转录

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。
师敬超·2023-11-29 18:49

C语言基因序列比对,转录组入门（5）： 序列比对

比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！顺便对bam文件进行简单QC，参考直播我的基因组系列。前面四篇基本都算是准备工作，从
Valkla·2023-11-29 18:49

Cufflinks --转录组组装有参考基因组

一.简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二.安装Cufflinks下载网页。1.为了安装Cufflinks，必须有BoostC++libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$tarjxvfboost_1_53_0.tar.bz2
g863402758·2023-11-29 18:45

转录组学习第5弹-比对参考基因组

包括基因组比对和转录组比对目前比对的工具有很多，这里用的是hisat2。1.HISAT2官网下载indexhisat2和其他比对软件一样，需要先建立索引，建立索引
长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

单基因泛癌纯生信分析

今天小编要和大家分享的是一篇今年11月发表在EBioMedicine（IF:5.736）杂志使用公共数据资源进行纯生信分析的关于研究泛癌中HER2指数从而揭示了HER2靶向治疗转录模式的文章。
概普生信·2023-11-29 15:25

人造肾脏离我们还有多远？1-2年内有望进入人体试验！

是由日本科学家山中伸弥通过病毒载体进行转录因子组合而形成的细
7a24ffdf36e9·2023-11-29 15:25

RNA甲基化专题 | 癌症研究篇

m6ARNA甲基化是最常见、最丰富的真核生物mRNA转录后修饰。研究表明，m6A在不同组织，细胞系中是一个复杂的调控网路，m6ARNA甲基化参与RNA的代谢过程，并与肿瘤的发生和发展密切相关。
诺禾致源·2023-11-29 13:10

10X空间转录组数据分析之Pattern recognition and clustering

hello，我们接上一篇，10X空间转录组空间高变基因分析之SPARK，上一篇我们利用一些方法，找到了很多显著性的空间高变基因，那么这些基因在我们分析数据的时候起到了什么作用呢？
单细胞空间交响乐·2023-11-29 03:27

2021-04-01

几种语音转文字方法，玩转录音转文字，让你事半功倍日常生活中我们有很多场景需要把冗长的语音一键转换成文字，如：会议时间太长，职场小白总是记住不住会议应该记一些什么内容，会议纪要领导总是不满意；重要是的事情过太久怕忘记了重点
录音神器app·2023-11-29 02:13

使用 Whisper AI 领先游戏：最佳和免费的语音到文本 AI

WhisperAI是一种语音识别和转录软件，它使用人工智能(AI)将口头语言转换为书面文本。它旨在通过消除手动转录语音内容的需要来帮助个人和企业节省时间并提高工作效率。
pxr007·2023-11-28 21:24

链特异性建库

本文转载自：https://www.jianshu.com/p/8b177773ae38RNA-seq基本流程image把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase
村长吃火锅·2023-11-28 21:34

2021-05-16 scRNA基础分析：差异基因富集分析

此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。
学习生信的小兔子·2023-11-28 18:03

SeamlessM4T 本地部署 + 语音翻译APP 【干货】

SeamlessM4TSeamlessM4T是Meta发布的一款能够转录和翻译近100种语言的一体化AI大模型。可以到官方演示地址进行体验。可以直接使用我改好的项目。
isSamle·2023-11-28 06:53

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。
李诚0921·2023-11-27 23:29

超全总结 | 用于空间分辨转录组数据分析的统计和机器学习方法

今天小编分享的这篇paper是来自《Genomebiology》的综述，其回顾了空间转录组学中统计和机器学习方法的最新发展，总结了有用的资源。
尐尐呅·2023-11-27 08:24

单细胞转录组中 UMAP的安装

InstallingUMAPdependsuponscikit-learn,andthusscikit-learn'sdependenciessuchasnumpyandscipy.UMAPaddsarequirementfornumbaforperformancereasons.TheoriginalversionusedCython,buttheimprovedcodeclarity,simp
常在心Vane·2023-11-27 06:33

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--03

案例6研究背景性二态(Sexualdimorphism)一直是进化生物学家关注的热点问题。两栖动物具有丰富的性二态特征，繁殖期的雄性雷山髭蟾在上颌的皮肤形成角质刺，而雌性则没有这种特征。除性染色体上的基因外，大多数的基因组在雄性和雌性之间是共享的，所以性二态往往是由基因在性别间差异性表达引起的。由于缺乏参考基因组，很少有研究能够将性别差异表达模式与特定的性二态特征联系起来，与性二态性状相关的重要生
百迈客生物·2023-11-27 03:40

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本
生信小博士·2023-11-27 02:06

茶学文献2020-12-09

MetabolitesandTranscriptionalProfilingAnalysisRevealtheMolecularMechanismsoftheAnthocyaninMetabolisminthe“Zijuan”TeaPlant(Camelliasinensisvar.assamica)通过代谢物和转录组揭示
茶与生信2021·2023-11-26 10:12

这篇11分文章还留了个宝藏给你

11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响
科研菌·2023-11-26 06:41

CDS和ncRNA的分物种数据库

收集了大多数物种的DNA,protein,CDS,ncRNA信息1.DNA不用说，就是基因组信息2.protein，就是编码的蛋白质信息3.CDS(CodingDNASequence)即编码序列DNA转录成
bioinfo2011·2023-11-26 02:09

10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在SpatialTranscriptomicstodefinetranscriptionalpatternsofzonationandstructuralcomponentsintheliver
单细胞空间交响乐·2023-11-25 22:07

通过Whisper模型将YouTube播放列表中的视频转换成高质量文字稿的项目

这个基于Python的工具旨在将YouTube视频和播放列表转录为文本。
希尔贝壳AISHELL·2023-11-25 22:09

长文讲清荧光定量PCR（最新版）q-pcr rt-pcr

答：RT-PCR就是逆转录PCR（reversetranscriptionPCR，RT-PCR），是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形。在RT-PCR中，一条
生信小博士·2023-11-25 15:03

Smart-seq total 2021

Single-cellquantificationofabroadRNAspectrumrevealsuniquenoncodingpatternsassociatedwithcelltypesandstates期刊：PNAS通讯作者：StephenR.Quake1.背景每个细胞转录了近
韧_7e6f·2023-11-25 15:36

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。
生信小博士·2023-11-25 15:01

scDrug：从scRNA-seq到药物反应预测

scRNA-seq技术允许在转录组水平上对数千个细胞进行测量。scRNA-seq正在成为研究肿瘤微环境中细胞成分及其相互作用的重要工具。
tzc_fly·2023-11-25 14:38

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

作者，追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和
单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

科研“出圈”必备——空间组学技术

通过量化数十到数百个基因、转录物或蛋白质，空间组学能够在自然组织或细胞结构的背景下收集有价值的分子、细胞和微环境信息。
尐尐呅·2023-11-25 09:50

单细胞转录组数据分析课件||6. Dimensionality reduction of scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞数据分析过程中的降维分析。为什么要降维？在单细胞分析中两种降维方式的区别？PCA分析的基本原理几种其他的降维分析方法tsne与UMAP分析的区别与联系urlThislecturebyPauloCzarnewski(NBIS,ELIXIR-SE)ispartofthecourse"SinglecellRNA-seqdataanalysiswithR"(27.-29.5.2019).
周运来就是我·2023-11-25 07:27

文献解读 | 单细胞转录组图谱揭示了茶叶中儿茶素酯的发育轨迹和新的代谢途径

题目：Single-celltranscriptomeatlasrevealsdevelopmentaltrajectoriesandanovelmetabolicpathwayofcatechinestersintealeaves发表日期：2022年7月发表期刊：PlantBiotechnologyJournal影响因子：13.263实验方法：10xGenomics、LC-MS、BulkRNA-
爱基百客·2023-11-24 23:58

文献解读 | 单细胞转录组助力解析水稻早期花序的发育轨迹机制

作者利用单细胞转录组对水稻花序进行分
爱基百客·2023-11-24 23:27

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。
爱基百客·2023-11-24 23:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

目前植物单细胞转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢？啥？成年人少做选择？看看账上，摸摸兜里，得有财力支持啊！本期，聊聊这个主题，有错的话请读者留言批评。
SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

转录调控 | 基因集富集分析（GSEA）介绍

很多人会好奇为什么当KEGG、GO等常规差异富集结果中没有富集到我关注的通路时，大家会推荐进行GSEA分析呢？GSEA分析到底是什么？为什么KEGG、GO都可以进行该分析?那么就让我们在本篇文章中一起来揭开GSEA的神秘面纱，希望下面的分享对大家后续的学术研究有所帮助。基本概念GSEA(GeneSetEnrichmentAnalysis)：基因集富集分析,其基本思想是使用预定义的基因集，把基因按照
诺禾致源·2023-11-24 23:01

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。
概普生信·2023-11-24 18:29

文献分享 | 长链非编码RNAs(lncRNAs)分析流程 | 转录组分析流程

前言：这是一篇可以归纳与纯生信的文章，做转录组数据分析都适用学习，基础型文章。这篇文章发表期刊：MBCGenomics，属于二区期刊。
小杜的生信筆記·2023-11-24 18:26

空间转录组技术在肿瘤免疫治疗中的应用潜力

为了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。原位杂交原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子
尐尐呅·2023-11-24 07:08

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

第二节：数据降维可视化加载所需的R包和质控过滤后的数据首先，我们加载分析所需的R包和上一节中质控过滤后的数据集。#加载所需的R包suppressPackageStartupMessages({library(Seurat)library(cowplot)library(ggplot2)library(scran)})#加载质控过滤后的数据alldata<-readRDS("data/results
Davey1220·2023-11-24 01:30

等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理

在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？这个问题很难，因为涉及影响基因表达调控的因素可太多了！
生物信息与育种·2023-11-23 22:43

胶质母细胞瘤免疫亚型分析+免疫组化发8+分SCI

本研究作者对单细胞转录组和bulk转录组数据集进行分析，鉴定到了一个新的GBM细胞亚型，随后构建的11-基因分类器有助于将GBM划分为对预后和抗PD-1治疗效果不同的亚组。
JUpter_·2023-11-23 13:59

单细胞36计之18擒贼擒王---单细胞与空间转录组整合

第十八计擒贼擒王作战要先擒拿主要敌手。比喻做事要抓关键。与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。2018。数据可在此处作为已处理的Seurat对象下载，而原始计数矩阵可在DropViz网站上获得。ref<-readRDS("../data/mouse_hippoca
Seurat_Satija·2023-11-23 05:41

关联突变与用药部分逻辑代码实现

项目地址https://github.com/user-tq/anvcivi直接用civic下载的文件进行简单的数据清洗，使用MANE下载的文件构造基因与转录本的字典(解决annovar的转录本问题)，
无话_·2023-11-22 22:35

转录组+代谢组联合分析，经典思路永不过时

期刊：《PLOSONE》影响因子：3.24文章题目：Integrativeanalysesofmetabolomeandtranscriptomerevealsmetabolomicvariationsandcandidategenesinvolvedinsweetcherry(PrunusaviumL.)fruitqualityduringdevelopmentandripening发表期刊：《
felix108·2023-11-22 22:48

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

更多内容请关注个人公众号---KS科研分享与服务---接上节（跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应）。
KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

论文阅读“ZINB-based Graph Embedding Autoencoder for Single-cell RNA-seq Interpretations”

etal.ZINB-basedGraphEmbeddingAutoencoderforSingle-cellRNA-seqInterpretations.AAAI2022.摘要导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了在单细胞分辨率下的全基因组基因表达水平的高通量信息，实现了对单个细胞的转录组的精确理解
掉了西红柿皮_Kee·2023-11-22 03:22

转录因子纯生信分析套路 新鲜转录因子数据库出炉啦

转录因子(TFs)作为关键的调节因子，在生物过程中发挥着重要的作用。
概普生信·2023-11-22 03:34

1130转录组分析（三）--王通老师讲解

1130RNAseq生物信息分析（王通老师）01课程介绍[if!supportLists]1.[endif]RNAseq测序定义[if!supportLists]2.[endif]为什么要进行RNA测序机体DNA是一个相对静态的过程，RNA是一个动态变化的过程，其在生理病理或者外在条件下，会发生相应变化，影响调控疾病发生。所以解释RNA变化在生命科学中是非常重要而这时候就需要RNAseq了。DNA
不如好好学生信吧·2023-11-22 01:36

成人、猕猴和猪海马和内嗅细胞的转录组学分类和神经源性轨迹（5/6）

Primateage-andcell-type-specificMETTL7Bexpression：灵长类年龄和细胞类型特异性METTL7B表达在从异皮质到新皮质过渡的海马ExN特异性基因中，我们将CHRNA1和METTL7B鉴定为两个基因，与发育过程中的其他大脑区域相比，在成年海马中显示出时间特异性（图5C）。METTL7B已被描述为主要在肝脏中酶促和代谢活跃的细胞中表达（Uhlén等人，20
科研菜鸟·2023-11-22 00:03

空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20

相似关键词单细胞数据集相关性分析空间组与单细胞数据集相关性分析空间组数据集相关性分析适用背景近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为下一个风口。
黄甫一·2023-11-21 19:47
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