基因组第3页

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

国自然热点：如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究

表观遗传学则是研究基因组中不涉及DNA序列改变的遗传变化，包括DNA甲基化、组蛋白修饰以及非编码RNA等。近年来，越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。

爱基百客·2024-02-02 15:16

FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file

最近一直在看和植物叶绿体基因组有关的知识，其中有一项内容是分析叶绿体基因组的密码子偏向性，这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列，在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全基因组的

小明的数据分析笔记本·2024-02-02 11:45

全身治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的基因组图谱（IF7+）

Thegenomiclandscapeofmetastaticclearcellrenalcellcarcinomaaftersystemictherapy系统治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的基因组图谱发表期刊

生信学霸·2024-02-02 08:18

全基因组关联分析流程 ( 二 )

最佳线性无偏预测(BLUP)BLUP(BestLinearUnbiasedPrediction)，在线性混合模型中可以用来评估随机效应。随机效应的最佳线性无偏预测(BLUP)等同于固定效应的最佳线性无偏估计(bestlinearunbiasedestimates,BLUE).BLUP法具有估计值无偏、估计值方差最小、可消除因选择和淘汰等原因造成的偏差等特性，获得的个体育种值具有最佳线性无偏性，是当

正踪大米饭儿·2024-02-02 01:25

从表观遗传分析入手，揭示癌症免疫景观

Identificationofepigeneticdysregulationgenemarkersandimmunelandscapeinkidneyrenalclearcellcarcinomabycomprehensivegenomicanalysis通过综合基因组分析识别肾脏透明细胞癌的表观遗传失调基因标志物和免疫景观发表期刊

生信学霸·2024-02-02 00:06

2022-07-08

ageloc的由来及其背后的尖端科技:2003年，科学家们终于能够建立人类基因组图谱，这项发现为曾润海博士提供深入探究人体老化过程的基础。基因组图谱:提供了那篇关键的拼图让科学家们得以了解

雅静种小草·2024-02-01 20:04

《基因组学》课程-学习笔记之一

生信石头·2024-02-01 18:27

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的

xuzhougeng·2024-02-01 17:40

2020-02-25 Day30 利用生物信息学分析鉴定乳腺癌的潜在关键基因和关键通路

方法：使用来自基因表达综合（GEO）和癌症基因组图谱（TCGA）的四个数据集（GSE21422，GSE29431，GSE42568和GSE61304）进行生物信

卅衣·2024-02-01 15:13

BWT比对算法

序列比对对于两个序列进行比对，即pairwisealignment，我们可以按比对方式分为全局比对（NW算法）和局部比对（SW算法）：当然对于两条短序列，可采用上述算法进行比较，但是如果其中一条序列换成了较长的参考基因组序列

小潤澤·2024-02-01 10:11

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

发现拖延症的性别差异基因

拖延症普遍存在于人群中，从前对拖延症的分析主要基于心理层面，但现在有研究团队终于不再忍受各种陈词滥调，试图到人类的基因组的汪yang大海中去寻找到拖延症的线索，结果他们还可能真找到了一点东西，一个基因，

Oliver_G·2024-02-01 09:00

2021-09-19

2、本研究利用巨噬细胞中的全基因组反筛选，发现G蛋白偶联受体GPR84介导APMAP缺陷癌细胞的增强的吞噬作用。3、这项工作

图灵基因·2024-02-01 03:49

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

血液DNA提取注意事项

本试剂盒采用独特的裂解液配方，可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的基因组DNA，也可以直接提取得到血液

清风拂面vv·2024-01-31 18:16

基因投错票，肿瘤来报道

—理查德·道金斯《自私的基因》人类基因组计划英语：（HumanGenomeProject,HGP）是一项规模高，跨国跨学科的科学探索巨型工程。

uhuh拒绝吸烟·2024-01-31 04:53

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友，提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

双CpG位点DNA甲基化特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)

Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全基因组甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊

生信学霸·2024-01-31 01:39

TCGA的ID转换可以一步到位了

0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensambleid，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecodeV22，xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考基因组版本则是genecodeV23

小洁忘了怎么分身·2024-01-30 22:58

非模式物种GO/KEGG富集分析

本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R

谢俊飞·2024-01-30 20:23

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用

xuzhougeng·2024-01-30 14:54

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。技术路线适用范围案例一研究背景榕树是热带和亚热带植物，他们的气生根沿着寄主树木的树干

百迈客生物·2024-01-30 13:58

人类基因组计划发现的8大真相

人类基因组计划是科学史上重要的里程碑事情。该计划的成功，不仅开启了人类了解自身的旅程，而且成为了国际科技合作的典范。对于人类基因组，发现了以下8个事实。1.人类基因组约有20300个蛋白质编码基因。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:46

生物信息学编程零基础学习 Python

我本科是农学，研究生专业是生物学，方向是植物基因组。编程方面真是零基础，仅仅在大一接触C语言。整个课题组基本都是用Python作为主要的编程语言。目前是研一下学期，我也想总结一下编程的学习之路。

球果假水晶蓝·2024-01-30 09:14

盘点结构变异在医学研究中的应用

据统计，每个人类基因组大约有20,000个结构变异（Structuralvariations，SVs），跨越1,000万个碱基对，是受SNVs影响

生信师姐·2024-01-30 05:35

Redis面试题36

药物研发和治疗方案优化：人工智能可以帮助加速药物研发过程，通过分析大量的医学文献和基因组数据，找到潜在的药物靶点和治疗方法。此外，人工智能还可以

CrazyMax_zh·2024-01-30 01:08

干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS

多组学联合研究从多分子层次出发，通过整合生物系统中基因组、转录组、蛋白质组、

ee00dc6faab7·2024-01-30 00:10

基因组文章 | 南美白对虾《Nature communications》2019

今天跟大家分享一下最近刊登在NatureCommunications的南美白对虾基因组文章，信息如下（https://doi.org/10.1038/s41467-018-08197-4）：从基因水平揭示南美白对虾与视觉和运动有关的基因的扩展可能是其底栖生物适应的核心

生信师姐·2024-01-29 16:11

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

Genome-wide association studies in R

全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。

m1chiru·2024-01-29 09:21

GWAS——Genome-Wide Association Study

全基因组关联研究（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）是一种广泛用于寻找复杂遗传疾病关联基因的重要手段。

m1chiru·2024-01-29 09:51

基因组-生物分类

（1）现代的分类系统通常包括七个主要级别：界、门、纲、目、科、属、种。（2）种是基本单元，近缘的种归合为属，近缘的属归合为科，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门，门隶于界。（3）当前最流行的分类是一种五界系统，分别为原核生物界、原生生物界、菌物界、植物界以及动物界。五界系统反映了生物进化的三个阶段和多细胞阶段的三个分支，是有纵有横的分类。（4）五界系统没有包括非细胞形态的病毒在内，也许是因为病毒系统地位

Zhigang_Han·2024-01-28 18:14

QTL定位：MapQTL6

通过QTL分析，可以检测基因组上负责所研究数量性状表型变异的区域，估计相关的基因型效应，并以表格和(可调的)图表的形式呈现分析结果。

Wei_Sun·2024-01-28 17:11

讲解：JavaDNAProgramming AssignmentJava

分配涉及处理来自基因组文件的数据。你的程序应该与两个给定的输入文件一起工作。如果你很好奇（这不是必需的），国家生物技术信息中心出版了许多其他细菌基因组文件。最后一页告诉你如何使用你的程序来处理其他

rbqdgy0·2024-01-28 13:26

【R画图学习11.1】圈图学习1---circlize

圈图非常适合表示复杂信息，我们在展示基因组项目中最常用，我自己主要是用的Circos。

jjjscuedu·2024-01-28 00:02

NGS 数据mapping 算法简介

简介取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。一般而言，基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。

茄子_0937·2024-01-27 20:06

基因家族分析（保姆级教程二------鉴定）

太久没有更新了，最近忙着组装好几个基因组，后面我也会吧基因组组装的一些东西分享出来哦~那就步入正题吧，我们在前面准备好了数据之后，就可以开始鉴定所需要的基因家族成员了，这样才能开始后续的分析先从，最最最最基础的

GenomeStudy·2024-01-27 08:22

10-【BPGA】的安装和使用

安装时间：2021.2.171.简介BPGA是一款快速的泛基因组分析软件。似乎好像在windows上安装较为方便。在Linux下没有conda安装版本，只能手动进行安装。

lkj666·2024-01-27 05:07

文献分享-循环血浆 DNA 的全基因组拷贝数改变筛选：检测早期肿瘤的潜力

图片.png今天分享的是19年GenomewidecopynumberalterationscreeningofcirculatingplasmaDNA:potentialforthedetectionofincipienttumors发表杂志：annalsofoncology2021年影响因子：32.976中科院分区：1区数据通过老年协会（76%的参与者）或鲁汶大学医院（内科或麻醉科，24%的参

lqbzc·2024-01-27 03:11

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）初探。图1水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率

felix108·2024-01-26 15:14

LTR组装指数（LAI）评估基因组

基因组组装完成后，可通过查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。

斩毛毛·2024-01-26 11:06

抗性基因数据库(1)

抗性基因数据库（1）宏基因组：检测细菌、病毒等序列耐药基因：检测检出非人序列中的已知耐药基因，找到对应耐药基因的抗生素耐药/抗性基因数据库ARDB（AntibioticResistanceGenesDatabase

Zoeyer·2024-01-26 10:44

2023-07-11 crossMap不同版本基因组位点坐标转换

CrossMapinstallationpip3installCrossMapdownloadchainfilesAchainfiledescribesapairwisealignmentbetweentworeferenceassemblies.UCSCandEnsemblchainfilesareavailable:UCSCchainfilesChainfilesfromhs1(T2T-CHM

xiaoguolaile·2024-01-26 02:05

Y叔谈clusterProfiler 4.0 前沿应用

image.png分析方法ORA，FCS进行打分（GSEA，通路上下调），PT（拓扑结构，不普遍）image.pngORA将所有能测到的基因（或全基因组）作为背景，超几何分布GSEA不筛选差异基因，去查看通路的基因方向

Hello育种·2024-01-25 23:43

WGVD：小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代测序技术的发展，来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生，并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。

尐尐呅·2024-01-25 21:50

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化2.2basicpipeline3BeyondRNA:scATAC-seq,Multi-Omics4Dealingwithnoiseanddoubletsinsingle-cell

丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清？

在之前的Binning文章中（文章链接：《如何打破瓶颈，提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》），主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。

斗战胜佛oh·2024-01-25 11:54

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

以下是BAM文件的主要结构和组成部分：文件头（Header）：BAM文件的开头包含一个文件头，其中包含有关该文件的元信息，如测序平台信息、参考基因组信息、测序参数等。

丁优雅ya·2024-01-25 05:22

Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世

图片来源：纽约基因组中心基于CRISPR的遗传筛选已帮助科学家鉴定了镰状细胞贫血，癌症免疫疗法，肺癌转移以及许多其他疾病的关键基因。但是，这些基因筛选的范围有限：它们只能编辑或靶向DNA。

PaperRSS·2024-01-25 01:09

推荐频道

基因组