富集第11页

基因富集分析（一）

学会本专栏课程，可以具备发一篇五分左右文章的水平：本专栏目录如下：Figure1：差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)Figure2.生存分析，箱线图表达改变分析（图片仅供参考）Figure3.基因富集分析

楷然教你学生信·2022-12-25 22:41

GEO芯片数据分析更新（补富集分析与WGCNA）

GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。请帮助他完成该项目的设计与分析。上一篇博文我发现有两个问题，一个是分组问题，PCA结果不好；另一个是筛选出的差异基因太多，之前是R中下载GSE，后来我发现可以直接下载matrix和GPL注释文件，这次还

Annaaphq·2022-12-25 22:08

KEGG_cnetplot绘制基因—通路图（展示想要的通路）——R

以KEGG富集结果为例首先进行KEGG富集分析library(clusterProfiler)de_ekp<-enricher(gene,TERM2GENE=pathway2gene,TERM2NAME

紫霄zixiao·2022-12-25 16:22

二连杆机器人动力学——机械臂动力学计算实例

其中，机械臂的质量主要富集于机器人关节处，分别为：、；机械臂连杆长度分别为：、；机械臂关节运动为纯旋转，所以仅存在为角度的广义坐标：、；重力加速度为：。

hello我是小菜鸡·2022-12-23 19:54

hrsc2016 下载数据集_个性化功能富集和互作网络的王者——FunRich数据库

今天向大家介绍一款简单好用的功能富集分析/靶基因预测的软件-FunRich。

耳鸣的大金·2022-12-20 14:29

易基因｜RNA m7G甲基化测序（m7G-MeRIP-seq）

对于m7GRNA甲基化修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的m7G-MeRIP-seq，利用m7G特异性抗体富集发生m7G甲基化

易基因科技·2022-12-17 07:41

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润

R语言---生信分析---ssGSEA基因集富集分析、免疫浸润背景介绍代码0.设置工作目录，加载需要的包1.读取TPM表达矩阵数据，或表型数据2.数据处理3.加载需要的包，数据4.读取基因列表，得到免疫细胞对应的特异的基因

毒鸡蛋·2022-12-15 08:20

大气颗粒物与区域复合污染——大气颗粒物的来源识别与解析方法

大气颗粒物的来源识别与解析方法前言绪论大气颗粒物的来源识别与解析概述扩散模型法欧拉方法拉格朗日方法USEPA三种模型受体模型法富集因子法因子分析法（主成分分析法）化学质量平衡法PMF和UNMIX法PMF

Guanyu Liu·2022-12-11 22:12

R语言爬取HMDB，获取关键代谢物相关代谢通路

dr_yingli·2022-12-08 16:52

【元胞自动机】基于元胞自动机模拟晶体生长附matlab代码

界面能各向异性和界面扰动等因素,建立了单个等轴枝晶的生长模型.采用元胞自动机(cellularautomata)方法模拟了枝晶生长,界面扰动和分枝的竞争演化.对液相中的溶质传输进行了计算.通过模拟发现,凝同过程中溶质容易富集在枝晶臂之间

matlab科研助手·2022-12-08 08:54

一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 4-6 临床模型构建（六）

学会本专栏课程，可以具备发一篇五分左右文章的水平：本专栏目录如下：Figure1：差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)Figure2.生存分析，箱线图表达改变分析（图片仅供参考）Figure3.基因富集分析

楷然教你学生信·2022-12-06 06:53

DARTS-：增加辅助跳连，走出搜索性能崩溃

DARTS-：增加辅助跳连，走出搜索性能崩溃摘要Skip-Connect富集的两重原因方法结果CIFAR-10和ImageNetNAS-Bench-201本文是由美团，上交，小米，中科院联合发表的可微分神经网络架构搜索的文章

AI异构·2022-12-04 14:22

高盐矿井水除氟的有效解决办法

一般情况下矿井水中氟的富集还取决于径流条件以及地质构造、自然纬度等等。径流条件差的地区，封闭或半封闭的地貌，蒸发量大，降雨量小的干

weiss-18671273912·2022-11-29 18:04

除汞废水处理案例分享：北京某环境监测实验室除汞项目，出水汞未检出

20世纪50年代，震惊世界的八大公害事件之一“水俣病”，就是由于一家乙醛厂排出的废水中含有甲基汞，废水排入水俣湾，甲基汞在鱼体内富集，人们长期食用含甲基汞的鱼类，引起人体中枢神经系统发生病变。

any13367128839·2022-11-29 18:37

百度联合哈尔滨发布城市大模型“冰城-百度·文心”，助力城市智能化建设

作为传统老工业基地，哈尔滨科技资源富集，发展数字经济潜力巨大、前景广阔。近年来，哈尔滨一直围绕国家重大战略和哈尔

飞桨PaddlePaddle·2022-11-29 08:53

简单手段发IF=7+文章：磷酸三苯酯对鲤鱼的毒性作用及肠道微生物群落影响

研究背景磷酸三苯基酯（TPHP）是一种有机磷阻燃剂，它通过挥发以及溶解分散到环境中，并通过食物链富集生物体，对生态系统产生不可避免的负面影响。

SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:26

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集

生信宝典·2022-11-28 04:28

WGCNA 简明指南|2. 模块与性状关联分析并识别重要基因

基因共表达网络构建及模块识别WGCNA系列参考关联模块与临床特征量化module-trait(模块-特征)关系基因与性状和重要模块的关系：基因重要性和模块成员模块内分析:鉴定高GS和MM基因网络分析结果汇总输出模块基因富集分析往期参考本文主要参考官方指南

木舟笔记·2022-11-25 01:54

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现六：DAVID在线工具进行GO富集分析

文章目录论文地址DAVID官网上调基因GO富集分析进入官网，点击“FunctionAnnotation”选项富集分析选择背景基因选择GO富集分析结果下载富集分析结果保存文件，作为后续可视化的输入文件可视化富集分析结果

obwte·2022-11-23 19:23

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现七：DAVID在线工具进行KEGG富集分析

文章目录论文地址DAVID官网获得KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件绘制代谢通路网络图准备输入文件networkdatatabledata输入network文件输入table文件设置风格、

obwte·2022-11-23 19:23

微生信在线绘制KEGG Pathway通路分类汇总图

在pathway富集分析中，我们一般关注的是输入基因富集到哪些通路，但是殊不知，这些通路还可以进行分类汇总。

余丁，微生信·2022-11-21 14:12

桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果

Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者

余丁，微生信·2022-11-21 14:42

易基因技术推介｜m1A RNA甲基化测序（MeRIP-seq/m1A-seq）

m1ARNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（MeRIP-seq/m1

易基因科技·2022-11-19 11:57

宏病毒组富集技术详解

宏病毒组富集技术详解病毒可以说是地球上最大的生物实体之一，但是由于他们具有形态小，遗传物质进化快等的特点，因而不能像细菌、古菌等微生物一样有系统的发育标记，这为其鉴别增加了一定的难度。

易基因科技·2022-11-19 11:22

GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别

其中，基因集分析（GeneSetAnalysis）、基因集富集分析（GeneSetEnrichmentAnalysis）、单样本基因集富集分析（SingleSampleGeneSetEnrichmentAnalysis

annfall·2022-11-15 21:01

北鲲教程 | 基于扩展有限元的混凝土受力开裂计算分析

自1999年美国西北大学以Belytschko教授为代表的计算力学课题组[1]提出的扩展有限元概念至今已有23年，该理论基于传统有限元的单位分解思想，在不连续位置通过富集自由度的形式表达不连续场，既保持了计算过程中的收敛性

北鲲云_beikun·2022-11-11 11:13

数据科学与大数据技术专业适合女生学吗？

作为具有五年大数据工作经验，曾参与中国电信大数据主管，玖富集团技术架构师，参与过中国电信用户轨迹分析平台等多个互联网项目的资深老农，回答一下这个问题。

长大开飞船--·2022-11-03 11:26

在Ubuntu 18 R 4.0.3 Biocconductor 3.12 下安装clusterProfiler遇到的坑

背景：要安装clusterProfiler做富集分析，BiocManager::install("clusterProfiler")，报各种包安装失败技能：Linux和R安装包的方式首先要区分是Linux

曾有卓·2022-10-29 10:16

CAFE输出结果整理2——提取特定Orthogroups里某个物种的基因名

比较基因组分析很多时候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups来进行分析，然后得到一系列OG的ID，对于不同的物种，我们还需要在orthogroup里找到对应的基因名，来进行后续的富集分析等

徐诗芬·2022-10-19 18:49

【R画图学习3.1】富集气泡图

做生信中，最常做的一个工作就是富集分析，例如GO/Pathway富集分析等，而GO/Pathway分析富集的结果目前来说常用气泡图来展示，当然也有人用bar图等，但是相对来说个人还是觉得气泡图好看点。

jjjscuedu·2022-10-12 15:05

RNA-seq | 转录组标准分析流程和常用工具软件介绍

差异表达分析是对mRNA测序后获得表达矩阵，研究不同基因的表达量差异，除此之外，还有功能富集分析、联合分析等多种手段。转录组分析标准流程数据准备测序数据测序

·2022-10-08 18:42

[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com

小贝学生信·2022-10-04 08:41

RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出转录组分析和临床预测模型教程，有需要生信的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事–基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于TCGA差异表达之edgeRRNA5.SCI文章中差异基因表达之MA图RNA6.差异基因表达之

桓峰基因·2022-10-04 07:13

R语言绘图包08--森林图的绘制：forestplot

R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化

Hayley笔记·2022-09-29 14:02

单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA文献里经常看到这样不同组的通路选择性的一起展示的点图

Hayley笔记·2022-09-23 21:00

分析 | GO 富集分析

从研一来到组里，一直听到GO富集分析几个字。直到现在，研二基本结束了，我都没做过，也不会做。有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在所有基因中的占比。

shwzhao·2022-08-30 20:15

非模式物种GO富集分析（clusterProfiler）

自备的GO库，使用RclusterProfiler做GO富集非模式物种和数据库中没有的物种要做GO分析怎么办呢？现自己准备一个文件作为数据库，这个文件怎么准备，见非模式物种如何准备富集数据库（一）。

土豆干锅·2022-08-16 10:27

RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrezID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化：pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplotheatplotupsetplot

嘿嘿嘿嘿哈·2022-07-26 23:31

GEO数据挖掘（三）使用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析

首先整理好前面已经处理好的差异基因数据，部分基因截图如下：1.png打开DAVID网站：https://david.ncifcrf.gov/home.jsp2.png点击StartAnalysis进入下一页面。3.png依次真好箭头所指内容，最后点击提交。4.png点击箭头处开始分析。5.png6.png点击Chart进入下载页面7.png8.pngCtrl+A进行全选再复制到一个TXT文件，然后

生信开荒牛·2022-07-24 20:14

非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组

AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。

kkkkkkang·2022-07-15 11:59

文献学习012--[sc]心脏免疫细胞单细胞转录组分析揭示Rel驱动CD72阳性巨噬细胞诱导心肌损伤

方法和结果：作者从CD45+的单细胞测序数据中选择了所有的巨噬细胞，通过降维聚类和富集分析鉴定出了一类高度促炎的CD72hi巨噬细胞。

Hayley笔记·2022-07-14 15:13

单细胞（小鼠）| 差异分析＋GSEA通路富集

教程：FindMarkers做差异分析默认就不会返回全部基因-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.com)Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗(qq.com)Seurat中FindMarker寻找两个celltype差异基因的若干方法-(jianshu.com)用clusterProfiler做GSEA（二）-腾讯云开发者社区-腾讯云(tencent.

一只小脑斧·2022-07-06 21:02

基因集富集分析(GSEA)及其可视化

1什么是GSEA基因集富集分析(GeneSetEnrichmentAnalysis,GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。

青青青山·2022-07-04 21:52

单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap

Hayley笔记·2022-07-01 10:28

Hayley笔记·2022-07-01 10:51

AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度

AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUCell和GSVA的算法是一回事，都是排序。

Hayley笔记·2022-07-01 10:46

富集分析结果雷达图

Resolvingtheintertwiningofinflammationandfibrosisinhumanheartfailureatsingle-celllevel的时候看到一张很漂亮的图，是用雷达图来绘制不同细胞群的多个感兴趣的通路富集情况

Hayley笔记·2022-07-01 10:25

单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图1.数据和基因集准备library(Seurat

Hayley笔记·2022-07-01 10:15

单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞富集分析我最常用的是分组GSVA，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图

Hayley笔记·2022-07-01 10:12

单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程1.背景GeneSetEnrichmentAnalysis(GSEA)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势

Hayley笔记·2022-07-01 10:07

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