基因组第8页

【阅读记录】20190723-Gibson assembly

GibsonAssembly这个方法是在一个反应体系里面，一步合成多个片段的基因组装技术。

琐云·2023-12-31 15:33

Rosalind 025 Introduction to Random Strings

背景知识：我们知道基因组不仅仅是A、T、C和G的随机集合，而且整个基因组中存在大量不同的基序，其中一些基序在许多不同物种中是相似的。

Kyookk·2023-12-31 10:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

良好结果的前提）4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布——————————————————————————————————1.实验设计和研究目的定制策略1.1一切始于实验设计在某些方面实验设计需要谨慎：宏基因组研究中使用方法特点不同

JarySun·2023-12-31 05:19

R-loop及两种测序技术的介绍

R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点

许我少年·2023-12-31 02:15

2019-10-14-周末班-表观调控（续）

昨天上完课没有整理完，今天继续9.之前用的参考基因组不是文章中所用的需要进一步优化进行基因组的坐标转换，这一步真的有点难，转换的方式比较多可以参考生信菜鸟团的博文https://cloud.tencent.com

程凉皮儿·2023-12-30 21:45

点成分享丨冷冻保存技术对生物样本库的重要性

生物样本库有组织库、器官库、细胞株（系）库以及各种人种和疾病的基因组库等多种类型，库中储存的生物样本可以用于了解疾病的遗传基础、药物开发和生物标志物发现等研究。

点成生物科技·2023-12-30 19:17

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂

公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术，研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线，简化并大大加快了核酸纯化过程，为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及基因组

Neobioscience·2023-12-30 08:31

微生物群落多样性测序与功能分析

对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16srDNA，18srDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离

Seurat_Satija·2023-12-30 05:53

基因组与群体进化，解析物种进化历程-01

技术介绍动植物特定群体的个体基因组之间往往会存在大量变异，如单核甘酸变异(SNP)、插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)等。

百迈客生物·2023-12-30 04:06

Python 脚本之统计基因组文件中染色体长度及N碱基数目

模块介绍re模块re模块是Python中的正则表达式调用模块，在python中，通过将正则表达式内嵌集成re模块，程序员们可以直接调用来实现正则匹配。正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。正则表达式的大致匹配过程是：依次拿出表达式和文本中的字符比较，如果每一个字符都能匹

中午打个盹·2023-12-30 04:48

[文献分享]稻瘟病中的几丁质酶参与水稻免疫

paperAMagnaportheChitinaseInteractswithaRiceJacalin-RelatedLectintoPromoteHostColonizationAbstract水稻稻瘟病的基因组编码

巩翔宇Ibrahimovic·2023-12-30 02:30

最少6小时，你达标了吗？

来自：网络该项研究由西班牙马德里国家心血管研究中心的首席研究员、波士顿塔夫茨大学吉恩梅耶乌斯达人类衰老营养研究中心的营养和基因组学主任JoseOrdovas领导的团队完成。

zhaiyz·2023-12-30 02:07

2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测（上）

macs2callpeak-tK1_ChIPed_S1_L007_R1.bam-cK1_Input_S5_L007_R1.bam-fBAM-gmm-nK1-B-q0.01-t-c实验组和对照组结果-f输入文件格式-g参考基因组有效大小

穆易青·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4

fengzhibifang·2023-12-29 19:13

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测

sunyu_03·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4

wx1871428·2023-12-29 19:43

数据原理——1、ChIP-seq

文章目录1、背景介绍2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）3、测序原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰（1）测序片段匹配到参考基因组（2）检测峰（2）提高峰质量5、影响ChIPseq

很酷的女超人·2023-12-29 19:12

CHIP-Seq数据分析流程

美丽的lemon·2023-12-29 19:41

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全

易基因科技·2023-12-29 19:40

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式，用于描述基因组上的特征和区域

生信小博士·2023-12-29 19:10

【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？

1.常用HiC挂载软件ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。

生物信息与育种·2023-12-29 08:42

第二章癌症的本质

在多细胞生物中，绝大多数的细胞内都含有完整的生物体基因组，其所包含的信息量大大超过了任何一个细胞本身的存活所需。

白鸽坐飞机·2023-12-29 05:05

【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

基因组测序、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究，但这些技术大多需要组织分离，导致组织形态和空间信息的丢失。

六博说·2023-12-28 14:50

物质与意识的连接二

但人类基因组研究发现，颠覆了这一概念。科学上普遍认

时光波·2023-12-28 14:45

人工智能的积极意义

通过分析大量的医学图像、病例数据和基因组数据，人工智能

人工智能卡贝·2023-12-28 11:47

文献阅读1

我们认为，TEs的固有遗传特性及其与宿主的相互冲突的关系促进了其在不同基因组中调节功能的补充。我

黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

NCBI线下blastn-short比对

ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-12-28 03:33

NGS010 测序数据质控

Depth：测序深度Mappingratio：比对率，有两种计算方式，及reads/baseGCbias：GC含量分布，正常人基因组GC含量约为40%-60%Insertsize：插入片段大小

caoqiansheng·2023-12-28 02:24

SCAU课堂 | 「比较基因组分析」专用 Docker 镜像

具体覆盖了比较基因组分析的大部分内容。基因家族聚类和物种树获取物种分歧时间基因家族扩展与收缩分析WGD分析（基于Ks

生信石头·2023-12-28 01:32

高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组3

博客原文宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。

lantary·2023-12-27 23:49

转基因泛滥会使人体内出现有害基因吗？（崔永元真的是对的吗？）

@：凉天佳月文章表示，一家英国科学期刊“雪莱遗传学通讯”发表的论文称“在对中国平民阶层进行基因组学研究时发现了在转基因作物中用来促进生长的

凉天佳月·2023-12-27 20:00

HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型

本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！HaploMerger2的分析流程如下重建单倍体组装中的等位基因关系检测并纠正二倍体组装中的错连(mis-join)重建2个单倍型组装进一步对单倍型组装进行桥接检测并移除串联错配补洞图片流程:HaploMerger2的流程图对于如何使用HaploMerger2

xuzhougeng·2023-12-27 17:46

听达尔文有感

进化论是一个一直在发展的科学理论，从达尔文、华莱士、赫胥黎、赖尔、约瑟夫•胡克那个时代开始，后来又经历了动物学、植物学的研究，细胞的研究，遗传现象的发现，DNA分子生物学的发现，基因组、微生物组的研究，

沧海止水·2023-12-27 10:50

2021-12-28

Science|泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe，由加州大学（UC）SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法

图灵基因·2023-12-27 04:32

ChIP实验原理精讲

真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的

斗战胜佛oh·2023-12-26 13:03

Pilon | 基因组纠错

本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。

生信百宝箱·2023-12-26 09:11

最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读

HiC-Pro是2015年发表的一款处理Hi-C数据用来辅助组装基因组的

吕强强学生信·2023-12-26 08:16

甲基化倍性问题新思路

在传统的甲基化分析中，我们往往利用的是单倍型参考基因组来检测甲基化位点，这样的话对于特殊的等位基因区段是无法区分在同源染色体中具体是哪一条染色体的哪一个位点发生甲基化了。倍性问题今天分享的文献是今年才

小潤澤·2023-12-25 21:28

基因组与群体进化，解析物种进化历程-03

案例四研究背景异源四倍体芥菜（AABB）属于十字花科芸薑属，是重要经济作物，主要包括菜用和油用芥菜两大类群，种植范围较广，经济价值较大。菜用芥菜主要分布在中国等东亚国家和地区，油用芥菜主要分布在印度等南亚国家和地区。芥菜是“禹氏三角”中重要的一员，由白菜和黑芥杂交后加倍而来，至少发生了三次古多倍化事件，因此非常具有研究价值。方法流程研究结果芥菜基因蛆组装注释选取菜用芥菜的一个变种（榨菜），使用二代

百迈客生物·2023-12-25 16:57

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

表观基因组学分析是解释非编码基因组功能的重要方法之一。表观基因组学特征作为肿瘤细胞的基本特征，对发病机制、临床行为和治疗具有影响。

爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。

尐尐呅·2023-12-25 07:46

Kmer评估基因组

参考使用kmer来评估基因组特征-知乎，https://www.jianshu.com/p/94da86093843,用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理_生信技工的博客-CSDN博客1.基本定义

qq_54867493·2023-12-25 04:48

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

在临床病理方面，对于肉瘤的诊断，不是很明确的话，最好是送全基因组+RNAseq,不建议先就开一大堆免疫组化及分子，最后还是没有结果。1、首先你应当知道，RNA-seq测序能做什么？

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。

小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。

生信石头·2023-12-24 17:22

2021-12-06

Nature丨细胞类型由染色质拓扑学编码原创珍奇图灵基因2021-12-0610:56收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究报告了与基因表达模式相关的多个基因组尺度的细胞类型特化

图灵基因·2023-12-24 10:34

本周最新文献速递2020-08-09

橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

人类基因组版本：hg19和hg38

hg19（人类基因组版本19）和hg38（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。

素材积累·2023-12-24 07:40

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