基因组第7页

『比较基因组学』TBtools 30秒解决基因组共线性。

直接给我惊呆了，从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ，想当年光blastp就得跑大半天，更不要说编译MCScanX，各种奇葩问题...先看下什么是共线性：Syntenic*=asetoflociintwodifferentspecieswhichislocatedonthesamechromosomeineach(notnecessarilyinthesameorder).Collinear=ase

ShawnMagic·2024-01-03 22:29

【单细胞测序】数据格式转换loomR

Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。

森尼啊·2024-01-03 20:18

蛋白质组学知识背景及分析流程

蛋白质组知识背景蛋白质组(proteome)：由一个细胞、一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质，是一个整体的概念。

Seurat_Satija·2024-01-03 16:56

对77,539个基因组进行的遗传关联分析揭示了罕见疾病的病因

今天给同学们分享一篇实验文章“Geneticassociationanalysisof77,539genomesrevealsrarediseaseetiologies”，这篇文章发表在NatMed期刊上，影响因子为82.9。结果解读：稀有水库关系型数据库（RDB）提供了一个统一的、集中的结构，用于存储、查询和修改多种底层类型的数据。原则上，RDB可以为基因型、变异、基因、参与者和统计结果的分析提

生信风暴·2024-01-03 15:01

20-基于全基因组分析探索MAPK失调与免疫应答的关系

由于缺乏对免疫反应基因组特征的认知，这导致无法开发一种新的、有效的治疗乳腺癌的方式。

AAA肿瘤信息学王协·2024-01-03 15:28

samtools index failed

近来在进行染色体级别基因组的分析。使用pindel软件对染色体的结构变异进行检测。

薄皮儿核桃·2024-01-03 12:50

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学

20220705·2024-01-03 12:07

基于美国应对网络生物安全风险的报告的思考

网络生物安全威胁因素1、合成生物学可及性的增强2、全球高生物安全等级设施的扩增3、生物目标的广泛性4、攻击途径的多样化5、自动化的快速发展三、美国网络生物安全的主要漏洞四、美国出现的典型安全漏洞1、恶意基因组工程

岛屿旅人·2024-01-03 06:50

长染色体bam索引创建及变异检测

在变异检测的所有阶段，都需要对文件进行索引，不管是输入的基因组文件，还是输出的比对结果和变异结果文件。不同的软件处理会生成不同的索引，供后续不同的软件使用，但不可避免的会出现特殊情况。

xiaoji_hb·2024-01-03 00:47

【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】

写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件：如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件？

陈有朴·2024-01-02 22:28

2024合成生物学及发酵前沿技术与智能装备论坛暨答谢晚宴

合成生物被称为是继分子生物学革命、“人类基因组计划”之后的“第三次生物技术革命”，无论医疗、消费、食品、新材料、甚至农业、美妆领域合成生物学都有广泛的用途。

yule0206·2024-01-02 16:24

生信数据库12-药物敏感性基因组学项目（GDSC）

小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学

科研私家菜·2024-01-02 13:53

《Bioinformatics Data Skills》之实战：获取基因组基因间区域与内含子区域

今天我们通过2个实战来掌握函数gaps，setdiff与reduce在GenomicRanges中的使用：获取基因间区域；获取基因的内含子区域。Gaps函数了解首先了解一下提取基因间区域需要用到的gaps函数，此函数用于返回范围间的空白区域，之前在IRanges包中介绍过。但GRanges对象增加了strand信息，结果有所不同，通过一个简单的例子说明：首先创建一个GRanges对象gr2：>li

DataScience·2024-01-02 10:10

GEOquery 下载 GEO 数据

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。

名本无名·2024-01-02 01:39

全基因组测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序

亦是旅人呐·2024-01-02 00:47

微卫星不稳定性与肿瘤的诊断和治疗

微卫星不稳定性与错配修复缺陷微卫星（microsatellite）又称简单重复序列，是存在于基因组中的一些小片段核苷酸的重复序列，重复单位一般由16个核苷酸组成，15-65个这些序列在基因组上重复分布就构成了一段微卫星微卫星序列

Seurat_Satija·2024-01-01 19:26

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。

zd200572·2024-01-01 19:54

千人基因组计划基因分型数据下载

最近需要下载千人基因组计划中的中国人数据作为参考，于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的，就记录分享一下！

zd200572·2024-01-01 19:23

叶绿体基因组组装

getorganelle组装叶绿体基因组安装condainstall-cbiocondagetorganelle安装叶绿体基因组databasesget_organelle_config.py--addembplant_ptNCBI

就叫啵啵吧·2024-01-01 16:17

2019.3-4月读书分享

《自私的基因》-【英】理查德·道金斯任何一个个体只不过是寿命不长的基因组合体的临时运载工具。我们是作为基因机器而被建造的，是作为觅母机器而被培养的，但我们具备足够的力量去反对我们的缔造者。

G小姐的自由世界·2024-01-01 16:00

基因组survey——K-mer频谱

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。

徐诗芬·2024-01-01 16:52

获取染色体上指定位置的序列

其他物种的话，也很简单，下载一个参考基因组，写脚本就能解决。

TOP生物信息·2024-01-01 05:12

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

生物信息与育种·2024-01-01 01:00

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法

_十三·2023-12-31 20:13

本周最新文献速递2021-03-28

Assessingtheroleofgenome-wideDNAmethylationbetweensmokingandriskoflungcancerusingrepeatedmeasurements:theHUNTstudy不想看英文题目：通过重复测量评估全基因组

橙子牛奶糖·2023-12-31 18:49

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小

朱渠成·2023-12-31 17:09

DNA 9. 揭秘肿瘤异质性与TMB, MSI之间的相关性

基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：DNA1.GermlineMutationVs.SomaticMutation傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之

90066456ace6·2023-12-31 15:00

【阅读记录】20190723-Gibson assembly

GibsonAssembly这个方法是在一个反应体系里面，一步合成多个片段的基因组装技术。

琐云·2023-12-31 15:33

Rosalind 025 Introduction to Random Strings

背景知识：我们知道基因组不仅仅是A、T、C和G的随机集合，而且整个基因组中存在大量不同的基序，其中一些基序在许多不同物种中是相似的。

Kyookk·2023-12-31 10:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组

不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

良好结果的前提）4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布——————————————————————————————————1.实验设计和研究目的定制策略1.1一切始于实验设计在某些方面实验设计需要谨慎：宏基因组研究中使用方法特点不同

JarySun·2023-12-31 05:19

R-loop及两种测序技术的介绍

R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点

许我少年·2023-12-31 02:15

2019-10-14-周末班-表观调控（续）

昨天上完课没有整理完，今天继续9.之前用的参考基因组不是文章中所用的需要进一步优化进行基因组的坐标转换，这一步真的有点难，转换的方式比较多可以参考生信菜鸟团的博文https://cloud.tencent.com

程凉皮儿·2023-12-30 21:45

点成分享丨冷冻保存技术对生物样本库的重要性

生物样本库有组织库、器官库、细胞株（系）库以及各种人种和疾病的基因组库等多种类型，库中储存的生物样本可以用于了解疾病的遗传基础、药物开发和生物标志物发现等研究。

点成生物科技·2023-12-30 19:17

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以

Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂

公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术，研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线，简化并大大加快了核酸纯化过程，为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及基因组

Neobioscience·2023-12-30 08:31

微生物群落多样性测序与功能分析

对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16srDNA，18srDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离

Seurat_Satija·2023-12-30 05:53

基因组与群体进化，解析物种进化历程-01

技术介绍动植物特定群体的个体基因组之间往往会存在大量变异，如单核甘酸变异(SNP)、插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)等。

百迈客生物·2023-12-30 04:06

Python 脚本之统计基因组文件中染色体长度及N碱基数目

模块介绍re模块re模块是Python中的正则表达式调用模块，在python中，通过将正则表达式内嵌集成re模块，程序员们可以直接调用来实现正则匹配。正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。正则表达式的大致匹配过程是：依次拿出表达式和文本中的字符比较，如果每一个字符都能匹

中午打个盹·2023-12-30 04:48

[文献分享]稻瘟病中的几丁质酶参与水稻免疫

paperAMagnaportheChitinaseInteractswithaRiceJacalin-RelatedLectintoPromoteHostColonizationAbstract水稻稻瘟病的基因组编码

巩翔宇Ibrahimovic·2023-12-30 02:30

最少6小时，你达标了吗？

来自：网络该项研究由西班牙马德里国家心血管研究中心的首席研究员、波士顿塔夫茨大学吉恩梅耶乌斯达人类衰老营养研究中心的营养和基因组学主任JoseOrdovas领导的团队完成。

zhaiyz·2023-12-30 02:07

2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测（上）

macs2callpeak-tK1_ChIPed_S1_L007_R1.bam-cK1_Input_S5_L007_R1.bam-fBAM-gmm-nK1-B-q0.01-t-c实验组和对照组结果-f输入文件格式-g参考基因组有效大小

穆易青·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4

fengzhibifang·2023-12-29 19:13

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测

sunyu_03·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析