高通量第5页

甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP）

前言IlluminaInfiniumHumanMethylationEPICBeadChip是用于高通量DNA甲基化分析的新平台，与旧的450K阵列相比，有效地增加了一倍

桓峰基因·2023-08-10 16:11

偏最小二乘法的原理与实现

然而，在诸如基因组学、转录组学、蛋白组学以及代谢组学等高通量数据的一大特点是特征量多、样本数少。以转录组数据为例，特征量个数通常为基因个数，达到万级，而样本数一般是几十到几百例。

生信阿拉丁·2023-08-10 09:07

纪伟讲测序·2023-08-10 01:22

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织

hyena_7·2023-08-07 15:17

三维和空间基因组学时代（下篇）

摘要十多年前，高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术的出现开启了三维基因组学的新纪元。

Davey1220·2023-08-07 04:48

GEO数据库

GeneExpressionOmnibus,中文名叫基因表达综合数据库，网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000年创建并维护至今的高通量量基因表达数据库

数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

科创板以后的再次热点

【晚间重要题材资讯】受益版号重启上半年移动游戏市场呈现加速增长游戏概念股：吉比特（603444）、三七互娱（002555）中科院计算所推动高通量数据中心建设光模块需求将提升光模块概念股：剑桥科技（603083

小马系列·2023-08-04 18:37

数据单位的转化

最近突然有朋友问到，在高通量测序的时候，6Gb的碱基数据量换算成300bp的读长，应该怎么换算成多少reads呢？经查询，大家一定要记住的是1G=1024M。

本木大·2023-08-04 02:55

网站服务器配置计算,服务器配置计算公式

服务器配置计算公式内容精选换一换简要介绍HTSlib是一个C库，用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。

许多的小兵器·2023-08-04 00:16

12-19 利用高通量tRNA测序和调控分析描绘微生物组群特征

Microbiomecharacterizationbyhigh-throughputtransferRNAsequencingandmodificationanalysis题目：利用高通量tRNA测序和调控分析描绘微生物组群特征作者

MC学公卫·2023-08-02 17:34

2022-09-14

NatMethods|高通量绘制T细胞激活序列新方法，快速准确可扩展原创huacishu图灵基因2022-09-1410:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=47.99

图灵基因·2023-08-02 16:21

gwas简介

随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入linux和脚本操作的时代，因此我也陆陆续续的学习了R和Python等编程语言，但是在编程的世界里，只是一个小菜鸟，大部分的脚本都是“借来的”。

生信学习小达人·2023-08-02 14:47

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)-Limma差异分析

生信宝典·2023-07-31 14:44

工业大数据技术综述

分析了工业大数据的发展背景和主体来源，剖析了工业大数据、企业信息化和工业互联网之间的相互关系，阐述了工业大数据“多模态、高通量、强关联”的数据特点以及“跨尺度、产业链、跨界”多源数据融合的应用特点，探讨了工业大数据软件系统架构

唐名威·2023-07-29 19:57

植物一区H&R | 植物生理组+转录组：揭示豆科植物响应干旱胁迫机制

PlantArray植物高通量生理学表型监测系统是一套以植物生理学为基础的高精度，高通量，自动化表型监测系统，集合实验设置、数据分析、决策工具于一身，能够高通量实时动态监测并进行全天候生理及环境参数采集

SHANGHAILINGEN·2023-07-29 17:26

EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

EnhancerAtlas结合三种高通量数据的分析结果来预测人和小鼠中的增强子，该数据库最新版本为v2.0,网址如下http://www.enhanceratlas.org/index2.php对于人类增强子

生信修炼手册·2023-07-28 20:26

学习小组Day7笔记--大羽

文字版的原理,总结的比较全图片版原理视频版原理密码：bxsry43.测序类型（根据组学分类）信息流各个阶段：总结-来自生信星球公众号基因组→转录组→蛋白组→代谢组4.测序相关的概念高通量测序、基因组测序

海岛眠·2023-07-28 08:23

R语言机器学习之影像组学分析的原理详解

概要影像组学从常规医学图像中高通量提取大量的放射学定量数据，并以非侵入性方式探索它们与临床结果的相关性，在医学研究中得到广泛的应用。

Rocky006·2023-07-28 01:22

精准医疗是谁都要独一无二的治疗方法？共识分子分型了解一下！

随着基因组学、转录组学及高通量测序等技术的发展，从2012年起，基于不同基因表达谱分

唯问生物·2023-07-27 19:37

FastQC

“Aqualitycontroltoolforhighthroughputsequencedata.”FastQC是JAVA语言编写的能够对高通量测序数据进行质控的软件。

希望你会好·2023-07-27 15:54

25高通量测序-线性模拟之t检验与单因素方差分析

线性模拟之t检验与单因素方差分析t-test快速回顾线性回归，我们测量了老鼠的重量和大小，我们想从中学到两件事:老鼠体重对预测老鼠大小有多大作用?(R平方告诉我们)这段关系是偶然的吗?(p值告诉了我们)image-20210108152401316.png下面我们看看能否将这些概念应用到t检验中。t检验(t-test)的目的是比较均值，看它们是否显著不同。如果同样的方法可以计算线性回归和t检验的p

不到7不改名·2023-07-27 13:59

基因测序之常见测序类型整理

高通量测序（二代测序）高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术

生信包工头·2023-07-26 18:46

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

chSNP·2023-07-26 16:33

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

2022-03-29

前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本研究通过将带条形码的人类开放阅读框(ORF)进行过表达处理来识别T细胞功能的正调节因子；由此开发了单细胞基因组学方法OverCITE-seq，用于高通量定量

图灵基因·2023-07-24 08:24

通过Docker安装GATK分析工具包

分享者：栾生GATK是GenomeAnalysisToolKit的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snpcalling软件之一。

虾里巴人·2023-07-23 09:10

sra与fastq数据简介及下载

这里的数据主要针对有SRA号的测序数据，这些数据是已发表文献中的高通量测序数据，因为作者也是一枚生信小白，所以记录成分更多。目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库的各

Seurat_·2023-07-18 15:10

走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)

在过去10年中，染色体构象捕获（chromosomeconformationcapture3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人们能够以超强的分辨率和高通量测序分析细胞核内的三维立体结构

Ray钱·2023-07-16 23:52

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定

E_GENE·2023-07-15 23:10

R绘图|韦恩图的常见绘制方法

IL4处理组，每组3个生物学重复实验分组：TNF组vs对照组；TGF组vs对照组；IL4组vs对照组所得数据：三种分组比较下的差异基因最终需求：直观展示三组差异结果的共同基因及特有基因以上这类设计和需求是高通量数据后期展示时常见的需求

Clariom·2023-07-14 19:58

代谢组学数据分析及网络药理学研究技术与实践

网络药理学能够通过计算机模拟算法、运用组学、高通量筛选及网络分析等技术揭露药物-靶点-疾病之间复杂的网络信号关系,已经成为揭示生物系统复杂功能和行为的有力工具。应新老客户的培训需求，北京

lixuegaoyunfeng·2023-07-14 10:19

2022-11-22

引导的微流体技术在癌症免疫治疗筛查中的应用原创楠烟不可言图灵基因2022-11-2209:48发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：楠烟不可言IF：12.779推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文报告了一个自动化的高通量微流体平台

图灵基因·2023-06-23 07:29

2022-10-28

复杂组织的单细胞空间表观基因组学成像原创存在一棵树图灵基因2022-10-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=66.850推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文开发了一种高通量单细胞染色质表观遗传修饰的成像方法

图灵基因·2023-06-22 15:37

二代测序原理的初步了解

2005年，罗氏推出了第一款二代测序仪罗氏454，生命科学开始进入高通量测序时代。后续随着Illumina系列测序平台的推出，极大降低了二代测序的价格，推动了高通量测序在生命科学各个研究领域的普及。

上官万尘·2023-06-19 17:47

DeepBIO:一个自动化和可解释的深度学习平台，用于高通量生物序列预测，功能注释和可视化分析

DeepBIO:anautomatedandinterpretabledeep-learningplatformforhigh-throughputbiologicalsequenceprediction,functionalannotationandvisualizationanalysis期刊：NucleicAcidsResearch中科院分区：2区影像因子：19.16出版时间：2023年2月

YZT8848·2023-06-19 03:18

微生物基因组研究扫盲系列|1

上海唯那生物·2023-06-18 19:51

GEO和SRA

GEO（GeneExpressionOmnibusdatabase）：是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。GPL（GEOPlatform）：测序时使用芯片的平台。

啊吧啊吧鸭·2023-06-17 18:51

[PED07]Feature Selection for Clustering:A Review聚类特征选择综述

@[toc]0.1introduction介绍高通量技术导致数据维度以及样本数量呈指数增长，使得对数据集进行手动处理显得不太实际。但是由于收集数据的技术不完善或者数据本身来源的性质，导致数据噪声。

张小甜甜·2023-06-16 01:55

干货第一弹！多组学联合分析之代谢组FAQ

代谢组研究具有高通量的检测能力、高灵敏度和准确度、非侵入性、非破坏性、全面性、数据资源整合等特点。

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

R绘图|ggplot2散点图的绘制

在高通量文章中，经常会出现散点图这种结果展示形式，如下图，用来展示两组数据之间的表达分布，体现两组数据整体的差异分布情况。

Clariom·2023-06-13 10:36

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局

笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30

技术方法-全长转录组_Nature Communication

高通量纠错纳米孔单细胞转录组测序【文献类别】技术方法-全长转录组【发表期刊】Nature

安哥生个信·2023-06-12 22:29

多通道高通量实时处理单元详细方案设计报告

在本方案中，多通道高通量实时处理单元主要由两部分组成，GPU单元和FPGA单元。GPU单元选用NvidiaAGXOrin64G处理器，FPGA单元选用XilinxVirtex®-7系列FPGAXC7

zhongxon·2023-06-11 16:47

刚入门时老师非要合并dataset时batch effect困扰许久

批次效应是高通量试验中常见的变异来源，受日期、环境、处理组、实验人员、试剂、平台等一些非生物因素的影响。合并分析不同批次的数据时，平常的标准化方法不足以调整批次之间的差异。

辛晓红·2023-06-09 18:09

易基因：多组学关联分析及组学分子实验验证方法（表观组+转录组+微生物组）｜干货系列

高通量技术的发展，通过对多组学数据整合分析，已成为科学家探索生命机制的新方向。多组学研究是探究生物系统中多种物质之间互作的方法，包括基因组学、

易基因科技·2023-06-09 18:40

Alpha多样性指数求标准差及平均值

Alpha多样性指数求标准差及平均值现在使用高通量测序技术来对微生物群落来进行测序分析已经发展很多年了，在论文中经常有使用到Alpha多样性来对微生物群落进行组内差异分析，所以今天先来给大家介绍一下如何使用单因素方差来对

fafu生信小蘑菇·2023-06-09 02:08

流式细胞仪分析技术及应用

流式细胞术应用到高通量测序领域就变成了微流控技术。可见，把生命科学的视界拉倒单细胞水平的比高通量测序更早的是流式细胞术。那么在单细胞测序技术出现之前，人

周运来就是我·2023-06-07 20:38

我国基因测序产业上游发展的“困”与“惑”

靠什么读懂生命天书九年前在深圳海关通关的普通一单：涉及产品为128台（套）高通量测序仪HiSeq2000，买入方是我国华大基因公司，卖出方为美国Illumina公司。

11010tianyi·2023-06-07 17:59

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

image.png转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已

wangchuang2017·2023-06-07 14:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

传统的原位杂交技术又很难实现高通量检测。空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，

SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

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