富集

根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析

根据rawdata算出来FPKM，然后进行单个基因与其他基因之间相关性的计算mutwt=read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",row.names=1,header=T)#转置一下mutwt_t<-t(mutwt)转置后文件内容为：纵坐标是样本名称，横坐标是不同基因的Ensembl#先写空向量gene_name<-c()##也可用vectorcor_r<-c()pvalue<-
没有猫但是有猫饼·2021-12-15 16:45

点点点，KEGG Pathway 通路富集分析

《「GO富集分析」从原理到实践~零基础掌握》可以说，如果这系列教程还不完整，那么缺少的就是一个KEGG通路富集分析教程。而这个功能，也是TBtools的基本功能之一。
生信石头·2021-12-10 15:33

[富集分析] 1、背景知识

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com
小贝学生信·2021-12-01 01:14

[富集分析] 4、clusterprofile富集分析--多组设计的富集及可视化

1、富集分析的背景知识-(jianshu.com)2、clusterprofile富集分析--上游分析-(jianshu.com)3、clusterprofile富集分析--下游可视化-(jianshu.com
小贝学生信·2021-12-01 01:06

2021-11-24

找完标志后的后续分析Webgestalt在组学数据分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因数据分析最终都要落实到功能上去，富集分析作为一种最基础的功能研究方法，通过go,keggpathway
小白兔和小毛驴·2021-11-24 15:48

数据分析：基于DESeq2结果的基因富集分析

在获取差异基因结果后，我们可以进行下一步的富集分析，常用方法有基于在线网站DAVID以及脚本处理的两类，本文介绍基于fgsea的方法计算富集分析得分。
华仔少年·2021-11-24 13:52

富集分析的原理与实现

一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。
TOP生物信息·2021-10-29 02:00

利用pep序列构建OrgDb进行富集分析（1）

利用eggnog-mapper软件生成注释文件准备文件：pep.fasta序列(一定是蛋白序列文件)以及eggnog-mapper软件及其数据库文件step1:下载eggnog-mapper软件及其数据库1.直接进入文件夹下面克隆，或者手动下载上传到文件夹下$cd~/soft/$gitclonehttps:github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git2.下载eggnog
多啦A梦的时光机_648d·2021-10-27 22:14

生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID

最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locustag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。
xizzy·2021-10-27 20:50

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

概念CallPeak其实是一种计算方法，用于识别基因组中由测序得到的比对reads富集的区域。其实通俗的来说Callpeak就是把我们有蛋白富集到核酸时的区域给找出来。
xizzy·2021-10-27 20:50

数据倾斜的原理及解决方案

在弄清什么是数据倾斜之前,我想让大家看看数据分布的概念:正常的数据分布理论上都是倾斜的，就是我们所说的20-80原理：80%的财富集中在20%的人手中,80%的用户只使用20%的功能,20%的用户贡献了
hzp666·2021-10-15 18:57

短篇|下一个死的人是谁?

人物：周暮雪：75岁，财富集团创始人。癌症晚期，只剩下一个月的生命。大姨太：周暮雪的妻子，64岁周子豪：周暮雪与大姨太的儿子，36岁，财富集团副总。王丽莹：周子豪的妻子，32岁，经常和周子豪吵架。
烨辰·2021-10-08 20:44

非模式蓝细菌物种注释包构建

主要参考的教程如下：测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析相关
Akuooo·2021-09-16 16:18

真核有参转录组测序标准分析

RNA-seq简介转录组测序数据产生(简述)将表型特异的组织提取RNA，然后送到测序公司，经过质检合格后，公司为RNA加接头，PCR富集，开始在仪器中测序。数据下机，发到
生信分析实验室·2021-09-14 11:27

生信入门-2

作图是三大基础统计基础就找一本医学统计学简单了解就可以了；数据处理和作图的话还是看我之前推荐的两本R的书生信学习分三块序列比对Linux上使用各种软件对原始测序结果进行分析；GWAS是很经典的方法，可以了解一下表达富集及差异分析建议阅读
JamesMori·2021-08-19 09:24

自驾新疆（5）～可可托海

富蕴县物华天宝、资源富集，位于准噶尔盆地东北部，阿勒泰山中段南麓，是中国唯一流入北冰洋的额尔齐斯河的源头。我们就驻车于富蕴县额尔齐斯河畔的河滨公园，这个窝点的卫生间跟宾馆一样干净整洁、设施齐全。
潇湘庄苑·2021-08-17 23:21

易基因 | 微量样本RNA甲基化m6A技术比较 — 技术解读

常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA
E_GENE·2021-08-17 16:58

使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释

对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提取出来即可。
老饕_Ljw·2021-07-26 16:45

GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

前面给大家简单介绍过☞什么是GeneOntology(GO)，以及如何用一些简单易用的网页工具去做GO和KEGG富集分析☞富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO☞比DAVID
生信交流平台·2021-07-06 11:12

RNA-seq(8): 探索分析结果:Data visulization

写在前面：这部分主要做一些数据可视化，富集分析暂时放下一部分，如果想跳过这里，请直接移步RNA-seq(9):富集分析------------------------------------------
Y大宽·2021-06-27 07:32

属于“即刻APP”自己的路在哪里

重新上线的即刻呼声大，很大一部分程度是由于用户对于之前版本黑即的喜爱，那么接下来我们先分析一下黑即用户定位互联网从业者和一二线城市的白领用户需求分析在大量的内容社交平台为了变现都在趋于中心化和媒体化，流量过于富集在那些头部的创作者上
剥离你的情绪·2021-06-26 05:07

RNA-seq分析：从fastq到差异表达基因

（trimmomatic），比对到人类基因组（hisat2）然后统计每个基因上出现的counts数（featureCounts），接下来在R里进行差异表达分析（DEseq2）找出差异表达基因再进行一些富集分析
高邮在逃咸鸭蛋·2021-06-24 02:13

富集分析后取基因

文章中没有给出logFC的阈值，但是最后得到的差异基因中74个上调，9个下调，所以我们可以自己设置阈值，是得到这样的基因数目，然后得到的差异基因再应用于后面富集分析中dimage-20191205233729390
小梦游仙境·2021-06-22 20:17

富集分析

写在前面：1某些富集代码|关于GSEA|某些主流富集分析工具两类富集分析A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）B:基因集(geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes
Y大宽·2021-06-22 04:07

R语言-GO富集分析的超几何检验和可视化

GeneOntology可分为分子功能（MolecularFunction），生物过程（biologicalprocess）和细胞组成（cellularcomponent）三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号，而GO号可对于到Term，即功能类别或者细胞定位。根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同GO分类中某（几）个特定的分支的超几何分布关系，GO分析会
黄温柔体贴·2021-06-21 21:21

为什么我的基因富集不到某个看似明显的通路？

刘小泽写于2020.1.23遇到的问题就是常规的差异分析结果进行GO富集分析，代码是：#先获得差异分析结果DEG_mtx，然后按照log2FC排序geneListlength(uni_gene)[1]4239
刘小泽·2021-06-21 17:51

生物信息数据库：miRNA相关数据库

mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp说明：相比mirDIP,miRWalk提供的物种更多，而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用
挽山·2021-06-21 17:37

GSEA基因集富集分析

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析：从概念理解到界面实操，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，是全网最流行的原理+操作兼备教程
MLD_TRNA·2021-06-21 07:45

R语言可视化（十三）：气泡图绘制

13.富集气泡图绘制清除当前环境中的变量rm(list=ls())设置工作目录setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/13bubble/")读取示例数据data<-read.table
Davey1220·2021-06-20 17:13

BIOG血浆DNA中量富集提取试剂盒

血清、血浆等液体样本中游离DNA的高效提取一直是个难题，由于提取原理上的缺陷，磁珠法的提取富集度和灵敏度远不如离心柱法，而即使是离心柱法，目前也存在富集倍数偏低的问题。使用较小的样本量，如目前常用的0
小姐姐爱跳舞·2021-06-20 10:18

三月week1文献阅读（下）:Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profiler,GSEA,C...

用EnrichmentMap显示富集结果VisualizationofenrichmentresultswithEnrichmentMap●时间~5分钟7.启动Cytoscape软件。
米妮爱分享·2021-06-19 05:41

基因功能富集方法和基因注释数据库介绍

1.两种基因功能富集方法介绍名词解释：1.基因功能富集分析：包括过表达分析ORA、功能分类打分FCS、基于同路拓扑结构PT和基于网络拓扑结构NT和基因富集分析GSEA。常用的是ORA和GSEA。
Hayley笔记·2021-06-15 07:29

微量样本RNA甲基化m6A技术比较

常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA
易基因科技·2021-06-15 06:40

用ggplot2做富集分析气泡图

数据准备富集分析软件由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起来有点困难，最要命的是基因组数据库并没有上传NCBI，无法用OrgDb，当然也可以自己做background然后做富集
ShawnMagic·2021-06-14 20:44

使用ChIPpeakAnno进行peak注释

bioconductor上的R包，针对peakcalling之后的下游分析，提供了以下多种功能查找与peak区域最相邻的基因,也支持自定义查找的特征，可以是exon,miRNA等peak相邻基因的GO富集分析提取
生信修炼手册·2021-06-14 01:50

2018第五届汉森.云南国际酒店用品及餐饮业博览会

展会概况云南历史悠久、文化厚重、山川秀美、资源富集、民族众多、人杰地灵，是海内外游客向往的旅游胜地。
18415811fb7d·2021-06-13 20:00

富集分析与可视化：R 实现

一.GO/KEGG（一）富集分析#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
挽山·2021-06-13 07:24

meme CentriMo富集 motif匹配序列的获取

背景当我们使用CentriMo进行motif富集后，如采用下面的命令$centrimo-octesttest.500l.fa$meme_motif会在test目录产生三个文件（centrimo.html
何物昂·2021-06-13 05:43

我可能是最后一个知道IGV也可以overlap Track的

还有就是，你有时候会有control和treat的ChIP，来显示处理下富集的变化，这时候你也得面临多展示一个track的问题。
城管大队哈队长·2021-06-12 22:39

LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set

前言  说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？
生信店小二·2021-06-11 00:49

GO和KEGG富集分析（Metascape数据库）

介绍生物信息学研究中，获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。
柳叶刀与小鼠标·2021-06-10 11:13

color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

对于通路分析结果的可视化而言，最常用的展现方式就是在通路中高亮显示富集到的基因。kegg提供了在ColorPathway在线服务，可以方便的完成这一任务。
生信修炼手册·2021-06-09 20:26

吃汁要力争瘦身与修复同步

老爹告诉我们，汁法富集了这些能量后，随即触发了身体本能的一种机制——剩余体能再分配机制，把这些能量投放到身体最需要的地方——修复前线。干什么去呢？正
末号义工·2021-06-08 14:34

kobas 3.0 做基因功能富集

http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3KOBAS是一种广泛使用的基因富集（GSE）分析工具。它的版本1.0和2.0分别于2005年和2011年发。
生信编程日常·2021-06-07 05:51

江西五年制大专收历届生吗

萍乡市汽车工程技工学校咨询热线：15180193532夏老师微信同号是由江西省大富集团投资创办的培养汽车产业技能型人才的职业技术学校，位于萍乡经济开发区，毗邻萍乡市行政中心新址和建设中的中信安源大剧院，
南昌中专报名咨询·2021-06-06 21:32

吃猪肝真的能护眼？

不过，按照富集原理，动物的肝脏所积存的毒素也是有的，而且，维生素A作为一种脂溶性的维生素，不易从身体中排出，摄入过量时可能带来毒性。而猪肝百克含有5000微克维A，成
yhys19·2021-06-06 09:28

浅探富集分析中的超几何分布

为了解决这一问题，最常用的做法就是做通路注释然后做通路富集分析，看看我们得到的基因都分布在哪些通路。超几何分布是富集分析的常用方法，常用的GO富集分析都是用超几何分布计算的。
井底蛙蛙呱呱呱·2021-06-06 08:57

R包-KEGG的超几何检验和基因富集分析（菜鸟篇）

什么是基因富集分析？基因富集分析(genesetenrichmentanalysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。
黄温柔体贴·2021-06-05 18:38

R语言绘制功能富集泡泡图

p=4321功能富集泡泡图功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图
tecdat拓端·2021-06-05 10:20

云享富集团

云享富集团走智慧地球致富之路云享富理念：融合资源、创新创变、共赢未来。云享富使命：让世界走进中国，让中国走向世界。云享富愿景:立足中国，引领全球。女怕嫁错郎，男怕选错行！走进云享富，人人喜洋洋！
风物九天·2021-06-04 19:40
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