生物信息学ATAC 第15页

python生物信息学数据管理第20章_Python生物信息学数据管理生命科学与信息技术丛书pdf,9787121303821...

祝祝祝莺时·2022-11-20 06:37

【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（一）

第一部分——关于计算生物学&生物信息学&本课程内容（1）ProteinWave【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列【算法】Needleman-Wunschalgorithm【数据库】PDB（ProteinDataBank

陈有朴·2022-11-20 03:42

生物信息学|DeepPurpose:药物靶标相互作用预测的深度学习库

然而，这些模型对于进入生物医学领域的计算机科学家和缺乏DL经验的生物信息学家来说都很难使用。我们提出了DeepPurpo

ShenggengLin·2022-11-20 03:00

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Briefings in Bioinformatics-2021)：生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用

4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习：趋势、方法和应用论文标题:Graphrepresentationlearninginbioinformatics:trends,methodsandapplications

Cheng_0829·2022-11-19 21:52

QB期刊 | 纪念HGP20周年系列文章3：陈润生院士回顾我国早期生物信息学的发展...

2021年是人类基因组草图公布的20周年，QB期刊非常荣幸地邀请到了一批曾在人类基因组计划（HGP）中发挥重要作用并做出突出贡献、或见证HGP重大进展和影响的杰出科学家，为大家分享HGP背后的故事。我们相信这些故事不仅可以带给大家很多见解，也可以为定量生物学未来的发展提供启示。在QB2021年第1期中，QB编辑部分别邀请了MichaelS.Waterman教授讲述了HGP最早的那段历史（点击这里阅

生信宝典·2022-11-19 04:28

2022|生物信息学|基于网络的生物标记物（biomarker）综述

基于网络的生物标记物（biomarker）识别方法文章目录基于网络的生物标记物（biomarker）识别方法生物标记物介绍相关数据库基于网络的生物标记物识别方法传统的生物标记物识别方法基于网络的生物标记物识别方法算法流程：![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/b7a75726db7a4978b2d46fad381c831e.png#pic_center)

ppgodcsy·2022-11-16 17:55

【Ryo】SPSS Modeler：SVM支持向量机在分类判别中的应用

广泛数据集包含大量预测变量，例如可能会在生物信息学领域遇到(对生物化学数据和生物学数据应用信息技术)的预测变量。

九局下半。·2022-10-30 07:15

生物信息学期刊

欢迎关注公众号AIandBioinformatics更全面根据平时自己的收藏，整理一下自己的记录，期刊排名暂无顺序1.Bioinformatics该期刊是生物信息学领域的顶级期刊，是CCFB类期刊也是SCI

Struggle~·2022-10-24 18:10

[R语言可视化-精美图形绘制系列]—堆积图

小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献

小杜的生信筆記·2022-10-21 20:21

单（核）细胞、VDJ、ATAC个性化分析大合集

作者，EvilGenius~~~被隔离了，受单细胞测序网的邀请做了一次直播课，PPT放给大家，希望大家都能有所收获，每次都有人问我关于单细胞空间的分析问题，之前呢，大多数教程都是关于空间转录组的，其实我是最早做单细胞分析的一批人，后来去了空间，不过目前而言，单细胞远比空间火的多。所以这里把单细胞所有的个性化分析来了一个大汇总，内容非常多，讲了将近4个小时。好了，开始分享PPT，当然了，很多文章我设

单细胞空间交响乐·2022-10-17 20:18

单细胞多组学整合分析方法讨论

作者，EvilGenius周一了，这一篇我们来讨论关于单细胞+ATAC多样本、多组学整合分析的方法。分两种情况，一种是样本分两份，一份做RNA，一份做ATAC，另外一种是单核+ATAC多组学。

Evil_Genius·2022-10-17 17:38

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究

基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究摘要：生物信息学主要研究分子生物学领域,而对于分子生物学领域，转录组的从头拼接又是其核心内容,即利用转录组的测序片段拼接出整个转录组中的所有表达的转录体。

wangchuang2017·2022-10-14 18:55

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2022)-SGCL-DTI：用于DTI预测的监督图协同对比学习

14.(2022.5.21)Bioinformatics-SGCL-DTI：用于DTI预测的监督图协同对比学习论文标题:Supervisedgraphco-contrastivelearningfordrug–targetinteractionprediction论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/38/10/

Cheng_0829·2022-10-11 21:53

知识图谱-生物信息学-医学顶刊论文(Bioinformatics-2021)-MSTE: 基于多向语义关系的有效KGE用于多药副作用预测

MSTE:基于多向语义关系的有效KGE用于多药副作用预测论文标题:Effectiveknowledgegraphembeddingsbasedonmultidirectionalsemanticsrelationsforpolypharmacysideeffectsprediction论文期刊:Bioinformatics2021MSTE:基于多向语义关系的有效KGE用于多药副作用预测摘要1.引言

Cheng_0829·2022-10-11 21:22

作者：王建新（1969-），博士，中南大学信息科学与工程学院教授，中国计算机学会高级会员。...

王建新（1969-），博士，中南大学信息科学与工程学院教授，中国计算机学会高级会员，主要研究方向为计算机算法、网络优化理论、生物信息学。

唐名威·2022-10-07 13:04

前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值

2022年4月1日Nature子刊《SignalTransductionandTargetedTherapy》发表综述文章，概述了ST实验和生物信息学方法的发展，并评估了其临床和转化应用价值。

wen05054105·2022-10-01 19:23

单细胞文章专列——细胞图谱

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-10-01 19:21

染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局

易基因科技·2022-09-24 07:39

单细胞多模态GAN揭示三阴性乳腺癌的空间模式

目录摘要引言结果scMMGAN整体架构空间、scRNA-seq和蛋白质组学数据之间的映射RNA-seq和ATAC-seq之间的映射三阴性乳腺癌数据的整合局限摘要生物实验数据越来越多地沿着多个不同的模态生成

tzc_fly·2022-09-21 13:07

mlr3绘制校准曲线

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了使用tidymodels画校准曲线，不知道大家学会了没？

阿越就是我·2022-09-18 19:00

ROC(AUC)的显著性检验

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。R语言临床预测模型系列文章，目前已更新20+篇内容，持续更新中，欢迎订阅！今天说一说ROC(AUC)的比较。

阿越就是我·2022-09-18 19:28

mlr3实现二分类资料多个模型评价和比较

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面介绍了使用tidymodels进行二分类资料的模型评价和比较，不知道大家学会了没？

阿越就是我·2022-09-18 19:28

生存资料校准曲线calibration curve的绘制

主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。前面我们已经讲过logistic模型的校准曲线的画法，这次我们学习生存资料的校准曲线画法。

阿越就是我·2022-09-18 19:27

生物信息学之rnaseq转录组分析流程--转换文件中的ensemble id到gene名

生物信息学之rnaseq转录组分析--转换文件中的ensembleid到gene名如何解决转录组分析中count之后遇到ensembleid的问题一个将ensembleid转换成gene名的python

生信讲师-老高·2022-09-08 04:12

生物信息学的现状与展望

生物信息学的现状与展望TheCurrentStatusandTheProspectofBioinformatics中国科学院院士张春霆(天津大学生命科学与工程研究院天津300072)摘要:本文阐述了生物信息学产生的背景

wangchuang2017·2022-08-28 15:14

ATAC-seq

背景知识真核生物的DNA并不是裸露的，而是会与组蛋白结合。DNA缠绕在组蛋白上，形成串珠式结构，珠是组蛋白，线是DNA。这样的结构进一步折叠，并在其它蛋白的辅助下形成染色质。染色质，染色体在细胞周期的不同时期，DNA的浓缩程度不同，间期表现为染色质具有转录活性，而中期染色体是转录惰性。细胞主要处于分裂间期，所以DNA大部分时间都是染色质而不是染色体，只不过大家喜欢用染色体泛指染色质和染色体。间期染

ytbao·2022-08-16 22:41

【果壳笔记】生物信息学——陈润生老师部分

【果壳笔记】生物信息学——陈润生老师部分本文部分图片来源网络或学术论文，文字部分来源网络与学术论文，仅供学习使用。目录【果壳笔记】生物信息学——陈润生老师部分1、什么是生物信息学？具体的任务是什么？

朝荣·2022-08-14 00:35

刘小乐教授：我与生物信息学的不解之缘

震惊和羡慕之余，重温一篇刘教授此前分享的关于她与生物信息学的故事。从北大到斯坦福，生物与计算机相遇和很多人一样，在少年时期我就有了自己的梦想。

weixin_4528312·2022-07-24 15:37

跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-07-22 10:06

吉大计算机学院周柚,周柚

中文名周柚毕业院校吉林大学学位/学历博士专业方向计算机应用技术职务吉林大学计算机科学与技术学院博士生导师周柚教研领域编辑语音研究方向：机器学习；生物信息学讲授课程：JAVA程序设计、C#程序设计[1]周柚人物经历编辑语音周柚教育经历

谭蔓茹·2022-07-19 20:51

小目标完成情况记录(第一周)

早上到中大后读了《生物信息学》第二章中的第一代测序技术的章节；然后浏览了pubmed中“BPHresistanceinrice”搜索结果(243)的7篇文献的摘要，并整合至pubmed中Tan,PCR,

Diamondbacks·2022-07-15 09:56

生命科学计算机科学结合,生命科学与计算机科学的结合发展研究.docx

关键词：计算机科学;生命科学;生物信息学;量子技术

weixin_39804629·2022-07-06 07:59

计算机生命科学研究系,生命科学与计算机科学的结合发展研究

关键词：计算机科学;生命科学;生物信息学;量子技术;人工智能;一、概念论述(一)生命科

风华秋实·2022-07-06 07:57

基因表达趋势分析-1：TCseq

TCseq包可以应用于转录组，单细胞转录组，ATAC-seq，Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析，时间趋势分析及可视化作图。

Hayley笔记·2022-07-01 10:27

loom文件的生成

（参考：生物信息学常见数据格式）loom文件的生成需要使用velocyto。针对不同的测序平台，

Hayley笔记·2022-07-01 10:24

液滴型单细胞测序技术的比较

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq

Hayley笔记·2022-07-01 10:56

CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序

单细胞测序方法和原理系列：1.单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞ATAC-seq

Hayley笔记·2022-07-01 10:46

单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读

SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法1.与scATAC-seq有关的基本概念ATAC-seq

Hayley笔记·2022-07-01 10:40

资源集合（1）——生物信息学自学

论坛网站：生信自学网：https://www.biowolf.cn/ICGC/ICGC_introduction.html生信人：https://zhuanlan.zhihu.com/p/187430104生信菜鸟团：http://www.bio-info-trainee.com/生物技能树：http://www.biotrainee.com/PLOT：https://www.plob.org/值

怎么不是呐·2022-06-29 10:25

富集分析：（一）概述

生物信息学领域的富集分析在背景基因集(N)下获得一组特定基因集(S)，S可能是基因列表，表达图谱，基因芯片等形式。在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根据生物功能或

·2022-06-26 17:44

Nat.Rev.Genet丨十二位分子遗传学家万字长文，烛照遗传学和基因组学的未来

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2022-06-22 12:46

中国科学院大学2021年陈润生院士生物信息学期末思考题

思考题1：什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？

记录生活和美好·2022-06-13 22:32

陈宏智：字节跳动自研万亿级图数据库ByteGraph及其应用与挑战

导读：作为一种基础的数据结构，图数据的应用场景无处不在，如社交、风控、搜广推、生物信息学中的蛋白质分析等。如何高效地对海量的图数据进行存储、查询、计算及分析，是当前业界热门的方向。

DataFunTalk·2022-06-13 11:00

生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析

ATAC-seq的首次提出：【文章原文】【scATAC原文】ATAC-seq植物界的里程碑：【文章原文】【中文解读】ATAC-seq针对不同植物物种进行研

生信卷王·2022-06-07 12:00

常见深度学习框架比较

这些深度学习框架被应用于计算机视觉、语音识别、自然语言处理与生物信息学等领域，并获取了极好的效果。

Sin_Geek·2022-06-05 10:21

如何进行基因组注释

定义基因组注释：是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。

生信技术·2022-05-28 01:23

python 使用Graphviz绘图时遇到的问题、解决方法以及Graphviz应用

它在网络、生物信息学、软件工程、数据库和网页设计、机器学习以及其他技术领域的可视化界面中有着重要的应用。

莫格利·2022-05-26 07:06

跨界 Bio+IT，推文汇总(推荐收藏)

"BioIT爱好者"致力于BIO生物信息学和IT互联网技术的分享和推广，如果你喜欢生信，爱好IT，乐于分享，欢迎关注并加入我们，一起跨界Bio+IT。

R语言学堂·2022-05-23 07:24

生物信息学的发展与未来

1.发展历史今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序。

Bioinfor生信云·2022-05-19 21:53

IF：7+ 基于转录组水平上探究种植周炎和类风湿性关节炎的相似性和潜在关系:一项生物信息学研究的结果

摘要背景：本生物信息学研究旨在揭示种植体周围炎和类风湿关节

90066456ace6·2022-05-19 12:10

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