基因组第4页

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解

百迈客生物·2024-01-24 23:12

MirusBio RevIT™AAVEnhancer，助力于AAV病毒大规模生产

-2023年7月底Mirus上市RevIT™AAVEnhancer，在不同AAV血清型别中，可提高AAV病毒基因组滴度1.2-4.9倍，并且在一定程度改善了实心率。

Neobioscience·2024-01-24 12:17

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代

花生学生信·2024-01-24 08:17

细菌基因组基本概念(一)

进化(Evolution)"生命之树(TreeofLife)"以原核生物界(Monera)开始，并通过原生生物(Protists)延伸。细胞、细胞器(如线粒体和叶绿体)，以及所有主要的代谢途径(Metabolicpathways)都是从早期原核(Prokaryotic)细胞进化而来的。"生命之树"进化谱系(Evolutionarylineage)的五界系统(5种背景色)Monera,原核生物界；C

生信宝典·2024-01-24 07:19

肿瘤分析数据挖掘及信息解读

癌症基因组研究趋势：小样本WES——大样本mul

生物信息与育种·2024-01-24 04:27

基因组时代-1

《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王：癌症传》后的又一医学科普专著，讲述了基因理论的起源、发展与未来，对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记，全书按照时间顺序展开故事情节，没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看，前一部分是基因的发现史，后一部分是基因技术的应用史。

中信书院·2024-01-24 03:22

张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读

转载来源：宏基因组公众号原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划，仔细推敲后，仍感到有三个方面的问题十分严重

M_321·2024-01-24 02:03

《生命密码》：人类基因组计划、阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划并称自然科学史上的“三大计划”

本书最精彩的是最后的生命周期表，向读者展示了不同生物的基因组大小，感觉真

书摘迷·2024-01-24 00:00

ChIP-seq数据质控

日常瞎掰 ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关调控功能。

生信云笔记·2024-01-23 17:36

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多

清风拂面vv·2024-01-23 17:03

凝血块DNA提取操作步骤

产品特点◎独有裂解液配方，凝血块消解快速，可在30分钟内获得基因组DNA；◎改性离子膜技术，提取DNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.7-1.9；◎DNA提取得率高，可在相当于200μl全血的凝血块中提取

清风拂面vv·2024-01-23 15:46

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie

xuzhougeng·2024-01-23 14:16

标准化方法

转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段，再将reads比对到参考基因组上，并对读序定量，因而最初的表达矩阵是读序数。那么，当需要对样本进行差异分析时，就必须考虑影响读序数的几个因素。

新欣enjoy·2024-01-23 02:43

【科研集市】一文带你读懂Hi-C（附高分文献汇总）

High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获（Chromosomeconformationcapture,3C）技术，以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质

d5c9c866171f·2024-01-22 22:29

津恩一家亲，携手抗疫情

当晚，天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全基因组测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情（香港、台湾地区除外）中，首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳

精进的医生·2024-01-22 21:41

关于文章发表中McrBC实验需配备的图

McrBC是一种检测基因组小部分区段的DNA甲基化情况的核酸内切酶。只能降解甲基化的区域，对未甲基化区域不起作用。

热衷组培的二货潜·2024-01-22 20:40

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

当进行元基因组学研究时，研究者通常会涉及到以下三个数据类型，每个都有其独特的角色和应用：Reads（读数）:定义：Reads是从原始测序数据（例如Illumina测序的FASTQ文件）中获得的短序列片段

WDPLA·2024-01-22 15:18

宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读

#metaSPAdes作为宏基因组数据组装软件，数据结果表现优秀，以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件，下面进行逐一解读：7个文件夹：

WDPLA·2024-01-22 15:48

linux系统下，将.fastq文件统一改为.fq文件

#高通量测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中，常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中，你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。

WDPLA·2024-01-22 15:47

Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)

#在宏基因组/宏转录组数据进行组装后，常需要去除短片段，筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中，您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。

WDPLA·2024-01-22 15:17

宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。

WDPLA·2024-01-22 15:16

加密猫基因遗传算法

（1）基因组成：显性和隐性基因在传统的遗传学中，显性和隐性基因和他们本身的特性有关(比如金色头发是黑头发的隐性基因)。

樱桃小丸子zz·2024-01-22 13:12

研究基因组组织结构有啥意义？

在过去的50年中，从广义上讲，已经了解了控制基因表达的三个基本基因组元件：启动子（promoters），增强子（enhancers）和边界元件（boundaryelements）。

Ss_y·2024-01-22 12:03

CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)，同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶的靶标

Neobioscience·2024-01-22 11:14

学校服务器hpc东南大学，下载国家基因组科技中心数据 gsa-human ascp chatpt建议 Linux系统中写代码

使用ascp批量下载数据Youfiles.csv帮我写个批量下载的脚本，批量下载时候，把路径中最后的HRR659816批量替换成Accession列的内容就行了。下面是示例ascp-v-QT-l300m-P33001-k1-i~/.aspera/connect/etc/[email protected]:gsa-human/

生信小博士·2024-01-22 09:24

转录组测序1-测序原始数据说明

RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题

纪伟讲测序·2024-01-22 08:45

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

2021-05-17 MAGeCK

ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats)/Cas9是一种功能强大的技术，可以通过特定的sgrna(specificsingle-guideRNAs,sgRNAs)来定位所需的基因组位点进行基因编辑

谢某丶·2024-01-22 05:08

临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究？

肿瘤基因组和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具，但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去，临床诊断依赖于基于抗体的检测策略，但这些方法有一定的局限性。

尐尐呅·2024-01-22 04:38

OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程

介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较基因组学平台。

lixingze·2024-01-22 01:57

181010

唯一可说的是在万象城方所看了《基因传》的一小部分，主要看了基因治疗以及基因未来发展的段落，一开始被各种专业词汇以及我的空白冲昏了，冷静下来对于作者写得内容有一部分是迷惑的，利用病毒携带改写的基因写进人类基因组

洛言1900·2024-01-22 01:45

北大公开课-2 生物信息学历史

在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类基因组计划2001年人类基因组计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成

番番番茄小姐·2024-01-21 18:24

在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2：如何不

维凡生物·2024-01-21 10:05

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--02

香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种，源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana（B基因组)。

百迈客生物·2024-01-21 08:08

对待自己温柔一点，你只不过是宇宙的孩子，与植物、星辰没什么两样(4.25)

3互联网时代的标志是人人连接、物联网是万物互联、人工智能是人机合一、生命科学是基因组学、太空科学是星球殖民。今

胡同学的读书笔记·2024-01-21 01:24

第1篇：人类的卷曲乳杆菌分离物的比较基因组学揭示了糖基化和糖原降解的基因：阴道微生物群的体内优势

VM：阴道微生物群LVM：乳酸菌为主的阴道微生物群DVM：阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics：比较基因组学EPS：胞外多糖contig：拼接软件基于reads之间的overlap

不愧是你_a·2024-01-20 17:28

WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT

背景低深度全基因组测序（sWGS），主要通过覆盖深度的方法（DOC）检测CNV。

茄子_0937·2024-01-20 16:45

MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏基因组短读长序列组装神器的介绍和使用

Downloads—Bitbucket文章：Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏基因组短读组装器

小果运维·2024-01-20 08:26

遗传统计|MSMC推断群体历史动态

能够通过输入基因组序列推断群体分歧时间，预测有效群体大小。此算法下常用的软件包括PSMC，SMC++和MSMC。

学术程稻属·2024-01-20 01:08

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify，制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。

dulunar·2024-01-20 01:58

bedtools intersect用法 (intersectBed)

bedtoolsintersect可以对两个基因组特征(genomicfeatures)进行overlap，找到两者重合的区域。

生信编程日常·2024-01-19 17:20

基因组拼接中常见的名词解释

readsrawdatacleandatascaffoldcontigcontig50scaffold50N50L50pseudomolecules:pseudomoleculesaresuperscaffoldspseudochromosomes基因组拼接中常见的名词解释

灵动的小猪·2024-01-19 07:25

《基因的名义》读书笔记

这本书比较适合我这类入行不久的人来看，里面介绍了很多基因组学方面的应用和相关原理，内容涉及基因组学的发展历程、基因学和测序技术的应用（寻祖，亲人鉴定，性状预测，癌症检测和用药，出生缺陷预防，消费级基因检测等等

TOP生物信息·2024-01-19 07:26

PharmGKB数据库

轻枫柳曳1208·2024-01-19 03:20

纯生信分析套路甲基转移酶相关因子的预后分析

本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤基因组图谱RNA测序数据集，通过一

音十千寻·2024-01-18 13:04

谷子功能基因组学数据库

谷子功能基因组学数据库谷子（Setariaitalica）最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来，在全球的自然和农业生态系统中，它被作为人类食物和饲料。

天明豆豆·2024-01-18 12:02

非肿瘤组织中的基因组也会对癌症预后产生影响吗？

HCCsubtypesbasedontheactivitychangesofimmunologicandhallmarkgenesetsintumorandnontumortissues基于肿瘤和非肿瘤组织中免疫学和标志基因组的活性变化的

生信学霸·2024-01-18 10:29

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases

尐尐呅·2024-01-18 09:20

文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书

摘要：选择性剪接通过增加表达的mRNAs的多样性赋予人类基因组复杂性。通过高通量数据集的差异选择性剪接分析，已经鉴定出数百或数千个剪接区域。然而，很难解释每个拼接事件的功能影响。

ECHO1216·2024-01-18 03:06

斯坦福大学机器学习中文笔记被公开，让无数自学党留下了感动泪水

是使计算机具有智能的根本途径，其应用遍及人工智能的各个领域，它主要使用归纳、综合而不是演译，所有内容均为全彩在过去的十年中，机器学习帮助我们自动驾驶汽车，有效的语音识别，有效的网络搜索，并极大地提高了人类基因组的认识

渔_7aec·2024-01-17 22:35

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