生物信息学ATAC 第18页

Python基础知识仓库

Python在生物信息学分析中属于首选语言我之前学习过C，接触了Python以后发觉它更适合我这种生物出身的人人生苦短，我用Python2.通过什么途径学习的Python？

YoungClone·2021-06-06 03:39

我的定位—新的征程开始

我将定位主要定在生物信息学方向：先介绍下我的背景故事：在不明确人生方向的情况下去考了研究生，想做事想学东西，但

Jennifer_zlf·2021-06-04 23:59

生物信息学习资源总结（随时更新，欢迎持续关注）

国内博客：科学葡萄皮（卢宏超老师，翻译了一本python生信的书，他的博导是中国生信元老级人物陈润生院士）：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=565112陈同老师（生信宝典创始人）http://blog.genesino.com知乎上follow的一个人…：http://popucui.github.io公众号：论坛：生信技能树研究组

老山菜·2021-06-04 10:37

第二章微生物组数据的结构和特点

生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

文章汇总--持续更新

目录:1.生物信息学习资源及软件安装生物信息学的学习资源生信文件格式学习网站NGSpipelineinGithubconda简单运用(此推送献给我的师

小潤澤·2021-05-18 17:14

第二章和第三章学习笔记

1，生物信息学该如何练习？生物信息所需技能涉猎广泛，生信人需要承担的任务大抵可以分为三个层次：数据管理；初步数据解析；数据解释。

白羊铁蛋·2021-05-16 13:56

2019-4-5晨间日记

一般纪念日：无任务清单昨日完成的任务，最重要的三件事：人生减法认知学习价格投机刻意练习（策略制定）为知笔记手术部分内容导入幕布并分类改进：习惯养成：周目标·完成进度李老师个案（0/1）公众号一篇（0/1）生物信息学思维导图

左大肚·2021-05-15 12:21

Dynamic Programming(动态规划)类算法分析随笔(一)

#动态规划关于动态规划，先摘一段[wiki][1]的描述：```动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法

itrek·2021-05-14 14:19

实验流程图怎么画

Thesis_Figure3_1_ATAC-seqpipeline.png可以试试ProcessOn.com,一个专业在线画流程图的工具，使用Chrome&Firefox浏览器，支持快捷键，非常方便。

Ternq8·2021-05-14 10:22

碎碎念

我和另几位生科院的同学因为对生物信息学

c08d958bf0ad·2021-05-12 10:28

10X空间转录组细胞通讯之stlearn（寻找区域交流热点中心）

hello，大家好，就在昨天（2021.5.10）李彦宏举办了第一届生物计算大会，不知道大家听了没有，其实我认为最值得关注的一点就是同一样本的多组学检测，就是说同一样本，同时检测外显子，转录组，ATAC

单细胞空间交响乐·2021-05-11 16:01

【生信课程】08数据挖掘-山东大学-生物信息学

什么是数据挖掘image.png数据库系统image.pngimage.pngimage.pngimage.png--机器学习：主要任务image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png机器学习：K次交叉检验K次交叉检验（K-foldcrossvalidation）。所谓K次交叉检验就是把所有能够搜集到的已知结果的数据，分

leadingsci·2021-05-09 20:35

ATAC-seq Guidelines

https://informatics.fas.harvard.edu/atac-seq-guidelines.html图片发自App好像需要翻墙。

热衷组培的二货潜·2021-05-07 20:17

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习使用

生信宝典·2021-05-06 19:55

11月5日

新一周任务布置：·了解Linux基础安装，一些基础Linux安装·了解CRISPER·CAS9基本原理·阅读生物信息学第1-1,1-2,1-3章·了解测序数据是什么？数据格式是什么？各有什么特点？

陈洪瑜·2021-05-03 15:11

使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(1)

在日常的生信分析中，我常常会碰到对重复序列的处理。对于重复序列知道是什么东西，也知道分析中需要避免它的影响。但实际上还是缺乏一些系统上的认识，感谢最近发的一遍naturegenetics的reviewpaper，帮我把这段知识补充完整。这里也分章节同时分享给大家，与大家一起学习。摘要首先好习惯先看看摘要：许多物种的大部分基因组来自转座因子（TE）。此外，通过各种自我复制机制，TE在大多数物种的基因

lakeseafly·2021-05-03 07:20

条件随机场（Conditional random fields）

CRF最早是针对序列数据分析提出的，现已成功应用于自然语言处理(NLP）、生物信息学、机器视觉及网络智能等领域。**

izhangxm·2021-05-02 12:06

生物信息学-张红-绪论

第一章绪论生物信息学的定义生物信息学是bioinformatics的翻译；组织数据、并从数据中提取生物学新知识；狭义的生物信息学：专指应用信息技术存储和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据，也成分子生物信息学

耗奇害死猫·2021-04-29 23:15

浅谈生物信息学

目录#什么是生物信息学#研究什么#要学什么#怎么学#我们能拿它来做些什么#个人学习后的一些想法什么是生物信息学生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取，加工，存储，分配，分析，解释等在内的所有方面

正直少女鹿衔草·2021-04-29 17:01

没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大

插图时简单提到了通路数据库Reactome（https://reactome.org/），那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品，他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库，为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具

生信宝典·2021-04-27 21:26

InterVar

2021/03/04 InterVar是用于临床意义变异解释的python脚本，是一种生物信息学软件工具，可根据ACMG/AMP2015指南对遗传变异进行临床解释。

所以suoyi·2021-04-21 16:35

【生信课程】07-统计基础与算法-山东大学-生物信息学

贝叶斯公式image.pngimage.png贝叶斯公式的应用image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png生物学中的应用案例image.pngimage.pngimage.png二元预测的灵敏度和特异度image.pngimage.pngimage.pngimage.png生物学中灵敏度与特异度的应用案例image.pngimage.png位点特异性加

leadingsci·2021-04-21 04:06

生物信息与编程系列--引言

在我的意识世界里，生物信息学科是一门纯粹的工具学科，其发展的所有方法都不外乎是为生命科学研究提供服务的。之所以有这样的认知，是因为我是生物背景的。

正踪大米饭儿·2021-04-20 16:46

读李霞老师《生物信息学》教材

第一次知道李霞老师是在2019年“数学、计算机与生命科学交叉科学青年学者论坛”上，详见：2019||数学、计算机与生命科学交叉科学青年学者论坛。在论坛上她的演讲是《数学在生物医学中的作用》，生动有趣，主要是能够恰如其分地overlap到数学和生物医学的点。后来就开始在网上搜关于她的资料：了解到李老师是数学出身转到生物信息，也是国内早期从事和教授生物信息的老师之一。虽然到其门下读书几乎不可能了，但是

周运来就是我·2021-04-19 20:26

ggplot2 作图

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo|绘制序列分析图编者按：数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分

wanghaihua888·2021-04-19 18:47

单细胞测序文献精读10 | 单细胞测序揭示肝细胞癌免疫细胞图谱及其动态特征

产生的d-LAMP3+DCs可以从肿瘤转移到肝淋巴结3、对配体受体分析提示LAMP3+DCs对淋巴细胞的调节作用4、肿瘤中的巨噬细胞亚群呈现不同的状态腹水排出的可能性简言之集成的单细胞RNA测序技术和生物信息学方法揭示了肝细胞癌的高分辨率免疫景观

珠江肿瘤·2021-04-19 15:13

自学生信Python（第七天）|提取序列的ID

提取序列的ID本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。

天明豆豆·2021-04-18 19:47

Cytoscape构建网络图实操

基础理论网络图网络图非常常见，不仅被用在生物信息学分析，在生活中也很常见，如民航航线图、食物链、基因调控网络都是网络图经典的例子。

EwanH·2021-04-18 06:50

R语言生物信息大数据分析与深度挖掘及论文呈现实践技术

R语言生物信息大数据分析与深度挖掘及论文呈现实践技术各企事业单位：随着高通量测序以及生物信息学的发展，R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。

相信自己永不言败_9405·2021-04-18 05:55

群体结构——系统发育树的基本概念

本文具体介绍生物信息学分析中最常用的群体结构展示图形——系统发育树，分为两部分进行说明：系统发育树的基本概念和系统发育树的构建。

EwanH·2021-04-17 23:09

Genome Biology | The Deep Genome Project 深层基因组计划

通过基因组测序，诱变和基因组编辑，表型分析和生物信息学方面的技术创新，小鼠

Ternq8·2021-04-17 16:05

TCGA 数据挖掘+实验验证（老牌期刊非OA 准8分）

生物信息学分析显示PLOD1与GBM的进展有关，尤其是最恶

SCI狂人团队·2021-04-15 11:56

生物信息学分析工具

为了使NCBI的资料库发挥更大的进阶应用价值，NCBI研究团队发展许多可以做生物医学资料採矿与资料分析的检索与分析工具。在此依工具的使用目的将其分为六大类，每大类下分别包含工具的名称与简介，作为研究人员在选择工具时的参考。1.资料检索--文章词语搜寻‧Entrez一提供核酸、蛋白质、蛋白质3D结构Entrez：提供核酸、蛋白质、蛋白质3D结构、基因体图谱资讯、PubMedMEDLINE文献等整合式

天明豆豆·2021-04-15 10:34

Network在单细胞转录组数据分析中的应用

单细胞技术正在弥补分子生物学和组织生物学之间的鸿沟，进入高通量时代以来，这项技术所揭示的不是单一元素的信息，而是在单细胞层面揭示某种系统关系：DNA，RNA，ATAC等。

周运来就是我·2021-04-15 05:49

单基因纯生信分析套路单基因多组学+免疫浸润+预后泛癌分析

今天跟大家分享的是八月份发表在OncoImmunology杂志（IF：5.869）上的一篇文章，文章主要讲的是利用公共数据库中的多组学生物信息学对新的抗肿瘤靶点Siglec-15的表达特征、预后价值、免疫浸润模式和生物学功能进行分析

呆呆聊生信·2021-04-15 01:26

生物信息学管道工具综述：A review of bioinformatic pipeline frameworks

生物信息学流程的开发https://academic.oup.com/bib/article/18/3/530/2562749转载自https://mp.weixin.qq.com/s?

wo_monic·2021-04-13 08:51

Biopython （一）安装与介绍

被朋友安利一个专门用于处理生物信息学的工具箱“Biopython”，别人用python开发的小工具直接拿来用用也是很省时省力的，好吧，学生信就从“调包侠”开始做起吧！

徐诗芬·2021-04-13 02:07

叮咚！这份最全单基因研究套路派送中！

我们可以使用生物信息学的方法分析基因在肿瘤中参与的生物过程和行使的功能。本文主要介绍单基因生信分析的思路。

WOSCI沃斯编辑·2021-04-12 22:45

Extensive heterogeneity in somatic mutation and selection in the human bladder

在分子生物学，生物信息学和进化基因组学背景下，他的研究集中理解作为体细胞突变和选择的结果的癌症进展。在过

花生米yangyang·2021-03-16 19:07

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

1ChIP-seq染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的D

斩毛毛·2021-03-13 15:43

自学生信Python（第九天）| 将 RNA 序列翻译为相应的蛋白质序列

将RNA序列翻译为相应的蛋白质序列写在前面的话：本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学（新手莫怪）。

天明豆豆·2021-03-12 02:05

使用Windows做生信 | WSL生信分析环境搭建

下面，就让我们一起来看一下，如何在WSL中搭建生物信息学分析环境吧。在服务器中，可以按照相同的方法进行生信环境的搭建。

曹务强·2021-03-11 04:25

碱基周报（第 002 期）：申请国家自然科学基金

封面图源：pexels.com记录每周值得分享的生命科学和生物信息学进展内容，周日发布。

黄树嘉·2021-03-07 11:57

深度学习：常见深度学习框架【Theano、TensorFlow、Keras、Caffe/Caffe2、MXNet、CNTK、PyTorch】

这些深度学习框架被应用于计算机视觉、语音识别、自然语言处理与生物信息学等领域，并获取了极好的效果。

ninjawei·2021-03-02 23:31

生物序列搜索算法的进化

这是我上的生物信息学课前三周主要学习的一篇文章，自己进行了全文翻译。本来应该在实验室做实验的我，现在却只能在宅在家里摸鱼学习，一周两节网课约等于没课，简直是愉快地荒废了整个学期啊。

果蝇饲养员的生信笔记·2021-02-24 13:16

生物信息学分析的常用软件

生物信息学分析的常用软件。值得推荐！

wangchuang2017·2021-02-16 14:44

2020推文合集

2020年发送的推文列表如下ATAC最近大火的ATAC,究竟是干什么的引用2115次的ATAC经典论文解读划重点

生信修炼手册·2021-02-05 20:00

python教材答案第六章列表与元组答案_包含列表的元组可以作为字典的“键”。-智慧树Python数据分析与数据可视化章节答案...

A:对B:错Python数据分析与数据可视化章节测试答案：错更多相关问题2020年知到汽车理论(西安理工大学)2020年生物信息学中国大学MOOC2020年_传统文化与现当代文学(山东联盟)_智慧树_答案

君有点小暖·2021-02-04 02:01

单细胞测序-如何选择适合的scRNA测序方法

作图丫·2021-01-17 15:54

植物科学常用数据库和生物信息学工具2020

转载于公众号:MolPlant植物科学通用数据库http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息https://www.ncbi.nlm.nih.gov/美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13牛津大

峰峰love典典·2021-01-14 20:31

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