56

【动植物研究动态】20220918文献解读

s/5NPyf7CQvvu0tRmjxye5LwInternationalJournalofMolecularSciences（IF=6.208）|中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异

iBioinformatics·2024-01-07 19:25

微生物基因组产品常见问题解答

“…………今天我们就大家提出的微生物基因组问题做十问十答，解决你的燃眉之急。Q1：GC-depth图是怎么做出来的？有什么意义？

ee00dc6faab7·2024-01-07 14:41

真核微生物基因组质量评估工具EukCC的安装和详细使用方法

介绍：GitHub-EBI-Metagenomics/EukCC:Tooltoestimategenomequalityofmicrobialeukaryotes安装：docker：dockerpullmicrobiomeinformatics/eukcc推荐conda环境：condainstall-cconda-forge-cbioconda"eukcc>=2"#mamba更快mambainst

小果运维·2024-01-07 12:18

Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM

参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/470457258、德布鲁因图和OLC组装基因组-简书(jianshu.com)、[算法学习1]基因组组装算法DeBruijnGraph-知乎

苦中作乐613·2024-01-07 12:48

一文详解宏基因组组装工具Megahit安装及应用

要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello，大家好，今天为大家带来关于宏基因组组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。

JaneMarple️·2024-01-07 12:47

linux+基因组字符替换,IDBA-UD组装基因组简单用法

之前组装基因组一直用另外一个软件：SPAdes，组装效果还不错，但是IDBA的大名早就听说过，所以趁着这次刚那个两个菌的数据，分别用这两个软件组装一下，对比一下效果，在SPAdes的网站上面看到过几个组装软件的对比图

changlei chen·2024-01-07 12:17

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

wangchuang2017·2024-01-07 12:15

宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估

Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file

狗蛋儿张·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

Vamb宏基因组分箱：安装与使用

mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:15

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

拿到宏基因组序列之后，首先要进行质控分析，这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后，拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装，组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。

小果运维·2024-01-07 12:14

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏基因组装软件安装与使用

metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的宏基因组组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 12:43

Guideseq分析流程

Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法，基本原理是CRISPR系统剪切基因组后，在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA，即tag，插入到基因组中，通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库

WuYankang·2024-01-07 10:44

利用aTRAM定向组装目标序列

在系统发育中，我们往往只需要目标基因来进行系统发育重建，一些数据量大的基因组组装起来非常耗时耗资源，可以使用定向组装的方法来组装我们需要基因。

惊鸿影·2024-01-07 07:19

2022-07-17

发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者开发了VASA-seq程序，这是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术，其在可扩展性、敏感性、基因组覆盖率检测方面具有明显的优势

图灵基因·2024-01-07 07:25

TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片

摘要两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣写在前面Emmm...今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到这个功能感兴趣或者用得上的人不多。

生信石头·2024-01-07 04:40

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法

EukRep从宏基因组数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装：$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep

小果运维·2024-01-06 09:31

宏基因组序列分析工具EukRep

文章：Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库：patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行

小果运维·2024-01-06 09:00

快速、准确地检测和分类病毒序列分析工具 ViralCC的介绍和详细使用方法, 附带应用脚本

介绍viralcc是一个基因组病毒分析工具，可以用于快速、准确地检测和分类病毒序列。

小果运维·2024-01-06 09:25

NGS基础概念

组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信

问菊22·2024-01-05 22:30

跟着PNAS学作图：R语言ggplot2绘制面积图

Sensitivealignmentofgenomeswithhighsequencediversity,extensivestructuralpolymorphism,andwhole-genomeduplication这个是做植物基因组比对的一个工具

小明的数据分析笔记本·2024-01-05 16:10

【动植物研究动态】20220522文献解读

Nature|瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解Themosaicoatgenomegivesinsightsintoauniquelyhealthycerealcrop栽培燕麦(AvenasativaL

生物信息与育种·2024-01-05 14:49

【比较基因组】共线性分析（JCVI）

比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。

jjjscuedu·2024-01-05 13:36

2022-07-08

CancerCell丨全基因组筛选发现T细胞耗竭调节因子（2）原创珍奇图灵基因2022-07-0809:56发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：在本研究中

图灵基因·2024-01-05 11:45

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