生物信息学ATAC

如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）

在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习），里面没有涉及到差异peak的分析。现在补起来。参考的是DiffBind的一份官方文档：这里。
生信start_site·2021-01-02 12:56

2020分享在CSDN

这一年自己写了好多篇，不敢说篇篇精华，但敢说篇篇都在用心，本文集结成目录（包含生物信息学精进篇、统计学精进篇、Pyton可视化篇、Python数据科学篇、R可视化篇、R基础篇、Perl基础篇）。
pythonic生物人·2021-01-01 20:37

年终总结（2020年原创目录合集）：日拱一卒，不期速成！

这一年自己写了好多篇，不敢说篇篇精华，但敢说篇篇都在用心，本文集结成目录（包含生物信息学精进篇、统计学精进篇、Pyton可视化篇、Python数据科学篇、R可视化篇、R基础篇、Perl基础篇）。
pythonic生物人·2020-12-31 23:51

matlab点云数据投影_汇总|基于3D点云的深度学习方法

近年来，深度学习技术已成为计算机视觉、语音识别、自然语言处理、生物信息学等领域的研究热点
000F1·2020-12-30 18:26

2. 动态规划 Dynamic Programming

dynammicprogrammingnotesTableofcontentsDefinitionofdynammicprogrammingCommonprocesstosolveDP例题85.MaximalRectangle动态规划DynamicProgramming动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学
云殊_Tech·2020-12-27 06:37

生物信息学【3】：相关理论方法

由于最近在做BRCA-lncRNA相关的生信课题研究，在看到相关论文中的一些模型和方法，整理一下，供自己和大家一起学习。目录理论方法：1.生存分析：log-rank检验在什么情况下失效?2.DESeq2详细用法3.TCGA+biomarker——风险因子关联图4.ROC曲线，混淆矩阵，开集闭集等概念5.非负矩阵分解NMF6.ceRNA网络结构7.starBase数据库的使用8.STRING蛋白质组
Stormzudi·2020-12-22 21:34

ATAC-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:49

ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:41

RIC-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:31

Ribo-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:26

CLIP、RIP-seq讲座视频笔记

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小贝学生信·2020-12-17 19:22

(eccDNA)circle-seq讲座视频学习

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小贝学生信·2020-12-17 19:47

2020.12.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 全局与局部算法）

全局序列比对：Needleman-Wunsch算法该算法的结果是最优化的，但并不是所有可能的比对情况都需要被评估。执行一个穷尽的双序列比对算法需要太多计算资源算法三步骤step1：设置一个矩阵在二维矩阵中比较两条序列X,Y轴分别为第一条，第二条序列两条一致的序列的最佳比对可简单地用从左上角到右下角的对角线表示错配仍然在对角线上，但评分会变低空位在这个矩阵中用水平或垂直路径表示step2：给矩阵打分
穆易青·2020-12-13 23:53

Docker封装生物信息学lncRNA流程

一.流程介绍后续会开发lncRNA、smallRNA、circRNA流程首先是lncRNA流程，主要分析模块为：测序数据质控；序列比对分析；转录本组装；lncRNA分析；表达量分析；表达量差异分析；lncRNA靶基因分析；富集分析1.使用基础ubuntu镜像：dockerrun-itd--namelncubuntu:18.042.安装json环境配置环境换源：dockercpsources.lis
儒雅随和王小板·2020-12-08 15:30

Rust语言成为趋势，在学术界也一样风靡

2015年，德国生物信息学家JohannesKöster曾用Python编写了一个流行的工作流管理器Snakemake。但是现在他正在筹备一个新项目，该项目需要将数百万个基因序列读
程序员的店小二·2020-12-03 19:52

数据看世界|9幅动态图5个数据指标带你了解新冠肺炎的全球现状！！

作为医学生物信息学出身的小编就通过数
数据万花筒·2020-11-28 14:17

点云数据的类型主要分为_基于3D点云的深度学习方法

近年来，深度学习技术已成为计算机视觉、语音识别、自然语言处理、生物信息学等领域的研究热点，然而，三维点云的深度学习仍然面临着数据集规模小、维数高、非结构化等诸多挑战三维点云。在此
Luo Patrick·2020-11-27 06:43

ggplot2设置坐标轴范围_ggplot2学习笔记之图形排列

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农，R语言爱好者，爱开源又到了亲爱的严涛老师时间：诺奖文章里面的动图绘制教程来了！！
weixin_39952937·2020-11-20 06:51

50个ggplot2可视化案例

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-11-17 22:00

生信宝典教程大放送，一站式学习生信技术

生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化，是生物、医学科研必备的技能之一。
生信宝典·2020-11-14 21:00

单细胞数据信噪比（Signal-to-noise ratio，SNR）

这是在其他领域的定义，当然，作为生物信息学研究者来说，这个定义
单细胞空间交响乐·2020-11-13 10:28

Docker封装生物信息学circRNA流程

circRNA分析主要流程模块：图片.pngcircRNA主要作用机制(1)能够通过miRNAsponge方式作为一种内源性竞争RNA（ceRNA）参与转录后调控。(2)核内circRNA能够结合PolII复合物或者与启动子相互作用，调控转录过程。(3)mRNA前体的可变剪接由于介入环化的外显子，导致基因表达的改变。(4)circRNA能够直接与蛋白互作形成特定的circRNP，通过改变构象影响蛋
儒雅随和王小板·2020-11-12 10:50

Seurat4版本的WNN的运行与原理与softmax

Seurat4已经出了beta版本，最大的改变有两点（1）推出了多模态分析，WNN（权重最近邻），由此可以联合单细胞转录组与蛋白组、ATAC，空间转录组等一起分析（2）Rapidmappingofquerydatasetstoreferences
单细胞空间交响乐·2020-11-11 15:20

送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-23 15:00

超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-10-19 22:00

网络数据统计分析笔记|| Katya 可视化 Workshop

前情回顾：读李霞老师《生物信息学》教材Gephi网络图极简教程Network在单细胞转录组数据分析中的应用网络数据统计分析笔记||为什么研究网络网络数据统计分析笔记||操作网络数据网络数据统计分析笔记|
周运来就是我·2020-10-14 08:06

bioconda channel设置

如果要使用conda安装生物信息学软件，就需要设置bioconda软件源。
超人立志做国王·2020-10-11 09:39

ATAC-seq分析干货-1

近两年应用ATAC-seq方法发表的文章数量也是飞速上升，可见ATAC-seq的火爆程度。现在，如果你还不了解ATAC，还不抓紧学起来！今天我们先来学习一下ATAC-seq相关的背景介绍。
生信阿拉丁·2020-10-08 00:20

pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具

今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁·2020-10-07 11:13

推荐一些学习的网站

因为武汉新型肺炎的影响，原本两个周的寒假居然成了一个月的长假，闲来无事整理一下一些生物信息学相关的学习网站，趁着假期给自己充充电！
生信编程日常·2020-09-25 23:53

R语言可视化学习笔记之ggridges包绘制山峦图

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。严涛老师的绘图教程还有：gganimate|诺奖文章里面的动图绘制教程来了！！
生信宝典·2020-09-24 21:00

动态规划 Dynamic programming

一、前言动态规划（英語：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
Jeff_·2020-09-17 15:41

Single-Cell ATAC-Seq的初步了解

这一篇笔记是有关于单细胞ATAC-seq的初步了解。在阅读相关文献之前，我还是在网上找了些视频来看，想先对其有一个整体上的认识。这里有一个比较好的视频，讲的很浅显易懂。
生信start_site·2020-09-17 09:53

非靶向代谢组学数据分析方法总结

生物信息学早已不再局限于基因组学领域了，后基因组学越来越受到关注，并且这几年“多组学”的也研究越来越多。
FarmerJohn·2020-09-17 03:04

译文Deep Learning in Bioinformatics --深度学习在生物信息学领域的应用（1）

译文DeepLearninginBioinformatics--深度学习在生物信息学领域的应用(1)深度学习在生物信息学领域的应用(1)原文链接：https://arxiv.org/abs/1903.00342
Pineconek·2020-09-17 02:23

PacBio的异构体测序（Iso-Seq）

短读长RNA-seq的原理是将转录本异构体打断成较小的片段，然后利用生物信息学工具将其重新
dingsheng56656·2020-09-16 14:44

几种算法思想概要

80%81%E8%A7%84%E5%88%92https://blog.csdn.net/u013445530/article/details/40210587是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的
sunhaoli·2020-09-16 08:03

lintcode--最长公共子序列

该问题是典型的计算机科学问题，是文件差异比较程序的基础，在生物信息学中也有所应用。https://en.wikipedia.org/wiki/Longest_c
wen-yun-lei·2020-09-15 18:08

python--lintcode77.最长公共子序列

该问题是典型的计算机科学问题，是文件差异比较程序的基础，在生物信息学中也有所应用。https://en.wikipedia.org/wiki/Longest_c
超屌的温jay·2020-09-15 18:07

生物信息学入门 富集分析与蛋白质互作用网络（PPI）的可视化 Cystocape入门指南

网络图是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。在富集分析中，网络图常被用于表示功能与估计到该功能的基因的联系。
ntuYision·2020-09-15 11:40

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（下）

image.pngGeneratingFASTQswithcellranger-atacmkfastqOverviewcellranger-atac软件提供了cellranger-atacmkfastq
Davey1220·2020-09-15 11:54

RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载

测试数据及参考基因组的准备这个对新手来说，是一个很大的坑，hg19、GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了，国际通用的人类参考基因组，其实他们储存的是同样的fasta序列，只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位
caoqiansheng·2020-09-13 22:15

使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据（上）

image.pngCellRangerATAC简介cellranger-atac软件是用于处理10xGenomics平台ChromiumSingleCellATAC-seq测序数据的分析流程。
Davey1220·2020-09-13 21:57

R语言大小写字母转换

#R语言大小写字母转换熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室[email protected]://blog.sciencenet.cn/u/BearjazzR语言有很丰富的程序包处理生物学信息及问题
weixin_34007291·2020-09-13 06:55

16/10/2019 一步步学会分析ATAC-seq

https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684关于illumina测序的原理so,我的测序结果是paired-endsequencing并且是在不同的lanes上测序的。原始名称为：larvae1_S1_L001_R1_001.fastq.gz,larvae1_S1_L001_R2_001.fastq.gz,larvae1_S1_L002_R1_001.fastq.gz
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

2019/0715_生物信息学R语言教程——book

目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章ATAC-seq数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解

染色质免疫共沉淀ChromatinImmunoprecipitation,ChIP技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富
uqyuan0515·2020-09-13 03:02

ConnectedAlign：一种跨物种识别保守蛋白质复合物的PPI网络比对方法

摘要：背景：在生物信息学中，网络比对算法已经被应用到蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中，以在系统水平上发现进化保守的亚结构。
Toxic_皮·2020-09-12 11:08

生物信息学习——bowtie实例解析

-a——保留bowtie报告所有有效的比对（服从比对策略：-v2）.在这种情况下，bowtie在大肠杆菌基因组中发现5个不准确匹配;1个hit（列出的第二个）有1个配错数，而其他4个hit有2个配错数。四个在反向参考链上，一个在正向链上。注意，它们没有按照从最好到最差的顺序列出。[注意：如果不加-a则只显示一个结果（上面结果的第一列）]-v——两种模式之一（另一种模式是-n），在-v模式下，后面的
流汗的干戈·2020-09-12 06:32

生物信息学习——bowtie2使用手册

原文网址：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml用法bowtie2[options]*-x{-1-2|-U}-S[]主要参数-x参考基因组（referencegenome）通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。首先
流汗的干戈·2020-09-12 06:00
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