10x

Codeforces Round 966 (Div. 3) ABCDEF

问哪几个是写幂时写错的思路写错的数符合10X，其中X（X>=2)是不含前导零的正整数，我们依此进行判断即可。

菜比乌斯反演·2024-09-09 17:48

seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程

刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第7讲：走Seurat标准流程【文章结构总-分-总，结尾有完整的代码，熟悉者前面可以跳过，去看后面8min完成的代码】前言前面介绍了自己利用cellrangerc

幸福的小酒瓶·2024-09-07 18:25

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

10x空间转录组技术结合显微成像、靶向探针捕获、芯片、测序技术，从一片完整的冰冻组织切片或石蜡组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据，并将组织学和基因表达分析相结合。接

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析

在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同，产生蛋白质和代谢物的动态重复序列，从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时，会经历转录重组的过程，其中一些基因被沉默，而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征，因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况

Seurat_Satija·2024-03-09 16:31

计算机网络——14CDN

单个超级服务器无法提供服务（为什么）挑战：异构性不同用户拥有不同的能力解决方案：分布式的，应用层面的基础设施多媒体：视频视频：固定速度显示的图像序列网络视频特点：高码率：>10x于音频,高的网络带宽需求可以被压缩

Aubyn11·2024-02-19 20:52

10X空间转录组分析回顾之Giotto

这一篇我们回顾一下10X空间转录组的分析软件----Giotto，文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata

单细胞空间交响乐·2024-02-14 04:30

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之汇总（scSeqComm）

开工第一天，开年红包到手，不知道大家工作的怎么样呢？？这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析，参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm，开年了，新的开始，我们来汇总一下细胞通讯2种主要的信号机制anintercellularsignal

单细胞空间交响乐·2024-02-14 02:25

pta c语言编程答案,PTA 程序设计单选题-期末复习

x=10,y=20,z=30x=20,y=30,z=30x=20,y=10,z=10x=20,y=30,z=10作者:崔孝凤单位:山东理工大学答案10C2-4以下scanf函数调用语句中不正确的是__。

weixin_39804523·2024-02-13 20:30

单细胞测序生信分析1-Seurat

https://satijalab.org/seurat/archive/v3.1/pbmc3k_tutorial.html）在我看来最难的部分其实是第一步的数据准备阶段，如果GEO数据库可以下载到标准的10X

18b79e7933ad·2024-02-13 08:46

分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定

以10X官网的3kpbmc数据为例，学习一下scanpy。参考：https://scanpy

BBio·2024-02-12 20:44

10X空间转录组的文献思路简单分析

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的

单细胞空间交响乐·2024-02-12 12:59

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv存在于out/filtered_feature_bc_matrix文件夹下我们之前也简单介绍了一下这三个文件的构造单细胞表达矩阵文件转换，那么我们在下游分析中，细胞分群以后，我们会得到一些

小潤澤·2024-02-12 00:57

scanpy官方教程2022||05-空间转录组数据分析

scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本，这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间转录组数据分析，以10X

信你个鬼·2024-02-10 02:55

Seurat - 聚类教程 (1)

Read10X()函数从10X读取cellranger管道的输出，返回唯一的分子识别(UMI)计数矩阵。该矩阵中的值表示在每个细胞（列）中检测到的每个特征（即基因；行

冷冻工厂·2024-02-09 09:38

Windows 10X界面迎来大改：微软该放弃磁贴设计了吗

微软在上个月举行了Surface平板电脑新品发布会，而发布会中引人注目的不仅仅是Surface这样的硬件产品，其配套的全新系统Windows10X也令人眼前一亮。和现在的Windows10对比，Windows10X最直观的变化，莫过是界面——Windows10X去除了微软力推的磁贴设计，清爽的视觉风格令人眼前一亮。在Windows10X中，近几年微软系统中标志性的磁贴设计似乎无迹可寻，开始菜单来了

尘世不扰·2024-02-08 23:54

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

本教程探讨了scanpy的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自10x的数据集，其中包含来自PBMC的68k

coffeeii·2024-02-07 03:31

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了，thesemethodsandresourcesareusuallyinafixedcombinationofatoolanditscorrespondingresource,butinpr

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

Jointdefinitionofcelltypesfromsingle-cellgeneexpressionandchromatinaccessibilitydata说起liger，大家应该不陌生，大家可以参考我的文章10X

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

10X空间转录组数据分析之方法小结

今天我们来提炼一下10X空间转录组在文章中一些新的运用，文献在Thecellulararchitectureoftheantimicrobialresponsenetworkinhumanleprosygranulomas

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

10xGenomicsSingleCellGeneExpressionsolution商业平台为众多生物科学的单细胞研究提供了可能，越来越多10X数据发表正在丰富着我们的认知以及数据库。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

10X空间转录组基因相关性分析之schex（寻找空间细胞单元）

hello，今天分享一个重要的内容，在空间上寻求基因的相关性，当然，也可以利用这个方法寻找我们的空间细胞“单元”，我们来看看详细的分析。我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。这种分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospot。之所以产生这个联想是

单细胞空间交响乐·2024-01-31 17:35

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。随着相关数据的积累，利用已有标记数据间的关系，去对新数据集进行预测成为可能。一篇6月22日发表于NatureCommunications的论文，指出图卷积神经网络能够在该任务上取得最好的表现。图片.png论文

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

10X空间转录组Visium:基本概念

2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Comingsoon...。流程打包SpaceRanger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自带了数据集，还奉送了代码。

周运来就是我·2024-01-24 15:48

10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较

hello，大家好，这一次给大家分享一下有关各个通讯软件之间的结果是否具有一致性，当然，做细胞通讯的软件非常多了，我也分享了很多，但是分享不是目的，用起来才是我们的终极目的，哪个软件该用，软件哪个好，优劣势都是什么，今天我们就来看一下。ComparisonofResourcesandMethodstoinferCell-CellCommunicationfromSingle-cellRNAData

单细胞空间交响乐·2024-01-24 00:08

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

下面这张图，大家不陌生吧，一般是用Velocyto做出来的。图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。首先是Seurat的二维降维结果（这次我们作为范例啊，这个聚类结果，真的让我一口老血吐出来了，大家分析的时候可要认真分析啊）。MK_cell_clusters_UMAP.png包括二位聚类的坐标文件图片

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA

InferringcopynumberalterationsfromtumorsinglecellRNA-Seqdata,其主要是依据基因的表达量及基因在染色体上的位置来进行CNA的判断，本人利用inferCNV在10X

单细胞空间交响乐·2024-01-20 18:15

10X空间转录组-----空间高变基因检测之SpatialDE

今天我们来学习一下简单的基础知识，空间高变基因，之前呢，已经分享过Seurat内置的方法计算高变基因，文章在10X空间转录组之基因的空间表达模式，其实有关10X空间转录组计算空间层面的高变基因，还有有很多值得挖掘的分析内容

单细胞空间交响乐·2024-01-20 00:17

10X单细胞（10X空间转录组）画图操作之二维colorbar

之前一些同学一直问一个问题，如何在一张TSNE或者UMAP展示两个基因的表达情况，但是最直观的思考就是一个点（cell）如果展示两个基因的表达量，那必将填充两种颜色，这明显是不可行的，结果将是两种颜色的叠加，当然这种情况又是必须的，因为我们在做细胞通讯的时候希望一张图上直接展示配体和受体的分布及表达情况，那么今天就给大家带来一种方法，设置二维colorbar，以下图为例：图片.png图上展示的就是

单细胞空间交响乐·2024-01-18 17:16

10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRV

hello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNAVelocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解RNAVelocyto了，那么今天我们分享一个内容

单细胞空间交响乐·2024-01-16 07:56

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leiden

hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorithm，有4个可选项，我们列举出来1=originalLouvainalgorithm（原始Louvain算法）2=Louvainalgorithmwithmultilevelrefinement（具有多级细化的Louvain算

单细胞空间交响乐·2024-01-15 15:08

双指针算法，位运算，离散化，区间合并

比如归并排序中合并两个有序序列的操作//一般模板for(inti=0,j=0;i>k&1首先把第k位移动到最后一位n>>k然后看个位是几x&1lowbit(x):返回x的最后一位1及后面的数字例如：x=1010则lowbit(x)=10x

ˇasushiro·2024-01-15 12:34

10X空间转录组Visium || 空间位置校准

SpaceRanger10X公司提供两款空间转录组软件，和单细胞对应的软件很相似，最大区别在于增加了空间信息的可视化。那么，如何将空间信息准确定位以及如何将基因表达量准确mapping到空间信息中呢？SpaceRanger结合LoupeBrowser?给出了一套解决方案。成像算法SpaceRanger依靠图像处理算法来解决与玻片（slide）图像相关的两个关键问题：确定组织位置校准基准点需要组织检

周运来就是我·2024-01-13 13:38

单细胞实战(1)：原始测序数据下载

前言目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的

周小钊·2024-01-13 11:09

Seurat - 合并两组数据---Combining Two 10X Runs

Compiled:2021-02-08Inthisvignette,wewillcombinetwo10XPBMCdatasets:onecontaining4Kcellsandonecontaining8Kcells.Thedatasetscanbefoundhere.Tostart,wereadinthedataandcreatetwoSeuratobjects.library(Seurat)

Seurat_·2024-01-13 04:59

10X单细胞空间联合分析方法论

hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快乐，我们来继续看一下10X单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Benchmarkingspatialandsingle-celltranscriptomicsintegrationmethodsfortranscriptdistributionpredictionandcelltypedeconvolution

单细胞空间交响乐·2024-01-12 18:01

10X空间转录组空间依赖性基因共表达表征分析之SpaceX

hello，大家好，其实之前已经给大家已经分享过很多空间基因共表达模式的文章，今天给大家介绍一个新的方法，用于评断在组织中不同空间位置或细胞类型的基因-基因共表达的表征能够描绘空间共调节模式，而不是标准的差异单基因分析，参考文章在SpaceX:GeneCo-expressionNetworkEstimationforSpatialTranscriptomics，非常棒的文章，很适合用于分析空间转录

单细胞空间交响乐·2024-01-11 15:06

数据结构

向量区别标量和向量标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量一个向量是一排有序排列的元素，一个向量可以作为数据框中的一列image.png赋值直接给变量定义x<-c(1,2,3)x<-1:10x<

大王飞刀·2024-01-10 10:05

ee00dc6faab7·2024-01-10 09:38

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

hello，大家好，今天给大家分享一个新的内容，基因调控网络分析，文章在Modelinggeneregulatorynetworksusingneuralnetworkarchitectures，文章中提出的DeepSEM，可以针对单细胞转录组数据，进行基因调控网络推断，数据可视化和聚类，以及模拟数据生成，非常好的方法，值得大家借鉴和学习。不同细胞类型中，基因调控网络存在差异，通过单细胞测序，可以

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

10X空间转录组数据分析之功能信号网络（Ligand---receptor----downstream genes network）

作者，追风少年ihello，大家好，周二了，几天就要过完上半年了，不知道大家感觉如何了？？人生总是有很多磨难，想要的东西总是让我们得不到，所以我们会有时很羡慕别人，可能一辈子奋斗想要的东西，别人唾手可得~~~~，可能越长大，越要承认自己的平凡，越是经历，越要珍惜所拥有的。今天我们要继续空间转录组的分析内容，还是主要研究细胞在空间位置上的相互作用，参考文章在Decodingfunctionalcel

单细胞空间交响乐·2024-01-10 01:29

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

hello，大家好，随着我们认识的深入，分享的内容也越来越“高大上”，这次要分享的内容就是神经网络运用到我们的单细胞或者空间的数据分析。密苏里大学许东教授和俄亥俄州立大学马勤教授的团队发表在NatureCommunications上的一篇文章“scGNNisanovelgraphneuralnetworkframeworkforsingle-cellRNA-Seqanalyses”。单细胞RNA测

单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

10X单细胞 && 10X空间转录组分析之cellphoneDB可视化进阶

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯的一个小小的细节考虑空间位置的通讯分析手段---

单细胞空间交响乐·2024-01-07 15:22

C++ 返回最后一位1 一种操作

例如x=101010返回10x=10101000返回1000intlowbit(intx){returnx&-x;}C++中负数用补码存的表示~x+1可以用于一个数的二进制表达中的1的个数。

伏城无嗔·2024-01-06 20:45

10X空间转录组----空间临近通讯的实现方法

EstimatingMicroenvironmentfromSpatialDataNICHESisatoolsetwhichtransformssingle-cellatlasesintosingle-cell-signalingatlases.Itisengineeredtobecomputationallyefficientandveryeasytorun.Itinterfacesdirect

单细胞空间交响乐·2024-01-05 23:03

10X空间转录组之共定位分析（细胞类型和配受体基因）

hello，大家好，今天我们来深入分析一下有关10X空间转录组的共定位分析问题，其实有关共定位问题呢，之前的一些文章也都分享过，文章在空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses

单细胞空间交响乐·2024-01-04 13:24

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi

单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

神奇的数学关系，0.9999999循环等于1却不恒等于1

结论可以直接告诉大家，0.99999循环就是等于1，证明过程很简单，我们令0.999999循环等于x，则10乘以0.99999循环等于9.999999循环，也就是10x=9.99

凉上菌子·2023-12-29 20:59

10X单细胞空间联合分析揭示慢性Trypanosoma brucei感染期间小鼠大脑中的相互小胶质细胞-浆细胞crosstalk

周三了，又是新的一周的最黄金的时间，不知道为什么，29岁的自己如此的焦虑，可能自己是个loser吧，又到了我们单细胞空间联合分析的内容了，今天分享的文章在Integrativesinglecellandspatialtranscriptomicanalysisrevealreciprocalmicroglia-plasmacellcrosstalkinthemousebrainduringchro

单细胞空间交响乐·2023-12-26 20:13

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