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2020-12-13Recall me,please!
只有一次在去凤合营的940路公交车上碰到了一个以前教过的学生,这个学生我曾经给他
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了英语录音带,他后来还送给我一块小手表,十几块钱的样子吧,我问过他“你送给我一块手表,你什么意思啊!”
自知1111
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2024-01-26 00:23
RNA-Seq:差异表达分析案例
白利合子酵母菌在乙酸或铜胁迫下早期反应的
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谱分析摘要:醋酸在食品工业和生物技术中是非常重要的微生物抑制化合物,而非传统酵母种白利合子酵母菌对醋酸有显著的耐受性。
DumplingLucky
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2024-01-25 22:35
【学习】移空技术资料
在网上找到一些资料,
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在此。东西方的治疗技术有异曲同工之妙,如果说移空技术是“移”问题,那么安全岛技术就是“移”人,山不过来,我就过去。
快乐神仙鼠
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2024-01-25 22:16
利用 “diart“ 和 OpenAI 的 Whisper 简化实时
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利用"diart"和OpenAI的Whisper简化实时
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工作原理Diart是一个基于人工智能的Python库,用于实时记录说话者语言(即"谁在什么时候说话"),它建立在pyannote.audio模型之上
vitaminYZZ
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2024-01-25 18:39
空间
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组细胞类型的spot distance-based analyses,距离分析
最近发表的一篇关于空间
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组的文章《Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentats
单细胞空间交响乐
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2024-01-25 00:08
基因组与
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组,深入挖掘基因表达信息--02
案例4研究背景猕猴桃因维生素C含量非常高而被称为“水果之王”。猕猴桃的起源中心在中国西南部的山脉和山脉中。猕猴桃的驯化历史很短,始于20世纪初期,种子被引入新西兰。经过数十年的驯化,猕猴桃已幵发了许多品种。本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
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2024-01-24 23:12
10X空间
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组Visium:基本概念
2019年12月3日10X空间
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组Visium流程发布了,不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面,感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了,自带了数据集,还奉送了代码。
周运来就是我
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2024-01-24 15:48
【R>>Mfuzz】时间序列分析
时间序列分析:对不同时间点(状态)
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组或蛋白表达谱数据,进行模糊c均值聚类(fuzzyc-meansclustering,FCM),找出具有相似表达模式的基因或蛋白并聚类。
高大石头
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2024-01-24 14:30
基因组评估软件gaep
基因组组装评估指标基因组评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及
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组测序数据
花生学生信
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2024-01-24 08:17
10X单细胞(10X空间
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组)之细胞通讯软件之间的分析比较
hello,大家好,这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性,当然,做细胞通讯的软件非常多了,我也分享了很多,但是分享不是目的,用起来才是我们的终极目的,哪个软件该用,软件哪个好,优劣势都是什么,今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData
单细胞空间交响乐
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2024-01-24 00:08
入门必看 | 深度解析长末端重复反
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转座子(LTR-RTs)
提起LTR,相信很多人和我之前一样都是熟悉又陌生的感觉,听过或者接触过却未深入了解过。若您对LTR分析有兴趣,却苦于无从下手时,愿本文作为一个叩门砖,为您敲开LTR分析的大门。本篇从LTR的定义、分类、生物学意义、结构特征、鉴定方法等方面层层递进,带您走进神奇的LTR世界。1.LTR与重复序列、转座子的关系LTR-RTs是Longterminalrepeat-retrotransposons的缩写
ee00dc6faab7
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2024-01-23 23:47
2021-11-26
IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本研究通过多尺度单细胞分析对更大的患者队列进行分析,从而定义在肿瘤微环境中诱导的分子免疫状态;通过测序将免疫细胞的单细胞RNA测序(scRNA-seq)的结果与
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组和表位的细胞索引
图灵基因
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2024-01-23 22:41
ChIP-seq数据质控
日常瞎掰 ChIP-seq可以用来研究某种
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因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置,从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因,继而推测出在生物过程中的相关调控功能。
生信云笔记
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2024-01-23 17:36
2021-12-02
Nature|人原肠胚的单细胞
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组学特征原创huacishu图灵基因2021-12-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=49.960推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者分析了一个在自愿终止妊娠后被捐赠用于研究的人类胚胎
图灵基因
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2024-01-23 15:02
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用RNA-seq注释基因组时,有一个问题就是,我将不同组织来源的
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组数据和参考基因组比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
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2024-01-23 14:16
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
它是一种针对全
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组关联分析的方法,旨在通过比较
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本3'端适配器的使用情况,来研究基因表达水平与特定表型或疾病状态之间的关系。
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
标准化方法
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组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再将reads比对到参考基因组上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
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2024-01-23 02:43
【项目文章】Cell Research | 瞿介明/诸江/卢洪洲合作阐释区分新冠病毒持续无症状和潜伏期无症状感染者免疫学特征
该研究通过整合质谱流式技术(CyTOF)、
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普罗亭
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2024-01-23 01:50
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:
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组分析RNA-Seq 1
Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低通量2.需要有
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本序列的先验知识
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
10X单细胞(10X空间
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组)轨迹分析之绘图
下面这张图,大家不陌生吧,一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据,用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图,从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果(这次我们作为范例啊,这个聚类结果,真的让我一口老血吐出来了,大家分析的时候可要认真分析啊)。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片
单细胞空间交响乐
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2024-01-22 23:47
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量测序获得宏基因组/宏
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组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
#在宏基因组/宏
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组数据进行组装后,常需要去除短片段,筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中,您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA
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2024-01-22 15:17
linux
服务器
运维
宏
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组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
#rnaSPAdes作为宏
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组数据组装软件,数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装,宏
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组组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA
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2024-01-22 15:16
Linux
生物信息学
组装
linux
如何从PPI网络进一步挖掘信息
随着各个数据库中信息通量的不断提高,基于网络的分析方法越来越受欢迎,比如我们常见的蛋白质相互网络,基因共表达网络,
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因子调控网络,pathway网络等等,为了更好
生信修炼手册
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2024-01-22 13:14
研究基因组组织结构有啥意义?
启动子通常位于基因的
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起始位点(TSS)附近。增强子和边界元件可能位于基因之内,但更常见的是分布在非编码DNA两侧的各种距离(1-1,000kb)处。
Ss_y
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2024-01-22 12:03
单细胞测序3 丨丨构建文库
上期分享了单细胞测序2丨丨细胞捕获&cDNA扩增,主要介绍了单细胞测序第二环节--基因表达实验流程:GEMs形成、mRNA逆
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、二链cDNA合成与扩增。接下来进入单细胞测序的第三环节--文库构建。
知之为知之不知否
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2024-01-22 10:02
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组测序1-测序原始数据说明
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组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。
纪伟讲测序
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2024-01-22 08:45
零代码进行
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组数据分析实战(一):质量控制
一个完整的
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组测序项目大概分为以下三个阶段:体内:mRNA生成阶段。
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生成mRNA前体,再经过
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后加工形成成熟的mRNA。体外:建库测序阶段。RNA提取、片段化、逆
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以及上机测序。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:49
数据分析
数据挖掘
临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究?
肿瘤基因组和
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组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具,但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去,临床诊断依赖于基于抗体的检测策略,但这些方法有一定的局限性。
尐尐呅
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2024-01-22 04:38
时空组专辑数据库文献详解 | ZESTA:斑马鱼胚胎发育时空图谱
研究人员首次绘制了斑马鱼胚胎早期发育的时空
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组图谱,构建了在组织空间维度上的发育轨迹。此研究能够直观地
尐尐呅
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2024-01-22 03:46
基因组联合代谢组与
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组锁定关键通路--02
案例二研究背景香蕉广泛分布于热带和亚热带地区,是数百万人的主食和水果,是一种重要的食物资源,具有重要的社会经济和生态作用。香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种,源自于Musaacuminata(A基因组)和Musabalbisiana(B基因组)。虽然A基因组是香蕉遗传改良的关键一步,但缺乏高质量的B基因组序列极大地阻碍了香蕉种质的鉴定和分子育种。本研究测序组装了香蕉B基
百迈客生物
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2024-01-21 08:08
10X空间
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组数据推断基因拷贝数畸变(copy number aberrations)CNA
在空间
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组之前,我们可以利用单细胞数据进行推断CNA,用到的软件就是inferCNV,至于inferCNV的原理,我们这里就不详细叙说了,大家可以看文章InferCNV:InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata
单细胞空间交响乐
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2024-01-20 18:15
单细胞
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组|Seurat 4.0 使用指南
正好前段时间刚做过单细胞
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组分析,今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记
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2024-01-20 01:01
scRNA-seq Course 学习
scRNA-seq和bulkRNA-seq相似,区别只在于研究的细胞数量,后者是对同一组织的大量细胞进行
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组分析,而前者是对单个细胞进行
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组分析。
劳工小朋友
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2024-01-20 01:29
生物信息学
10X空间
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组-----空间高变基因检测之SpatialDE
今天我们来学习一下简单的基础知识,空间高变基因,之前呢,已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因,文章在10X空间
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组之基因的空间表达模式,其实有关10X空间
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组计算空间层面的高变基因,还有有很多值得挖掘的分析内容
单细胞空间交响乐
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2024-01-20 00:17
GenTree:基因进化和功能分析
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组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。Mo21ot.md.jpg这个网站的使用方式很简单。
橙子牛奶糖
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2024-01-19 16:36
ceRNA:一种全新的基因表达调控模式
它代表了一种全新的基因表达调控模式,相比miRNA调控网络,ceRNA调控网络更为精细和复杂,涉及更多的RNA分子,包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等,它为科研工作者提供一个全新的视角进行
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组研究
Seurat_Satija
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2024-01-19 08:51
不做WB或免疫组化,也能轻松完成蛋白验证 | 蛋白组数据库推荐
其利用
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组学和蛋白质组学技术,从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达
尐尐呅
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2024-01-19 00:30
10X单细胞(10X空间
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组)画图操作之二维colorbar
之前一些同学一直问一个问题,如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况,但是最直观的思考就是一个点(cell)如果展示两个基因的表达量,那必将填充两种颜色,这明显是不可行的,结果将是两种颜色的叠加,当然这种情况又是必须的,因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况,那么今天就给大家带来一种方法,设置二维colorbar,以下图为例:图片.png图上展示的就是
单细胞空间交响乐
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2024-01-18 17:16
谷子功能基因组学数据库
随着近年来的发表的两篇基因组文章,加快对其
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因子、代谢途径的研究,但是,这些分析通常发表于不同杂志期刊,缺少一个整合性,研究
天明豆豆
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2024-01-18 12:02
2020-12-03 慢病毒
慢病毒背景慢病毒载体慢病毒载体(lentivirusvector,LV)是一类来源于逆
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病毒的载体,慢病毒之所以是称为慢病毒,是因为感染的主要临床特点是在出现典型的临床症状以前,经历较长的潜伏期,之后缓慢发病
谢某丶
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2024-01-18 11:54
第一篇新冠单细胞文献!|解读
我们之前也发表过有关新冠病毒受体ACE2组织分布的解读,基本上是利用公共数据库对其分布及特异性进行分析,而这篇文章是研究团队利用新冠病毒感染进行的单细胞
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组分析,是第一篇报道新冠肺部免疫微环境的单细胞文献
生信宝典
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2024-01-18 07:04
无参
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组起步
刘小泽写于19.2.1发觉好久没写了,果然临近过年事情比较多,最近重新开始无参
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组。
刘小泽
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2024-01-18 06:46
如何用
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组数据定量肿瘤浸润免疫细胞
有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润ToolTypeMethodCelltypesCodeavailabilityCellMixReferencesTIminerMPrerankedGSEADifferentgenesetswith31[10],28[11],and64celltypes[12]http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtm
王子狐
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2024-01-18 01:06
一文带你读懂单细胞测序
单细胞
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技术(scRNA-seq)非常适合研究样本中各个细胞基因表达的异质性,其经典流程:分离单细胞(核),将RNA转换为cDN
生信大碗
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2024-01-18 00:53
生物信息百Jia软件(21):hisat2
基因学苑Q群:32798724编者按现在的软件更新实在太快了,光是
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组用来比对的软件就有很多,bowtie,tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。
基因学苑
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2024-01-17 21:53
诱导多能干细胞将被用于人体心脏修复
无人机帮助鲸鱼免受海洋垃圾的侵袭▼细胞大小的机器人瞄准细菌对抗疾病诱导多能干细胞将被用于人体心脏修复诱导性多能干细胞(Inducedpluripotentstemcell),又称人工诱导多能干细胞,是一种由哺乳动物成体细胞经
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因子等手段脱分形成的多能干细胞
活字印刷
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2024-01-17 06:52
单细胞
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组学对代谢功能障碍相关脂肪变性肝病的类器官模型进行分析
前言最近接触比较多肝纤维化项目,包括空转、单细胞和普通的BULK
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组,本文是肝脏疾病类器官构建,所以结果是比较确定的,只是对比不同处理和培养哪种效果更好,适合了解纤维化进展和哪些分子和细胞参与,以及其机制
恩喜玛生物
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2024-01-16 23:07
人工智能
深度学习
机器学习
2022cancercell FOXA2在神经内分泌前列腺癌中驱动谱系可塑性和KIT通路激活
在这里,我们使用单细胞多组学分析,从107,201细胞中研究了细胞异质性、
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组调控和微环境因素的动态变化,这些细胞来自基因工程小鼠前列腺癌样本,这些样本具有患者肿瘤演变的完整时间序列。
一只小脑斧
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2024-01-16 20:43
易基因:表观遗传学和表观
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组修饰在植物金属和准金属暴露中的作用 | 抗逆综述
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。非必需金属(non-essentialmetal)和准金属(metalloid,也称类金属)对土壤的污染是全球许多地区面临的严重问题。这些非必需金属和准金属对影响作物产量和人类健康的所有生物体均有毒性。作物暴露于高浓度的这些金属中会导致矿物质稳态失调、光合作用效率降低、细胞分裂抑制、氧化应激、基因毒性影响,以及随后的生长阻碍。植物可以激
易基因科技
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2024-01-16 13:53
文献科普
高分文献
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生物信息学
生物学
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