转录

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

【Amazing brain】之人脑前额叶背外侧皮质空间基因表达谱

10XGenomicsVisium空间转录组的初探索编辑：陆瑶校对：ANIMUS编者按：脑科学是最迷人的学科之一，也是最可能取得重大突破的学科，一直是全世界科学研究热点。
ANIMUS爱丽慕斯·2024-01-06 19:23

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）因为每次打开这个网页都非常慢，所以我讲这个网页进行一个翻译，方便学习。
微光**·2024-01-06 14:41

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

自2013年，CRISPR/Cas9系统的应用又得到了更广泛的扩展，我们可以将Cas9带到特定的基因组位点，通过起始或停止转录来调控靶基因，达到激活或抑制基因表达的目的从“CRIS
Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

分类任务的性能度量

对于诸如分类和转录任务，我们通常度量模型的准确率。准确率是指该模型输出正确结果的样本比率。我们也可以通过错误率得到相同的信息。错误率是指该模型输出错误结果的样本比率。
心水·2024-01-06 13:32

MicroRNA目标识别和调控功能

19167326doi:10.1016/j.cell.2009.01.002文章比较久远，仅列出自己需要的内容摘要MicroRNA（miRNA）是内源性〜23-ntRNA，可通过与蛋白质编码基因的mRNA配对并对其转录后抑制
奶盐味·2024-01-06 03:51

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect
单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

NGS基础概念

组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信
问菊22·2024-01-05 22:30

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。
SciNote·2024-01-05 13:43

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）

参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化、pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）pySCENIC
小熊_wh·2024-01-05 07:17

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

案例三研究背景构树（Broussonetiapapyrifera,2n=2x=26)属于桑科(Moraceae)构属(Broussonetia)多年生乔木，是我国乡土树种和先锋植物，有悠久的历史和文化，因为蔡伦用它造纸而世界闻名。构树的树皮和树干是造纸的优质原料，树叶还可以作为蛋白饲料，其根、茎、叶、果实及种子均可入药，富含黄酮类化合物；还是尾矿处理、生态绿化的理想树种。然而，全基因组测序工作还未
百迈客生物·2024-01-04 20:37

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值

表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值今天在学习转录组知识，在进行做表达量热图时候发现表达量差值很大，于是上网查资料看到关于解决问题的方法，就赶紧转存记下了。
天明豆豆·2024-01-04 14:44

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses
单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

在经过一段时间对单细胞转录组和空间转录组相关技术的了解，我认为对两项技术在生物领域的应用有了一定的认知。
畅背书·2024-01-04 07:58

AutoSub 中文视频字幕生成，语音识别翻译的工具

它以视频或音频文件为输入，执行语音活动检测以查找语音区域，向GoogleWebSpeechAPI发出并行请求以生成这些区域的转录，（可选）将它们翻译成不同的语言，最后将生成的字幕保存到磁盘。
棋圣阳阳阳·2024-01-04 06:49

抗肿瘤药：他莫昔芬

能与乳腺细胞的雌激素受体结合，药物-受体复合物不易解离，不刺激转录或作用微弱。他莫昔芬能上调转化生长因子β，此因子减少与恶性肿瘤的发展有关。还对蛋白激酶C有特异性抑制作用。
若曦·2024-01-04 00:59

生信数据类型

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学
m1chiru·2024-01-03 23:39

分子生物学知识整理

RNA干扰：由与靶序列同源的双链DNA引发的一种在生物体内广泛存在的序列特异性基因转录后的沉默过程。RNA编辑：指转录
雪切丝·2024-01-03 19:20

Paper 1：转录组+miRNA+降解组相关文章

Paper1：转录组+miRNA+降解组相关文章标题：Transcriptome-wideidentificationofmiRNAtargetsandaTAS3-homologousgeneinPopulus
催催莎·2024-01-03 19:02

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？
尐尐呅·2024-01-03 15:25

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学、转录组学
20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2024-01-02 16:05

转录组分析实战第一节：Rawdata的质量控制与清理

在转录组数据拿到后，公司一般会给我们一个Rawdata和Cleandata如果喜欢折腾的可以直接拿着Rawdata进行一下数据清理后再进行后期的数据分析我们今天就对我们之前获得的一个Rawdata进行分析和质量控制为后期做数据分析做准备需要安装的软件是
Yeyuntian·2024-01-02 02:41

day01 | 利用深度学习从基因转录数据中预测药物疗效

图1读文献之前的几个基础概念：1.基因表达谱（changesintranscriptionalprofiles,CTPs）：是一种在分子生物学领域，借助cDNA、表达序列标签（EST）或寡核苷酸芯片来测定细胞基因表达情况（包括特定基因是否表达、表达丰度、不同组织、不同发育阶段以及不同生理状态下的表达差异）的方法。通过一次性测定大量基因构建起细胞功能的总体态势图，可以从图谱中区分出正在分裂的细胞，以
从你美丽的流域·2024-01-02 02:14

GO注释和富集分析概念介绍

当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。
斗战胜佛oh·2024-01-02 01:05

一个有趣的效应，有时候“不思考”，其实也是一种思考方式

心理学家认为，所谓的“酝酿”过程并不是停止思维，而是将原先的整个思维过程转录
星沧·2024-01-01 20:37

是不是应该考虑下反转录……

今日之森人生就像是激起的一朵浪花，转瞬即逝，却也希望飞舞的日子里既能经历人性的可爱，也能经历物性的神奇。107篇原创内容-->公众号通常来说，真核生物的基因，这里主要指的是植物gene的克隆，常以cDNA为模板进行克隆。这就有个问题，很多同学想要的基因尝试克隆了N多次都拿不到，这就很恼火，连基因都拿不到，还搞什么？问题的关键应该首先考虑cDNA。只要cDNA没有问题，那理论上肯定可以克隆到想要的基
今日之森·2024-01-01 19:07

【Python】本地版 Whisper 自动转录器（附源码网址）

目录一、实时自动语音转录器简介二、开源Whisper实时转录器三、pyinstaller打包发布exe应用程序四、修改版源代码一、实时自动语音转录器简介实时自动语音转录器是一种能够自动将语音信号转换为文字的应用程序
十年一梦实验室·2024-01-01 06:15

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

流程使用braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明：https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
生物信息与育种·2024-01-01 01:00

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能，并报告了它们在基因组/转录组的reads（%）、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法
_十三·2023-12-31 20:13

测序深度和测序覆盖度，怎么估算？

下面就给大家解释下这两个概念：（图片来源于知乎余功旺）测序深度（depths）测序深度（depths）指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小
朱渠成·2023-12-31 17:09

WeNet语音识别调用通义千问

WeNet语音识别调用通义千问WeNet语音识别对通义千问（Qwen-72B-ChatBot）调用，首先通过WeNet将用户的语音输入转录为文本，然后将此文本输入通用问答模型以获取答案。
陈增林·2023-12-31 16:56

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

R-loop及两种测序技术的介绍

R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，并与许多重大疾病的发生和发展密切相关，是近年来分子生物学的一个新研究热点
许我少年·2023-12-31 02:15

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat教程(4).多组学单细胞教程：OSCA(5).单细胞课程：scrnaseq-courseSingleCellWorkshop2020NBIS-2021youtube-videos哈佛大学单
小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar
汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

Featurecount to RPKM计算

挑选基因的最长转录本选取多个转录本长度的平均值非
caokai001·2023-12-30 12:23

既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下

在这里，您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学，让您轻松玩转职场，把同龄人按在地上使劲摩擦，基因组、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以
Yolanda_44ad·2023-12-30 09:59

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。数据质控：选择高质量的数据进行聚类特征选择什么叫聚类为什么说聚类是非监督学习如何面对不同聚类算法得到的不同的结果介绍了几种常见的聚类算法ThislecturebyAhmedMahfouz(LeidenComputationalBiologyCenter,LUMC,Netherlan
周运来就是我·2023-12-29 23:49

基于Wenet长音频分割降噪识别

最后，Wenet利用先进的语音识别技术对经过处理的音频段落进行识别，将其转换为文字或语音内容，从而实现对长音频内容的准确识别和转录
陈增林·2023-12-29 21:58

数据原理——1、ChIP-seq

文章目录1、背景介绍2、测序对象：三种类型组蛋白（组蛋白、转录因子、转录调控子）3、测序原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰（1）测序片段匹配到参考基因组（2）检测峰（2）提高峰质量5、影响ChIPseq
很酷的女超人·2023-12-29 19:12

2022-09-23

NatComm|匹配患者转录谱揭示前列腺癌谱系可塑性的决定因素原创图灵基因图灵基因2022-09-2310:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制密歇根大学Rogel癌症中心的研究人员进行的一项研究表明
图灵基因·2023-12-29 01:09

学习：StatQuest-Chip-seq

什么是Chip-seqimage.png翻译下就是染色质免疫共沉淀技术,作用是研究体内蛋白质与DNA相互作用,找蛋白或者转录因子的结合Chip-seq建库过程image.png第一步就是要将蛋白和DNA
小潤澤·2023-12-29 01:16

2021-09-03

万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq发现细胞类型、及其基础程序和细胞群落的系统方法；2、转录分析了来自
图灵基因·2023-12-28 23:50

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具

分子图谱数据生成细胞的遗传、转录和蛋白质组事件的深层特征，而组织图像捕获细胞的空间位置、组织和相互作用及其形态特征。这些数据，连同细胞和组织成像数据，为研究组织异质性和细胞空间组织提供了前所未有
六博说·2023-12-28 14:50

文献阅读1

Regulatoryactivitiesoftransposableelements:fromconflictstobenefits摘要：转座子（TEs）是受到严格调节的，具有生物化学活性的非编码元件，如转录因子结合位点和非编码
黑森林深处的小星星·2023-12-28 11:43

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

这是利用scenic计算并制作的数据库，可以学习并使用一下摘要由转录因子（TF）及其下游靶基因形成的基因调控网络（GRN）在基因表达调控中发挥着重要作用。
生信小鹏·2023-12-28 09:14
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