转录

文献笔记八十四：Rsubread R语言里转录组表达定量工具

论文链接https://academic.oup.com/nar/article/47/8/e47/5345150本地文件gkz114.pdf
小明的数据分析笔记本·2023-11-21 13:42

使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析

ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/基本流程是Hiast2比对samtoolssam转bamstringtie组装转录本
小明的数据分析笔记本·2023-11-21 04:20

Samtools的一个小实例

最近在学习利用转录组数据进行变异检测的相关分析方法，找到了一篇关于samtools的教程SAMtools-Primer/Tutorial，原文提供分析过程用到的数据，非常好的学习素材，简单记录自己的重复过程
小明的数据分析笔记本·2023-11-20 18:33

1128 转录组分析 B站up主天马行空的坦克兵 （讲解清晰易懂）

1128转录组分析B站up主天马行空的坦克兵（讲解清晰易懂）09删除conda下的某一款软件删除名为rnaseq1环境下的比对软件STAR：remove-nrnaseqSTARCtrl+C停止运行程序（
不如好好学生信吧·2023-11-20 16:43

lncRNA：脂质代谢研究进展

靶向在脂质代谢调节中起重要作用的几种转录因子：LXR、SREBPs、PPARgIntroduction在高脂血症患者中，
奶盐味·2023-11-20 08:30

普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的 基本原理和操作步骤（四）

反转录PCR普通PCR、原位PCR、反向PCR和反转录PCR的基本原理和操作步骤（四）1概念RT-PCR为反转录RCR（reversetranscriptionPCR）和实时PCR（realtimePCR
天明豆豆·2023-11-20 06:08

【现学现卖】真菌宏转录组分析以寻找病毒

排版相对好一些的原文链接如下（微信公众号）https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247484670&idx=1&sn=f4807aa5c5b4b79ec3c75416a4aeecf2&chksm=eb898297dcfe0b81a2113e2e22c6548eba7d3b5e0678541a8e8a7e161810d6b9a7
乔伊nikkie·2023-11-20 01:23

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。
花生学生信·2023-11-19 20:29

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。
简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

火山图——直观的特征差异可视化

Volcanoplots）是散点图的一种，根据变化幅度（FC，FoldChange）和变化幅度的显著性（Pvalue）进行绘制，其中标准化后的FC值作为横坐标，P值作为纵坐标，可直观的反应高变的数据点，常用于基因组学分析（转录组学
Odd_guy·2023-11-15 22:44

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-14 22:57

数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）

前言差异分析是转录组数据分析的必需技能之一，但众多的转录组分析R包如DESeq2，limma和edgeR等让分析人员不知如何选择，还有它们之间的优劣如何？
十三画者·2023-11-14 15:27

第三代基因测序技术革新 云计算的应用

结合DNA在转录蛋
weixin_34336526·2023-11-14 13:59

CoSTA：用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法

空间转录组学技术的兴起使人们
wen05054105·2023-11-14 05:28

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

转录组学习之序列比对（Hisat2）[学习笔记通俗易懂版]

转录组学习之序列比对（hisat2）[学习笔记通俗易懂版]data:2023.7.25recorder:CYH-BI特别注意：本文为我自己学习的学习记录，没有任何权威，只能仅供初学者提供思路与参考。
CYH-BI·2023-11-14 00:39

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本
sayhello1025·2023-11-13 16:06

知识分享| 转录组个性化分析(6）——WGCNA

近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易一起学习探讨吧！1WGCNA介绍WGCNA（weightedgeneco-expressionnetworkanalysis，权重基因共表达网络分析）是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模
bioyigene·2023-11-13 16:02

生物学重复好不好--看看样本相关性

以转录组数据为例，一般会设置3-5个生物学重复，如何确认生物学重复的效果好坏呢，方法有很多，可以计算两两样本之间的相关性，可以进行样本的PCA分析，或者绘制聚类热图，这里首先介绍样本相关性方法。
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码其他问题引言对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组
Neptuneyut·2023-11-10 03:53

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。
coffeeii·2023-11-08 08:55

羊驼免疫流程及技巧

单域抗体普遍通过免疫羊驼获得，羊驼体内免疫系统自身的抗体成熟后，分离B淋巴细胞，提取RNA，反转录获取cDNA，以cDNA为底物PCR扩增获取多样化纳米抗体基因片段，然后将多样化纳
卡梅德生物·2023-11-07 20:28

上游分析学习笔记

第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。第二阶段量化与每个基因或转录本来源的reads数量，构建表达矩阵。
jiarf·2023-11-05 16:56

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。
生信修炼手册·2023-11-05 12:54

持续进化，快速转录，Faster-Whisper对视频进行双语字幕转录实践(Python3.10)

本次我们利用Faster-Whisper对日语视频进行双语(日语/国语)转录实
刘悦的技术分享·2023-11-05 10:56

4+m6A+机器学习+分型，要素过多，没有思路的同学可借鉴

结果解读：脓毒症中m6A调节因子的转录改变为了鉴定脓毒症患者中编码m6A调节因子的差异表达基因，使用“limma”软件包进行差异表达
生信风暴·2023-11-05 04:54

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

SCENIC简介组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。
Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/i
韦巍_e3f3·2023-11-05 01:56

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我·2023-11-05 00:22

3月份计划--转录组及单细胞转录组分析方法建立

学习资料：陈巍学基因：https://www.bilibili.com/video/av79295678?from=search&seid=11730831477922519685https://www.bilibili.com/video/av79301729?from=search&seid=11347525676144926676https://www.jianshu.com/p/eeb61
一只烟酒僧·2023-11-04 21:03

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。
飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、转录组学及DNA甲基化等研究
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

2020年转录组文章到底有多难发？一文说明白！

转录组是一类让人既爱又恨的项目，实验门槛低，却是文章泛滥的重灾区，总有人问小编，现在转录组还能发文章吗？
组学大讲堂·2023-11-04 05:46

本周最新文献速递20220423

精细解读文献一文献题目：Nonlinearcontroloftranscriptionthroughenhancer–promoterinteractions不想看英文题目：增强子-启动子相互作用的非线性转录调控杂志和影响因子
橙子牛奶糖·2023-11-04 01:22

病毒载体的基本元件

反转录病毒载体最常用的反转录病毒载体基于Mo-MLV。第一代载体所携带的转基因的两侧是2个完整的LTR,由增强子(U3)、R区（即转录起始区，在病毒颗粒中的载体基因组两端均存在）及U5区构成。
实验小助手·2023-11-03 15:25

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）

hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments，我们首先来分享一下文献，最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因，开关基因指细胞
单细胞空间交响乐·2023-11-03 11:18

基因的正负链问题

花了一天的时间，证明这句话是对的：ucsc，ensembl等定义基因在正链上是指转录本序列与正链上该基因的序列一致。
weixin_30312563·2023-11-03 04:48

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-03 04:45

bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式SamtoolsFastqGATKSamToFastqBedtoolsbamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam
lazymark2·2023-11-03 04:43

seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析

前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发现在FindAllMarkers步骤报错，想细究下原因。
whitebird·2023-11-03 03:32

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

转录组分析（五）--王通老师讲解

19tophat(二)具体演示（重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对，也就是前面下载好的参考序列文件和GTF文件。（因为数据量比较大，所以两个样本作者只截取500M数据进行展示）后面会描述如何评估测序数据是否达
不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

ChIP-seq文章 | 刺参MITF转录因子调控体色形成和分化的分子机制

今天给大家带了一篇刺参的ChIP-seq项目文章解读，刺参是一种具有生态意义的棘皮动物，具有重要的营养和治疗价值。刺身的颜色变化是其最重要的栽培性状之一，因为颜色影响其生物活性成分、味觉和市场价格。该研究就是利用ChIP-seq技术探讨了刺参体色形成和分化的分子机制。MITF通过表达差异和下游基因调控促进刺参体色分化发表期刊：Biology影响因子：5.168发表时间：2022年12月20日发表单
爱基百客·2023-11-02 16:34

2021-03-03

通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，
85164760f6ac·2023-11-02 14:56

转录因子的研究思路

转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一种能与特异DNA序列结合的蛋白，可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特定基因对RNA聚合酶的招募，调控基因的表达。
博士苑·2023-11-01 16:52

Meta发布多模态模型SeamlessM4T——可无缝翻译和转录语音和文本

机器翻译一直是人工智能研究的焦点，毕竟这个世界上的语言种类太多，文字更是数不胜数。如何打通人类的文字与语言，一直是研究人员研究的重点。在以往的机器翻译上，人类一直是使用类似查表的方式，很多年前的机器翻译直接是另外一个语言对应另外一个语言的单词进行生生的对应，使用机器翻译的文字，大家一看便是机器翻译的。更多transformer，VIT，swintranformer参考头条号：人工智能研究所动画详解
人工智能研究所·2023-11-01 05:54

WGBS vs RRBS

这是研究细胞发育、转录沉默和发现新的生物标志物的一个有趣的方面。为什么使用亚硫酸氢盐测序法?基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区
生信start_site·2023-11-01 03:21

BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒

使用BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit，逆转录和定量PCR在一个反应管内一步完成，中间无开管和移液动作，操作非常简便，也大大提高了实验的效率，并降低了反应的污
砚无声88·2023-10-31 22:01

【必备技能】基因注释方法合集

前几天拿到了一个数据，需要做基因注释，是从转录本ID（ENSTxxxxxxxxxx）转为基因ID。
研平方·2023-10-31 19:36
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