基因组第5页

2021-05-17 MAGeCK

ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats)/Cas9是一种功能强大的技术，可以通过特定的sgrna(specificsingle-guideRNAs,sgRNAs)来定位所需的基因组位点进行基因编辑

谢某丶·2024-01-22 05:08

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。

尐尐呅·2024-01-22 04:38

OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程

介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。

lixingze·2024-01-22 01:57

181010

唯一可说的是在万象城方所看了《基因传》的一小部分，主要看了基因治疗以及基因未来发展的段落，一开始被各种专业词汇以及我的空白冲昏了，冷静下来对于作者写得内容有一部分是迷惑的，利用病毒携带改写的基因写进人类基因组

洛言1900·2024-01-22 01:45

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。

百迈客生物·2024-01-21 08:08

对待自己温柔一点，你只不过是宇宙的孩子，与植物、星辰没什么两样(4.25)

3互联网时代的标志是人人连接、物联网是万物互联、人工智能是人机合一、生命科学是基因组学、太空科学是星球殖民。今

胡同学的读书笔记·2024-01-21 01:24

第1篇：人类的卷曲乳杆菌分离物的比较基因组学揭示了糖基化和糖原降解的基因：阴道微生物群的体内优势

VM：阴道微生物群LVM：乳酸菌为主的阴道微生物群DVM：阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics：比较基因组学EPS：胞外多糖contig：拼接软件基于reads之间的overlap

不愧是你_a·2024-01-20 17:28

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。

茄子_0937·2024-01-20 16:45

MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏基因组短读长序列组装神器的介绍和使用

Downloads—Bitbucket文章：Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏基因组短读组装器

小果运维·2024-01-20 08:26

遗传统计|MSMC推断群体历史动态

能够通过输入基因组序列推断群体分歧时间，预测有效群体大小。此算法下常用的软件包括PSMC，SMC++和MSMC。

学术程稻属·2024-01-20 01:08

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify，制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。

dulunar·2024-01-20 01:58

bedtools intersect用法 (intersectBed)

bedtoolsintersect可以对两个基因组特征(genomicfeatures)进行overlap，找到两者重合的区域。

生信编程日常·2024-01-19 17:20

基因组拼接中常见的名词解释

readsrawdatacleandatascaffoldcontigcontig50scaffold50N50L50pseudomolecules:pseudomoleculesaresuperscaffoldspseudochromosomes基因组拼接中常见的名词解释

灵动的小猪·2024-01-19 07:25

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

PharmGKB数据库

轻枫柳曳1208·2024-01-19 03:20

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

谷子功能基因组学数据库

谷子功能基因组学数据库谷子（Setariaitalica）最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来，在全球的自然和农业生态系统中，它被作为人类食物和饲料。

天明豆豆·2024-01-18 12:02

非肿瘤组织中的基因组也会对癌症预后产生影响吗？

HCCsubtypesbasedontheactivitychangesofimmunologicandhallmarkgenesetsintumorandnontumortissues基于肿瘤和非肿瘤组织中免疫学和标志基因组的活性变化的

生信学霸·2024-01-18 10:29

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases

尐尐呅·2024-01-18 09:20

文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书

摘要：选择性剪接通过增加表达的mRNAs的多样性赋予人类基因组复杂性。通过高通量数据集的差异选择性剪接分析，已经鉴定出数百或数千个剪接区域。然而，很难解释每个拼接事件的功能影响。

ECHO1216·2024-01-18 03:06

斯坦福大学机器学习中文笔记被公开，让无数自学党留下了感动泪水

是使计算机具有智能的根本途径，其应用遍及人工智能的各个领域，它主要使用归纳、综合而不是演译，所有内容均为全彩在过去的十年中，机器学习帮助我们自动驾驶汽车，有效的语音识别，有效的网络搜索，并极大地提高了人类基因组的认识

渔_7aec·2024-01-17 22:35

“特定基因”驱动人类大脑发育和衰老。

现在，来自184个不同机构的360多名科学家--包括联合国大学教堂山--第一次在全球范围内努力寻找200多个基因组区域和300多个特定的基因变异，这些

浙江云皓·2024-01-17 13:23

什么是CNV？

CNV（拷贝数变异）是基因组遗传学中的一个术语，指的是在个体的DNA序列中与参考基因组相比存在的基因或DNA片段的拷贝数增加或减少。这些变异可以涉及很小的DNA片段，也可能涉及数百个基因。

生信分析笔记·2024-01-17 08:55

帕金森氏症是一种遗传性疾病吗？

事实上，根据国家人类基因组研究所的数据，大多数患有帕金森病的人并不知道有任何其他家庭成员患有这种

怕得金森·2024-01-17 03:37

如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构？

Hi-C，一种衍生于染色体构象捕获技术（3C）的高通量技术，实现了全基因组范围内染色体片段间相互作用的捕获检测，可得到染色体三个层级的三维结构：A/Bcompartment、拓扑相关结构域（TAD）、染色质环

尐尐呅·2024-01-17 00:25

第一章细胞和有机体的生物学和遗传学特性

1.1孟德尔建立了遗传学基本规律更高等的生命体的基因组又被称为二倍体等位基因：同一基因不同拷贝一个等位基因的支配地位不是由自身决定的，而是由与该基因其他等位基因的相互作用决定的。

白鸽坐飞机·2024-01-16 22:06

HDMAC-不会R语言也可以用Lasso筛选高维数据了

医科研·2024-01-16 22:18

难治性结直肠癌的新疗法希望针对基因突变进行治疗

d691a545f139·2024-01-16 18:33

易基因：精子表观基因组异常与男性不育（DNA甲基化+组蛋白修饰+ncRNA）｜新研究方向

越来越多的证据表明了精子表观基因组在胚胎发育早期调控中所起的作用，以至于研究人员将重点放在研究精子表观基因组的表观遗传机制上，以寻找男性不育的新分子标记。

易基因科技·2024-01-16 13:52

易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。

易基因科技·2024-01-16 13:52

国自然热点|超级增强子“super”在哪？cell重磅发现：新型DNA调控元件——促进子

1981年，增强子首次被描述为猿猴病毒40（SV40）基因组中一个72bp的重复序列，可以使报告基因的异位表达增加约200倍。1983年，在哺乳动物的小鼠免疫球蛋白重链基因中发现了增强子。

爱基百客·2024-01-16 12:42

The Plant Journal | DAP-seq助力揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制

期刊：ThePlantJournal影响因子：7.1发表日期：2022年10月11日单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所2022年10月11日中国农业科学院深圳农业基因组研究所合成生物学研究中心张兴坦研究员课题组在

爱基百客·2024-01-16 12:11

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

文献信息文章：Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome时

胡童远·2024-01-16 07:41

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer介绍HipMer是一个基因组组装软件，它特别为高性能计算环境设计，旨在处理大规模的DNA测序数据集。

小果运维·2024-01-16 06:54

生物信息学及其研究方向与应用

在《生物信息学与基因功能组学》中，其作者将生物信息学定义为使用计算机数据库和计算机算法来分析蛋白质、基因和组成生命体的DNA的完整集合（基因组）的学科。美国国立卫生

AIzealot无·2024-01-16 02:32

生物信息学之序列比对

AIzealot无·2024-01-16 02:02

使用Diamond比对NR数据库获取物种注释

之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken：宏基因组物种注释-CSDN博客不信邪，再用NR库试试参考：将NR数据库diamond

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:56

FastANI：安装与使用

zipunzipfastANI-linux64-v1.34.zip（完整路径）/FastANI/fastANI-h#{ref_assembly_txt}和{quary_assembly_txt}是包含基因组路径的文件

CAAS_IFR_zp·2024-01-15 22:25

生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查

在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmers方法。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|原核生物基因组注释--Prokka

全基因组注释是鉴定生物基因组特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物基因组注释工具，可以注释细菌，古菌和病毒基因组。

学术程稻属·2024-01-15 20:04

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

MTHFR突变相关的症状和饮食指南-非正式

我们每个人都有相同的基因组，不过每个人都会因基因组微小的变化而表现出差异，不仅会影响到外表或行为，还会影响到身体对外部因素的反应方式，特别是在食物和生活方式方面。

万健康品·2024-01-15 06:00

深度学习与药物发现在健康衰老中的应用

深度学习可以通过分析大量的基因组、表型和临床数据，揭示这些因素之间的相互作用关系，从而为抗衰老研究提供新的视角。其次，深度学习可以帮助科学家们更好地理解和预测疾病的进展和风险。通

道亦无名·2024-01-15 05:04

这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序，分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变，评估相同

科研菌·2024-01-15 00:02

计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量

https://www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps://www.bilibili.com/video/BV1GV411Y7ihimage.png输入文件就是叶绿体基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 23:48

2016《Cell Research》全基因组重测序研究狗的驯化起源

然而，我们依然可以从它们的基因组DNA中找到其驯化迁徙的痕迹，探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中，基因组DNA一代一代地传递下来，它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。

iBioinformatics·2024-01-14 21:26

组装细菌基因组

1.首先上GenomeAnnouncements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号，这里随便找一篇，找到的SRA号为SRR9678926；2.用prefetch下载该文件；prefetchSRR9678926

Orphans_2333·2024-01-14 19:19

同性恋基因已被找到，同性恋者不会再被误解了

英国《每日电讯报》报道，研究人员观察了1000多名同性恋男子的完整基因组，发现同性恋和异性恋男子在SLITRK5和SLITRK6两种基因上存在差异，而SLITRK6是一种促进大脑发育的重要基因，在包括下丘脑的大脑区域尤为活跃

茧破·2024-01-14 10:58

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