基因组第5页

“特定基因”驱动人类大脑发育和衰老。

现在，来自184个不同机构的360多名科学家--包括联合国大学教堂山--第一次在全球范围内努力寻找200多个基因组区域和300多个特定的基因变异，这些

浙江云皓·2024-01-17 13:23

什么是CNV？

CNV（拷贝数变异）是基因组遗传学中的一个术语，指的是在个体的DNA序列中与参考基因组相比存在的基因或DNA片段的拷贝数增加或减少。这些变异可以涉及很小的DNA片段，也可能涉及数百个基因。

生信分析笔记·2024-01-17 08:55

帕金森氏症是一种遗传性疾病吗？

事实上，根据国家人类基因组研究所的数据，大多数患有帕金森病的人并不知道有任何其他家庭成员患有这种

怕得金森·2024-01-17 03:37

如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构？

Hi-C，一种衍生于染色体构象捕获技术（3C）的高通量技术，实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测，可得到染色体三个层级的三维结构：A/Bcompartment、拓扑相关结构域（TAD）、染色质环

尐尐呅·2024-01-17 00:25

第一章细胞和有机体的生物学和遗传学特性

1.1孟德尔建立了遗传学基本规律更高等的生命体的基因组又被称为二倍体等位基因：同一基因不同拷贝一个等位基因的支配地位不是由自身决定的，而是由与该基因其他等位基因的相互作用决定的。

白鸽坐飞机·2024-01-16 22:06

HDMAC-不会R语言也可以用Lasso筛选高维数据了

医科研·2024-01-16 22:18

难治性结直肠癌的新疗法希望针对基因突变进行治疗

d691a545f139·2024-01-16 18:33

易基因：精子表观基因组异常与男性不育（DNA甲基化+组蛋白修饰+ncRNA）｜新研究方向

越来越多的证据表明了精子表观基因组在胚胎发育早期调控中所起的作用，以至于研究人员将重点放在研究精子表观基因组的表观遗传机制上，以寻找男性不育的新分子标记。

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。

易基因科技·2024-01-16 13:52

国自然热点|超级增强子“super”在哪？cell重磅发现：新型DNA调控元件——促进子

1981年，增强子首次被描述为猿猴病毒40（SV40）基因组中一个72bp的重复序列，可以使报告基因的异位表达增加约200倍。1983年，在哺乳动物的小鼠免疫球蛋白重链基因中发现了增强子。

爱基百客·2024-01-16 12:42

The Plant Journal | DAP-seq助力揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制

期刊：ThePlantJournal影响因子：7.1发表日期：2022年10月11日单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所2022年10月11日中国农业科学院深圳农业基因组研究所合成生物学研究中心张兴坦研究员课题组在

爱基百客·2024-01-16 12:11

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学及其研究方向与应用

在《生物信息学与基因功能组学》中，其作者将生物信息学定义为使用计算机数据库和计算机算法来分析蛋白质、基因和组成生命体的DNA的完整集合（基因组）的学科。美国国立卫生

AIzealot无·2024-01-16 02:32

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

FastANI：安装与使用

zipunzipfastANI-linux64-v1.34.zip（完整路径）/FastANI/fastANI-h#{ref_assembly_txt}和{quary_assembly_txt}是包含基因组路径的文件

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:25

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

全基因组注释是鉴定生物基因组特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

MTHFR突变相关的症状和饮食指南-非正式

我们每个人都有相同的基因组，不过每个人都会因基因组微小的变化而表现出差异，不仅会影响到外表或行为，还会影响到身体对外部因素的反应方式，特别是在食物和生活方式方面。

万健康品·2024-01-15 06:00

深度学习与药物发现在健康衰老中的应用

深度学习可以通过分析大量的基因组、表型和临床数据，揭示这些因素之间的相互作用关系，从而为抗衰老研究提供新的视角。其次，深度学习可以帮助科学家们更好地理解和预测疾病的进展和风险。通

道亦无名·2024-01-15 05:04

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量

https://www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps://www.bilibili.com/video/BV1GV411Y7ihimage.png输入文件就是叶绿体基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 23:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

组装细菌基因组

1.首先上GenomeAnnouncements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号，这里随便找一篇，找到的SRA号为SRR9678926；2.用prefetch下载该文件；prefetchSRR9678926

Orphans_2333·2024-01-14 19:19

同性恋基因已被找到，同性恋者不会再被误解了

英国《每日电讯报》报道，研究人员观察了1000多名同性恋男子的完整基因组，发现同性恋和异性恋男子在SLITRK5和SLITRK6两种基因上存在差异，而SLITRK6是一种促进大脑发育的重要基因，在包括下丘脑的大脑区域尤为活跃

茧破·2024-01-14 10:58

胶质瘤文献1：脑干胶质瘤的整合基因组和表观基因组图谱

本文作者对一大组脑干胶质瘤（包括弥漫性固有脑桥胶质瘤）进行了综合研究，包括表观遗传学和基因组分

努力爱学习的JUN·2024-01-14 04:02

TCGA数据库与数据下载

RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个，33种癌症类型，在各个领域得到了广泛的应用，为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据

吴小玥·2024-01-13 10:00

2022-03-07

NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示，最近的一项研究正在验证使用基因组测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性

图灵基因·2024-01-13 07:16

bismark 识别甲基化位点-比对篇

bismark软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。

生信修炼手册·2024-01-13 04:11

基因组编码区的注释

一、注释策略进行注释的三种策略：从头注释(denovoprediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-basedpredictio

loooop·2024-01-13 03:18

基因组与群体进化，解析物种进化历程-02

有性繁殖的物种在驯化过程中经历了数百至数千代的同源重组选择，并在基因组中留下了明显的特征。

百迈客生物·2024-01-12 17:58

全基因组关联分析(GWAS)protocol

全基因组关联分析（Genome-wideassociationstudy，GWAS）是应用基因组中数以百万级别的单核苷酸多样性（SingleNucleotidePloymorphism，SNP）作为分子遗传标记

只看不写_nathan·2024-01-12 17:06

创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化

1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类基因组测序，在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象，于是沃丁顿的获得性遗传

零翼彼方·2024-01-12 16:15

合成生物学之逆天改命：合成基因组

如果基因组代表了你的所有遗传信息，那么一旦你的基因组发生改变，你的命运，甚至你的整个人都会发生彻底改变。逆天改命，听起来像某些周易大师做的事情。不过，我今天说得是，如何科学的逆天改命。

83844babf581·2024-01-12 12:52

重复一篇文献的GWAS（二）：用GEMMA跑GWAS

软件使用参考：使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)https://www.jianshu.com/p/d31404620c9bgithubhttps://github.com/genetics-statistics

TOP生物信息·2024-01-12 01:41

噬菌体

噬菌体的宿主预测：利用细菌的spacers和自己宏基因组测序得到的序列，细菌的spacers建立blast索引，然后使用blastn参数：blastn-short-e1e-5进行比对。

宏病毒组·2024-01-11 18:00

基因组变异文件VCF格式详解

这期介绍一下基因组变异结果常见的文件格式VCF。

90066456ace6·2024-01-11 14:43

遗传算法总结（迭代版本2：附带MATLAB例题代码）

它是由一系列基因组成的，每个基因对应着解决方案的一个组成部分。基因（Gene）：基因是染色体中的一个元素，它对应着解决方案的一个特定部分。基因可以是二进制、整数或实数等不同的

CTGU-Yoghurt·2024-01-11 12:31

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

如何从干血斑中提取高质量的基因组DNA？

操作步骤1.请自行准备：无水乙醇、1.5ml离心管。2.取出洗涤液A和洗涤液B，按以下操作：a)洗涤液A：7mL加入3mL无水乙醇；14mL加入6mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：3mL加入7mL无水乙醇；6mL加入14mL无水乙醇，混匀。3.取1.5ml灭菌离心管1支，加入200μL裂解液和20μL消化液，振荡混匀，再加入3-6片直径6mm干血斑，300rpm振荡8-12分钟，至干血斑滤纸片变白

清风拂面vv·2024-01-10 22:26

生物信息学软件：两种风格

基因组浏览器：NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。生物信息学领域非常依赖于互联网来获取序列

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

HEK-293细胞培养特性及注意事项

早期报道中指出该细胞基因组中含有腺病毒5（Ad5）基因组的左侧端和右侧端的DNA，但是现在明确了只存在其左侧端的DNA。经过

cas9x细胞基因敲除·2024-01-10 10:25

Treehouse-一个10000+肿瘤sample的数据库

难道还是image.pngTreehouse儿童肿瘤研究是UCSC基因组学研究所的研究机构的一个研究目标，希望通过这些大规模的数据集来确定哪些药物可以更

医科研·2024-01-10 07:02

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。

CallumZhao·2024-01-10 05:50

基因组数据拼接软件：shovill简单的使用方法

shovill--R11_pair.fq.gz--R22_pair.fq.gz--outdirmydir--minlen200shovill：这是你要运行的软件。–R11_pair.fq.gz：指定包含第一对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（1_pair.fq.gz）。–R22_pair.fq.gz：指定包含第二对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（2_pair.fq.gz）

橄榄熊·2024-01-10 03:39

如何快速查找物种间对应的同源基因

1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种，共44233组同源基

JeremyL·2024-01-09 19:29

基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化

需要的原始文件是基因组注释gff3文件，我们想要的信息只有SBT家族基因长度，基因id，exon的长度，在基因上的起始和终止

逐鸿·2024-01-09 15:59

读《教学勇气》04

我说的自身认同是一种发展的联系，在这种联系中，自我生命中所有力量汇聚，这样形成神秘的自我：我的基因组成，赋予我生命的父母的性格，我成长的文化环境，支持过我的人，伤害过我的人；我对别人和对我自己做过的有益的或无益的事情

生活_遇见美好·2024-01-09 13:06

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