基因组第2页

肠道微生物研究的“法宝”

摘要人类微生物组由以细菌为主的微生物群的集体基因组组成，这些微生物生活在人体的各个部位，其中肠道包含更多的微生物群。由于缺乏用于分离非培养微生物的科学工具，肠道微生物组的最重要特性尚不清楚。

茗创科技·2024-02-19 13:33

R语言|绘制曼哈顿图

曼哈顿图（manhattanPlot）是一种散点图，因形似曼哈顿摩天大楼而命名，常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP。

维凡生物·2024-02-19 13:06

转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！

染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。

尐尐呅·2024-02-15 04:49

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，

郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

2022-12-01

Nature|空间基因组学描绘癌症克隆的结构、性质和进化（2）原创图灵基因图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术一种新的空间技术，碱基特异性原位测序（BaSISS

图灵基因·2024-02-14 08:35

内源性逆转录病毒一(基础知识)

逆转录病毒的复制需要将病毒RNA基因组逆转录成为DNA，然后将病毒DNA整合到宿主染色体中形成原病毒(provirus)。

吕强强学生信·2024-02-13 21:24

菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？

比较基因组学在微生物领域的应用基因组测序在细菌基因组中的应用基因组测序在真菌基因组中的应用宏基因组研究内容：1.研究环境样本中微生物的构成与丰度；2.研究环境样本中的功能基因信息及丰度；3.研究不同环境样本间细菌群落

f70420f979c3·2024-02-13 18:02

多组学分析揭示焦亡-免疫预后特征可能是肿瘤患者总体生存预测和治疗指导的有用工具

ExtendedApplicationofGenomicSelectiontoScreenMulti-OmicsDatafortheDevelopmentofNovelPyroptosis-ImmuneSignaturesandPredictingImmunotherapyofGlioma基因组选择的扩展应用

生信学霸·2024-02-13 04:01

新版EvidenceModeler基因组注释方法

EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果，同源注释结果，RNA-seq辅助注释结果，EST注释结果等等。1.下载并配置环境wgethttps://github.com/EVidenceModeler/EVidenceModeler/releases/download/EVidenceModeler-v2.1.0/EVidenceModeler-v2.1.0.ta

在学生信秃头中·2024-02-12 22:41

浅谈全基因组复制

作者：May审稿：童蒙编辑：amethyst01什么是全基因组复制多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（wholegenomeduplication,WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复

生信阿拉丁·2024-02-12 22:46

批量转换基因名

方法1和2依赖于基因组注释R包，如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的是常用物种人、小鼠、大鼠等都是有的，一般能满足需要。

BeeBee生信·2024-02-12 22:40

2021-10-10

CellRepMet|基因筛查的通用工具箱STAMPScreen原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术基因工程领域积累了一个巨大的工具箱：海量在线数据集、基因编辑工具和快速廉价的基因组测序

图灵基因·2024-02-12 20:33

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex

Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2019-09-01第九天：A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility

ASingle-CellAtlasofInVivoMammalianChromatinAccessibilityjournal：cellIF：36.21摘要：我们使用了一个组合标签实验，sci-ATACseq技术来构建来自13个成年小鼠组织的十万个细胞的全基因组范围的染色质可及性的模式

一只烟酒僧·2024-02-12 13:44

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。

小谷头·2024-02-11 21:58

bedtools获得基因组指定范围的序列

getfasta-glyph.pngbedtoolsgetfastaextractssequencesfromaFASTAfileforeachoftheintervalsdefinedinaBED/GFF/VCFfile.用法bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-fi基因组文件

M78_a·2024-02-11 19:27

著名人类学家胡家奇：限制科技发展就在当下人类不能再麻木下去了

而如今，日本又拟解禁“使用人类受精卵对基因组编辑技术进行研究一事”。据日媒报道，最早将于2019年4月获得解禁。就此事，著名人类学家胡家奇发表了重要看法。现在让我们来了解一下胡家奇先生的观点。

人类会·2024-02-11 09:22

2021-10-01

NatGen|从未吸烟者肺癌的基因组学和进化分类(二)原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文对232份从不吸烟者的肺癌(LCINS

图灵基因·2024-02-11 07:28

注释手工校正工具Apollo-数据导入篇

Apollo界面介绍Apollo的界面（下图）分为两个部分，分别是基因组编辑工作区(GenomicEditingWorkspace)和信息和管理面板(InformationandAdministrationPanel

xuzhougeng·2024-02-11 00:22

温故知新之CRISPR/Cas9原理

sgRNA与Cas9蛋白结合靶向到基因组特定位点，Cas9切割产生双链断裂(doublestrandbreaks,DSB)，经过细胞自主性的非同源末端连接(non-homologousendjoining

Seurat_·2024-02-10 22:19

基因组组装----SOAPdenovo2

1.基因组组装的流程基因组组装的大概流程如下：(1)测序得到rawreads序列。(2)Reads质量评估。(3)原始reads质控。(4)选择合适的参数进行组装。

bcl_hx·2024-02-10 22:11

用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性

生信技工·2024-02-10 22:02

猫主子每天都要睡十几个小时，你知道原因吗？

1、本能每种动物都有自己的作息规律，这来自身体构造、基因组成决定，例如牛、马之类的睡眠时间大约3小时；狼13小时；狮子就10~15小时，而猫咪就更长了，在

萌老大是也·2024-02-10 12:45

东南大学-生物信息学

www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/bioinfomatics/Web/Index.html目录image第1章生物信息学引论第2章生物信息学的生物学基础第3章序列比较第4章生物分子数据库第5章基因组信息分析第

wangchuang2017·2024-02-10 01:12

三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区

尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。

xuzhougeng·2024-02-09 23:06

ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用

开发ggtreeExtra的初衷因为我之前工作的时候主要是做微生物组学数据的分析工作，工作中往往需要对这些数据进行可视化以方便数据展示与解析，简单的可视化还好，有ggplot2就行了。然而，微生物组学数据分析中往往需要将相关的外部数据信息与进化树或者是物种层级树联系起来才能更好展示并解析相关结果，而对于这样的操作来说，目前的很多工具基本都难以使用，除了ggtree。因为该软件包继承了ggplot2

斗战胜佛oh·2024-02-09 12:52

三维基因组｜分子生物学简介 (1)

冷冻工厂·2024-02-09 09:10

生物——文献笔记

海洋动物群体遗传学的研究进展1.影响群体基因频率的因素2.根据自然群体的繁殖体系，海洋动物群体遗传类型可分为以下几类3.海洋动物群体遗传研究中常用的遗传标记4.研究展望重要经济海藻坛紫菜遗传多样性分布格局与环境适应性研究藻类基因组研究进展

星石传说·2024-02-09 07:26

动物育种中的递归模型（Recursive models）：解释、限制和扩展

如最近的文章：使用贝叶斯学习和基因组结构方程模型推断家禽肠道微生物群多样性和饲料效率特征的因果结构,结构方程模型可解开微生物群与复杂性状之间的生物学关系：以奶牛的甲烷生产为例本研究基于其最近的综述来进行讲解

Hello育种·2024-02-09 01:46

2022-10-25

SciAdv|全基因组CRISPR筛查发现小细胞肺癌新靶点图灵基因2022-10-2516:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制肺癌是全世界癌症死亡的主要原因之一。

图灵基因·2024-02-08 19:43

【动植物研究动态】20220529文献解读

李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述Theintegratedgenomicsofcropdomesticationandbreeding该论文系统梳理了近十年作物遗传学领域的重要研究进展，包括对作物遗传信息的读取（作物参考基因组和群体基因组的构建

生物信息与育种·2024-02-08 16:31

2018-04-18宏基因组实战qiime2-201802（四）用dada2 过滤和建树

因为我是双端数据，所以这一步我主要是参考了这个实战：https://docs.qiime2.org/2018.2/tutorials/atacama-soils/我前一步已经拿到了我切过引物的数据，要先看一下这个质量分布切之后这里我先上代码qiimedada2denoise-paired\--p-n-threads0\--i-demultiplexed-seqstrimmed-seqs.qza\-

小郑的学习笔记·2024-02-08 15:10

看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容

老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes：探针捕获rna-seq：不会出现外显子两边下降chip-seq：不会出现整齐，得到的文件是

小梦游仙境·2024-02-08 12:56

PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤

现在出现了更好的算法，能用多个样本估计一个群体的历史群体大小：MSMC详情可见此链接@PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程首先是软件下载，需要用到PSMC和samtoolPSMC下载地址1、文件转换基因组文件格式为

iBioinformatics·2024-02-08 07:38

Nextstrain的安装教程

Nextstrain是一款利用病原体基因组数据，分析其分子进化和传播路线的平台，由TrevorBedford教授的团队研发；它基于Python、Java和Shell等多种语言编写，可以在macOS、Windows

Ningbo_JiaYT·2024-02-08 07:08

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通

ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

【动植物研究动态】20220508文献解读

PlantCom|浙大张国平&湖南农大吴德志：解析盐生植物海大麦基因组及其耐盐机制Thegenomeandgeneeditingsystemofseabarleygrassprovideanovelplatformforcerealdomesticationandstresstolerancestudies

生物信息与育种·2024-02-07 20:36

DNA replication stress --DNA 复制压力

DNA复制压力是指某些细胞的DNA在复制过程中，他们的基因组受到各种压力，导致复制叉停滞的现象。

寒山梦绮·2024-02-07 18:58

《万物简史》书评

基因和基因组让我们相似又独特。我们的基因存在于细胞核内部的46条染色

iOSDevLog·2024-02-07 13:11

用k-mer分析进行基因组调查(genome survey)：（三）用KMC进行k-mer频数统计

生信技工·2024-02-07 13:33

表观遗传研究常用数据库

基本数据库1.UCSC数据库网站：http://genome.ucsc.edu/index.html简介：UCSC数据库给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式；支持数据库检索和序列相似性搜索。

笺牒九州的怪咖·2024-02-07 11:40

学习：StatQuest-RNA-seq技术重复

概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复，我们的RNA-seq的data产生差异是正常的，关于差异来自于几个方面：生物学多样性，个体间差异，即便是同一物种（基因组相同），其转录本也未必都相同image.png

小潤澤·2024-02-07 09:11

2021-12-10

尽管这些差异部分归因于核基因组的遗传和表观遗传修饰，但

图灵基因·2024-02-07 08:30

子宫肌瘤研究的新方向！meta分析揭示平滑肌瘤发展的两种遗传途径！

研究人员对来自冰岛或英国Biobank的16595例医院平滑肌瘤病例和523330例未受影响的对照基因分型阵列数据进行分析，追踪到21个与子宫肌瘤相关的变异体，这些变异位于基因组中的16个位点，当他们进一步挖掘这些位点

南博屹生物医学·2024-02-06 20:08

体重管理，2个重要检测、4个基本指标需要get！

2、肠道菌群基因检测肠道菌群作为人体的“第二基因组”，其失调会影响营养的吸收和代谢，并引发持续性的慢性炎症，与肥胖的发生密切相关。通

程陌and颜易·2024-02-06 15:48

捏脸时代

1990年，国际人类基因组计划启动。2000年，人类基因组工作草图公布。2018年，人体基因改造技术临床实验隐秘开展。2026年，荷兰率先通过决议使人体基因改造技术合法化。

傅立叶柏拉图·2024-02-06 15:20

Redis面试题41

它可以分析医学影像、病历数据和基因组数据，识别疾病特征和风险因素，并提供准确的诊断和预测结果。医疗影像分析：人工智能可以利用深度学习网络，自动分析和解读医学影像，如CT扫描、X射线和病理切

CrazyMax_zh·2024-02-06 13:16

GenVisR包：突变类型不在waterfall函数指定范围？

GenVisR包是一个用于基因组可视化的包。为我们提供了多种用于展示基因组突变、基因突变等图像，包括我们熟知的基因突变瀑布图等。今天介绍该包中的waterfall函数功能。

jlyq617·2024-02-06 12:09

NC发布迄今最大规模猪肠道微生物基因集！

因此，迫切需要完整的微生物基因集和参考基因组序列信息来研究肠道微生物组与猪重要经济性状和疾病的因果关系。近日，江西农业大学科研团队在国际顶级学术期刊NatureCommunications发表大规模

尐尐呅·2024-02-06 09:45

基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析

遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型（Phenotype）：具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征（形态、结构、生理、生化、行为等）或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全基因组关联分析

懒猪曼达·2024-02-06 08:30

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