高通量

我国基因测序产业上游发展的“困”与“惑”

靠什么读懂生命天书九年前在深圳海关通关的普通一单：涉及产品为128台（套）高通量测序仪HiSeq2000，买入方是我国华大基因公司，卖出方为美国Illumina公司。
11010tianyi·2023-06-07 17:59

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

image.png转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已
wangchuang2017·2023-06-07 14:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

传统的原位杂交技术又很难实现高通量检测。空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，
SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

凌恩生物文献分享|多组学联合，病毒与宿主关联分析又升级了！

高通量测序技术突破了传统技术方法的局限，可以直接以标本中所有的遗
SHANGHAILINGEN·2023-04-21 14:31

基础知识——illumina测序原理

二、高通量测序---illumina测序原理高通量测序技术（High-throughputsequencing）以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。
生信小工厂·2023-04-21 07:31

TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？

TCGA通过利用高通量基因组分析技术，来帮助我们更好地理解癌症的遗传学基础，从而提升我们对于癌症的诊断能力和对癌症的治疗、预防。
Seurat_Satija·2023-04-19 05:23

临床代谢组学分析全流程

代谢组学分类非靶向代谢组、靶向代谢组/高通量靶标代谢组、广泛靶标代谢组/拟靶向代谢组代谢组学技术平台核磁共振NMR、气质联用GC-MS、液质联用LC-MS临床代谢组学研究基本思路图片来源百趣代谢组学图片来源百
左大肚·2023-04-18 16:02

凌恩生物美文分享|转录组研究利器——三代全长转录组测序(Iso-Seq)

近年来，随着高通量测序技术的发展，转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。
SHANGHAILINGEN·2023-04-17 05:06

七-RNA-seq

RNA-seq(RNAsequence)RNA的高通量测序——帮助了解各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异eg:正常组织和肿瘤组织之间的差异检测药物治疗前后，基因表达的差异检测发育过程中，不同的发育阶段
浪逐风华·2023-04-15 18:18

Kubernetes与HPC：（1）RDMA网络

这允许高通量、低延迟的网络通信，尤其适合在大规模并行计算机集群中使用。RDMA实现常见网络环境介绍RDMA网络实现之前，先介绍一下常见的几种网络环境：以太网（ethernet）、IB网
yiduyangyi·2023-04-15 11:46

pymatgen安装

win10系统，anaconda3，vs2019pymatgen——高通量计算Python库一、配置C++环境安装vs后，参考博客二、安装依赖库1、asepipinstallase2、spglib（这个库依赖
m0_59476899·2023-04-15 01:47

2020-12-08

几乎是高通量测序的标准格式。NCBIShortReadArchive也是这格式，多了一些描述性词汇而已。
凉风倒影·2023-04-13 16:50

易基因｜RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)全流程

常规mRNAm5C甲基化测序（RNA-BS）：mRNA分离后首先通过亚硫酸盐处理，非甲基化的C转变为U，m5C修饰的碱基保持不变，结合高通量测序，可以对RNA上的每一个C碱基修饰进行定位与定量。常
易基因科技·2023-04-13 14:29

文献解读|人类肠道发育进程的时空图谱

杂志上发表了一篇题为“Spatiotemporalanalysisofhumanintestinaldevelopmentatsingle-cellresolution”的文章，在这项研究中，作者利用高通量单细胞转录组测序和空间转录组测序构建了一个大规模的人类肠道发育的单细胞时空图谱
百奥益康·2023-04-13 11:07

【百日更】今天也有不一样的事情发生

下午及晚上细胞实验以及组织样本的处理，不得不感慨科学技术是第一生产力啊，高通量研磨
你在想些什么呢·2023-04-12 11:53

单细胞转录组测序知识一隅

单细胞转录组测序（SingleCellRNASequencing）是在单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序的一种高端技术，研究单个细胞内的整体基因表达情况，以及基因的结构变异。
生信阿拉丁·2023-04-12 07:16

RECORD MY GRADUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-4

本研究对隆线溞的SF、PF和M个体进行了整合mRNA和miRNA的高通量测序分析，并探究隆线溞中的DEGs和DEMs并鉴定出涉及生殖转化的关键基因。3.4.1隆线溞生殖转化的转录组学研究对生
怡然i_好久不见·2023-04-12 06:58

TCGA+biomarker——常见结果展示

由于众多高通量数据库的建立，使得大临床样本信息的获取不再那么艰难，使得很多科研工作者都可以开展此类项目。
Clariom·2023-04-12 05:34

更新了！多数据集合并及去除批次效应工具使用详解！

高通量测序发展到现在，已有数十年，产生了海量的数据，数据的综合分析被认为是从基因组，转录组，蛋白组等组学数据集中提取最大有效信息的关键方法，目前这种方法更有利于研究人员从数据中发现和解决大的生物学问题[
生信学霸·2023-04-11 23:32

CopyKAT: 从高通量单细胞RNAseq数据推断人类肿瘤基因组拷贝数和亚克隆结构

CopyKAT(CopynumberKaryotypeOfTuments)是一种计算工具，它使用整合的贝叶斯方法来识别单个细胞中5MB分辨率的全基因组非整倍体，将肿瘤细胞与正常细胞分开，并使用高通量的sc-RNAseq
Refrain_9738·2023-04-11 13:48

如何使用软件自动对变异 进行ACMG打分

作者：charon,童蒙编辑：angelica高通量测序的诞生为科研和临床工作者在突变位点的检测和疾病分析上带来了“福音”，随之而来的则是如何从突变中甄别出真正致病相关的基因位点、并对此实现较为全面的注释和致病性评估
生信阿拉丁·2023-04-10 22:44

生物医学研究和临床应用中单细胞RNA-seq数据分析指南

随着包括临床样本在内的高通量scRNA-seq数据的扩大，对这些大量数据的分析已经成为进入这一领域的研究人员的一个必须面对的前景。
Evil_Genius·2023-04-09 23:55

三维和空间基因组学时代（上篇）

摘要十多年前，高通量染色质构象捕获(Hi-C)技术的出现开启了三维基因组学的新纪元。
Davey1220·2023-04-09 03:26

高通量表达谱分析有哪几种？

高通量表达谱分析有哪几种？当前,随着拟南芥，水稻等基因组测序的完成以及完整的人类基因组序列即将译解,人类正在从“结构基因组时代”步入“功能基因组时代”。
天明豆豆·2023-04-08 04:29

linux学习100篇40：转录组分析用软件及安装featureCounts

原理文献参考：featureCounts:anefficientgeneralpurposeprogramforassigningsequencereadstogenomicfeatures摘要1、在高通量测序分析中用于下游分析的关键信息是比对到每个
Seurat_·2023-04-08 00:09

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ
正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。
Forest_Lee·2023-04-06 07:32

第一个癌症蛋白质编码RNA与药物相关性数据库

随着高通量芯片技术等实验技术的快速发展和成本的不断降低，芯片数据的数量明显增加。但是海量的癌症相
概普生信·2023-04-06 04:45

关于WES的简介

首先利用DNA或RNA探针，将全基因组中外显子区域DNA进行捕获，然后对捕获的DNA进行PCR扩增，最后对扩增后的产物进行高通量测序。什么是外显子？
刘小泽·2023-04-06 01:58

全球未来网络发展白皮书--笔记

探索：网络基础理论网络体系架构：超低时延（通信时延为0.1ms，是5G的十分之一），超高通量带宽（6G速度将达到100Gbps～1Tbps,
VABIS_VHAS·2023-04-05 11:02

了解ChIP-Seq的实验流程

高通量测序（high-throughputsequencing,HTS）2005年首次提出，平台包含了：二代测序Illumina/Solexa,Roche
刘小泽·2023-04-04 23:17

高通量测序领域常用名词解释

什么是高通量测序？
flynnchan·2023-04-04 15:57

Science | 高通量单菌株分辨率的基因组测序用于人类肠道微生物组研究

文献下载链接：High-throughput,single-microbegenomicswithstrainresolution,appliedtoahumangutmicrobiomeSupplementarymaterials：Figs.S1toS13；TablesS1toS8；MoviesS1toS10发表期刊：《Science》影响因子：63.714时间：2022年文章亮点概览0.文章亮
熊猫人和熊猫猫·2023-04-04 02:17

易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）｜技术推介

Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly（A）的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序，能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，得到全长转录本
易基因科技·2023-04-03 12:47

易基因：高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇｜干货系列

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。此前，我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq）的数据挖掘思路（点击查看详情），进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。做完ChIP-seq测序后，如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证，则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面：简单验证转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰
易基因科技·2023-04-03 12:16

易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序高通量单细胞DNA甲基化测序简介单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中
易基因科技·2023-04-03 12:08

kafka详解及集群环境搭建

是由Apache软件基金会开发的一个开源消息系统项目，该项目的目标是为处理实时数据提供一个统一、高通量、低等待的平台。2、Kafka是一个分布式消息队列：生产者、消费者的功
被生活耽误的旅行者·2023-04-03 05:18

阿里云E-HPC+i4p大内存实例，加速寻因生物单细胞数据分析效率

寻因生物是一家专注于单细胞技术的生物科技企业，拥有自主研发的微孔芯片与油包水双技术单细胞捕获平台，致力于通过国产高通量单细胞全链条产品及服务，将单细胞技术普适化应用于临床及药物研发，助力相关疾病研究。
弹性计算百晓生·2023-04-03 03:21

学习小组Day7笔记--邓陶

NGS组学都包括哪些分类（粗略）1、测序过程和原理学习内容链接：测序原理介绍视频文章《测序的世界》思维导图整理：测序的世界.png2、都有哪些类型的测序（1）首先学习2篇文章初步理解测序历史以及什么是高通量测序
邓陶·2023-04-02 22:22

TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况

TIMER(TumorImmuneEstimationResource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供Bcells,CD4+Tcells,CD8
Seurat_Satija·2023-04-02 19:14

【RNA-seq自学02】RNAseq的原理及流程

RNAseq是一种高通量测序技术。它可以帮助我们理解在各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异。
Brickvstar·2023-04-02 15:46

使用deeptools计算ChIP-seq样本之间的相关性

它提供了一系列方便的命令对高通量测序数据进行分析。本文先集中介绍deeptools中计算ChIP-seq样本间相关性所用到的命令，其余的命令有机会再一一介绍。
尘世中一个迷途小书僮·2023-04-02 06:32

RADIOLOGY:深度学习风险评分与标准钼靶密度评分预测乳腺癌风险的比较

《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》导读:影像组学的概念最早在2012年由荷兰学者提出，其强调的深层次含义是指高通量地从影像（CT、MRI、PET等）中提取大量影像信息，实现病灶分割
悦影科技·2023-04-01 23:33

病原微生物高通量测序：第三节 检测原理

临床微生物高通量检测，应用场景不同，各种测序技术令人眼花缭乱，但我们可以做如下总结。
简佐义的博客·2023-03-31 16:43

pymatgen的安装与使用

PythonMaterialsGenomics(pymatgen)是进行高通量材料计算最强大的python程序包之一，pymatgen诞生于2011年，由加州大学圣地亚哥雅各布斯工程学院的纳米工程教授ShyuePingOng
Martentite·2023-03-30 02:05

GSEA背后的统计学原理

缺乏在基因水平上检测真实信号的能力可能是高通量表达测量的结果，该测量涉
小潤澤·2023-03-30 01:13

如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库

SRA数是NCBI专门用于存储、显示、提取和分析高通量测序数据的数据库。第三步：选择Newsubmission→按要求填写，至少有一个科研单位/大学的email→…
纤蹄马·2023-03-30 00:32

空间信息在空间转录组中的运用

空间分析目前已成为生命科学中发展最为迅速的领域之一，高通量测序的空间技术更是如火如荼，究其原因主要有三点：生命科学家越来越认识到空间结构在基础医学以及临床应用中的重要性我们所能测到的图谱（atlas/landscape
周运来就是我·2023-03-29 15:24

叶绿体基因组注释软件PGA-Plastid Genome Annotator

高通量测序技术的快
小不点打羽毛球·2023-03-29 13:49

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层
钟小博·2023-03-29 05:31
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