生物信息学ATAC 第17页

Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration

对于scATAC-seq，我们还开发了一个独立的Signac包，可以用于单细胞ATAC-seq的数据分析及其整合分析，详细的使用方法可以参考Signac包官网的说明文档。im

Davey1220·2022-02-07 02:21

生存分析及生存曲线_2021-01-30

生存分析（英文：SurvivalAnalysis），是生物信息学分析中常用到的一种重要方法，主要分析场景如：不同组癌症病人在一种或者一种以上的变量作用下其生存概率随着记录时间发展而发生的变化或者走势。

知无牙·2022-02-06 20:44

生物信息学数据库分类概览 (第一版)

生物与计算机的结合让生物进入大数据时代，为方便管理各种生物数据，科学家们开发了各式各样的生物数据库。了解与自己研究领域相关的数据库，并加以利用可能会使研究工作得到事半功倍的效果。在此将常用数据库按照以下分类方式大致整理了一下，方便检索。分类不准或有遗漏的欢迎指出，后续将不断推出更新版本。目录MetadatabasesModelorganismdatabasesNucleicaciddatabase

生信宝典·2022-02-06 09:12

02 转录组数据分析——环境配置以及软件下载

：在了解Miniconda安装之前，需要知道bioconda,miniconda,conda,anaconda四者之间的区别BiocondaBioconda是conda软件包管理器的一个镜像，专门从事生物信息学软件

易拉罐000·2022-02-06 07:21

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（三）：Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq

image.png简介在本教程中，我们将对PBMC的两个scATAC-seq数据集(5K和10K)和一个scRNA-seq数据集进行整合分析。这三个数据集均来自10Xgenomics测序平台产生的数据，可以直接在10x官网下载使用。具体来说，我们将主要执行以下分析内容：CellselectionforPBMC5kand10kscATAC;Randomlysample10,000cellsaslan

Davey1220·2022-02-05 20:17

BGI-College生信入门系列——1、课程概览

目前网络上生物信息学的入门视频课程相对较少，精挑细选一番后决定安利下面2个课程：一个是华大基因学院幕序平台的《生物信息分析员认证》，刚好双十一有认证课程的促销活动，全年最低价，感兴趣的朋友可以进入慕序平台了解活动详情

华大基因学院·2022-01-29 15:34

生信 | IGV Web快速搭建（无需root，无需更改配置文件）

最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入IGV查看peak的分布情况，但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到IGV里面太麻烦了，偶然间就看到了IGV官网上有一个叫做【igv.js】的东西，这一下让我想到了他可能和

生信卷王·2021-12-10 15:39

候选基因功能验证

基因功能验证包括两个阶段：首先利用生物信息学手段缩小候选基因范围，建立基因和表型关系，构建遗传假说；然后通过实验验证功能、确认假说。

bioyangyang·2021-12-09 11:48

热图5：ggplot2画热图及个性化修饰

image.png一、ggplot2与pheatmap热图对比读取文件和一些需要的包：setwd("D:/生物信息学")A%scale()%>%as.data.frame()#缩放数据C%scale(cente

KS科研分享与服务·2021-12-02 12:15

10X单细胞 & 10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）

也很经典，参考的文献在IReNA:integratedregulatorynetworkanalysisofsingle-celltranscriptomes，我们看看分析的方法和内容,关于10X单细胞联合ATAC

单细胞空间交响乐·2021-11-30 17:12

动态规划算法(二)

动态规划大约由数学家理查德·贝尔曼在40年代发明，在数学，管理科学，计算机科学，经济学，和生物信息学都有运用。一般用于解决具有最优子问题结果，并且子问题具有重叠特性的问题。

东方胖·2021-11-24 12:50

单细胞加权基因共表达网络分析scWGCNA-01

scWGCNA是一个生物信息学工作流程，是R包WGCNA的附加组件，用于在单细胞或单核RNA-seq数据集中进行加权基因共表达网络分析。

whitebird·2021-11-24 12:13

python数据分析之聚类分析(cluster analysis)

它是探索性数据挖掘的主要任务，也是统计数据分析的常用技术，用于许多领域，包括机器学习，模式识别，图像分析，信息检索，生物信息学，数据压缩和计算机图形学。

·2021-11-18 17:51

「数据结构与算法」动态规划学习笔记：简介

「数据结构与算法」动态规划学习笔记：简介动态规划的背景动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法

·2021-11-15 22:52

通过ATAC-seq和FAIRE-seq研究开放染色质发现驱动体内肿瘤发育的转录因子和调控区域

DavieK,JacobsJ,AtkinsM,PotierD,ChristiaensV,HalderG,AertsS.DiscoveryoftranscriptionfactorsandregulatoryregionsdrivinginvivotumordevelopmentbyATAC-seqandFAIRE-seqopenchromatinprofiling.PLoSGenet.2015Fe

笺牒九州的怪咖·2021-11-04 12:17

单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析

检测染色质开放性（Accessibility）结合高通量测序（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing，ATAC-Seq

江湾青年·2021-11-03 16:19

最长公共子序列(LCS)

最长公共子序列问题是一个经典的计算机科学问题，也是数据比较程序，比如Diff工具和生物信息学应用的基础。

·2021-11-02 18:36

文献分享：从原始数据开始一步一步分析ATAC-seq

最近在编写全新的ATAC-seq流程，看到一个非常好的文献《Fromreadstoinsight:ahitchhiker’sguidetoATAC-seqdataanalysis》文献堪称是目前最全的ATAC-seq

xizzy·2021-10-27 20:52

表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通

在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词CallPeak。CallPeak究竟是什么东西，得到的结果又有什么生物学意义呢？

xizzy·2021-10-27 20:50

生物信息学竞赛：糖尿病数据挖掘

糖尿病数据挖掘一理：机器学习量化分析糖尿病致病因子下载：临床数据线性回归预测糖尿病LightGBM预测糖尿病糖尿病因子分析变量相关性分析一文：当前科学理解慢病之王的解决方案是什么怎么治疗怎么预防一理：机器学习量化分析糖尿病致病因子下载：临床数据这是一所大学统计系提供的数据：https://statistics.sciences.ncsu.edu/数据集在审核中，也可以在官网下载。数据下载：http

Debroon·2021-10-27 20:05

2021-09-30 数据库记录格式

数据库主要由记录组成，包括了原始数据和生物信息学注释。两者理论上是位于同等重要的位置。数据库的记录格式主要有FASTA,FASTQ,GFF,GTF，GBFF等。

Xie_MJ·2021-10-01 16:06

单细胞笔记3-scATAC-seq介绍

ATAC-seqATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术

江湾青年·2021-09-16 20:53

解析 Ensembl 的数据库服务器（图文详解）

Ensembl对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.htmlimg

白墨石·2021-09-15 21:26

Linux基本操作

生物信息学分析经常会用到Linux操作系统。个人感觉Linux操作系统与Windows最大的不同就在于Windows是可视化的，“傻瓜式”操作，鼠标点击；而Linux需要输入代码来让计算机执行命令。

xiaoxianyu·2021-09-14 15:33

斯坦福CS229机器学习中文速查笔记.pdf

python大数据分析·2021-09-13 15:49

手把手带你快速入门超越GAN的Normalizing Flow

密度估计、异常检测、文本总结、数据聚类、生物信息学、DNA建模等各方面的应用均需要完成这项任务。多年来，研究人员发明了

·2021-09-07 17:44

❤️四万字《画解动态规划》从入门到精通❤️(建议收藏)

「动态规划」（即Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学以及生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的「子问题」的方式求解「复杂问题」的方法。

英雄哪里出来·2021-09-05 08:11

单细胞多组学技术 | 在流感疫苗作用机制研究的应用

在本文中，研究者使用包括单细胞ATAC测序、单细胞转录组测序等单细胞多组学技术综合分析了流感疫苗接种后引起的表观基因组变化，为流感疫苗作用的机制提供了新的见解。文章详情文章题目：Thesingl

生物芯时空·2021-08-31 10:05

分析总结Python数据化运营KMeans聚类

它是探索性数据挖掘的主要任务，也是统计数据分析的常用技术，用于许多领域，包括机器学习，模式识别，图像分析，信息检索，生物信息学，数据压缩和计算机图形学。一般应用场景目标用户的群体分类：根据

·2021-08-25 19:54

CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图

1.软件简介CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信息学分析中的基因结构分析，能绘制进化树图

龙star180·2021-08-11 06:35

生信log12|"Dataset"-NCBI批量下载基因组数据新工具尝鲜&测评｜MacOS

另NCBI其实出了很多工具是能用于批量作业的，如批量下载蛋白序列，不用太多编程的知识，小白如果能够善用NCBI的工具，初接触生物信息学时也能事半功倍，对NCBI的工具不少生信大佬也出过不少教程的文章NC

小周的万用胶囊·2021-08-09 12:02

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（一）：包的简介与安装

简介：immunarch包是一个主要面向于医学科学家和生物信息学家们设计的，专门针对T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)免疫组库数据进行分析的R包。

Davey1220·2021-07-30 11:38

生信log13|原核基因组分析流程一：常用在线工具使用总结及评价另附一些小白Q&A（超啰嗦的笔记）

希望这篇日志能给刚接触生物信息学，需要处理微生物数据的小伙伴提供参考和尽可能地最大限度和合理使用在线注释工具提高一点效率。

小周的万用胶囊·2021-07-28 23:13

生信log1-生物信息学软件使用（1）EGGNOG-MAPPER批量注释

EGGNOG-MAPPER批量注释其实使用的是一个for循环###这一步是同源搜索bash版本forfin*.faa;do./emapper.py-mdiamond--cpu10-i$f-o$f--output_dirdata_direct;done##data_direct是放输出文件的文件夹#如果想要看看命令行有没有错误可以在emapper.py前加echo命令##功能注释emapper.py

周芷希Hazel·2021-07-23 11:53

39.《Bioinformatics Data Skills》之基因组坐标

地球上各个分支的生物都包含染色体序列，生物信息学可以方便地将这样的一条碱基序列录入电脑中进行研究。参考基因组作为坐标系统来定位所有我们需要描述的东西。

DataScience·2021-07-06 20:00

网络数据统计分析笔记||读书笔记跋

前情回顾：读李霞老师《生物信息学》教材Gephi网络图极简教程Network在单细胞转录组数据分析中的应用网络数据统计分析笔记||为什么研究网络网络数据统计分析笔记||操作网络数据网络数据统计分析笔记|

周运来就是我·2021-06-26 13:26

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程，结果发现样本的比对率参差不齐，有的能达到80-90%，有的

六六_ryx·2021-06-26 06:22

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记）

换言之，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰，或任何你感兴趣的序列片段）；并且，你还需要提供motif文件，目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。

生信start_site·2021-06-21 01:54

ATAC-Seq Protocol for Buck Cell

ATAC-SeqProtocolforBuckCell版权说明：(XMU_Zhang_Lab,V-2019-03-23,特别致谢：刘俊佳/边成林同学）参考资料：基本原理其他实验室的P材料准备1.转座酶试剂

xmu_zhang_lab·2021-06-20 12:02

单细胞数据分析神器——Seurat

近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。

呆呆聊生信·2021-06-20 07:03

22-从DNA损伤修复以及分析亚型角度分析膀胱癌中的免疫调节

Hello，大家好，今天小编给大家带来的是有关DNA损伤修复基因以及膀胱癌亚型免疫调节的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亚型中免疫调节基因并进行了生物信息学分析，内容丰富却也不难理解，于2019年发表在JournalforImmunotherapyofCancer

生信学霸·2021-06-20 07:57

R语言中的数据结构

R语言生物信息学需要掌握perl、R、linuxshell,还有python等几种编程语言。R语言在生物信息数据挖掘和绘图方面发挥着很大的作用，bioconducto

chensole·2021-06-18 23:26

生物信息学的学习资源

最近在浏览大神写的教程的时候，也有留意到他们推荐的一些资源，下面我就总结一些我觉得比较好的一些：学习生物信息无外乎分为几大类：1.统计学习，2.NGS，3.编程，4,生物学知识.5.操作系统1.统计学：个人觉得还是StatQuest做的相关视频比较好，包括了基础统计学和一些生物统计学的内容，目前扩充到了机器学习和NGS流程所涉及到的数学原理。个人感觉强的一批，视频在B站上有更新：B站：生物统计学y

小潤澤·2021-06-15 23:44

circRNA的ceRNA机制研究文献解读

作者通过TCGARNA测序数据分析LATS1和has-miR-424-5p（miR-424）表达与GC患者的临床病理学特征和预后的相关性，通过circRNA表达谱和生物信息学

Ray钱·2021-06-15 15:54

生物信息学入门博客推荐（不定期更新）

0642021更新1、生信宝典整理比较系统，推荐。2、生信菜鸟团最早看Jimmy的博客学生信，内容比较实战，需要一定基础。3、糗世界最早看的博客之一，内容比较专业，主要是R。4、生信人生信人做的工具能够极大降低科研工作者的技术门槛，并且有不少科普好文。5、生信技能树Jimmy联合一群大牛搞的网站，用户活跃度较高，内容比较新。6、Digital-LI偶然看到的博客，作者比较专业，对软件和分析的原理讲

落寞的橙子·2021-06-15 09:11

生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费

海哥，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。

生信宝典·2021-06-15 08:57

一个没有什么卵用的从fastq随机抽取序列的Python脚本

这是我刚开始学习Python和生物信息学时写的一个练手脚本，写完之后成就感满满，结果不久就发现了一个处理序列的好工具seqtk，感觉这个脚本真是没有什么卵用。

契卡·2021-06-14 00:58

课题不顺利整天焦虑不安，夜里睡不着觉，怎么办?2020-05-11

我是生物信息学研究生，搞数据分析的，最近的实验结果一直不好，课题没有任何进展，一直在重复地做一些无用功，还不知道未来的方向在哪里，因此焦虑不安，睡不着觉，请问我该怎么缓解自己工作的焦虑？

机器人会画画·2021-06-13 15:51

深度学习在scRNA-seq数据处理中的应用

过去几年中，用于scRNA-seq数据分析的生物信息学技术得到了飞速发展，但仍有一些尚未

生信阿拉丁·2021-06-13 05:07

记录自学生物信息学的日子

为什么想到要学生物信息学呢？我想可能是太多的原因和缘分在推动我走出这一步。

生信胖子·2021-06-12 14:19

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