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根瘤固氮单细胞核转录还能这么用！

实验设计单细胞核转录组（snRNA-seq）：使用根瘤菌接种大豆幼苗，14天后取样，取样分为N组（包含根瘤和根）和R组（

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

#植物单细胞核转录组利用单细胞核转录组挑战非模式生物-荔枝花芽发育分化过程

近期，发表于《JournalofExperimentalBotany》的植物单细胞核转录组文献，以荔枝成花过程中关键发育时期的三种不同状态的芽为研究对象，首次建立荔枝芽样本的单细胞核测序体系，完成了首例荔枝单细胞图谱构建

SHANGHAILINGEN·2024-01-16 09:40

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容，就是RNAVelocyto如何在空间数据上的运用，发育不仅仅是细胞的转变，更重要的是，空间位置上的变化，我们多么希望在空间转录组上直接同时体现细胞的发育进程和位置变化

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

文献集锦 | 学术爆款“空间转录组”最新研究与应用

文献一Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution标题：单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析发表期刊：Cell发表时间：2021年1月影响因子：41.582应用领域：人（肠道）肠道是人体最大的屏障器官，可与肠道菌群共生，协调营养需求和免疫。多种相互关联的细胞类型构成了成熟的肠道及其独特的形态，但是

ee00dc6faab7·2024-01-16 00:03

生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie

转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。

学术程稻属·2024-01-15 20:34

单细胞转录组测序揭示了动脉粥样硬化免疫细胞的异质性

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术的进展使我们对免疫细胞亚群的认识更加完善。

晶典教你玩转科研·2024-01-15 16:01

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

如何鉴定数据的建库方式（链特异性或非链特异性）

来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和rawreadscount时参数不知如何选择。

生信助手·2024-01-15 07:29

哺乳动物器官中基因表达水平的进化

在这里，为了了解哺乳动物转录组进化的动态，我们报道了来自10种主要哺乳动物谱系(胎盘类、有袋类和单孔类)和鸟类(进化外群)的6个器官的多聚腺苷化RNA的测序。我们发现，由于选择压力的

亦是旅人呐·2024-01-15 04:33

13.时间序列数据分析

利用implut时间序列数据分析的部分综述https://www.jianshu.com/p/94520ce07c95转录组时间序列数据处理（软件中利用的一些模型和计算差异基因的方法）https://www.jianshu.com

夏大希·2024-01-14 21:17

AAAI 2022：三角分解一致性约束的端到端语音翻译丨AI Drive

我们的工作尝试基于语音输入对转录和翻译的联合概率进行建模，以直接利用此类三元组数据。在此基础上，提出了一种新颖的三角分解一致性正则化训练方法，以提

数据实战派·2024-01-14 20:44

有什么副业可以一天赚四五十的呀？

有一些副业可以在一天内赚取四五十的收入，例如1.打字工作你可以在网上找到一些打字的兼职工作，例如转录录音或输入数据，每小时通常可以赚取几十元。

黑鲨阁软件·2024-01-14 11:03

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？

周运来就是我·2024-01-13 13:38

基因组编码区的注释

UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测

loooop·2024-01-13 03:18

转录组分析6——GO/KEGG富集分析

莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油!image.png差异基因的功能注释和富集分析:•GO和KEGG富集分析•基因集富集分析MsigDB数据库GSEA分析GSVA分析1.GO数据库官网：http://geneontology.org/GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)所建立的数据库，旨在建立一个适

猪莎爱学习·2024-01-12 22:14

转录本的统计指标N50 vs ExN50

刘小泽写于19.2.19之前得到转录本的时候，我们使用TrinityStats.plTrinity.fasta这个命令对转录本进行了统计，结果包含了ContigNx长度的统计，例如：$TRINITY_HOME

刘小泽·2024-01-12 17:07

空间转录组文章精析-第一期黑色素瘤遗传异质性

本期，我们一起来分析一下2018年发表在CancerResearch（2019年该杂志最新影响因子为8.378）上的一篇由瑞典皇家理工学院发表的关于皮肤恶性黑色素瘤的文章。文章题目：SpatiallyResolvedTranscriptomicsEnablesDissectionofGeneticHeterogeneityinStageIIICutaneousMalignantMelanoma空间

我爱工作_工作使我快乐·2024-01-12 10:02

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理

恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM

把常用的函数写成了几个包，方便之后使用，bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。sckit包括单细胞分析的一些函数可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。import bioquest as bqimport genek

恩喜玛生物·2024-01-12 08:25

使用推测解码 (Speculative Decoding) 使 Whisper 实现 2 倍的推理加速

OpenAI推出的Whisper是一个通用语音转录模型，在各种基准和音频条件下都取得了非常棒的结果。最新的large-v3模型登顶了OpenASR排行榜，被评为最佳的开源英语语音转录模型。

Hugging Face·2024-01-12 07:59

全长转录组-结构分析

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica引言Iso-seq测序经初步分析获得高质量的转录本之后（全长转录本鉴定，全长转录本比对），便可以对转录本的结构进行精确鉴定、注释。

生信阿拉丁·2024-01-11 17:46

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

这个工具让你５分钟搞定GSEA分析！还不来看看？

在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？

科研小行星·2024-01-11 15:56

4.AI实时语音转录——Flask从制作到起飞，零件级颗粒度制造

1.包管理重新生成项目依赖文件$pipinstallpipreqs$pipreqs--force更新virtualenv的packages$virtualenv--clearvenv$pipinstall-rrequirements.txt目前还没有特别好的自动包管理工具，pipreqs会遗漏一些package，pipfreeze不能很好的区分package和packagedependency，比

Sisyphus235·2024-01-11 09:37

GS-7340 hemifumarate

15232BAnti-infection-GS-7340(Tenofoviralafenamide)hemifumarate是Tenofovir(TFV)的前体，Tenofovir(TFV)是一种HIV-1核苷酸逆转录酶抑制剂

莫小枫·2024-01-11 09:25

2021-08-04 mRNA display

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA

NAome·2024-01-11 05:18

两药治疗方案首次被批准用于HIV-1治疗

2019年4月9日，美国食品和药物管理局宣布批准Dovato，这是首个被批准的两种药物、固定剂量、完整的治疗方案，用于没有接受过抗逆转录病毒药物治疗的HIV-1成人。

重燃爱不断小心爱悦奔一生·2024-01-11 02:49

英伟达推新AI语音识别模型Parakeet 号称优于Whisper

领先的开源对话AI工具包NVIDIANeMo宣布推出ParakeetASR模型系列，这是一系列最先进的自动语音识别（ASR）模型，能够以出色的准确性转录英语口语。

智云研·2024-01-10 23:14

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。密苏里大学许东教授和俄亥俄州立大学马勤教授的团队发表在NatureCommunications上的一篇文章“scGNNisanovelgraphneuralnetworkframeworkforsingle-cellRNA-Seqanalyses”。单细胞RNA测

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

单细胞转录组数据分析||界面版数据分析工具简介

随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和Windows（界面）工具。今天，卑微小王为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。

周运来就是我·2024-01-09 03:13

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对

javen_spring·2024-01-08 15:16

2021-11-14

NatMed|空间转录组学分析单细胞分辨率图谱原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=28.547推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：开发了SpaGCN，一种图卷积网络方法，其可通过图卷积从相邻点聚合每个点的基因表达

图灵基因·2024-01-07 16:58

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。

ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。

微光**·2024-01-06 14:41

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

自2013年，CRISPR/Cas9系统的应用又得到了更广泛的扩展，我们可以将Cas9带到特定的基因组位点，通过起始或停止转录来调控靶基因，达到激活或抑制基因表达的目的从“CRIS

Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

分类任务的性能度量

对于诸如分类和转录任务，我们通常度量模型的准确率。准确率是指该模型输出正确结果的样本比率。我们也可以通过错误率得到相同的信息。错误率是指该模型输出错误结果的样本比率。

心水·2024-01-06 13:32

MicroRNA目标识别和调控功能

19167326doi:10.1016/j.cell.2009.01.002文章比较久远，仅列出自己需要的内容摘要MicroRNA（miRNA）是内源性〜23-ntRNA，可通过与蛋白质编码基因的mRNA配对并对其转录后抑制

奶盐味·2024-01-06 03:51

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

NGS基础概念

组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信

问菊22·2024-01-05 22:30

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC

小熊_wh·2024-01-05 07:17

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