组蛋白H2B

更换pdb文件中的特定的字符使之转换为能够在AMBER中运行的pdb文件

thisscriptisusedtoremovetheatomorlinewhichisnotneededinthefileform"""importglobL=["HB","O5T","H2A*","O3T","HN6A","HN6B","HE","HN2A","HN2B","H2B
rogerzhanglijie·2020-09-16 23:56

2019/0904_chip-seq在识别组蛋白修饰位点中的作用

#组蛋白：（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。
uqyuan0515·2020-09-13 03:33

20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解

染色质免疫共沉淀ChromatinImmunoprecipitation,ChIP技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来
uqyuan0515·2020-09-13 03:02

ATAC-seq原理与步骤

DNA与组蛋白结合后形成核小体，核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开，从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质，就
Brickvstar·2020-08-30 17:05

【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程

表观遗传：非DNA决定的基因表达，或表型改变中可遗传因素的研究DNA水平：甲基化（胞嘧啶（二代测序为主）5mC，腺嘌呤（三代为主）6mA，羟甲基化RNA水平：甲基化，ncRNA染色质水平：组蛋白修饰（甲基化
生物信息与育种·2020-08-28 09:31

【日更挑战第2天】细胞培养之无血清培养基一

见：无血清培养基和试剂被广泛的应用于培养哺乳动物和无脊椎动物细胞以制备单克隆抗体，病毒抗原和重组蛋白等。无血清培养基是不需要添加血清就可以维持细胞在体外较长时间生长繁殖的合成培养基。
潜牛说·2020-08-21 20:51

应该是收集了水稻所有的ChIP-seq数据的一个网站Plantseq（含ChIP-seq部分分析及可视化命令脚本）

（注意这里只支持RAPDB-ID）:Os11g0559200首先是这样的image.png选择右边的tracks(分析的人都知道，这一班就意味着各种data),分八个板块image.png比如我们想看组蛋白
Js潜·2020-08-01 07:37

ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)

在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c）组蛋白修饰能预测染色质的类型（异染色质或常染色质）、区分基因组功能元件
生信start_site·2020-07-31 10:22

Small RNAs, emerging regulators critical for the development of horticultural traits

小RNA，新兴的调节剂，对园艺性状的发展至关重要摘要小RNA（sRNA）最近已被公认为是各种生物中的关键遗传和表观遗传调节剂，范围从DNA修饰和组蛋白甲基化到编码或非编码RNA丰度的调节。
Yancey_Yan·2020-07-26 15:36

前端面试题（上）

前端面试题一、单选题（共15题，每题2分）1、以下不属于行内元素的是()a)h1b)ac)spand)select2、以下不属于块级元素的是()a)h2b)divc)spand)h33、以下不属于空元素的是
banlin1780·2020-07-14 08:46

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part3

DNA甲基化会显著影响基因的表达调控，它一方面通过自身的甲基化影响蛋白的结合和另一方面与甲基化结合结构域蛋白（MBD）结合，通过MBD招募染色质重塑蛋白和组蛋白去乙酰化酶，形成更为致密的染色质（异染色质
XuningFan·2020-07-13 10:29

LncRNA 概述

表观遗传学的主要机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰及新近发现的非编码RNA。
Ray钱·2020-07-10 04:15

NGS项目三：ChiP-seq数据分析workflow

概念：内涵：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构[1,2]。
saghir·2020-07-10 01:12

ChIP-seq文献分享（二）：乙烯诱导的组蛋白H3乙酰化对拟南芥基因表达的影响

原文来源：Wang,Likai,etal."EthyleneinducescombinatorialeffectsofhistoneH3acetylationingeneexpressioninArabidopsis."BMCgenomics18.1(2017):538.这篇文章很多数据来源于之前发表的一篇高分文章：Zhang,Fan,etal."EIN2-dependentregulationo
presentlife·2020-07-04 22:07

ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)

在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c）组蛋白修饰能预测染色质的类型（异染色质或常染色质）、区分基因组功能元件
生信start_site·2020-07-04 02:03

全球疫苗竞赛，中国能排第几

截止6月24日，向WHO备案的候选新冠疫苗中，已进入临床试验的共有16个，主要采用的技术路径是核酸疫苗、灭活疫苗、腺病毒载体疫苗、重组蛋白疫苗。其中腺
健康界·2020-06-29 00:00

ChIP-seq分析全记录

ChIP还被用来确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点用于在全基因组范围内
Dawn_WangTP·2020-06-27 23:12

ChIP-seq之检峰

一、背景染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究
浩渺予怀·2020-06-21 02:31

ATAC-seq

这两个实验的思路是相似的：在染色质开放时，DNA和组蛋白的浓聚程度会降低，有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase）所切割。
简boo·2020-06-11 23:48

【上证微路演】神州细胞(688520)科创板IPO网上行

权威、深度、实用的财经资讯都在这里路演花絮神州细胞是一家致力于研发具备差异化竞争优势生物药的创新型生物制药研发公司，专注于单克隆抗体、重组蛋白和疫苗等生物药产品的研发和产业化。
上海证券报·2020-06-08 00:00

表观遗传学: DNA甲基化

DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式，与组蛋白修饰等方式一起，在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。
大王福不福·2020-05-18 16:07

【财闻联播】特朗普欠?中国银行数千万美元债务？中行最新回应！张文宏亮相国务院发布会

目前，中国布局了灭活疫苗、核酸疫苗、重组蛋白疫苗、腺病毒载体疫苗、减毒流感病毒载体疫苗等五条技术路线。其他几条技术路线
券商中国·2020-04-30 00:00

【小饭桌每日融资速递】迈威生物获19.7亿元人民币A轮融资

迈威生物是一家设立于上海张江科学城的创新型生物制药公司，致力于治疗用单克隆抗体、长效重组蛋白以及其他几个细分技术领域大分子创新药的研发和制造。2.嬴彻科技获1亿美元战略融资，投资方未透露。嬴彻科技
小饭桌·2020-04-29 00:00

生物信息系列：根据成对bed文件以及多个BigWig文件画出信号图

Materials：两个bed文件，多个ENCODE数据库下载的组蛋白CHip-seq数据的bigwig文件。
Minka__·2020-04-16 22:03

Judy健康说--无麸质饮食

图片发自App麸质这个词很多朋友可能比较陌生，它指的是谷物特别是小麦中的一组蛋白质。正常情况下我们可以消化吸收，可是如果我们因为某种原因不能完全消化麸质的话。
NIAS营养学国际研修·2020-04-13 00:08

chipBase:转录调控数据库

转录调控是生命活动中重要的调控机制，通过chip_seq数据，我们可以得到转录因子或者组蛋白修饰和基因之间的调控关系。
生信修炼手册·2020-04-01 03:30

2018-10-24

组蛋白修饰（histonemodification）是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。
哈哈eshine·2020-03-31 18:30

enChIP 介绍和如何设计gRNA

蛋白质包括转录因子，系统调节蛋白，修饰的组蛋白，染色质修饰蛋白酶和聚合酶。原因是这个技术可以知道这些蛋白结合在特定的位置。engi
Runuply·2020-03-26 17:00

ATAC-seq 分析（上）

简介ATAC-seq的目的是鉴定DNA的可触及区域，即未被组蛋白保护的开放区域，相当于DNaseI能够起作用的区域。用来探究转录因子反式调控机制。
presentlife·2020-03-25 02:23

CBB1007 hydrochloride

"目录号:HY-15313BEpigenetics-CBB1007盐酸盐是组蛋白去甲基化酶LSD1高效底物竞争性抑制剂，细胞可渗透，对hLSD1的IC50值为5.27uM。
莫小枫·2020-03-20 11:56

双端测序、DNA甲基化及CPG岛、转录组分析名词

表观遗传学认为在不改变DNA序列的情况下，通过DNA和组蛋白的修饰来调控基因的表达，而其中DNA甲基化最为常见（DNAmethylation）.在人类的表观遗传学中，CpG岛的甲基化修饰最为常见，Cp
陈洪瑜·2020-03-18 19:04

冬虫夏草具有防癌抗癌的功能吗？

自1975年以来，美国、德国以及日本研究人员已从虫草中分离出多种组蛋白、抗真菌抗生素及真菌多糖，这些物质对腹水瘤有较强的抑制作用，虫草素对免疫系统有广泛的影响，是其防癌作用的主要成份。
深圳益春堂·2020-03-17 23:48

哪些组蛋白修饰可遗传？

原创：ppxuEpigenetics表观遗传学表观遗传性状是指不依赖于DNA序列变化的染色质改变引起的稳定可遗传的性状[1]。这个定义中包含了两个基本的条件：a)染色质归根结底还是发生变化了，但并不是DNA序列的改变；b)这种染色质的改变可以引起性状的改变，而且最重要的是，这种改变的性状可以稳定遗传。改变了的性状（或理解为“获得性性状”）的稳定遗传依赖于基因表达调控机器的遗传。在细胞复制后，不仅仅
caokai001·2020-03-17 22:54

2019-01-12

将25微克某重组蛋白(最小多聚体分子量>65kD）溶于0.5毫升PBS，过凝胶层析柱，收集液ELISA测定浓
xiaosine·2020-03-13 22:08

Remetinostat可以治疗蕈样肉芽肿型皮肤T细胞淋巴瘤

Remetinostat是特有的局部组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂。Remetinostat可以作用于皮肤，但是在血液中迅速降
亨利福特健康·2020-02-28 06:37

FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转录因子为中心，进行了转录因子motif分析,与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析，数据库网址如下http://www.factorbook.org
生信修炼手册·2020-02-20 15:32

部分新冠肺炎疫苗品种已进入动物试验阶段

科技部生物中心主任张新民在15日下午召开的国务院联防联控机制新闻发布会上介绍，为确保新冠肺炎疫苗尽早研发成功，在科研攻关应急项目中并行安排了多条技术路线，包括灭活疫苗、mRNA疫苗、重组蛋白疫苗、病毒载体疫苗
光明日报·2020-02-15 00:00

齐鲁制药打造核心竞争力

齐鲁制药在生物医药领域，瑞白、巨和粒是国内“升白细胞”、“升血小板”第一品牌，保持国内市场占有率第一；拥有在研重组蛋白类、重组单抗类等生物技术药物19项。
齐鲁制药·2020-02-14 23:57

安利——lncRNA的亚细胞定位数据库

lncRNA的作用机制非常复杂，例如细胞核中的LncRNA可以通过直接与靶基因结合来激活或抑制靶基因的表达，还能通过参与组蛋白修饰或募集转录因子而参与基因的表达调控；而细胞质中的LncRNA也可以作为一种竞争性内源性
Ray钱·2020-02-11 07:05

【上证微路演】特宝生物(688278)科创板IPO网上行

权威、深度、实用的财经资讯都在这里路演花絮特宝生物是一家主要从事重组蛋白质及其长效修饰药物研发、生产及销售的创新型生物医药企业。
上海证券报·2020-01-06 00:00

远程美宝套盒让您告别“饥渴”肌

远程美宝套盒中的美容院干细胞护理产品套装，采用第二代植物DNA技术，通过分子生物学技术和植物工程重组蛋白质内含四种不同的生长因子经由临床试验证明，立刻改善皮肤状态。
远程HMO管家·2019-12-31 07:38

小样本多组学分析怎么发12分的Nature子刊？（多组学文献精读）：Integrative analysis of genomic and epigenomic regulation of th...

---------------------------------分割线------------------------------------------------文章关键词：肝癌，DNA甲基化，组蛋白修饰
liu_ll·2019-12-28 20:10

ChIP-seq分析的数据标准

以下罗列了ChIP-seq数据分析中的ENCODE标准，针对不同的免疫共沉淀类型有不同的标准，以下从组蛋白和转录因子2个方向介绍：一、组蛋白生物学重复：至少2个抗体：满足ENCODEConsortium
浩渺予怀·2019-12-25 13:44

MACS2 peak calling实战

MACS是一款最为流行的peakcalling软件，最初是针对转录因子的chip数据来设计的，在最新版本中，也添加了对组蛋白修饰的适配。
生信修炼手册·2019-12-20 00:14

肾内科学考试重点有哪些？肾内科学考试复习方法总结分享

(1)尿素，分子量为60，尿素本身毒性很低，但尿素的水平反应了体内一组蛋白代谢产物积聚的水平。(2)胍类物质：甲基胍等(3)肠道细菌代谢产物：包括胺类、酚类。2．尿
美丽的菇·2019-12-19 00:39

ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）

在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-seq实战就跟在转录组和外显子上的实战是没有本质区别的，只是它多了一些分析，转录组只找表达量做差异分析，外显子只找变异做变异注释，那chip-seq找的是peaks和motif。这里biobabble公众号有比较完整的chip-seq的介绍：CS1:ChI
生信start_site·2019-12-12 04:03

简述无血清培养基的优缺点

可以利用细胞培养技术进行大规模生物制品研发，如单克隆抗体、疫苗及重组蛋白的制备、药物开发、干细胞移植、人造器官培养等。因此，细胞培养技术已成为科学研究和医药制品开发的关键因素之一。
北京缔一生物·2019-12-07 08:19

【干货盘点】ChIP-seq实验篇，你需要了解这几点

目前，研究组蛋白修饰和转录因子结合位点较为成熟的技术是染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP），它是研究生理状态下目的蛋白和DNA相互作用较早的一种方法
华联科生物·2019-12-01 23:31

mPTP和PPSC

Short-TermMitochondrialPermeabilityTransitionPoreOpeningModulatesHistoneLysineMethylationattheEarlyPhaseofSomaticCellReprogramming短期的线粒体通透性转换孔的开放可调节体细胞重编程早期过程中的组蛋白赖氨酸甲基化行为
Rhine3523·2019-12-01 08:46

如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子

一、表观遗传学的组蛋白修饰染色体一个核小体由两个H2A，两个H2B，两个H3，两个H4组成的组蛋白八聚体和147bp缠绕在外面的DNA组成。
Ray钱·2019-11-30 18:28
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