10x

10X空间转录组之组织区域临近通讯实现方法

作者，追风少年i周五了，我就不整那些难以理解的了，给大家分享一个简易的空间转录组通讯的分析的方法，其实原理跟下面的一样，但是具体的细节我们要探讨一下。图片.png首先第一步，识别inferface这个界面可以是大家空间聚类后的cluster_cluster界面，但最好的人工识别的组织界面，比如肿瘤组织的间质肿瘤的界面，界面两端临近的spot纳入后续的通讯分析，如下图：图片.png第二步，近邻spo
单细胞空间交响乐·2023-12-26 19:23

体外转录法制备dsRNA

试剂琼脂糖凝胶(1%)复性缓冲液(10X)ATP、CTP、GTP、UTP（每种100mmol/L)二硫苏糖醇(DTT)(1mol/L)DNA分子质量标准dNTP混合液，每种10mmol/L乙醇(100％
英格恩·2023-12-25 12:00

10X邮件列表||前体mRNA比对反义链比例增加

|HankTu(10xGenomics)Sep28,01:29PDTHiYunlai,WeobserveanincreaseinthedetectionofantisensereadswithmappingofsinglenucleiRNA-seqdatatothepre-mRNAreference.Wearestillinvestigatingthesourcesofthisincrease.S
周运来就是我·2023-12-25 00:21

BCT6342:1 MIPI D-PHYC-PHY(2.5Gbps) 方案代理商

数据车道开关BCT6342:1MIPID-PHYC-PHY(2.5Gbps)4-Data车道开关一般描述特性BCT634是一款four-data-lane,MIPI,D-PHY●SwitchType:SPDT(10x
禾川兴科技·2023-12-23 07:33

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

10X单细胞（10X空间转录组）利用轨迹分析推断细胞间的实时通讯（TraSig）

hello，大家好，今天我们来分享一个新的内容，利用我们的轨迹分析的结果来推断细胞之间的通讯交流。文章在Inferringcell-cellinteractionsfrompseudotimeorderingofscRNA-Seqdata.这个方法对于有分化关系的细胞类型来说，是一个新的角度解读细胞间的通讯，个人认为更加的重要。我们先来看看文献，最后分享示例代码。Abstract1、Amajora
单细胞空间交响乐·2023-12-22 08:11

10X空间转录组数据分析之降噪和imputation处理（SPCS）

hello，大家好，今天给大家带来一个新的内容，针对10X空间转录组的降噪和imputation分析，这两部分的分析内容大家在10X单细胞的分析上应该是经常用到的，大家可以找一找我的公开课，专门讲过这一部分的内容
单细胞空间交响乐·2023-12-21 16:41

10X空间转录组数据分析之细胞单元

hello，大家好，今天我们来分享一个新的、很有意思的内容，细胞单元，在我之前分享的文章里面10X空间转录组的位点注释和临近通讯，提到过这个内容，但是不够系统，今天我们就来详细分析一下什么是细胞单元。
单细胞空间交响乐·2023-12-19 00:16

10X单细胞空间联合分析表征Ureter的形态和相互作用

hello，又到周五，一周的收官之战，我们要继续我们的单细胞空间联合分析的大业，今天的参考文献在Uretersingle-cellandspatialmappingrevealcelltypes,architecture,andsignalingnetworks，看看这一次单细胞空间的联合分析又给我们带来什么样的分析内容。图片.png搜集一下marker免疫markerastcells(KIT,T
单细胞空间交响乐·2023-12-17 05:27

C语言刷题数组------数组交换

数据范围−100≤X[i]≤100输入样例：10-90-4-100-2-774输出样例：X[0]=10X[1]=1X[2]=1X[3]=1X[4]=
Mbigmouse·2023-12-16 10:29

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。以下教程概述了使用cellrangermkref构建自定义参考基因组步骤。准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
生信编程日常·2023-12-02 00:38

如何成为一名高效的前端开发者（10X开发者）

如今，每个人都想成为我们所说的“10倍开发者”。然而，这个术语经常被误解和高估。本质上，一个高效或者10倍开发者，在我看来，是指那些能够充分利用所有可用工具的人，通过让这些工具处理冗余和重复的任务，使他们能够专注于复杂和创造性的工作。以下是一些成为10倍开发者的技巧和诀窍：使用脚本自动化重复任务：通过脚本自动化重复任务对于寻求优化工作流程的开发人员来说是一个改变游戏规则的举措。通过确定哪些任务可以
前端达人·2023-11-30 10:59

10X空间转录组数据分析之Pattern recognition and clustering

hello，我们接上一篇，10X空间转录组空间高变基因分析之SPARK，上一篇我们利用一些方法，找到了很多显著性的空间高变基因，那么这些基因在我们分析数据的时候起到了什么作用呢？
单细胞空间交响乐·2023-11-29 03:27

10X单细胞空间研究揭示单核细胞 - 巨噬细胞空间动力学促进早期肥胖的前冠状生态位

作者，追风少年ihello，周五了，一周工作的结尾，大家开心么？开心的话，点个赞呗~~~今天我们继续单细胞空间的分析内容，参考文章在Monocyte-macrophagespatialdynamicspromotepre-crown-likenichesinearlyobesity,单核细胞-巨噬细胞空间动力学促进早期肥胖的前冠状生态位,密歇根大学的研究成果，我们来看一下。图片.pngAbstra
单细胞空间交响乐·2023-11-28 07:22

10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在SpatialTranscriptomicstodefinetranscriptionalpatternsofzonationandstructuralcomponentsintheliver，其中的一些方法很值得我们借鉴，关于寻找空间转录组的转录模式的方法我分享了很多了，总结在这里，供大家借鉴和学习
单细胞空间交响乐·2023-11-25 22:07

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析

作者，追风少年i系统总结nichenet多条件通讯差异分析通讯软件nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet，10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和
单细胞空间交响乐·2023-11-25 11:56

TPP0100泰克无源电压探头

的100MHz、10X无源电压探头。这些探头是和1MΩ/13pF(TPP0100)和1MΩ/20pF(TPP0101)输入的BNC示波器搭配使用。
cx13538174533·2023-11-21 15:13

简单的多层感知机MLP的pytorch代码

MLP用pytorch一般可以写为如下形式：importtorchimporttorch.nnasnnN=64D_in=1000H=100D_out=10x=torch.randn(N,D_in)y=torch.randn
wuha391·2023-11-15 00:23

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面

多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面（看到曾老师收费不能白嫖我就写个脚本）首先我下载了一个10x的文件集合哈我的理想是整成这个样打开后是这个样式如何实现呢我提供了py的脚本
sayhello1025·2023-11-13 16:06

Single-cell 10x Cell Ranger analysis

firststepdownloadSRRdata#这是批量下载nohupprefetch-X100GB--option-fileSRR_Acc_List.txt&nohupfastq-dump--gzip--split-files-A./SRR13633760-O/home/scRNA/&nextBuildacustomreferenceusingCellRangermkref首先，找到您物种的参
sayhello1025·2023-11-08 02:34

10X单细胞空间联合分析之CARD（即使单细胞数据不匹配）

作者，追风少年i周四了，很不错，温度26℃，天气多云，非常适合躺平的一天，难得的休息时光，你们好好努力，我负责躺平，大家各得其所，单细胞空间的分析技术无疑是目前科服最火热的研究手段，时至今日已经形成了“百家争鸣”的态势。2016年，10Xgenomics率先推出商业化单细胞分析系统Chromium以来，激发了单细胞市场的巨大潜力，国内外各大公司也先后进入到了单细胞领域以寻求突破，2017年BD推出
单细胞空间交响乐·2023-11-06 01:57

10x scaffolding系列3：使用tigmint纠错并进行基因组scaffolding

背景介绍这篇应该是10xgenomics数据辅助基因组组装的最后一篇，tigmint也是这些软件之中效果最好的一个，属于压箱底的好工具。并且这个软件是个活着的软件，相比于那些GitHub上最后更新时间是两三年前的软件而言，它还在不断地动态更新中，在我写这篇内容的2022年10月30日的时候，这个软件在3天前刚刚提交了一次更新。而且tigmint安装起来也愈加地方便了，最初使用它的时候甚至只能用源码
卖萌哥·2023-11-05 20:56

有关Windows 10X，你需要知道的一些信息

微软发布的新版Windows10X，很多用户对它的确切含义感到困惑，Microsoft已发布的信息也是让人一知半解，本文提供与新操作系统有关的信息。继续阅读有关即将推出的Windows10变体所需的所有信息。一、什么是Windows10X？它是Windows10的后继产品吗？Windows10X在某些方面类似于Windows10，但完全基于名为WindowsCoreOS的通用Windows代码库中
蜗牛逛世界·2023-11-05 05:07

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：空间转录组数据分析

正如我们之前介绍过的：10X空间转录组Visium:基本概念10X空间转录组Visium||空间位置校准Seura
周运来就是我·2023-11-05 00:22

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）

hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitches:orderinggeneexpressionandfunctionaleventsinsingle-cellexperiments，我们首先来分享一下文献，最后看一看参考代码。首先认识一下什么是开关基因，开关基因指细胞
单细胞空间交响乐·2023-11-03 11:18

10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo

今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据（loom,h5ad,csv）,我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果，这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐·2023-11-03 01:18

seurat提取表达矩阵_Seurat

library(dplyr)library(Seurat)#10X的数据可以使用Read10X这个函数，会返回一个UMIcount矩阵，其中的每个值表示每个基因(行)在每个细胞(列)的分子数量pbmc.data
weixin_39628551·2023-11-03 01:48

Seurat对象处理

seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些操作，有不足或者错误的地方希望大家指正~首先是从10X数据或者其他数据生成一个seurat对象（这里直接拷贝的官网的教程
Myshu2017·2023-11-03 00:36

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单
单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

python之前端基础

协议:超文本传输协议,规定了信息基于网络传输的发送以及接受格式web本质:1.浏览器输入网址朝服务器发送请求2.服务器接受请求3.服务器返回相应的响应浏览器接受响应解析渲染展示到屏幕上http状态码:10X
爱迷路的小怪兽·2023-10-30 21:36

学习小组Day5--小陈

今天的知识量很多，感觉还要多多练习消化一下知识点向量1.标量和向量的区分直接给变量定义即“赋值”x<-c(1,2,3)x<-1:10x<-seq(1,10,by=0.5)x<-rep(1:3,times
shine_9457·2023-10-30 15:21

10X空间转录组 & 10X单核转录组联合分析解析肥厚性心肌病的调控机制

hello，大家好，又到了周五了，一周的收官之战，今天分享的内容有点多，涉及到很多单细胞和空间的分析方法，我们要精读并且进行深入的解析，我认为方法都很经典，而且运用的也比较好，我们慢慢逐一解析，文章在Lineage-specificregulatorychangesinthepathologicalcardiacremodelingofhypertrophycardiomyopathyunrave
单细胞空间交响乐·2023-10-30 05:48

时空通讯分析导论

无论是单细胞还是空间，国内都推出了国产平台，希望能在这场竞争中占据优势地位，但是10x也在不断地更新技术，保持产品的活力。对于科研者而言，单细胞级的精度与空间位置的识别仍然是生物学研究
单细胞空间交响乐·2023-10-29 09:54

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)
卖萌哥·2023-10-27 01:33

10X单细胞（10X空间转录组）之单细胞精度分析细胞通讯

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结，我们借鉴一下，并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐·2023-10-26 03:34

10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）

hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues,我们还是先来看看文章，最后看看代码，我也把之前的单细胞空间联合分析的软件分享列在下面，供大家参考。MIA用于单细胞和空间
单细胞空间交响乐·2023-10-24 21:01

js中的关键字的使用

变量声明关键字：var,let,const//varvarx=10;//声明变量x，并赋值为10x=20;//修改变量x的值为20//letlety=30;//声明块级作用域变量y，并赋值为30y=40
夏虫冰语·2023-10-22 17:08

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。以下教程概述了使用cellrangermkref构建自定义参考基因组步骤。准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
Seurat_·2023-10-22 00:24

Rust通用编程概念

("x={}",x);//x=10x=20;println!("x
2021dragon·2023-10-21 02:28

音频混音是什么

音频混音能实现什么提取一个视频文件的音频轨道，和另一个事先准备好的mp3文件混音场景类似于视频剪辑软件的混音操作，将原视频文件和配乐混音，生成新的音频&0xff的意义&与运算，只有两者相同时，该位与的结果才为10x
毛先森·2023-10-19 04:37

10x单细胞数据分析之Seurat多样品整合分析

上一篇10x单细胞数据分析我们介绍了如何用Seurat对单细胞数据进行分群分析，这一篇我们介绍一下多个单细胞样品的分析方法。
菌小落·2023-10-18 18:06

10X空间转录组数据分析之空间细胞密度

hello，大家好，今天礼拜天，天津雾霾严重，呆在家里学习一下吧。今天给大家分享的是空间转录组的空间细胞密度的分析，这个分析非常重要，下面是一张展示图。$)~{%T2T]E3M}`CL$WANHIF.png2.png大家应该都有基本的常识，那就是组织是一个有序的细胞结构，细胞不会随机出现在组织的各个区域，而是严格按照空间位置进行分布，当然了，受到了周围细胞环境的很多影响，那么这个分析体现的就是细胞
单细胞空间交响乐·2023-10-17 03:43

10X空间转录组之基因的空间表达模式

hello，大家好，这一次我们先来简单探讨一下我们在分析10X空间转录组数据时候得到的基因空间表达模式，也就是我们通常所说的空间差异基因，我们先来看看这个基因怎么得到的。
单细胞空间交响乐·2023-10-16 12:41

10X单细胞（10X空间转录组）层次聚类分析intra-tumor variability programs

hello，大家好，今天我们继续分享一些寻找肿瘤programs的方法，参考文章在AnIntegrativeModelofCellularStates,Plasticity,andGeneticsforGlioblastoma，文章中用到的是层次聚类，但是其他的方法也很经典，所以我们逐一分享。首先第一部分，先划分肿瘤细胞，首先是识别正常的细胞类型，tSNEanalysisandidentifica
单细胞空间交响乐·2023-10-16 05:56

单细胞SRR数据拆分

10X单细胞转录组测序数据的SRA转fastqfastq-dumpSRA转fastq#10xSRR需要加--split-file和--include-technical参数fasterq-dump-O.
Zee_李海海·2023-10-14 09:12

10x RNAseq Cellranger结果的对应关系：

10xRNAseq数据在用cellranger跑完10xRNaseq数据分析后，会生成一个outs目录，这个目录下还有一个/filtered_feature_bc_matrix目录,里面放着三个文件:matrix.mtx.gzfeatures.tsv.gzbarcodes.tsv.gz这三个文件的对应关系是什么样的呢？今天我们来一探究竟:(一)matrix.mtx.gz文件:image.png(二
11的雾·2023-10-14 06:28

工业相机像元与像素之间的关系

1、假设一个相机的像元是5.5um2、相机镜头的倍数是1x、2x、3x、5x、10x、20x3、那么每一个像素的大小为(5.5/1、5.5/2、5.5/3、5.5/5、5.5/10、5.5/20)，即相当于标定之后的结果
奕星星奕·2023-10-13 09:55

【杂谈】多维度竞争

今天阅读《10x程序员工作法》之"07|解决了很多技术问题，为什么你依然在“坑”里？"，让我感受最深的是：多问几个为什么，交流一下是不是可以换个做法，许多困惑可能就烟消云散了。
一个测试员的日常·2023-10-12 00:24

硬件学习笔记---“唐老师讲电赛”（一）元器件选型之电阻

3.功率4.命名及种类（1）贴片//R100=0.1欧5R60=5.6欧把R当做小数点//122=12*100=1.2k欧//字母法：10X=124*1/10=12.4欧（2）直插：色环法（3）晶圆电阻
amour918·2023-10-11 00:21

10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy

这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy，当然了，我们主要关注10X空间转录组的分析内容。
单细胞空间交响乐·2023-10-10 14:15
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