生物信息学ATAC

小目标完成情况记录(第一周)

早上到中大后读了《生物信息学》第二章中的第一代测序技术的章节；然后浏览了pubmed中“BPHresistanceinrice”搜索结果(243)的7篇文献的摘要，并整合至pubmed中Tan,PCR,
Diamondbacks·2022-07-15 09:56

生命科学计算机科学结合,生命科学与计算机科学的结合发展研究.docx

关键词：计算机科学;生命科学;生物信息学;量子技术
weixin_39804629·2022-07-06 07:59

计算机生命科学研究系,生命科学与计算机科学的结合发展研究

关键词：计算机科学;生命科学;生物信息学;量子技术;人工智能;一、概念论述(一)生命科
风华秋实·2022-07-06 07:57

基因表达趋势分析-1：TCseq

TCseq包可以应用于转录组，单细胞转录组，ATAC-seq，Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析，时间趋势分析及可视化作图。
Hayley笔记·2022-07-01 10:27

loom文件的生成

（参考：生物信息学常见数据格式）loom文件的生成需要使用velocyto。针对不同的测序平台，
Hayley笔记·2022-07-01 10:24

液滴型单细胞测序技术的比较

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq
Hayley笔记·2022-07-01 10:56

CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读

SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法1.与scATAC-seq有关的基本概念ATAC-seq
Hayley笔记·2022-07-01 10:40

资源集合（1）——生物信息学自学

论坛网站：生信自学网：https://www.biowolf.cn/ICGC/ICGC_introduction.html生信人：https://zhuanlan.zhihu.com/p/187430104生信菜鸟团：http://www.bio-info-trainee.com/生物技能树：http://www.biotrainee.com/PLOT：https://www.plob.org/值
怎么不是呐·2022-06-29 10:25

富集分析：（一）概述

生物信息学领域的富集分析在背景基因集(N)下获得一组特定基因集(S)，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根据生物功能或
·2022-06-26 17:44

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-06-22 12:46

中国科学院大学2021年陈润生院士生物信息学期末思考题

思考题1：什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？
记录生活和美好·2022-06-13 22:32

陈宏智：字节跳动自研万亿级图数据库ByteGraph及其应用与挑战

导读：作为一种基础的数据结构，图数据的应用场景无处不在，如社交、风控、搜广推、生物信息学中的蛋白质分析等。如何高效地对海量的图数据进行存储、查询、计算及分析，是当前业界热门的方向。
DataFunTalk·2022-06-13 11:00

生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析

ATAC-seq的首次提出：【文章原文】【scATAC原文】ATAC-seq植物界的里程碑：【文章原文】【中文解读】ATAC-seq针对不同植物物种进行研
生信卷王·2022-06-07 12:00

常见深度学习框架比较

这些深度学习框架被应用于计算机视觉、语音识别、自然语言处理与生物信息学等领域，并获取了极好的效果。
Sin_Geek·2022-06-05 10:21

如何进行基因组注释

定义基因组注释：是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。
生信技术·2022-05-28 01:23

python 使用Graphviz绘图时遇到的问题、解决方法以及Graphviz应用

它在网络、生物信息学、软件工程、数据库和网页设计、机器学习以及其他技术领域的可视化界面中有着重要的应用。
莫格利·2022-05-26 07:06

跨界 Bio+IT，推文汇总(推荐收藏)

"BioIT爱好者"致力于BIO生物信息学和IT互联网技术的分享和推广，如果你喜欢生信，爱好IT，乐于分享，欢迎关注并加入我们，一起跨界Bio+IT。
R语言学堂·2022-05-23 07:24

生物信息学的发展与未来

1.发展历史今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序。
Bioinfor生信云·2022-05-19 21:53

IF：7+ 基于转录组水平上探究种植周炎和类风湿性关节炎的相似性和潜在关系:一项生物信息学研究的结果

摘要背景：本生物信息学研究旨在揭示种植体周围炎和类风湿关节
90066456ace6·2022-05-19 12:10

提前恭喜RoseTTAFold又获奖了

不搞生物信息学的小伙伴可能不太知道RoseTTAFold，但它可是个神器，能够准确预测蛋白质的结构，是2021年Science杂质的年度科学突破奖第一名！
LH_TMO·2022-05-13 22:36

hmmlearn使用简介

随后，在生物信息学领域，HMM逐渐成为一项不可或缺的技术。本文内容包含来自：[1]用hmmlearn学习隐马尔科夫模型HMM[2]官方文档
Esctrionsit·2022-05-13 07:01

R语言机器学习mlr3：数据预处理和pipelines

获取更多R语言和生信知识，请欢迎关注公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记公众号主要分享：1.医学小知识、肛肠科小知识；2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等；3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记
Ayue0616·2022-05-12 07:42

常用软件记录

作为一名科研人员，研究方向集合了流行病学、生物统计学和生物信息学，算是半个程序员，断断续续也积累了一些经常用的软件，非常有助于提高自己的工作效率，在此记录下。
ZD_Mei·2022-05-07 18:14

呆瓜半小时入门python数据分析_金融和生物信息学多个实战案例

随着数据经济到来，数据分析师成为一门性感职业。在互联网时代，我们每个人的信息，行为，通信，衣食住行都被数据化，存储在数据中心里。通过数据分析，我们可以从数据库里得到有价值信息。因此大数据正成为Google，Facebook，Twitter，百度，腾讯，阿里等跨国公司的核心财富。（下图为facebook位于欧洲的数据中心）数据驱动经济，各行各业对数据分析师需求越来越大，其中互联网行业，金融行业，电子
python机器学习建模·2022-04-28 10:46

2022-04-27使用 GSDS 绘制基因结构图

GSDS是由北京大学生物信息学中心提供的用于显示基因外显子、内含子、保守元件的组成和位置的一个在线服务，全英文界面。由于有些地方不是很好操做，这里把我的步骤列在下面。
麦冬花儿·2022-04-27 11:52

画logistic_Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg当然还有更多R语言，生物信息学相关知识。。。
汪湜·2022-04-17 10:19

放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

放弃Venn-Upset-花瓣图，在线拥抱二分网络

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-17 07:48

学习动态规划的一些理解--入门级

定义具体定义我们可以在维基百科搜索动态规划时看到如下的话：“动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法
爱干净的泥腿儿·2022-04-14 06:59

Bioinformatics Servers

Author：苗奔奔HiPlot(https://hiplot.com.cn)生物信息学分析云平台开发者Courses:https://www.bilibili.com/video/BV1Ey4y1i7Q7
benben_miao·2022-04-12 20:07

深度学习技术在生物科学领域的进展和挑战

文章从蛋白质结构预测、蛋白质功能预测、基因组工程、系统生物学与数据集成、系统发生学等5个方面讨论了生物信息学的研究进展、局限性和前景。对于这5
weixin_4528312·2022-04-11 07:20

一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2022-04-09 07:41

生信数据库02-Metascape基因功能分析数据库

语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】今天R小盐介绍的数据库是Metascape01Metascape数据库Metascape数据库是一个功能强大的基因功能注释分析工具，能帮助用户将当前流行的生物信息学分析方法应用到批量基因和蛋白质的分析中
科研私家菜·2022-03-31 06:43

bam文件画插入片段长度分布图

对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下image.png每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。
笺牒九州的怪咖·2022-03-30 15:25

编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。
R语言中文社区·2022-03-27 07:51

机器学习笔记（一）朴素贝叶斯的Python代码实现

上研究生的时候，一心想读生物信息学的方向，由此也选修了生物数学，计算生物学等相关课程。给我印象最深的是给我们计算生物学的主讲老师，他北大数学系毕业，后来做起了生物和数学的交叉学科研究。
htmlgood·2022-03-25 07:13

HiPlot: bioinformatics analysis cloud platform

1.IntroductionofHiPlotHiplot(https://hiplot.com.cn)生物信息分析云平台免费为生物信息学、生物统计学、临床医学、地理信息学、数学统计学、机器学习等领域科研者提供在线生物信息数据分析的服务
benben_miao·2022-03-17 23:23

机器学习知识总结及代码实现

欢迎大家移步我的公众号查看，更新进度更快，其中不只有机器学习的内容，还有大数据、生物信息学、NLP等知识板块：机器学习|基本概念（一）http://bbit.vip/service/main.php?
pandaww·2022-03-12 07:07

10X单细胞 & ATAC 研究揭示人类妇科恶性肿瘤的多组学单细胞图谱

hello，大家好，今天是个好日子，女神节，什么是女神呢？我百度了一下，意思指对女性的神明或至尊的称谓，特指神话传说中的女性至高者。后来引申为善良、纯洁、高素质、气质脱俗以及容貌美的女性。在现代社会，女神常用来定义男性心目中喜爱，但还未成为真正恋爱对象的女生，那么女孩子们，你们是不是女神，看来还是取决于男性的内心啊，~~~~今天我们来分享一篇关于女性的研究文章，妇科恶性肿瘤的研究内容，文章在Amu
单细胞空间交响乐·2022-03-08 13:23

10X单细胞空间（RNA、ATAC、Spatial）联合分析剖析类风湿关节炎中炎症相关滑膜成纤维细胞的异质性及其驱动因素

又是周五，一周又将过去，时间总是匆匆，半刻不会停留，很想挽留，但是却没有方法，很多时候不希望时间就这么悄悄溜走，只好在时间的道路留下一些标记，回头看时，知道自己曾经来过今天又是单细胞空间占据身心的一天，分享的文献在HeterogeneityofInflammation-associatedSynovialFibroblastsinRheumatoidArthritisandItsDrivers，单
单细胞空间交响乐·2022-03-04 11:48

生物信息学初学者应该学什么

有些内容也不局限于生物信息学，对于科研工作者而言，应该都有一定帮助。
台式计算机·2022-03-02 14:02

纳米孔测序技术如何？

测序与纳米孔测序测序，在过去若干年的发展中，逐渐成为生物信息学中最重要的组成部分。
wangchuang2017·2022-02-25 09:34

rstudio查询命令_R语言入门：使用RStudio的基本操作

R语言在人工智能，统计学，机器学习，量化投资，以及生物信息学方面有着十分广泛的运用。也是我大学的必修课，因此这里梳理一些有关R语言的知识点，做做记录。
那一次仰望·2022-02-23 07:12

暑期实践之四

李老师一早向实践小队介绍了生我信息的相关知识，从中我了解到生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。
二三狗子·2022-02-21 01:30

2018-01-07

2.终于把生物信息学的实验弄完了！！！虽然看不太懂，但是代码终于能运行出来了。再也不子昂高这玩意儿了。3.晚上复习了一下马原，第一二章挺熟的，后面的看不下去了。明天考试的时候再找吧。
王小沫的日记·2022-02-20 21:28

利用ATAC-seq技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变

ATAC-seq技术是近年
Kenmly墨雲·2022-02-19 15:34

生信软件（2018-05-28）

（2）使用condainstall命令安装各类生物信息学软件数据预处理的软件：fastqc，multiqc质量过滤软件：trimmomatic无参转录组的比对软件：Trinity（提供转录组分析思路和流程
简单点lili·2022-02-17 02:50

卵巢癌全基因DNA拷贝数分析

这是一篇比较基础的生物信息学文章，生信小白不可错过。
概普生信·2022-02-16 14:10

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq

目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。
Davey1220·2022-02-15 08:59
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