生物信息学ATAC

logistic回归列线图（nomogram）的多种绘制方法

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。
医学和生信笔记·2022-12-13 21:09

在B站学习大名鼎鼎的StatQuest 系列统计和生信分析视频（中文字幕）- 也见证助理教授到创业者的华丽转身...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 14:49

245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-12 02:47

01入门了解

一、寻找一个好的学习环境1、有实际的课题，实际的项目2、有做生物信息学的基础设置3、有一些压力，需要作出内容4、有团队的学习环境二、生物信息的根本处理好的数据用现成的软件进行分析但是软件比较多（很多软件比较负优化
Kangnaier5·2022-12-12 01:21

Radiology：影像组学：图像不仅仅是图片，它们还是数据

这些数据与其他患者数据相结合，并结合复杂的生物信息学方法进行
思影科技·2022-12-11 22:25

tidymodels搞定二分类资料多个模型评价和比较

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了很多二分类资料的模型评价内容，用到了很多R包，虽然达到了目的，但是内容太多了，不太容易记住。
医学和生信笔记·2022-12-11 09:46

生物信息学简史，A brief history of bioinformatics- Briefings in Bioinformatics综述解读

Abriefhistoryofbioinformatics原文DOI号：10.1093/bib/bby063参考链接生物信息学简史-生信自学网ABriefhistoryofBioinformatics1950
cling5899·2022-12-10 06:51

肿瘤纯度计算（InfiniumPurify基于甲基化）

Systematicpan-canceranalysisoftumourpurity为什么要用这个概念：因为取样过程很难保证取到的所有细胞都是肿瘤细胞，并且混杂的正常体细胞会对后续的分析产生影响（比如基因的表达水平），因此在生物信息学分析中最好计算肿瘤纯度并做相应的校正
生信小鹏·2022-12-09 21:43

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2022)：基于异构图GCN和GAT的DTI预测

(2022.4.16)Briefings-DTI-HETA：基于异构图GCN和GAT的DTI预测目录(2022.4.16)Briefings-DTI-HETA：基于异构图GCN和GAT的DTI预测摘要1.引言2.模型方法2.1定义3.1异构图上的GCN3.2图注意机制3.3链接预测4.实验4.1案例分析论文题目：DTI-HETA:predictionofdrug–targetinteraction
Cheng_0829·2022-12-09 06:56

基于pytorch使用实现CNN 如何使用pytorch构建CNN卷积神经网络

基于pytorch使用实现CNN如何使用pytorch构建CNN卷积神经网络本文是一个基于pytorch使用CNN在生物信息学上进行位点预测的例子基于pytorch实现CNN，基于CNN进行位点预测，将
_刘文凯_·2022-12-08 02:56

适用于一切模型的决策曲线分析DCA

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了超多DCA的实现方法，基本上常见的方法都包括了，代码和数据获取方法也给了大家。
医学和生信笔记·2022-12-07 22:29

二分类资料校准曲线calibration curve的绘制

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。
医学和生信笔记·2022-12-07 22:29

生存资料决策曲线分析DCA

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了logistic回归的DCA的5种绘制方法，今天学习下cox回归的DCA绘制方法。
医学和生信笔记·2022-12-07 22:59

SCS【11】单细胞ATAC-seq 可视化分析 (Cicero)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单
桓峰基因·2022-12-07 17:59

计算机技术与生物学的关系,生物信息学复习整理

生信整理一、重要概念1.生物信息学的定义、研究内容、组成采用信息学的方法来研究生命科学定义：生物信息学迄今为止尚没有一个标准定义(广义：生命科学中的信息科学。
臧大为·2022-12-06 11:14

中国科学技术大学生物信息学考试复习资料（整理版）

持续更新中！QUIZ参考答案：Whichgeneisthemosthighlymutatedgeneincancer?TP53WhichgeneisthemosthighlymutatedgeneinCOAD/READ?APCNamethreealignmenttools.Bowtie2Histat,TophatBWAWhatisthemethodforSNPcallingthatweintrod
爱做饭的电饭煲·2022-12-06 11:07

一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-12-06 08:29

曲阜师范2008计算机系崔芳芳,CCF@U759：张法、崔学峰走进曲阜师范大学

CCF高级会员、CCF生物信息学专业委员会秘书长、中科院计算所张法研究员，CCF专业会员、CCF生物信息学专业委员会委员、山东大学崔学峰教授受邀作精彩的学术报告。
灵性疗愈师李咏梅·2022-12-04 20:59

GEO数据库获取基因表达数据

前言生物信息学研究中生物信息扮演着重要的角色。其中基因表达矩阵数据使用的频率非常的高，本文介绍如何在GEO数据库中获取相关的基因表达数据并做相关处理，这里以肺癌为例。
一只电饭煲·2022-12-04 16:20

生物信息学【1】：cBioPortal数据库

cBioPortal（cBioCancerGenomicsPortal综合分析癌症基因和临床资料）•官方网址：www.cbioportal.org/•简介：cBioPortal网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目，涵盖了两万八千例标本的数据，此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用，而且提供一些小工具方便用户生
ZhuNian的学习乐园·2022-12-04 12:38

实用生物信息学2：多组学数据整合和挖掘

实用生物信息学2：多组学数据整合和挖掘本文部分/全部图片与文字来源网络或学术论文，仅供学习使用，持续修改完善中。
朝荣·2022-12-04 02:37

ggplot2|ggpubr配对箱线图绘制与配对检验

一、ggplot2---代码有注释setwd("F:/生物信息学/配对箱线
TS的美梦·2022-12-04 02:06

（五）R语言入门生物信息学——ORF和序列分析

注：本博客旨在分享个人学习心得，有不规范之处请多多包涵！目录概念介绍找ORF的代码实现结束语概念介绍在人体内，为了表达DNA上的基因，这个基因包含的DNA在被转录为pre-mRNA后经过进一步处理成为成熟的mRNA，mRNA紧接着会被核糖体用来合成蛋白质，从而控制生物体的反应。在mRNA上，每三个碱基组成一个密码子，对应一种氨基酸。下图为密码子与氨基酸的对照表：要合成一个正常的蛋白质，mRNA序列
EricFrenzy·2022-12-03 13:19

深度学习之Tensorflow

文章目录深度学习介绍Tensorflow1、图（op+tensor）2、会话3、张量深度学习介绍（1）介绍：深度学习，如深度神经网络、卷积神经网络和递归神经网络已被应用计算机视觉、语音识别、自然语言处理、音频识别与生物信息学等领域并获取了极好的效果
秋酿玖心·2022-12-02 23:13

生物信息学笔记02 -- 研究的一般方法

生物信息学概述以基因组DNA序列信息为源头，识别基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息特征，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律生物信息学研究的内容与方法研究主要内容⚫生物学数据的收集
JamSlade·2022-12-02 02:51

Prokka安装和使用

Prokka安装和使用1.简介2.安装3.使用1.简介原核生物基因组快速注释——ProkkaProkka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发
xq_ing·2022-12-01 19:51

R语言画森林图方法4

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。文章目录ggplot2ggforestplot今天继续学习使用R语言画森林图！
医学和生信笔记·2022-12-01 15:28

计算机算法在生物信息学中的应用,引力场算法及其在生物信息学中的应用

引力场算法及其在生物信息学中的应用【摘要】：优化算法是当今的重要研究课题，能够从海量数据中获得所需最优解，也是极具挑战的工作。
燕衔泥PPT·2022-11-30 10:00

RiceENCODE：水稻多元表观基因组数据库

可访问地址：https://www.nature.com/articles/s41467-020-16457-5图1水稻DNA调控元件数据库RiceENCODE的框架结构该数据库收集了包括ChIP-seq,ATAC-se
SHANGHAILINGEN·2022-11-29 07:55

虚拟机linux mobaxterm,远程终端神器：MobaXterm

原标题：远程终端神器：MobaXterm自从涉及生物信息学以来，本人用过多款远程终端软件登录Linux服务器，例如Putty、SSHSecureShellSlient、Xshell等。
亮叔叔·2022-11-29 06:09

一招解决Conda安装卡在solving environment这一步！

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2022-11-27 19:52

python机器学习生物信息学-疾病预测模型

python机器学习生物信息学系列课程意在帮助医疗领域科研人员，医生，提醒广大患者家庭疾病科普教育重要性，减少国家每年上涨医疗防控开支。以糖尿病为例，中国糖尿病数据触目惊心！
python风控模型·2022-11-26 20:26

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：MPG：一种有效的自我监督框架，用于学习药物分子的全局表示以进行药物发现

6.(2021.9.14)Briefings-MPG：一种有效的自我监督框架，用于学习药物分子的全局表示以进行药物发现论文标题：Aneffectiveself-supervisedframeworkforlearningexpressivemolecularglobalrepresentationstodrugdiscovery论文期刊：BriefingsinBioinformatics2021论
Cheng_0829·2022-11-26 19:18

[跟着NC学作图]--生存分析（Survival analysis）

最近，我打算做一系列的生物信息学相关的教程，这个系列是付费课程。
小杜的生信筆記·2022-11-26 15:48

收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-26 13:41

如何成为0级生物信息学者

如何成为0级生物信息学者2014-12-116:29|发布者:小小测序君|查看:182|评论:0|来自:科学网摘要:昨天到广州参加广东省高性能计算学会2014年会暨第三届基于高性能计算的生物医药应用研讨会及
海骆驼·2022-11-26 03:33

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-SumGNN:通过有效的KG聚集进行多类型DDI预测

3.(2021.3.26)Bioinformatics-SumGNN:通过有效的KG聚集进行多类型DDI预测论文标题:SumGNN:multi-typeddruginteractionpredictionviaefficientknowledgegraphsummarization论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/37
Cheng_0829·2022-11-25 16:10

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习构建表达矩阵
生信宝典·2022-11-25 13:33

二分类资料的决策曲线DCA绘制

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。DCA，临床决策曲线分析，更佳贴近临床实际，对临床工作的开展比AUC/NRI/IDI等更具有指导意义。
医学和生信笔记·2022-11-25 11:20

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-MUFFIN:用于DDI预测的多尺度特征融合

2.(2021.3.15)Bioinformatics-MUFFIN:用于DDI预测的多尺度特征融合论文标题:MUFFIN:multi-scalefeaturefusionfordrug–druginteractionprediction论文地址:https://www.researchgate.net/profile/Jianmin-Wang-3/publication/350100336_MU
Cheng_0829·2022-11-25 09:24

使用北鲲云在AWS上运行基因分析HPC任务

生物信息学是一门生命科学与计算科学的前沿交叉学科。生物信息学产生和迅猛发展的主要推动力来自于新一代测序等高通量技术在生命科学领域越来越广泛的应用。
北鲲云_beikun·2022-11-24 19:09

数据挖掘：关联分析—Apriori算法

广泛应用日常各领域，例如，在生物信息学中的功能基因定位、医疗领域的病症关联分析、快消领域等多个方面。一、Apriori算法原理在关联分析的过程中用到的三个指标：支持度、置信度、提升度。
Thomas_CC·2022-11-24 16:18

怎么用python编写程序计算标准差_自学生信Python（第五天）|如何计算标准差？...

本人是一枚生物学的学生，由于对生物信息学特别感兴趣，于是想自学生物信息学(新手莫怪)。
今融道·2022-11-24 15:21

构建系统发育树(进化树)的相关知识，以及各种进化树适用的情况。

文中内容主要来自于由陈铭主编的生物信息学。
你大佬来啦·2022-11-24 09:37

图神经网络框架DGL学习 104——图分类模型（Graph Classification Tutorial）

图形分类是生物信息学，化学信息学，社会网络分析，城市计算和网络安全等许多领域应用的重要问题。将图神经网络应用于此问题是最近流行的方法。
wufeil·2022-11-24 04:17

【图神经网络】使用DGL框架实现简单图分类任务

它的应用广泛，可见于生物信息学、化学信息学、社交网络分析、城市计算以及网络安全。随着近来学界对于图神经网络的热情持续高涨，出现了一批用图神经网络做图分类的工作。
镰刀韭菜·2022-11-24 04:41

非因解读 | 利用RPPA数据准确预测肺癌生存亚型

随着数据维度的增长，去除冗余信息、发掘有效信息的新方法和生物信息学手段需要进一步完善。KenAsada等科学家联合多家单位，在《Biomolecules》杂志上发表题为“P
BroH·2022-11-23 07:04

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （八）

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总（七）哈佛大学刘小乐教授讲授的计算生物学和生物信息学导论(2020视频+资料）（八）Single-cellRNA-seqclusteringanalysis得到高质量的细胞后
生信宝典·2022-11-20 21:42

哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （六）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-11-20 21:11

umap算法_生命科学中的 UMAP（降维算法）

这是《生命科学的数理统计和机器学习》的相关探讨，我试图介绍生物信息学、生物医学、遗传学等常见的分析技术。今天，我们将深入探讨一种令人兴奋的降维技术，称为UMAP，它主导了当今的单细胞基因组学。
张个个·2022-11-20 09:53
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