10x

借助 AI 工具，真的能成为 10x 工程师？

或许你听说过10x工程师吗？如果你问猎头公司10x工程师是什么意思，他们可能会说“生产力”！10x是指完成任务比别人快10倍的工程师。
SoFlu软件机器人·2023-08-31 19:34

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

python创建固定长度的空列表

python创建固定长度的空列表的两种方法方法一a=10x=[’’foriinrange(a)]print(x)#[’’,‘’,‘’,‘’,‘’,‘’,‘’,‘’,‘’,‘’]方法二a=10x=[None
成小七·2023-08-27 21:47

10X空间转录组重点分析合集2

作者，追风少年i马上国庆了，祝大家节日快乐，我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学
单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例
单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMF

在我分享的文章中10X单细胞（空间转录组）数据整合分析批次矫正之liger中详细分享了liger，其中用到了iNMF，我们这次也要详细的讲解。图片.png其实liger批次矫正的核心思想是非负矩阵分
单细胞空间交响乐·2023-08-20 20:19

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的单细胞调控图谱该部分主要内容总结：1.实验平台10X
科研菜鸟·2023-08-19 13:26

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

其他令人兴奋的多峰技术，例如10x多基因组试剂盒，可以对细胞转录组和染色质可及性（即scRNA-seq+scATAC-seq）进行配对
Seurat_·2023-08-18 20:35

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

这是ST团队进行的一个示例实验。在一个单独的实验中揭示所有具有空间分辨率的小鼠大脑mRNA。INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。该图像显示了组织切片与突出的主要形态学区域的示意。Theregionabbreviationscorrespondto:（这个样的分群很
周运来就是我·2023-08-17 14:32

10X单细胞空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制

好了，这一篇我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大业未完成，我们仍需要努力，参考文章在Spatiotemporaltranscriptomicsrevealspathogenesisofviralmyocarditis,虽然是圣诞节，奈何单身狗，还是好好学习吧。image.pngABSTRACT儿童和年轻人猝死的很大一部分是由于病毒性心肌炎，一种心脏炎症性疾病。在这里，使用集成的单细胞和空间转录
单细胞空间交响乐·2023-08-16 07:59

10X空间转录组之再谈距离分析和空间临近通讯

首先来谈第一个距离分析关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析、空间转录组细胞类型的距离分析之二---代码实现，其实关于距离分析，其实就是研究细胞位置的动态变化，无论在发育，还是在肿瘤中都有非常高的价值，我们继续延伸一下这个分析的价值，以文章IntegrativeAnalysisofSp
单细胞空间交响乐·2023-08-15 19:13

10X空间转录组数据分析之思路总结（针对肿瘤样本）

hello，大家好，今天我们来分享一下有关空间转录组研究肿瘤样本切片的一些思路，主要的参考文献是ComprehensiveAnalysisofSpatialArchitectureinPrimaryLiverCancer，里面的方法都很经典，值得我们多多关注，关于文献的分析内容呢，大家感兴趣可以看一看，我们这里呢就总结方法思路，希望大家能用的到，我们逐步来分析第一部分、取样，肿瘤样本的切片取样这个
单细胞空间交响乐·2023-08-14 16:42

Numpy实现简单的线性回归

importnumpyasnpdefgradient_test():h_in=64h1=1000h2=100h_out=10x=np.random.randn(h_in,h1)w1=np.random.randn
嘿嘿哈嘻·2023-08-14 08:07

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

10x程序员25 开发中的问题一再出现，应该怎么办

一原因：如果在开发过程中，同样的问题反复出现，说明你的团队没有做好复盘。二复盘:把过程还原，进行研讨与分析的方式。为什么复盘好用：客体化，用别人的视角看问题，就是客体化。三回顾会议介绍1主题分类做的好的，做的欠佳的问题或建议（其他分类，继续保持，开始做，停止做，多做一些，少做一些）2与会者5分钟的时间，针对开发周期的事情，在便签上写下事实（重点：写事实，不是写感受；每张便签只写一条，因为要归类；）
剑有偏锋·2023-08-11 10:47

Cellranger的下载、安装

1.Cellranger的下载此处以10X官网上最新的Cellranger版本为例下载，网址如下：wget-Ocellranger-6.1.2.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com
亘心37·2023-08-10 20:12

10X单细胞空间研究人类早期产前心脏发育中的心肌细胞多样性

周三了，大家还好么，一周一周的过着，时间轻飘飘的划过，时间给我们的意义是什么呢？？？？我相信，不会是简单这么度过就好，一定有更深层次的理由这一篇我们继续分享单细胞空间的分析内容，文章在Highcardiomyocytediversityinhumanearlyprenatalheartdevelopment，用单细胞空间的技术手段，研究心脏的细胞和空间组成，又是单细胞空间占据身心的一天。图片.pn
单细胞空间交响乐·2023-08-10 04:49

10x程序员工作法——任务分解

任务分解：找到实现路径‼️学习经验，收集错误/痛点/风险点将大目标拆分成可执行任务序列。检验标准：是否清晰知道如何行动。知道自己下一步要做什么，优先级-应对插入打断，需要哪些资源，有什么风险-什么时候能消除这部分不确定性，制定可完成的计划时间表。：小✅可以随时停下来try粒度在1～3个番茄之间：分而治之开发：feature->userstory->task#随着软件开发，软件变更成本在逐步增加测试
江云漠漠·2023-08-09 20:27

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术
单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

10X单细胞空间分析回顾之SPOTlight

SPOTlight的目标是提供一种工具，能够对包含细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行解卷积，最初是为10X的Visium-空间转录组学技术开发的，itcanbeusedforalltechnologiesreturningmixturesofce
单细胞空间交响乐·2023-08-04 10:43

Redmi 10X特工X计划限定礼盒装评测

前言曾梦想仗剑走天涯，如今窥屏看天下。5G已经在敲门，再不上车就落伍啦！于是今年我自己换了三千多的RedmiK30Pro变焦版，转身也想带爸妈赶个新潮，锁定了千元双模5G先锋——Redmi10X系列；而最终拿到手的，却是一个超大礼盒版，英文名为Project-X，中文名为特工X计划限定礼盒装。X计划礼盒有自己设定的动漫情节，小队分工合作，角色各有天赋，Redmi10X定制手机壳上一时间风起云涌，好
笔点酷玩·2023-08-04 01:15

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA
Bio小盼·2023-08-03 15:51

【学习记录】Python3版本（4：函数式编程）【装饰器模块未加载】

【函数名也是变量】abs=10x=abs(-10)上面运行结果是abs=10，第二个语句报错。【传入函数】函数可以接受函数本身作为变量。
天有三光·2023-08-01 01:07

10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性

10X空间转录组时空基因细胞动态（共定位）绘图10X空间转录组分析之细胞
单细胞空间交响乐·2023-07-31 22:07

左手靶向基因，右手组学结合 — 多维发展的10x Genomics单细胞转录组

单细胞转录组测序允许在单细胞水平直接分析基因表达，并在单细胞水平分析细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。自2017年推出以来，10xGenomics单细胞转录组测序产品已助力1200多篇文章的发表。最近，10xGenomics公司又陆续推出了靶向基因表达和单细胞ATAC+基因表达等新产品。这些解决方案将助力基于单细胞转录组测序的研究延伸到更高的深度和更广的层面。靶向基因表达：
贝瑞科服·2023-07-30 07:57

10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析

hello，大家好，随着10X单细胞、10X空间转录组如火如荼的进行中，我们的分析内容和手段也要进入深水区了，很多深入和细节的分析需要我们格外注意了，今天我们来分享两个非常好的点，希望大家能够深入分析自己的数据
单细胞空间交响乐·2023-07-29 08:49

10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之UMAP

hello，大家好，关于降维算法，在之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识）详细介绍了tSNE的降维原理，但是大家都知道，在我们分析10X单细胞或者10X空间转录组数据的时候
单细胞空间交响乐·2023-07-28 21:12

10X单细胞 & 10X空间转录组联合分析之细胞连续变化状态（scvi-tools）

hello，大家好，今天来分享一个新的分析内容，那就是单细胞空间联合分析过程种存在的问题，就是目前大多数单细胞空间联合分析的软件，在没有明确方法将细胞分层为离散类型或亚型的环境中应用更具挑战性。Thisisespeciallyimportantwhencellsthatbelongtothesameoveralltype(e.g.,Thelpercells)maycarrydifferentfun
单细胞空间交响乐·2023-07-27 14:12

ES6 函数扩展

基本结构为函数的参数设置默认值参数变量是默认声明的不能用let或const再次声明→报错不能有同名参数默认值每一次使用都会重新计→惰性求值letx=9;functionfoo(p=x+1){console.log(p)}foo();//10x
门门_·2023-07-26 02:08

10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）算法解读

hello，接上一篇文章10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graphconvolutionalnetwork），我们回来解读SpaGCN对空间聚类和找空间高边基因的算法。
单细胞空间交响乐·2023-07-22 05:45

分析思考||单细胞转录组中实验步骤对分析有哪些影响

欢迎关注同名公主号：BBio一个好的数据就该和10X官网中3kpbmc的数据一样，分析起来如此丝滑。技术缺陷和实验步骤究竟制造了哪些问题，而生信又该如何解决呢？
BBio·2023-07-22 02:00

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之Pando

hello，又是新的一周，我们又要开始分享一些前言的内容了，大家一定要与时俱进，不要裹足不前。今天的内容是分析单细胞或者空间转录组数据的调控网络分析,这个方法需要用到scRNA和scATAC的数据进行联合分析，非常给力，我们来看看简介。Pando利用多模式单细胞测量，使用灵活的建模框架来推断基因调控网络(GRN)。通过模拟TF结合位点对与靶基因表达之间的关系，Pando同时推断每个转录因子的基因模
单细胞空间交响乐·2023-07-22 01:26

单细胞个性化分析之细胞注释篇

10X单细胞细胞注释分析策略单细胞数据自动注释，手动
单细胞空间交响乐·2023-07-21 01:40

10X单细胞目前大多数公司基本和高级分析汇总

这次我们客套话就不讲了，直接上干货列表汇总图片.png我们来逐步看看（质控部分）图片.png图片.png细胞聚类及可视化图片.png样本/cluster差异分析图片.png图片.png图片.png批次效应去除图片.png细胞定义图片.pngMarker基因展示图片.png图片.png图片.png图片.png拟时分析（轨迹分析）图片.png图片.png图片.png图片.png细胞互作图片.png图片
单细胞空间交响乐·2023-07-20 02:15

免疫组库数据分析||immunarch教程：载入10X数据

immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR数据分析的第一步应该是了解你的数据。对于R语言用户来讲，在了解完数据之后，就是如何把数据导入到R环境中。我们已经提到，immunarch几乎支持所有免疫组库的数据格式，今天我们以10XGenomicsVDJ数据为例讲讲
周运来就是我·2023-07-18 21:53

从单细胞到空间转录组，生物医学进入新时代

爱丽慕斯（ANIMUS）团队，经过近一年不懈努力，隆重推出10X空间转录组技术服务，提供空间转录组方案设计、实验定制、生信分析和数据可视化等高水平一站式服务。随着2020年8月利用空间转录组研究A
ANIMUS爱丽慕斯·2023-07-17 18:44

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈
致知_5974·2023-07-17 00:04

空间转录组第七讲：多样本合并、marker基因分析

前面介绍了利用Seurat对10x空间转录组数据单个样本进行数据预处理、降维、聚类分析。今天来继续分享怎么整合多个空间转录组样本，同时进行聚类和分析marker基因。
邓老师呦·2023-07-15 15:10

10X单细胞（10X空间转录组）TCR（BCR）数据分析之混合效应模型（lme4）

hello，大家好，在上一篇分享的文献10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR内在调控潜力系统（TiRP）中，有很多无法理解的地方，需要我们一一攻克，今天我们来攻克第一个问题，混合效应模型
单细胞空间交响乐·2023-07-15 08:01

2020 12 月读书笔记之三: 10x程序员工作法

作者是Thourghworks的首席咨询师，标题的意思不是说让你真的能写代码速度快10倍，而是让你最终的效果达到10倍。程序员内部有个说法，说好的程序员的产出是一般程序员的10倍甚至100倍。作者给出了4个原则去实现开发效率的提高:1.以终为始这个词太耳熟，第一次看到是在"高效率人士的七个习惯"，不错那是自我管理上对我影响最大的一本书。这个原则用到软件上来讲就是先想清楚用户如何使用我们的软件再进行
fliky·2023-07-15 06:26

vim 常用快捷键

快捷键使用区域选择：v:字符选择，将光标经过的地方反白选择V：行选择y:将反白的地方复制d:将反白的地方删除光标移动：$:移动到当前行行尾gg:光标跳转到第一行G:光标跳转到最后一行字符操作：x：向后删除一个字符10x
福将～白鹿·2023-07-14 05:01

10xxxx程序员，他们脑子里都在想什么？

40多年过去了，这个数字得到了行业的普遍认同，成为10x程序员成为很多程序员的追求。但工作产出并不只是由编码效率决定的，一些不恰当的工作方法，在很大程度上影响着你的产出。
IT派森·2023-07-14 03:55

10X Genomics V(D)J测序：免疫分析从零起步学（三）

以10X官网上的示例数据为例。网页总览结果打开之
概普生信·2023-07-14 02:43

10X单细胞 & 10XATAC 联合分析表征细胞调控网络（MIRA）

10X单细胞&10XATAC联合之调控网络分析（IReNA）空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC联合分析揭示人心肌梗死多组学图谱10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）10X单细胞转录组与
单细胞空间交响乐·2023-07-13 16:18

10X单细胞和空间联合分析的方法---cell2location

10X空间转录组和单细胞转录组都在如火如荼的进行当中，单细胞提供了单个细胞的精度来研究组织，而空间转录组则是提供了细胞类型在组织中的具体位置，精度和空间位置几乎具有同等的研究价值，而两种技术上的联合分析正是优势互补的选择
Evil_Genius·2023-06-16 14:53

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(2)

hello,大家好，我们继续我们的TCR数据分析，这一专题会有非常多的内容，我们慢慢分享，文献在QuantifiablepredictivefeaturesdefineepitopespecificTcellreceptorrepertoires，影响因子49（nature）。今天我们的任务还是要多学习一些基础的概念和算法。TCRsfromTcellsthatrecognizethesamepMH
Evil_Genius·2023-06-13 21:23

10X单细胞空间联合分析之四----DSTG

今天我们来分享另外一个10X单细胞空间联合分析的方法----DSTG（DeconvolutingSpatialTranscriptomicsData），我们在了解这个方法之前，先对一些基础的知识进行了解
Evil_Genius·2023-06-12 18:55

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

与常规的RNA-Seq一样，10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。
百奥益康·2023-06-09 04:10

生信星球小练习—批量读取10X数据

刘小泽写于2020.8.13主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理下载数据选用的10X测试数据是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
刘小泽·2023-04-21 09:28
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