富集

单细胞亚群差异基因火山图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:54

单细胞密度散点图的绘制

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:17

桑基图：不同分辨率下的细胞分群可视化

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:09

DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图1.使用DoHeatmap绘制Seurat自带热图library
Hayley笔记·2022-07-01 10:05

R语言绘图包07--多集合可视化UpSetR

R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化
Hayley笔记·2022-07-01 10:20

R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagram

R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化韦恩图可以用来展示各个数据集之间的重叠关系绘制韦恩图的方法很多
Hayley笔记·2022-07-01 10:10

R语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化

R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoGOplot是一个基因富集可视化的R包
Hayley笔记·2022-07-01 10:06

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。
Z_bioinfo·2022-06-30 19:11

文献学习024--[sc]单细胞测序揭示病毒性心肌炎细胞图谱和转录网络

刚刚发在iScience上的文章1.髓系细胞，T细胞和成化学纤维细胞是心肌炎小鼠心脏中主要富集的细胞作者对CON和CVB3造模21天的小鼠心脏进行了消化，annexin-V和propidiumiodide
Hayley笔记·2022-06-30 09:53

基因ID转换方法总结

1.clusterProfiler包，bitr()转换ID函数clusterProfiler是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（DiseaseOntologyanalysis
Hayley笔记·2022-06-30 09:30

富集分析：（一）概述

（全文约6600字）1.富集分析1.1.富集分析概念富集分析富集分析，本质上是对数据的分布检验，如果分布集中在某个区域，则认为富集。
·2022-06-26 17:44

R语言ComplexHeatmap绘制复杂热图heatmap

绘制最简单的热图二常见“表型”注释2.1读入注释文件2.2添加注释，且设置颜色2.2.1颜色设置2.2.2添加注释三添加“块”注释3.1k-means指定K个数3.2先验知识知道样本分为几个簇3.3根据富集结果添加行注释四目标基因分析
·2022-06-25 11:26

读《人生海海》（感3）

人生海海——“上校”多姿多彩、多灾多难、蜿蜒曲折、极具戏剧化又深深沉沉的一生，都浓缩富集于这句平淡平常却又极富哲理和人生况味的闽南话里。
轻度清·2022-06-11 10:25

全面剖析肿瘤样本的基因组转录组，揭示了脑转移中富集的不同转录程序（IF14+）

Mappingmolecularsubtypespecificalterationsinbreastcancerbrainmetastasesidentifiesclinicallyrelevantvulnerabilities绘制乳腺癌脑转移的分子亚型特异性改变可识别临床相关漏洞发表期刊：NatCommun发表日期：2022Jan26DOI:10.1038/s41467-022-27987-5一
生信学霸·2022-06-08 10:28

利用eggnog做go富集

###go富集对populus_simonii_genome_data.emapper.annotations处理vichang_go1.py#!
夹竹桃的下午·2022-06-07 20:57

RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用

本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRINGR语言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb数据库导入②获取STRING_id③PPI绘制④clustering分簇⑤富集分析⑥获取蛋白互作信息
嘿嘿嘿嘿哈·2022-06-05 00:47

monocle实操+细胞功能富集分析

monocle实操1软件安装#所需软件tidyversemonocle（建议使用2.22.0，2.4为测试版）Seuratggsci1.1conda安装——Linuxhttps://anaconda.org/bioconda/bioconductor-monocle1.2BiocManager安装——Rhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/h
Apache_lin·2022-05-01 16:02

富集分析GO KEGG GSEA的区别

GO和KEGG是基于不同的分类思想而储存的基因相关功能的数据库,富集分析就是一个把这些功能进行进行整合计算的算法，GO富集，就是研究基因的本质的，从三个层面，分别描述基因的分子功能（molecularfunction
hyena_7·2022-04-23 08:07

R绘图实战|GSEA富集分析图

GSEA（GeneSetEnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，它的基本思想是使用预定义的基因，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集
木舟笔记·2022-04-17 10:21

非模式物种的一种简单版的go，kegg富集

首先推荐Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/上传你的蛋白序列genelist，背景基因选相似物种就可以做kegg，kegg的结果画图参考https://mp.weixin.qq.com/s/fwZ4rZOg8PdVb2ZE9wskoQdata01simoutsed's/,/\t/g'simout>simout.txt然后借用下某平台简单
夹竹桃的下午·2022-03-17 12:41

关于海产品的汞含量水平

甲基汞是无机汞离子在微生物作用下生成的，广泛的存在于江河湖海里，被食物链底端小鱼虾摄取后，通过食物链作用在大型鱼体内富集，人体摄入后主要损害神经系统。它的含量高低，主要取决于海产品的营养级。
桑珠·2022-02-21 21:06

GSEA笔记

GSEA缩写GSEA的全称是GeneSetEnrichmentAnalysis，中文翻译就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的这篇文献：基因集富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识
backup备份·2022-02-21 03:34

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。
bioin·2022-02-19 18:09

数据分析：基于GSVA的通路富集分析

与传统的OverRepresentationAnalysis:theup-ordown-regulatedDEGs和GeneSetEnrichmentAnalysis:Alltherankedgenes相比，GeneSetVariationAnalysis分析直接使用geneexpression或RNA-seqprofilematrix计算基因在通路中的得分，并且这种计算可以基于单样本处理。更多知
华仔少年·2022-02-18 14:38

10X单细胞（10X空间转录组）富集分析GSEA、GSVA算法回顾

好了，这一篇我们来简单回顾一下常用的富集分析方法GSEA、GSVA的分析算法原理，如有不准确之处，希望大家指出，共同进步。
单细胞空间交响乐·2022-02-18 10:54

干货 | 全基因组CRISPR文库筛选数据分析——MAGeCKFlute

通过同时sgRNA文库同时敲除全基因组的不同基因，经流式或药物筛选目的细胞表型，并扩增sgRNA区域序列及NGS测序，由此获得显著富集或减少的sgRNA所对应的基因。
拾柒Zzz·2022-02-16 22:10

R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析

参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看简单介绍一下几种常用的ID：Ensembleid：一般以ENSG开头，后边跟11位数字。如TP53基因：ENSG00000141510Entrezid：通常为纯数字。如TP53基因：7157Symbolid：为我们常在文献中报道的基因名称。如TP53基因的symbolid为TP53Refseqid
没有猫但是有猫饼·2022-02-16 22:38

RNA-seq分析实战

(后边还有)RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程RNA-seq实战第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理感谢各位大佬！
Akuooo·2022-02-14 14:21

云享富集团正含苞待放

刚刚过完年，云享富集团公司就传来一个一个的好消息。子公司相继在3月中旬开业。#(玫瑰)#(玫瑰)#(玫瑰)
风物九天·2022-02-14 14:40

科研软件81难之3---GSEA的富集分析原理

满月抛江第三难基因集的概念GSEA全称GeneSetEnrichmentAnalysis，GSVA全称GeneSetVariationAnalysis，它们都是基于基因集开展的分析，因此我们先要了解基因集的定义。基因集顾名思义就是一些基因的集合，任何一些基因放在一起都可以叫做基因集，但是我们用来分析的基因集要求有一定的生物学意义。最常见的基因集数据库如GO与KEGG，它们一个按照基因本体论将基因分
Sc_RNA_seq·2022-02-12 04:47

《历史的教训》第十一章社会主义与历史

资本主义偏重自由，放任财富集中。社会主义偏重平等，抑制财富集中。重自由，则政府不需要管太多，顺其自然就可以，于是政府小社会大。重平等，则政府需
刘瑞lxm·2022-02-12 02:13

用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析

因此，我们利用自己的数据在eggNOG-mapper上进行功能注释的信息，同样可以进行富集分析。
徐诗芬·2022-02-11 10:46

2021-05-11预警丨近期食用海虹须谨慎

含有毒素的藻类在被贻贝滤食后，其毒素会富集在贻贝体内，使得毒素的浓度逐渐升高。人们一旦误食含有高浓度毒素的贻贝，就会
PNWZDL123456·2022-02-11 05:20

熵增定律：一种新的世界观

如果没有外界能流的引入，绝不会出现热量重新富集的反向过程，所以所有的恒星终将熄灭，宇宙中不再有能量的流动，因而不可避免地走向无序。
您身边有温度陪伴者晓瑞·2022-02-11 01:12

GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。
南博屹生物医学·2022-02-10 20:00

认识水稻育种

1.水稻育种家通过不同品种水稻之间的杂交，让不同水稻品种中的控制性状的不同基因（比如说水稻品种1有控制粒长的基因a，但是没有b；水稻品种2有控制粒长的基因b，但是没a）富集在某个杂交后的
LukeWu1129·2022-02-10 19:21

ATAC-Seq Motif 富集分析

本文是《ATAC-Seq分析流程》的Motif富集分析部分。峰注释能够提供峰可能影响的基因和功能区域，但这不够直接解释开放区域的作用机制。
BeeBee生信·2022-02-10 13:24

甘肃河西走廊|带你跨越两千年岁月，回到华夏大国梦开始的地方

其实甘肃的旅游资源富集度位居全国前五，不可谓不丰富。一篇当然是写不完的。今天的主角是跨越了两千年岁月的——河西走廊。
留白_1ceb·2022-02-09 21:04

基因集富集分析 --- GSEA

基因集富集分析(Genesetenrichmentanalysis,GSEA)方法于2005年首次提出，题为Genesetenrichmentanalysis:Aknowledge-basedapproachforinterpretinggenome-wideexpressionprofiles
林枫bioinfo·2022-02-05 10:58

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析、火山图、功能富集
生信宝典·2022-02-03 14:05

如何成为很厉害的人？

2/8法则:百分之八十的财富集中在百分之二十人的手里，百分之八十的人生活在百分之二十的城市中，百分之八十的成就来源于百分之二十的努力，等等。2/8法则是由于因果循环的关系。
Zck康·2022-02-03 05:57

第三章 构建以国家公园为主体的自然保护地体系

一、高质量建设国家公园1.合理布局国家公园规范国家公园设立程序，印发国家公园空间布局方案,把自然生态系统最重要、自然景观最独特、自然遗产最精华、生物多样性最富集的自然生态区域纳入国家公园
发hong的小叶子·2022-01-18 16:20

震惊！！KEGG官方工具能够完成任何物种的KEGG注释！！！

mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLtsB4eZQ，不过毕竟EggNOG-mapper是第三方软件，而且注释结果仍然存在一个GeneID对应多个KONumber的情况，虽然对富集结果影响似乎不会太大
老饕_Ljw·2022-01-16 22:24

[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com
小贝学生信·2022-01-03 16:59

十期时间营21.12.18班会28法则分享稿

一、二八法则简介1897年，意大利经济学家巴莱多在对19世纪英国社会各阶层的财富和收益进行统计分析时发现：80%的社会财富集中在20
人间清醒的婷·2021-12-17 14:36

根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析

根据rawdata算出来FPKM，然后进行单个基因与其他基因之间相关性的计算mutwt=read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",row.names=1,header=T)#转置一下mutwt_t<-t(mutwt)转置后文件内容为：纵坐标是样本名称，横坐标是不同基因的Ensembl#先写空向量gene_name<-c()##也可用vectorcor_r<-c()pvalue<-
没有猫但是有猫饼·2021-12-15 16:45

点点点，KEGG Pathway 通路富集分析

《「GO富集分析」从原理到实践~零基础掌握》可以说，如果这系列教程还不完整，那么缺少的就是一个KEGG通路富集分析教程。而这个功能，也是TBtools的基本功能之一。
生信石头·2021-12-10 15:33

[富集分析] 1、背景知识

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com
小贝学生信·2021-12-01 01:14

[富集分析] 4、clusterprofile富集分析--多组设计的富集及可视化

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com
小贝学生信·2021-12-01 01:06

2021-11-24

找完标志后的后续分析Webgestalt在组学数据分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因数据分析最终都要落实到功能上去，富集分析作为一种最基础的功能研究方法，通过go,keggpathway
小白兔和小毛驴·2021-11-24 15:48
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