富集

TopGO出图的简易方法

GO富集出来的结果可以非常多，如果没有一个层级显示，将会非常眼花缭乱。TopGO则通过DAG（Directedacyclicgraph）解决了这个问题。
RaoZC·2020-11-25 15:59

宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA

真核生物成熟的mRNA一般带有polyA尾巴，因此可以使用oligodT富集mRNA间接去除rRNA。但是，原核生物的mRNA不具有polyA尾巴，因此只能选择rRNA直接去除的方法。
小白菜学生信·2020-11-07 15:25

GSEA富集分析

基本概念GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)是一种的计算方法，用于评估在一个预设订的基因集中，两个生物学数据集间，是否存在统计学上显著且一致的差异。GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)isacomputationalmethodthatdetermineswhetheranaprioridefinedsetofgenesshowsstatisti
EwanH·2020-10-22 17:09

第一章 纳米计划

历经数千年的不懈努力，人类打造的第一艘星航战舰“寰宇号"终于向地球总部发来消息，已经发现了一个能源十分富集的星系。人们把这个星系称为哈兰星系，它的结构与太阳系十分相似，而且在这个星系
洛锋凌丶·2020-10-22 09:46

ChIP-Seq数据挖掘系列-6: 怎么选择HOMMER结果中的motif

hommer结果中一般包含已知motif富集情况，并且也会对用户提供的序列进行重头预测motif。
JeremyL·2020-10-08 21:12

【Flink 精选】如何处理作业的数据倾斜？

数据分布理论上都是倾斜的，符合“二八原理”：例如80%的财富集中在20%的人手中、80%的用户只使用20%的功能、20%的用户贡献了80%的访问量。数据倾斜的现象，如下图所示。
熊本极客·2020-09-18 14:45

Bingo(Cytoscape插件)GO功能富集分析

转录组分析中基因的GO富集分析这步有很多软件可以选择，这次我们来介绍下如何利用Cytoscape软件中的一个简单又好用的Bingo小插件完成富集的工作，Cytoscape其实是一个做网络图的软件，所以使用
凯凯何_Boy·2020-09-17 17:16

智力 Apple Watch 游戏 二、《DSES Mining Gems 丁三二四之宝石挖矿》

本游戏支持AppleWatch丁三和二四是骨牌世界里的两个小鬼，有一天他们在地球内部发现了富集的宝石矿层，但他们俩并不贪心，想和我们一起分享，还等什么，赶紧加入他们的挖宝石的队伍吧。
tinghe17·2020-09-17 10:18

R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")biocLite("DO.db",type="source")biocLite("BiocUpgrade")biocLite('clusterPro
weixin_34387284·2020-09-16 04:21

Bit-Z媒体研究院布局内容生态 将推Bit-Z News

Bit-ZNews将重点打造内容快讯、信息流等内容，丰富集团内容生态。媒体研究院作为集团首个试点研究项目，隶属于Bit-Z集团。由行业动态与生态研究两大分支组成。
顾岚岚在币圈·2020-09-16 02:50

生物信息学入门 富集分析与蛋白质互作用网络（PPI）的可视化 Cystocape入门指南

在富集分析中，网络图常被用于表示功能与估计到该功能的基因的联系。
ntuYision·2020-09-15 11:40

R语言ggplot2绘图教程——Pathway富集分析气泡图

library(ggplot2)pathway=read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")#画图p=ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))p=p+geom_point()#改变点的大小p=p+geom_point(aes(size=R0vsR3)
宁生信·2020-09-15 08:17

功能注释后如何做富集分析

功能注释后如何做富集分析本文是为了回答知识星球里的一个提问，他为了用clusterProfiler做富集分析，打算构建一个OrgDb，也就是物种数据库。
weixin_34004750·2020-09-15 05:27

【二八定律】

社会约80%的财富集中在20%的人手里，而80%的人只拥有20%的社会财富。这种统计的不平衡性在社会、经济及生活中无处不在，这就是二八法则。
iteye_6794·2020-09-12 16:40

基础乌尔都语Poetry- Nazm和加扎尔

它被认为是心理模拟和思考过程中富集的丰富来源。乌尔都语语言已经出现在世界各地的谁在做这样的诗歌达到其智力巅峰贡献良多几个伟大的诗人。不同的诗人用不同形式的诗歌来表达自己。
passioncat·2020-09-12 03:22

scRNA基础分析-6：富集分析

导入数据、过滤质控-scRNA基础分析-2：降维与聚类-scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5：伪时间分析-scRNA基础分析-6：富集分析
小贝学生信·2020-09-10 16:52

scRNA基础分析-5：伪时间分析

导入数据、过滤质控-scRNA基础分析-2：降维与聚类-scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型-scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释-scRNA基础分析-5：伪时间分析-scRNA基础分析-6：富集分析
小贝学生信·2020-09-10 16:43

GEO挖掘实战一、初步探索数据

「生信技能树」三阴性乳腺癌表达矩阵探索系列笔记GEO挖掘实战一、初步探索数据-GEO挖掘实战二、差异分析及富集分析-GEO挖掘实战三、GSVA-GEO挖掘实战四、TNBC相关探索-示例代码链接：https
小贝学生信·2020-09-09 17:21

基因富集网站—g:Profiler

推荐一个做基因富集的网站：g:Profiler网址：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gostg:Profiler是一个用于功能丰富分析和基因列表转换的Web服务器，与最常见的
生信编程日常·2020-09-09 12:02

神经网络架构搜索——可微分搜索（Fair-DARTS）

针对现有DARTS框架在搜索阶段训练过程中存在skip-connection富集现象，导致最终模型出现大幅度的性能损失问题的问题，提出了Sigmoid替代Softmax的方法，使搜索阶段候选操作由竞争关系转
AI异构·2020-09-09 09:18

跟着视频课学习TBtools热图的绘制，轻轻松松就搞定啦

1.基因表达量（常用）2.基因功能富集结果，GO、KEGG富集等（常用）3.性状数据、标记数据、生物学功能？
种菜的小王·2020-09-07 15:31

用clusterProfiler做GSEA（二）

此外，gseaplot2还可以同时显示多个功能组的富集曲线和pvalue。
生信编程日常·2020-09-03 18:08

用clusterProfiler做GSEA（一）

image.pngGSEA的介绍：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相应的软件，其实clusterProfiler除了做goterm富集，也可以做GSEA
生信编程日常·2020-09-02 10:35

基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler

symbol与entrezID并不是绝对的一一对应的利用ClusterProfiler进行富集分析：Y叔更新快，不用担心数据库过时，操
fatlady·2020-08-25 09:42

分享：划分界限，温柔而坚定

但他习惯于踩着铃声进教室，出门的时间一天比一天晚，为了让他不迟到我们天天开飞车，俨然上学成了我们的事，心里的怨气与焦虑越来越富集。
心想事成hj·2020-08-25 01:20

基因功能富集小结

为什么要做GO富集在生物学问题分析时，无论是通过转录组还是chip-seq等其他组学技术获得一大堆的差异基因之后，给大家留下的一个问题就是，这些差异基因属于什么功能？可能参与哪些通路？
Neptuneyut·2020-08-25 01:28

Nature Genetics：微生物如何适应植物的？(articles)

文章简介通讯作者简介细菌基因组适应植物的特征摘要表1.本研究使用的菌来源图1.本研究中使用细菌基因组，以及其中差异的功能分类丰度图2.多方法验证预测微生物基因组中的植物相关基因图3.植物/根系相关细菌中富集的蛋白和蛋白结构域图
刘永鑫Adam·2020-08-24 04:53

MEM-CHIP学习笔记

它可以做到以下几点：发现新的DNA结合motif通过比较已知的结合位点进行相似性分析可视化预测motif在你的序列上检测存在富集的motif预测在你的序列上结合的motif的数量MEM-ChIP的介绍输入文件你需要提供给它
面面的徐爷·2020-08-23 21:12

快速了解KEGG

我们有时候很关心基因所在的pathway、上下调控以及一堆基因富集到的pathway，再或者同源基因等信息，KEGG数据库也算是目前（注释）常用的明星数据库KEGG：京都基因和基因组百科全书：KEGG项目于
一个人旅行*-*·2020-08-22 13:56

GO富集分析-对比Gorilla, clusterProfiler, topGO三种工具part2

关于三个工具的具体描述（尤其GOrilla）,见GO富集分析-对比Gorilla,clusterProfiler,topGO三种工具part1~GSEA篇Interestinggenevsuniverse
美式永不加糖·2020-08-22 00:48

使用SIFT特征提取和K-Means方法对图片进行分类

由于项目的需要，需要搜集一批有标签的图片，但是人力没有那么多，无法对图片进行分类，所以就先用无监督的方法对用机器对图片自动分类，先富集一批数据，然后再对模型进行训练，于是就想到了k-means算法，但是图片需要提取特征
__William__·2020-08-22 00:56

GO富集分析

GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。
weixin_30527423·2020-08-21 10:40

从能量角度看战争

活下来的人如果能够革命成功，他们就可以占有财富集团的财富。另一部分赤贫人口加入到财富集团的军队中，为财富集团打仗。他们中也将有部分人牺牲，活下来的人获得财富集团发给他们的军饷。战争，就
勇于思索·2020-08-21 05:07

STEP9:确认LNCRNA是否真的是lncRNA

这些属性包括，转录本长度，表达水平，保守性（外显子和内含子），GWASSNP的富集等等。如果这些属性与已知的lncRNA类似，且与蛋白编码基因差别大则说明鉴定出的lncRNA为真正的lncRNA。l
六六_ryx·2020-08-21 03:16

中印对峙的现实原因

中东被称为世界的油库，非洲被称为资源的富集地。这是世界地缘政治的最终竞争目标。在中国两千多年的封建帝国时代，国家的基本资源是土地和水源，这是导致中国走向统一的两个主要的原因。
斜杠少年弘毅·2020-08-21 01:10

云享富集集回顾2017，展望2018

云享富集团回顾2017，展望2018：1、云享富物联商城2017年8月强势出击。2、4个月时间，平台注册会员超过130万，遍布全球，包括中国大陆、港澳台地区、马来西亚、日本、韩国等地。
李雪竹·2020-08-20 22:43

GEO数据挖掘-从数据下载到富集分析-各种绘图（学习笔记）

#################################---------GEO-data1---------#################################rm(list=ls())source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#beforeinstallpackagebiocLite('DOSE')#bioconductor
obwte·2020-08-20 21:11

从3个方面分类污水类型，一起来涨知识吧~

从而导致水体及其底泥的物理、化学性质和生物群落组成发生不良变化，破坏了水中固有的生态系统和水体的功能，从而降低水体使用价值的现象从污染成因划分自然污染：自然污染是指由于特殊的地质或自然条件，使一些化学元素大量富集
希洁化学·2020-08-20 14:39

展望云享富

云享富集团回顾2017，展望2018：1、云享富物联商城2017年8月强势出击。2、4个月时间，平台注册会员超过130万，遍布全球，包括中国大陆、港澳台地区、马来西亚、日本、韩国等地。
刘保财·2020-08-20 06:34

GSEA （基因集富集分析）

1.GSEA介绍基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis，GSEA）是麻省理工学院和哈佛大学的broadinstitute研究团队开发的一个针对全基因组表达谱芯片数据进行分析的工具
thinkando·2020-08-20 04:42

RabbitMQ原理及实现

英文原文二、RabbitMQ特点及应用RabbitMQ除了像兔子一样跑的很快以外，还有这些特点：开源、性能优秀，稳定性保障提供可靠性消息投递模式、返回模式与SpringAMQP完美整合，API丰富集群模式丰富
渣一个·2020-08-19 20:05

枪与半导体：上一场科技世界大战

为什么一个人员精良、资源富集、储备雄厚、水平居于前列的工业体系，在短短的二十年里，消失得几近无踪？
首席商业评论·2020-08-19 18:35

RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析，两类A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）B:基因集(geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes表达值）###############
Y大宽·2020-08-19 18:15

RabbitMQ详解

RabbitMQ核心概念及AMQP协议互联网大厂为什么选择RabbitMQ开源,性能优秀,稳定性保障提供可靠的消息投递模式(confirm),返回模式（return）SpringAMQP完美整合,API丰富集群模式丰富
xsjCoding·2020-08-19 16:05

2018-10-05

比如80%的财富集中在20%的人的手中，20%的工作会决定我们80%的工作成效。学会
A辽宁丛迪职道装曹静杰1504·2020-08-19 03:54

RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview

这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)的数据而来，当然如果你上部分数据存盘了，这部分直接导入并进行转换就可以。
Y大宽·2020-08-19 00:11

外显子测序简介

首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集，然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点，包括SNP和INDEL。
生信修炼手册·2020-08-18 23:24

这个面试问题很难么 | 如何处理大数据中的数据倾斜

正常的数据分布理论上都是倾斜的，就是我们所说的'二八原理'：80%的财富集中在20%的人手中,80%的用户只使用20%的功能,20%的用户贡献了80%的访问量。
大数据技术与架构·2020-08-18 12:34

使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码

气泡图是在笛卡尔坐标系同加入大小的参数所形成的可以表示三个变量关系的图例。在对基因完成GO/KEGG分析后，使用气泡图可以直观的展示pathway、pvalue、count之间的关系。下面为使用R语言ggplot2包绘制气泡图所需的数据结构及代码：由于笔者常使用read.csv读取文件，因此在第一列预留行名，建议实际操作时使用GOID以防止行名重复。library(ggplot2)pathway=
ntuYision·2020-08-18 12:26

折磨人的数据倾斜怎么搞

在弄清什么是数据倾斜之前,我想让大家看看数据分布的概念:正常的数据分布理论上都是倾斜的，就是我们所说的20-80原理:80%的财富集中在20%的人手中,80%的用户只使用20%的功能,20%的用户贡献了
ItStar_·2020-08-18 11:42
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