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10x
10X
单细胞(
10X
空间转录组)多样本基因表达动态分析之Lamian
hello,大家好,今天我们来分享一个新的分析点,跨样本的基因表达动态。文章在Astatisticalframeworkfordifferentialpseudotimeanalysiswithmultiplesingle-cellRNA-seqsamples,很有意义的一个分析点。看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程
Evil_Genius
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2023-04-20 18:32
10x
Genomics PBMC(一):单细胞测序分析 (Chromium)概述
最近有人问起单细胞测序分析的问题,我确实没有做过,就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下:单细胞测序有着漫长的过去,却只有短暂的历史—-谁说的!image说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了(汤富酬老师2009年的文章使得单细胞测序成为现实,郭国骥老师2010年的文章揭示对500多细胞进行48个基因的单细胞RT-qPCR就可以进行细胞类型区分,使得单细胞测序方向转向大量细胞低深度测序
程凉皮儿
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2023-04-20 13:23
10X
空间转录组在文献中的运用
不同功能类型的细胞数量与时间和空间差异相结合,构成了哺乳动物器官转录异质性的主要组成部分。通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录组测序技术能够解析时间维度上细胞类型和基因表达的变化过程。随着单细胞测序技术的不断发展,单细胞组分、转录水平可通过多种技术检测到,极大的提高了研究者们从异质性样本中分析细胞类型特异性的基因调控网络的能力,然而单细胞测序实验的前提是组织必须通过酶解消化成单细胞悬液,此过
Evil_Genius
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2023-04-20 05:11
10X
单细胞转录组整合、转录组 && ATAC整合分析之VIPCCA
隔离的第11天,人生如戏,得与失都是很平常的事,可能我们错过了很喜欢的姑娘,可能被深爱的人所伤害,也可能面对所在的城市感到无力留下来,“躺平”或许很对,但努力一定很酷。好了,今天我们来分享一个单细胞多样本整合的分析方法,VIPCCA,顾名思义,CCA的进阶版,参考文献在Effectiveandscalablesingle-celldataalignmentwithnon-linearcanonic
Evil_Genius
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2023-04-20 04:47
10X
单细胞(
10X
空间转录组)聚类算法之Louvain
hello,大家好,之前呢,分享了
10X
单细胞和
10X
空间转录组的降维算法,不知道大家掌握了多少。
Evil_Genius
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2023-04-20 04:11
10X
单细胞数据整合分析Seurat之rpca(large data,细胞量超过20万)
不知道大家在研究单细胞数据整合函数FindIntegrationAnchors的时候没有发现一个很有意思的参数,那就是reduction,有两个选项,一个是cca,一个是rpca,其中关于FindIntegrationAnchors大家可参考我的文章Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析,有关CCA的算法,我之前也分享过,文章深入解析Seurat整合单细胞数据函数
Evil_Genius
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2023-04-20 02:20
10X
单细胞(
10X
空间转录组)数据分析之NMF寻找转录programs
hello,大家好,今天我们分享的内容来自文章Spatiallyorganizedmulticellularimmunehubsinhumancolorectalcancer,很多的内容都非常的经典,其中最重要的部分就是NMF对单细胞数据分析的影响,当然,也涉及到空间位置信息,很好的文章,我们把其中的重点提取出来,供大家参考。前言部分1、Recently,imaging-basedstudiesh
Evil_Genius
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2023-04-19 19:33
10X
单细胞(
10X
空间转录组)数据分析之主成分分析(PCA)与因子分析(NMF)
hello,大家好,随着分析的深入,PCA和NMF分析的"斗争"也越来越激烈,是时候带领大家来真正认识一下PCA和NMF的区别了。方法背景随着硬件技术的发展,每年被记录和存储下来的数据是非常庞大的,如何从庞大的数据堆中筛选出目标数据并分析得到有用的结论是现今重要的领域---数据挖掘。为了能够充分有效的利用数据,化繁为简是一项必做的工作,希望将原来繁多的描述变量浓缩成少数几个新指标,同时尽可能多的保
Evil_Genius
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2023-04-19 10:40
零膨胀负二项模型(ZINB,
10X
单细胞和
10X
空间转录组的基础知识)
学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq,scRNA-seq)数据是非常有特点的数据,具有很高的稀疏性(highsparsity),具体表现为0非常多(zeroinflation)。对于数据的分布给出合理的假设是非常关键的工作,是downstreamanalysis的基础。显然对于scRNA-seq的readscount数据,最常用的正态分布是不合理的。首先正态
Evil_Genius
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2023-04-19 10:36
10X
单细胞(
10X
空间转录组)批次效应去除大盘点2 & AWGAN
hello,大家好,今天我们要再度深入认识一下批次效应,关于批次效应,我们之前分享了很多了,文章列在这里,供大家参考
10X
单细胞(
10X
空间转录组)多样本批次效应去除分析之RCA210X单细胞(
10X
空间转录组
Evil_Genius
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2023-04-19 07:43
10X
单细胞转录组学揭示口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中不同程度的上皮间充质可塑性
又是周五,工作的第一周,大家应该都上班了吧,时间总是不经意间从我们身边溜走,想抓也抓不住,今天给大家分享的文献在Single-celltranscriptomicsrevealsvaryingdegreesofepithelial-mesenchymalplasticityinlymphnodemetastasisfromoralcavitysquamouscellcarcinoma,单细胞目前处
Evil_Genius
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2023-04-19 03:32
金毅:
10x
HTAP,企业级关系型数据库内核技术创新与演进
导语4月8日下午,为期两天的第十二届数据技术嘉年华(DTC2023)在北京新云南皇冠假日酒店圆满落下帷幕。大会以“开源·融合·数字化——引领数据技术发展,释放数据要素价值”为主题,汇聚产学研各界精英到场交流。作为大会的协办方和重要合作伙伴,云和恩墨·本原数据技术合伙人张程伟(点此查阅演讲回顾)、金毅在主论坛发表了题为《回归数据本原,企业级数据库的技术探究》的联合演讲。本篇文章对金毅的演讲内容进行了
-云和恩墨-
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2023-04-18 16:56
数据库
10x
单细胞转录组侵入了Denovo的世界(谈蚯蚓基因组文章)
当时看到这篇报道的文献题目时,心情非常激动,没想到
10x
单细胞转录组如此快的侵入了Denovo的世界,选择的点也是非常好的,而且现如今denovo的文章能发在NC上,想必这个工作也应该是比较漂亮的。
我爱工作_工作使我快乐
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2023-04-18 09:37
10X
单细胞空间研究不同肠道区域的免疫细胞图谱
不知道大家有没有发现,免疫的研究是单细胞空间的绕不开的话题,其实从我们认知的情况下,免疫细胞受到时空微环境的影响,单细胞识别的T细胞在不同的空间区域也是会有不同的转录图谱,可见,很多的研究都需要结合单细胞空间联合起来进行表征,这一次我们的参考文献在RegionalCellAtlasofHumanIntestineShapesDistinctImmuneSurveillance,每次读一些东西,对其
Evil_Genius
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2023-04-18 07:55
10X
单细胞空间联合分析解析的人类胚胎limb cell图谱
五一已过,不知道大家五一玩的怎么样,当然了,我也出去转了转,放一张图片,童年还是好啊~~~~图片.png生活还要继续,我们要继续往前走,今天我们来看看单细胞空间联合分析的另外一篇文献Ahumanembryoniclimbcellatlasresolvedinspaceandtime,作为公司的人,其实做了很多的分析项目,但是科研老师一般不愿意写公司人员的名字,非科研单位对文献还是有很多的负面影响,
Evil_Genius
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2023-04-17 17:40
10X
空间转录组的轨迹分析
我们做过单细胞的童鞋们来说,轨迹分析并不陌生,然而如果将单细胞的轨迹分析结果运用到空间转录组上,就可以帮助我们了解到细胞随着时间进行的过程中,细胞位置的迁移。其中最常用的方式,是对轨迹分析结果各个state进行空间映射,以此来判断时间上的早期和晚期的细胞,也可以将不同细胞类型进行空间的映射,帮助我们知道各个时期细胞类型的空间分布,这两种方式都值得借鉴,今天我们来说一种方式,借助空间转录组数据进行轨
Evil_Genius
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2023-04-17 04:53
单细胞分辨率下肾细胞癌和微环境的多区域表征[
10X
单细胞联合10XVDJ分析、Mutation Calling]
hello,大家好,我们的分析也慢慢进入深水区了,很多方法需要联合起来使用,如何灵活运用各种方法,就需要我们的经验和智慧了。今天分享的文献在Multi-regionalcharacterisationofrenalcellcarcinomaandmicroenvironmentatsinglecellresolution,几乎用到了我们常见的所有的单细胞的分析思路和方法,当然了,生物学意义也进行了
Evil_Genius
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2023-04-15 16:45
10X
单细胞(
10X
空间转录组)细胞通讯分析之InterCellDB(推断通讯中感兴趣的生物学功能)
作者,追风少年ihello,大家好,今天这个日子相信大家都不会陌生吧,不知道有没有当年复读的童鞋,日子很快,恐怕高考之后,再也没有经历过高中那种炼狱的日子。今天我们分享一个好的内容,关于细胞通讯,其实关于细胞通讯,最终的目的还是要知道通讯的生物学作用,文章在InterCellDB:AUser-DefinedDatabaseforInferringIntercellularNetworks,2022
Evil_Genius
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2023-04-15 11:55
Nvidia Jetson Xavier TensorRT尝试
TensorRT简介TensorRT是NVIDIA推出的一款基于CUDA和cudnn的神经网络推断加速引擎,相比于一般的深度学习框架,在CPU或者GPU模式下其可提供
10X
乃至1
ryan_ren
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2023-04-15 09:58
10X
空间转录组之利用基因表达和形态学信息划分组织区域(3D表达域构建)
hello,大家好,今天我们继续学习空间转录组方面的知识,现在研究的越来越深入了,需要结合空间形态学信息和基因表达方面的内容来分析空间转录组,所以很多时候仅仅依靠空间位置表达基因图谱是不行的,今天我们分享的文章在Decipheringspatialdomainsfromspatiallyresolvedtranscriptomicswithadaptivegraphattentionauto-en
Evil_Genius
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2023-04-15 07:50
10X
单细胞(
10X
空间转录组)分析之寻找目标bases基因集(factors)(PNMF)
hello,大家好,今天再给大家分享一个NMF挑选感兴趣的bases(factors)的方法,PNMF,文章在scPNMF:sparsegeneencodingofsinglecellstofacilitategeneselectionfortargetedgeneprofiling,是另外一个经典的利用NMF挑选基因集的方法,关于NMF的运用,之前分享了很多了,我列举在这里,供大家参考,这里我很
Evil_Genius
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2023-04-15 04:25
10X
Genomics单细胞转录组测序
10XGenomics应用的两个方向:1.可以做一群细胞当中,每个单细胞的RNA表达情况的定量分析(查看每个细胞的mRNA表达特征,并根据其表达特征划分细胞群体);2.染色体的单倍体长片段的组装。这篇文章里只描述转录组测序。10XGenomics的工作基于液滴捕获技术,相对而言可定制化比较强,通量可以无限制增加,操作方便简单。通过液滴包裹单个磁珠和1个细胞,磁珠和细胞发生反应:细胞裂解后释放mRN
熊猫人和熊猫猫
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2023-04-14 21:48
10x
Genomics文库结构知多少【3' v2 & V(D)J】
10xChromium平台的核心--NextGEM技术NextGEM技术NextGEM技术的核心--凝胶微珠凝胶微珠(GelBeads)表面上百万的寡核苷酸引物序列是多种建库策略得以高效实现的关键3'v2Libraries3'v2library是在mRNA3'端捕获并扩增,凝胶微珠上的OligoPrimer由22ntIllumina扩增引物Read1,16nt10xBarcode,10ntUniq
林枫bioinfo
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2023-04-14 18:26
10X
单细胞(
10X
空间转录组)多样本批次效应去除分析之RCA2
hello,国庆上班了,不知道大家过的怎么样,今天我们来分享一个新的多样本整合批次去除的好方法,RCA2,很好的方法,文章在RCA2:ascalablesupervisedclusteringalgorithmthatreducesbatcheffectsinscRNA-seqdata,2021年9月份发表于NucleicAcidsResearch,影响因子17分,我们简单看看文献,最后看一下示例
Evil_Genius
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2023-04-14 14:07
学习小组Day5笔记--刘洪
向量1.标量和向量的区分--标量和向量均属于元素,是指数字或者字符串等标量:一个元素组成的变量向量:多个元素组成的变量2.赋值向量x<-c(1,2,3)x<-1:
10x
<-seq(1,10,by=0.5
刘洪_8afd
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2023-04-13 16:49
10X
单细胞(
10X
空间转录组)之配受体联合TF因子的通讯分析(cellcall)
之前的我分享的文章
10X
单细胞通讯分析之scMLnet(配受体与TF,差异基因(靶基因)网络通讯分析)、
10X
单细胞(
10X
空间转录组)通讯分析之NicheNet,都提到过这个问题,今天,我们就要把配受体和
Evil_Genius
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2023-04-13 14:54
10X
单细胞(
10X
空间转录组)基础知识之泊松分布--sciBet
关于泊松分布,我们举个例子分享一下1甜在心馒头店公司楼下有家馒头店:每天早上六点到十点营业,生意挺好,就是发愁一个事情,应该准备多少个馒头才能既不浪费又能充分供应?老板统计了一周每日卖出的馒头(为了方便计算和讲解,缩小了数据):图片.png均值为:图片.png按道理讲均值是不错的选择,但是如果每天准备5个馒头的话,从统计表来看,至少有两天不够卖,40%的时间不够卖:图片.png你“甜在心馒头店”又
Evil_Genius
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2023-04-13 07:44
10X
单细胞空间全面剖析早期胃癌进展中的免疫微环境
hello,大家好,周二了,一周最黄金的学习时间,这一篇分享的文献在Comprehensivedissectionofimmunemicroenvironmentintheprogressionofearlygastriccanceratspatialandsingle-cellresolution,用单细胞空间的技术来表征胃癌的免疫微环境,这篇文章是国内的学者发表的,我们来看一下单细胞空间技术的
Evil_Genius
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2023-04-12 07:06
刘小泽学习组合多个单细胞转录组数据
刘小泽写于19.10.8前几天单细胞天地推送了一篇整合scRNA数据的文章:使用seurat3的merge功能整合8个
10X
单细胞转录组样本这次根据推送,再结合自己的理解写一写前言单细胞数据未来会朝着多样本发展
刘小泽
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2023-04-12 05:30
10X
单细胞(
10X
空间转录组)BCR(TCR)数据分析之(11)dandelion
好了,我们今天要继续这个专题的分享,内容很多,好好深入学习的话,估计需要一辈子。第一点,TCR(BCR的聚类方式)ClusteringbyV-gene,J-geneandjunctionlength也就是说,聚类的选择有三种,V,J,还有一起用来聚类,(为什么不能单独D也聚类呢?这个大家可以思考一下)。模式呢,有四种第一种,Aminoacidmodel,这种模式就是之前分享TCRdist采用的模式
Evil_Genius
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2023-04-11 13:05
10X
单细胞(
10X
空间转录组)整合分析之nature文献思路整理
hello,大家好,今天来分享一篇nature文献的
10X
单细胞样本整合分析的方法,关于多样本整合分析,之前我的公开课和宣讲课讲了很多,听过的都应该有一些整合的思路,今天我们来实地运用一下,看看高分文献是如何进行整合分析
Evil_Genius
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2023-04-11 09:27
第十四届蓝桥杯PythonB组
defisTrue(x):flag=0whilex:ifflag==4:returnTruetmp=x%
10x
=int(x/10)iftmp==st[flag]:flag+=1el
编程启航
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2023-04-11 01:20
算法详解
蓝桥杯
职场和发展
10X
单细胞(
10X
空间转录组)转录组 & VDJ 联合分析(14)之CoNGA
hello,今天我们继续来分享分析代码部分,这一次,我们直接用单细胞Seurat的分析结果联合VDJ进行分析,话不多说,直接开始。importscanpyasscimportnumpyasnpimportanndata2riasad#Activatetheanndata2riconversionbetweenSingleCellExperimentandAnnDataad.activate()#L
Evil_Genius
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2023-04-11 00:04
CellRanger初探
CellRanger怎样利用
10x
平台下机数据进行下游一系列分析?这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤,纯理论。
新欣enjoy
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2023-04-09 05:27
10X
单细胞(
10X
空间转录组)进行细胞定义的分析策略
hello,大家好,从今天开始,我们开始走上正轨,分享
10X
单细胞或者
10X
空间转录组的分析内容,今天我们分享的内容就是做细胞定义的分析策略,文章在Tutorial:guidelinesforannotatingsingle-celltranscriptomicmapsusingautomatedandmanualmethods
Evil_Genius
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2023-04-08 08:24
10x
单细胞数据上游分析
1.下载cellranger,这里下载的是6.0最新版本$wget-Ocellranger-6.0.1.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.0.1.tar.gz?Expires=1618687264&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly
nnlrl
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2023-04-08 08:25
10x
scaffolding系列2:ARBitR的使用
背景介绍目前就我所知的能用于10xscaffolding的软件主要有这几个:scaff10xfragscafftigmint+ARCS/ARKSLINKSARBitRscaff10x的教程昨天已经发过了,效果还可以的;fragscaff使用的人挺多,引用也不错,但是可能跟我没啥缘分,一直没安装成功,所以没有测试过;tigmint+ARCS/ARKS明天会介绍,今天就不多剧透了,它调用的底层其实还是
卖萌哥
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2023-04-07 05:35
10X
空间转录组重点分析合集
作者,追风少年i马上中秋了,祝大家节日快乐,我们这一篇进行分析合集,回顾一下空间转录组的分析重点,包括8个部分CellphoneDBV3.0助力空间转录组生态位通讯分析
10X
空间转录组,空间位置带给了我们什么信息
Evil_Genius
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2023-04-06 21:44
10X
单细胞-
10X
空间转录组联合分析之七----CellDART
hello,大家好,今天再次给大家带来
10X
单细胞空间联合分析的一个新方法,CellDART,有关
10X
单细胞空间联合分析的文章呢,其实分享了不少了,在这里列举出来,有需要的可以学习一下
10X
单细胞和空间联合分析的方法
Evil_Genius
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2023-04-06 10:22
Seurat v3.2 - 官网教程学习分析
10X
笔记
标题:Seurat-GuidedClusteringTutorial网址:https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html部分内容转载来自:caokai001链接:https://www.jianshu.com/p/7e4c205a576e部分内容转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/b46b6b6d3
夕颜00
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2023-04-06 06:13
10X
单细胞(
10X
空间转录组)多细胞去除之Chord
hello,大家好,今天我们来分享一个分析
10X
单细胞中,多细胞去除的一个方法。
Evil_Genius
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2023-04-06 01:48
10X
空间转录组研究发现空间上不同的 THY1 阳性细胞的亚克隆进化和扩增与胶质母细胞瘤的复发有关
昨天元宵,就算是把年过完了,我们又要开始一年的奔波了,有的时候我真的想问一句,去年过的并不算很好,能不能退我一岁?,莫泊桑曾说过,生活不可能像你想得那么好,但也不会像你想的那么遭~~~,这一篇分享的文献在SubclonalevolutionandexpansionofspatiallydistinctTHY1-positivecellsisassociatedwithrecurrenceingli
Evil_Genius
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2023-04-05 22:06
10X
单细胞(
10X
空间转录组)之NMF的实际运用示例(探索肿瘤特征)
今天我们继续深入分析NMF,看看NMF到底能带给我们什么。参考文献是Single-CellTranscriptomicAnalysisofPrimaryandMetastaticTumorEcosystemsinHeadandNeckCancer,发表于cell,顶级期刊,这里我们只关心NMF分析的部分。当然,文章的其他部分也很重要,我们后续分享。首先来看作者进行NMF分析的目的。Intra-tu
Evil_Genius
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2023-04-05 20:21
10X
空间转录组解析肠道区域及损伤和修复动态
hello,又是周一,新的开始,今天我们继续分享
10X
空间转录组的分析内容,而今天主要的内容就是借助空间技术解析肠道的损伤和修复动态,其中用到了大家熟知的NMF降维分析手段,参考文献在Thespatialtranscriptomiclandscapeofthehealingintestinefollowingdamage
Evil_Genius
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2023-04-05 08:58
10X
单细胞(
10X
空间转录组)基因集打分方法汇总
hello,大家好,今天周一,做一个简单的汇总,主要针对基因集打分,无论是单细胞还是空间,基因集打分都很普遍,方法也很多,我们来总结一下。研究背景在单细胞转录组测序中,整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。校正批次效应后的数据,会掩盖部分真实的生物学差异。但校正批次效应后的数据是否能用于基因集富集分析,以及样本之间的批次效应是否会影
Evil_Genius
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2023-04-05 06:25
10X
单细胞(
10X
空间转录组)转录因子活性分析之DoRothEA
hello,大家好,今天给大家分享一个转录因子活性预测的工具,DoRothEA,在多篇高分文章中都有运用,我们就来看看这个软件的优势吧。大家可以参考DoRothEA。图片.png先来看看介绍首先是数据库,DoRothEA是一种包含转录因子(TF)与其靶标相互作用的基因集。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子(regulons)。DoRothEAregulons收集了文献,ChIP-seqpea
Evil_Genius
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2023-04-05 04:07
10X
单细胞空间研究发现SARS-CoV-2 感染引发促纤维化巨噬细胞反应和肺纤维化
隔离的第五天,孤独总是如影随形,而且最近新冠又开始爆发,很多地方都有了本土病例,就连天津也成为了重灾区,但是被隔离的我,只能祝愿,一切美好如期而至。好了,这一篇我们就来分享关于新冠的研究文章,文献在SARS-CoV-2infectiontriggersprofibroticmacrophageresponsesandlungfibrosis,2021年11月发表于Cell,顶级期刊,我们就来看看新
Evil_Genius
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2023-04-04 23:52
10X
单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果
1.写在前面因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的,所以开始学习单细胞转录组的下游分析。又因为7月在珠海跑过一次基于Seuratv2的单细胞转录组下游流程,所以这一次准备做一些不一样的,首先是在新买的服务器上跑,其次是自己摸一摸Seuratv3,和原作者的v2比一比。说是自己摸索,其实还是有前辈先探路了(毕竟开始得这么晚,很不好意思),前辈的首页,里面有技能树暑期单细胞培训两篇文章(分别是
大吉岭猹
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2023-04-04 20:24
10X
空间转录组聚类分析之BayesSpace算法聚类
hello,大家好,要过礼拜了,但是今天还是要好好工作,今天我们来分享一个针对空间转录组的聚类算法,目前大多数多空间转录组的聚类还是基于找高变基因降维聚类,但是文献中采用这个方法的很少,我们来看看新方法有什么改进。文献在SpatialtranscriptomicsatsubspotresolutionwithBayesSpace,发表于NatureBiotechnology(IF54,相当高了)。
Evil_Genius
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2023-04-04 07:13
10X
单细胞(
10X
空间转录组)TCR(BCR)数据分析之洛伦兹曲线和ball-packing plots
hello,大家好,今天我们学习一些简单的内容,关于我们单细胞测序得到的TCR、BCR分析得到的数据如何进行良好的展示,我们来看看下面的分析部分。参考文章为Single-cellanalysispinpointsdistinctpopulationsofcytotoxicCD4+TcellsandanIL-10+CD109+TH2cellpopulationinnasalpolyps,2021年8
Evil_Genius
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2023-04-04 04:33
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