转录

chatgpt告诉你如何设计RNA引物？

答：RNA引物设计是指设计一段短的RNA序列，用于在反转录过程中特异性地与目标RNA分子结合，并在此基础上进行扩增、检测等操作。
伍鸿荣·2023-12-24 19:48

Trinity软件对转录组进行无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并
小杜的生信筆記·2023-12-24 17:46

转录组无参比对教程

写在前面2023年将结束，小杜的生信笔记分享个人学习笔记也有2年的时间。在这2年的时间中，分享算是成为工作、学习和生活中的一部分。自己为了运行和维护社群也算花费大量的时间和精力，自己认为还算满意吧。对于个人来说，自己一直的目的都是分享自己的学习笔记，以及多多少少可以帮助解决一下需要帮助的同学。我们这里所说的是需要帮助的人，而不是大部分人。自己的能力和精力自己清楚，自己研究的方向也是比较局限，我们并
小杜的生信筆記·2023-12-24 17:45

组学无参比对教程

转录组无参比对教程当作物是没有参考基因组时，需要无参进行比对。Trinity是现在使用最广泛的转录组Denovo组装软件。
小杜的生信筆記·2023-12-24 17:43

空间转录组

空转写在前面一些概念下载数据三级目录写在前面尝试尝试理解空转参考：1.Seurat空间转录组分析（一）数据读入：https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org
愿航·2023-12-24 17:37

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定性结果，如相比于近源物种A为何物种B的果皮更红？这完全有可能是特定家族成员扩张导致。
生信石头·2023-12-24 17:22

android语音识别服务,使用语音服务 API 的语音识别 - Xamarin | Microsoft Docs

AzureSpeechService是一种基于云的API，它提供以下功能：AzureSpeechServiceisacloud-basedAPIthatoffersthefollowingfunctionality:语音到文本转录音频文件或
柯西饭·2023-12-24 10:52

超详细讲解CTC理论和实战

CTC简介对于语音识别来说，训练数据的输入是一段音频，输出是它转录的文字(transcript)，但是我们是不知道字母和语音是怎么对齐(align)的。这使得训练语音识别比看起来更加复杂。
奈何缘浅wyj·2023-12-24 08:00

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。
素材积累·2023-12-24 07:11

一种具有翻译功能的circRNA在肌细胞生成中的作用

Circ-ZNF609isacircularRNAthatcanbetranslatedandfunctionsinmyogenesis期刊：MolecularCell影响因子：14.248主要技术：RNA-Seq、CRISPR/Cas9、circRNAFISH研究背景环状RNAs（circRNAs）是一个具有独特结构的转录子家族
d5c9c866171f·2023-12-24 04:04

2021-12-15

NatBiotech|深度数据融合得到超分辨率空间转录组学原创huacishu图灵基因2021-12-1509:00收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.900推荐度：⭐⭐⭐⭐
图灵基因·2023-12-24 02:22

如何引导孩子拥有平稳良好的情绪与性格（转录）

一、接纳情绪，坚持原则，引导反思教育不是刻意地发生在某一个特定时段，而是发生在每一个时段。所以，生活即教育。有的父母还会问：我也理解孩子的情绪，但当他大发雷霆的时候，我到底该怎么做呢？第一，家长需要去接纳孩子的情绪。有情绪是非常正常的表现，完全没有情绪才更需要担心。要告诉自己，孩子哭哭闹闹是正常的，不要立刻去批评、指责他们，更不要压制孩子的情绪。喜怒哀惧是每个人天生就拥有的情感，过度地压抑一个孩子
绿叶_d570·2023-12-23 23:11

汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。
生信石头·2023-12-23 09:13

送女儿:

好友郑忠诚女儿今日参加高考，他为女儿作诗两首，转录于此。祈盼考试顺利，如己所愿！(一)十年磨砺忆峥嵘，今朝出鞘露青锋;有梦无畏仗剑去，慈恩塔下定题名。
我心依然绽放·2023-12-23 07:59

知识分享 | 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

蛋白质-蛋白质相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（proteincomplex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。接下来，跟着小编一起来学习下PPI分析吧！文中附详细代码，小伙伴们可以使用自己项目数据
百易汇能生物·2023-12-23 07:57

如何快速了解接触的质粒(三)

---启动子启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列，位于目的基因前端，本身不被转录，是RNA聚合酶识别，结合和开始转录的一段序列。
小乔爱科研·2023-12-23 04:42

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ测序10XGenomics的Visium空间基因表达解决方案空间转录组学
生信交流平台·2023-12-23 03:13

使用PtR作图

刘小泽写于19.2.16今天内容比较简单，易上手：看看如何作图评价定量结果使用Trinity组装转录本，并定量后，有了基因或者转录本的表达量矩阵，先不用着急去做差异分析，可以先检查下数据，例如：组内生物学重复间相关性是不是高于组间重复
刘小泽·2023-12-22 16:49

从RNA定向互作看基因组组织

在此类过程中的原始作用，现在已知几种类型的RNA对调节基因表达至关重要：在细胞核中，长非编码RNAs（lncRNAs）、增强子RNAs（eRNAs）、稳定的内含子序列RNAs（sisRNAs）和其他各种类型转录物在一起确保染色质
Ss_y·2023-12-22 13:06

10X单细胞（10X空间转录组）利用轨迹分析推断细胞间的实时通讯（TraSig）

hello，大家好，今天我们来分享一个新的内容，利用我们的轨迹分析的结果来推断细胞之间的通讯交流。文章在Inferringcell-cellinteractionsfrompseudotimeorderingofscRNA-Seqdata.这个方法对于有分化关系的细胞类型来说，是一个新的角度解读细胞间的通讯，个人认为更加的重要。我们先来看看文献，最后分享示例代码。Abstract1、Amajora
单细胞空间交响乐·2023-12-22 08:11

由于人工智能和自动化，2030 年将不存在的 6 个科技工作岗位

这项工作涉及打字和转录等重复性任务
沃趣数据库管理平台·2023-12-22 07:21

10X空间转录组数据分析之降噪和imputation处理（SPCS）

hello，大家好，今天给大家带来一个新的内容，针对10X空间转录组的降噪和imputation分析，这两部分的分析内容大家在10X单细胞的分析上应该是经常用到的，大家可以找一找我的公开课，专门讲过这一部分的内容
单细胞空间交响乐·2023-12-21 16:41

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、
生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

空间转录组（ST，Spatialtranscriptomics）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常仅限于单个2D组织切片，限制了我们理解3D空间中发生的生物过程。
tzc_fly·2023-12-21 07:47

单细胞转录组学习笔记-7-重复平均表达量和变异系数相关性散点图

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.4-第二单元第五讲：重复平均表达量和变异系数相关性散点图笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索
夕颜00·2023-12-21 01:39

生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例

可视化DESeq2中的数值属性通过提供通常用于转录组分析的DESeq2软件包的结果，可以在图形的节点中反映数值结果。该函数可用于此目的。
小果运维·2023-12-20 14:22

多组学文章思路解析3-蛋白组与转录组联合分析讨论

老师们经常做的是蛋白组与转录组的多组学实验及联合分析，我们经常找蛋白组与转录组一致变化的基因。而转录组有变化，蛋白没有变化，或者转录组没有变化而蛋白有变化的情况是什么原因引起的。
纪伟讲测序·2023-12-20 10:03

whisper深入-语者分离

文章目录学习目标：如何使用whisper学习内容一：whisper转文字1.1使用whisper.load_model()方法下载，加载1.2使用实例对文件进行转录1.3实战学习内容二：语者分离（pyannote.audio
代码浪人·2023-12-20 08:11

2021-01-26基因ID+TMP

例如TP53就是TumorProteinP53的简写，RNF180是RingFingerProtein180的简写ID号1.最常见的就是EntrezGene2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以
小森的生统笔记·2023-12-20 00:15

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

两年来，参加了无数线上和线下的生信学习班，但是一直都没能学明白。这次参加完生信技能树举办的为期一个月的线上生信入门班课程，仿佛醍醐灌顶一样，瞬间打通了我的任督二脉，在此由衷的感谢生信技能书的各位老师们。因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析
范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

慢病毒载体的包装系统

包装成分由HIV-1基因组去除了包装、逆转录和整合所需的顺式作用序列而构建，能够反式提供产生病毒颗粒所必需的蛋白；载体成分则与包装成分互补，即含有包装、逆转录和整合所需的顺式作用序列，同时具有异源启动子控制下的多克隆位点及在此位点插入的目的基因
实验小助手·2023-12-19 18:50

RNA剪接机制

根据中心法则，DNA编码的遗传信息被转录成RNA，然后翻译成蛋白质。在将初级mRNA翻译成蛋白质之前，必须先对其进行修饰和编辑。
阿尔法约塔·2023-12-19 16:54

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式
Peng_001·2023-12-19 12:29

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(3)

对于没有Org.Db的非模式生物，由于某些原因不制作Org.Db，然后利用clusterProfiler做富集数据格式##Annotation_GO.xlsxGene.IDBiological.PathwayBP.DescriptionMolecular.FunctionMF.DescriptionCellular.ComponentCC.Descriptiongene_1GO:0007283sp
半夜一更·2023-12-19 07:15

salmon 转录本定量转为基因水平定量

需要提前安装GenomicFeatures和tximportlibrary(GenomicFeatures)library(tximport)gtf_file='gene.gtf'txdb<-makeTxDbFromGFF(gtf_file)k<-keys(txdb,keytype="TXNAME")tx2gene<-select(txdb,k,"GENEID","TXNAME")count_di
今天没回家·2023-12-19 05:03

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

自2013年，CRISPR/Cas9系统的应用又得到了更广泛的扩展，我们可以将Cas9带到特定的基因组位点，通过起始或停止转录来调控靶基因，达到激活或抑制基因表达的目的从“CRIS
辛晓红·2023-12-19 04:19

10X空间转录组数据分析之细胞单元

hello，大家好，今天我们来分享一个新的、很有意思的内容，细胞单元，在我之前分享的文章里面10X空间转录组的位点注释和临近通讯，提到过这个内容，但是不够系统，今天我们就来详细分析一下什么是细胞单元。
单细胞空间交响乐·2023-12-19 00:16

【R画图学习2.1】火山图-plot篇

今天学习画，分析转录组等数据时，最常见的火山图，其实就是优化的散点图而已，今天测试用plot实现，其实ggplot实现更方面，下篇测试如何用ggplot实现。
jjjscuedu·2023-12-18 06:47

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。
学术程稻属·2023-12-18 03:56

绘制大型细胞图谱，推动人体机制功能研究

这次重要的尝试开启了单细胞转录
生物医学小站·2023-12-18 00:36

在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图（Volcano Plot）

在生物信息分析中，火山图常用于转录组、基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。im
维凡生物·2023-12-17 22:49

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作为一名小说打字员，你只需要在电脑前敲击键盘，将纸质小说转录为电子文本，就可以赚取一定的报酬。
幸运副业·2023-12-17 20:23

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

空间转录组学（ST）技术正在革新探索组织空间结构的方式。目前，ST数据分析通常局限于单个二维（2D）组织切片，这限制了我们理解在三维（3D）空间中发生的生物过程的能力。
DrugAI·2023-12-17 19:06

[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...

还是看示例数据吧：image.pngType是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。计算误差需要安装Rmisc包中的su
生物信息与育种·2023-12-17 08:27

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

第七节：空间转录组分析在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。
夕颜00·2023-12-17 01:04

逆转录酶性质 – 六个关键注意事项

DNA聚合酶活性RNaseH活性热稳定性持续合成能力保真度末端核苷酸转移酶（TdT）活性逆转录酶是从RNA模板合成互补DNA（cDNA）链过程中的必需试剂。
evolisgreat·2023-12-17 00:17

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务先加载需要的R包，都加载了，没毛病。setwd("/home/shpc_100828/Pyscenic/")#加载分析包library(SCopeLoomR)library(AUCell)library(SCENIC)#可视化相关包，多加载点没毛病library(dplyr)library(KernSmooth)library(RColorBrew
KS科研分享与服务·2023-12-17 00:23

派森诺转录+代谢组联合分析，4.599分的项目文章

期刊：《FrontiersinGenetic》影响因子：4.599文章题目：MetabolomeandTranscriptomeAnalysisofLiverandOocytesofSchizothoraxo’connoriRaisedinCaptivity技术手段：RNA-seq，qRT-PCR，LC-MS非靶向代谢派森诺生物与河南农业大学携手合作，于近期在《FrontiersinGenetic
felix108·2023-12-16 23:08

转录组入门学习（五）

处理原始比对文件利用picard/samtools将sam格式转换为bam格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量，耗时长）输出结果可以选择转录本定量或者基因定量定量单位包括
杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

2020-12-24 文献阅读

Phenotypicvariationoftranscriptomiccelltypesinmousemotorcortex科学问题：目前对于大脑皮层神经元的研究并没有同时检测神经元转录组和电生理的特征
Zane_bio·2023-12-16 12:47
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