10x

10X单细胞（10X空间转录组）转录组 + VDJ联合分析（13）之基础术语

这一篇我们扫盲，总结一下VDJ的所有技术术语。AIRR：适应性免疫受体库。在Scirpy文档中，简单地谈到了免疫受体(IR)。TheAIRRcommunitydefinesstandardsaroundAIRRdata.ScirpysupportstheAIRRRearrangementschemaandcomplieswiththeAIRRSoftwareGuidelines.关于AIRR软件之
单细胞空间交响乐·2023-10-09 17:57

[4]Arduino制作二进制按键小琴

需要的材料：Arduino编程软件ArduinoUNO卡面包板和一个Mini面包版10x不同颜色的连接线3xLED灯3x220-1000欧的电阻1x蜂鸣器模拟电路电路原理我们将利用三个按钮来实现对6个不同的音调的控制
蝌蚪少儿创客·2023-10-09 00:49

10x程序员28 结构化：写文档也是一种学习方式

不愿意写文档，本质上是因为知识不能很好地结构化。将零散的知识结构化，有很多方式，但输出是非常关键的一环输出的过程，本质上就是把知识连接起来的过程。阻碍知识输出的一个重要原因是缺乏输出的模式解决方案金字塔模型：首先，确定要表达的是什么，然后确定支撑这个论点的分论点，再来是找到支撑每个分论点的论据。从中心论点、分论点到论据，这样一层层向下展开
剑有偏锋·2023-10-08 10:09

10X单细胞基础+个性化合集2

作者，EvilGenius这一篇分享以下后三个部分单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之CNV篇单细胞个性化分析之转录因子篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇组织是一个有序的统一体，细胞与细胞之间不是割裂的存在，而是存在频繁的相互作用，这种相互作用，是通过配体细胞表达配体，配体作用于受体和受体细胞，从而引起受体细胞的生物学变化。正是因为这种频繁的相互作用，体现了细胞之间的有序统一，以及在受到疾病
单细胞空间交响乐·2023-10-07 04:17

10X单细胞（10X空间转录组）scanpy做多样本整合的智慧（bbknn）

hello，大家好，今天我们来回顾一下，不讲新的东西，回顾一下scanpy做10X单细胞（10X空间转录组）多样本整合的方法，这个方法跟Seurat差别比较大，目前引用scanpy做多样本整合的文献还比较少
单细胞空间交响乐·2023-10-06 20:54

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet多条件差异通讯

作者，追风少年i周三了，好好学习，天天搬砖，人生没有倒带，前进才是真理接上一篇，10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析，不同条件下样本之间的差异通讯，其实关于通讯最开始的分析是细胞类型之间
单细胞空间交响乐·2023-10-06 17:13

10x单细胞数据分析之表达定量

1.单细胞测序数据格式通常使用illumina的NovaSeq/Xten对10x单细胞平台构建的文库进行测序。
felix108·2023-10-06 10:46

【做题笔记】多项式/FFT/NTT

(x)=a0+a1x+a2x2+a3x3+⋯+anxnf(x)=a_0+a_1x+a_2x^2+a_3x^3+\cdots+a_nx^nf(x)=a0+a1x+a2x2+a3x3+⋯+anxn中的x=10x
xhyu61·2023-10-04 22:09

10x VDJ web summary troubleshooting

1.png使用Cellrangervdj流程能得到一个网页版的报告，如上图样式.今天将对这几个指标进行解释说明,用于后续troubleshooting。问题：在10XV(D)J数据中使用哪些指标来troubleshooting?V(D)J网页报告提供了一些关键的指标，能够帮助排除V(D)J实验中的某些问题，由于GEX和V(D)J数据集之间的细胞富集差而产生。可以帮助解决这类问题。指标1：Estim
11的雾·2023-10-04 08:16

10x程序员工作法——以终为始

▶️明确现状以终为始：明确目标：正确、边界清晰#遇到事情，倒着想。第一反应应该是梳理功能细节，而不是美滋滋践行新学的技术。任何事物都要经过两次创造：一次是在头脑中的创造，也就是智力上的或者第一次创造（Mental/FirstCreation)，然后才是付诸实践，也就是实际的构建或第二次创造（Physical/SecondCreation)。对于做软件，‘终’是“对用户有价值的软件”，可以通过以下方
江云漠漠·2023-10-04 06:48

整数反转-Swift

=0{ans=ans*10+X%10X=X/10}ifans>Int32.max||ans
等消息的人·2023-10-02 06:56

10倍程序员的思考模型

40多年过去了，这个数字得到了行业的普遍认同，成为10x
张飞洪·2023-10-01 18:27

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

31日发表于Cell的《LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X
生信宝典·2023-10-01 09:09

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码
单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）

1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题，过拟合具体表现在：模型在训练数据上损失函数较小，预测准确率较高；但是在测试数据上损失函数比较大，预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合，那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题，一般会
单细胞空间交响乐·2023-09-29 03:07

ScyllaDB介绍

ScyllaDB完全兼容ApacheCassandra，拥有比Cassandra多10X倍的吞吐量，并降低了延迟。ScyllaDB是性能优异的NoSQL列存储数据库。
生活的探路者·2023-09-28 03:13

一文看懂10X VDJ

作者：童蒙编辑：angelica01.什么是BCR和TCRB细胞和T细胞中发现的受体分别被称为B细胞受体（BCellReceptor，BCR）和T细胞受体（TCellReceptor，TCR）。B细胞受体与自由存在的可溶性抗原结合，而T细胞受体仅在主要组织相容性复合体(MHC)上识别抗原。02.什么是BCRBCR，称为B细胞抗原受体，是一种长在B淋巴细胞表面的免疫球蛋白分子（IG）。它的结构包括2
生信阿拉丁·2023-09-27 20:05

10X单细胞基础+个性化合集1

作者，EvilGenius今天是令人沉重的一天，所有的网页软件变成了灰色。昨晚还是看了世界杯，日本队确实值得尊重今天我想来一篇关于单细胞分析的合集，包括以下内容单细胞基础分析之单样本分析篇单细胞基础分析之多样本整合篇单细胞个性化分析之细胞注释篇单细胞个性化分析之轨迹分析篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之CNV篇单细胞个性化分析之转录因子篇本篇主要说前4个部分，因为放在一起文章太长，客
单细胞空间交响乐·2023-09-26 11:06

CNS图表复现---人人都能学会的单细胞聚类分群注释

图片表达矩阵例子首先批量读取每个10x样品的表达矩阵保证当前工作目录下面有后缀是matrices.csv.gz的文件，就是前面下载的6个文件：rm(list=ls())options(stringsAs
Seurat_·2023-09-26 06:14

LeetCode刷题笔记（七）数论

七.数论7.整数反转题目：整数反转defreverse(self,x:int)->int:ifx==0:return0result=0flag=1#记录正数负数ifx=10):t1=x%10x=(x-t1
YongtaoHuang·2023-09-23 22:21

10X单细胞空间联合分析人类小细胞肺癌肿瘤生态系统和空间结构

临近新年了，今天29号，但是没啥年味呢？？今天我给大家分享一个单细胞空间联合分析的内容，文章在Single-CellTranscriptomicAnalysesofTumorEcosystemsandSpatialArchitecturesinHumanSmallCellLungCancer。ABSTRACT小细胞肺癌(SCLC)是一种高度异质性的疾病，其特征是侵袭性表型和预后不良。为了剖析SCL
单细胞空间交响乐·2023-09-23 00:01

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全

作者，追风少年i周四了，一周最好的时光，不知道大家感觉怎么样了？2022年上半年的最后一天，时光总是匆匆，不会为自己停留片刻。白哥有一句台词，之前做的再好也回不去了，项目交出去的那一刻，便不再属于自己，那如果新的项目做不成，就该考虑换个工作了~~~~你再有辉煌也都是过去的事情了，要是因为过去的事出不来的话，我们就会越来越平庸。半年了，我们要做总结，希望大家都能在自己擅长的领域有所成就~~~图片.p
单细胞空间交响乐·2023-09-22 22:58

10X空间转录组 & 蛋白组联合分析之空间分区模式

hello，大家好，今天我们来继续分享关于10X空间转录组的分析内容，今天的内容重点是分区，当然了，空间的分区往往是人为划分的，但是我们要寻找到一种计算的方法，利用数学的手段辅助我们进行划区，从而进行更加深入的研究
单细胞空间交响乐·2023-09-22 16:54

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

图片.png关于CNV和进化树的分析，我也分享了很多，列举在这里，供大家参考10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之识别肿瘤细胞的CNV分析原理10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化（
单细胞空间交响乐·2023-09-22 13:48

Seurat4.0系列教程3：合并两个样品的10x数据集

在此，我们将合并两个10XPBMC数据集：一个包含4K细胞，一个包含8K细胞。数据集可以在这里找到。首先，我们在数据中读入并创建两个Seurat对象。library(Seurat)pbmc4k.data<-Read10X(data.dir="../data/pbmc4k/filtered_gene_bc_matrices/GRCh38/")pbmc4k<-CreateSeuratObject(co
Seurat_Satija·2023-09-21 20:04

R语言实现高级的韦恩图可视化（UpSetR）

hello,大家好，不知道下面这张图大家还有印象么图片.png在我之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较中，大量采用这样的图进行展示，后来呢，在文章文章中的哑铃图复现
单细胞空间交响乐·2023-09-21 01:33

（2）10X单细胞聚类

概述细胞聚类：基于基因表达信息，将表达谱相近的细胞聚为一类，表达差别大的细胞彼此分开。Seurat使用image.pnglibrary(Seurat)library(ggplot2)library(dplyr)options(stringsAsFactors=F)##第1步：读入表达矩阵data=250&nFeature_RNA%group_by(cluster)write.table(marke
呆呱呱·2023-09-19 10:34

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(3)

今天我们继续扫盲，学习一些基础的知识和概念。Geneenrichmentandcovariationanalysis其实我们在做TCR分析的时候，应该也是实验组+对照组进行分析，其中做重要的就是我们要寻找实验组在接受病原刺激后TCR重排选择基因的偏好性。GeneusagepreferenceswerequantifiedbycalculatinganormalizedJensen–Shannond
单细胞空间交响乐·2023-09-19 07:25

10X单细胞空间联合分析揭示儿童脑肿瘤的细胞起源

这一篇我们要继续分享单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Mappingpediatricbraintumorstotheiroriginsinthedevelopingcerebellum,单细胞空间技术，在肿瘤领域的运用作为常见。图片.pngAbstractUnderstandingthecellularoriginsofchildhoodbraintumorsiskeyfordiscoveri
单细胞空间交响乐·2023-09-18 11:21

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的，但是让我们放宽思路，不仅仅局限于生物信息层面，这就是我们接下来分享的技术CNNs.首先我们来看看什么是CNNs卷积神经网络（ConvolutinalNeuralNetworks）是非
单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

关于单细胞TPM、Count数据的处理

1.10X和smart-seq2的区别和联系想要了解单细胞TPM的数据处理，对10X和smartseq2进行总结也很有必要。
18kkk·2023-09-17 06:42

专栏十：10X单细胞的聚类树绘图

经常在文章中看到对细胞群进行聚类，以证明两个cluster之间的相关性，这里总结两种绘制这种图的方式和代码，当然我觉得这些五颜六色的颜色可能是后期加的，本帖子只总结画树状图的方法例一文章Single-cellanalysesimplicateascitesinremodelingtheecosystemsofprimaryandmetastatictumorsinovariancancer1.图1
18kkk·2023-09-17 06:40

10X单细胞-10X空间转录组联合分析之八----STRIDE（三维重构）

这一次我们来分享一下单细胞空间联合分析的软件STRIDE，文章在STRIDE:accuratelydecomposingandintegratingspatialtranscriptomicsusingsinglecellRNAsequencing，大家可以看看，关于单细胞空间联合分析的方法分享了很多了，这是第八个方法，我们来看看有什么好的地方。SpatialTRanscrIptomicsDEco
单细胞空间交响乐·2023-09-15 23:21

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporalheterogeneityofglioblastomaisdictatedbymicroenvironmentalinterference
单细胞空间交响乐·2023-09-13 12:10

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

最近在进行单细胞相关的数据的处理，由于样本是不同的病理时期的，料想它们在测序的时候也是不同步进行的，因此认为批次效应也肯定是存在的，但是之前一直没有详细分享过这方面的问题，在网上看了很多技术帖，有一点基础的了解，再进一步的看看文献原著，希望深入的了解单细胞的批次效应，以及在不同的样本数据情况下，用何种批次处理效果好，以及批次处理效果的标准如何评定。在这里插入图片描述Abenchmarkofbatc
单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

英飞凌磁传感器 TLE5012b STM32F103 SPI 程序说明

1.硬件：A.英飞凌磁传感器TLE5012bE1000B.STM32F103C.磁铁，请用“径向充磁”的圆磁铁，如直径10x厚2mm，找TB买2.TLE5012B_E1000接线说明:1:NC2:SCKstm32f103PA53
keith_cheung·2023-09-12 09:43

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

随着单细胞研究越来越多，基于Single-CellSequencing发表的文章也越来越多，涉及领域涵盖了肿瘤、发育、神经科学、免疫等。如何从庞大测序数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。CellRanger是10xgenomic公司专为单细胞转录组分析提供的分析软件，可实现从Illumina原始数据（BCL或fastq格式）到文库拆分，细胞拆分及定量，pca，聚类以及可视化（t-SNE
Seurat_·2023-09-12 05:58

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis（CoNGA）

首先是TCR的分析（10X的结果文件）Clonotypedatafrom10xgenomicsisfirstconvertedintoaTCRdist'clonesfile'andthematrixofTCRdist
单细胞空间交响乐·2023-09-11 09:01

vim的使用快捷键之删除、复制、粘贴

x小写的x表示向后删除一个字符,也就是删除光标所在字符nxn表示数字，表示向后删除每个字符，例如：10x表示删除包括光标在内的后面10个字符X大写的X表示删除光标前的一个字符,不包括光标所在字符nXn表示数字
duhf_think·2023-09-10 10:35

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。
单细胞空间交响乐·2023-09-09 17:20

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

作者，追风少年i周五了，一周马上过去了，感觉如何？？？和很多人交流，发现一个很有意思的现象，每个人都盯着自己没有的东西，自己拥有的都选择忽视，这样的态度，是不是我们烦恼的根源？？好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc
单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire
单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

10X空间转录组之空间临近通讯分析stlearn进阶版

新的一年，2022年，第一周，继cellphoneDB更新到3.0，辅助做空间生态位细胞通讯之后，stlearn也更新了其做空间转录组临近细胞通讯的分析教程，我们来看一下，看看有什么新颖的地方。stLearnCell-CellInteractionAnalysis分析步骤Loadknownligand-receptorgenepairs.Identifyspotswheresignificanti
单细胞空间交响乐·2023-09-07 14:11

【单细胞】单细胞数据的批次效应

但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景：不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略，10X
jjjscuedu·2023-09-06 04:13

红米10X/Pro/Note8Pro/Note9/K30U解账户锁详细刷机教程-可登小米账号

经常有小伙伴购买到有锁机，这里说的是不幸购买到的有锁机用户，请勿做任何非法用户。仅从维修角度来教大家去除账户锁限制，去除账户锁后的完美解锁机，可登录小米账号，使用完美小米云服务体验，可恢复出厂设置，但不可更新系统，不可刷机。适合玩机达人或者手机维修同行操作，个人和小白请认真此说明，三思再行实现原理：通过解锁BL+刷入解锁包+实现开机使用(这就是完美解锁机)适用常见：手机彻底忘记密码无法找回被锁机的
玩机达人88·2023-09-05 18:55

10X单细胞个性化分析之CNV篇

最近父亲住院，需要人照顾，需要资金，所以不要脸的求一发大家的支持。目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，尤其是肿瘤样本的分析研究；3）其他非模式物种的细胞图谱。其中对于肿瘤样本的分析，在基因组研究中CNV的分析占了很重要的一部分，CNV(Copynumbervariation,拷贝数变异)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1
单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

python 实验2

rows=10x=[]foriinrange(
JaxHur·2023-09-03 05:13

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

hello，大家好，今天我们来总结一些10X单细胞和10X空间转录组联合分析的运用案例，让我们对10X单细胞和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。
单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(9)changeo

hello，大家好，前面分享了很多有关TCR的数据分析，今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备，现在还都只是中间过程，好了，我们今天我分享的软件是changeo，大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata，2015年便发表了，而我们分享这
单细胞空间交响乐·2023-09-02 06:53

2018-03-13

2018年3月4日，迪拜推出旅游区块链平台，这是作为迪拜智能城市10x项目的一部分，一个全新的区块链虚拟B2B旅游平台。
52de82753b26·2023-09-02 05:14
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