16S高通量测序第8页

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

如果是bcl原始测序数据，需用mkfastq转换为fastq格式(根据index将reads分配至不同的样本)。

Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

测序中的常用名词（转载）

转自欧易生物微信号：利用生物信息分析大数据在论文发表中占据了举足轻重的地位，尤其是在高通量测序越来越便宜的今天，但是测序分析中各种名词仍令很多小菜或非生物信息专业的人抓狂。

M78_a·2023-12-26 02:36

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

爱基百客专注于提供领先的表观组学服务，目前已在表观组学、单细胞时空组学和高通量测序等方向积累了大量的项目经验。

爱基百客·2023-12-25 15:34

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范

爱基百客·2023-12-25 15:34

细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4测序结果大揭秘—土壤篇

基于16SrRNA(16SribosomalRNA)基因的高通量测序技术克服了自然环境中大部分微生物不可培养的困难，且存在测序通量大，测序准确度高、测序价格低的优势，已经成为微生物群落多样性研究的重要基石

诺禾致源·2023-12-25 12:58

【论文解读】ICLR2023 TimesNet: TEMPORAL 2D-VARIATION MODELING FOR GENERAL TIME SERIES ANALYSIS

一、摘要之前的方法都是尝试直接用1维时间序列进行预测序列、分类等任务。

Scc_hy·2023-12-25 10:39

卫星激光通信时代即将到来

随着客户对实时通信的需求，高通量卫星的能力和日益降低的入轨成本为通信卫星创造了新的用途

KanoShroud·2023-12-25 06:44

2022-04-28

尽管单细胞测序技术现在已经被广泛使用，但在组合方案中以单细胞分辨率检测表观遗传标记和转录的技术直到现在还没有。荷兰Hubrecht发

图灵基因·2023-12-25 01:00

临床开展RNA-seq送测序前你应当考虑到几个因素

DNA层面的测序问题已经不能完全满足临床的需要，当下，美国一些医院在临床已经开展DNA测序+RNA测序联合分析，更好的为临床服务。

伍鸿荣·2023-12-25 01:59

大队列免疫治疗测序数据的巧妙切入

IntratumoralplasmacellspredictoutcomestoPD-L1blockadeinnon-smallcelllungcancer，22年2月发表在CancerCell的一篇方法不难但是构思的很巧妙的文章。接受PD-L1单抗治疗的患者中，B细胞转录特征与较长的OS有关作者首先利用两个平行的临床数据集（每个数据集都包含免疫治疗和化疗的病人），分别在免疫治疗、化疗病人里面，将

Carrington·2023-12-24 19:20

教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]

写在前面基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。

生信石头·2023-12-24 17:22

本周最新文献速递2020-08-09

1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目：韩国基因组计划：拥有临床信息的1094个韩国个人基因组杂志和影响因子：SciAdv(IF:13.116)样本量：1094个个人基因组（测序深度为

橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

RNA-seq数据库（ChatGPT）

截至我最后更新知识的时间（2022年1月），存在许多RNA测序（RNA-seq）数据库，这些数据库提供了大量的基因表达和转录组学数据。

素材积累·2023-12-24 07:11

python实现模拟退火算法解决旅行商（TSP）问题

这个问题在实际应用中非常常见，比如物流、电路板制作、DNA测序等领域都可以看到TSP的身影。TSP的难点在于随着城市数量的增加，搜索所有可能的路径将变得非常耗时，因为路径的数量是城市数量的阶乘。因

筱筱西雨·2023-12-24 07:07

芯片数据&测序数据

1.检测原理在测序未普及前，芯片是最常使用的大规模筛查工具，如人基因表达谱芯片，一次实验就可以对人类已知的2~3万个基因进行筛查，找出关键差异基因。

小白兔和小毛驴·2023-12-24 04:34

基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1.3.2 安装和使用，序列分析基本流程自动分析脚本

介绍：MetaWRAP是一个宏基因组学分析工具库，用于分析宏基因组测序数据。它提供了一套功能强大的工具，用于进行宏基因组数据的装配、注释和功能分析。

小果运维·2023-12-24 02:01

2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件

FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的QualifyMeasurement。

王子威PtaYoth·2023-12-24 01:49

2022-04-13

NatBioEng|光标记与单细胞测序快速识别侵袭性癌细胞原创图灵基因图灵基因2022-04-1307:03收录于话题#前沿分子生物学机制即使在肿瘤被手术切除或用药物缩小后，一些残留的侵袭性癌细胞也会刺激新肿瘤的生长和扩散

图灵基因·2023-12-23 21:49

汇总 | 转录本表达矩阵到基因表达矩阵

写在前面前天，我写了一个TBtools插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得基因表达量矩阵（TPM）和基因读段计数矩阵（Count）。

生信石头·2023-12-23 09:13

百趣代谢组学分享 | 金纳米球：调节TMAO代谢，抗骨质疏松的新希望

Gold-nanospheremitigatesosteoporosisthroughregulatingTMAOmetabolisminagutmicrobiota-dependentmanner发表期刊：JournalofNanobiotechnology影响因子：10.2客户单位：中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院百趣提供服务：氧化三甲胺高通量靶标研究背景骨质疏松症

09eb862dd2cf·2023-12-23 08:39

亚太卫星深度报告（上）：卫星这块蛋糕有多大？（2017年）

北京时间7月9日20时11分，四川西昌，全国各地集聚在被称为“西昌卫星城”的西昌卫星发射基地的航天爱好者们万众沸腾：由中国航天科技集团有限公司研制的，我国首个全球高通量宽带卫星系统的首发星—亚太6D通信卫星在西昌卫星发射中心由长征三号乙运载火箭成功发射

正仪·2023-12-23 04:44

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

生信交流平台·2023-12-23 03:13

遗传图谱应用分析案例：菊花高密度遗传图谱的构建和花型相关位点的鉴定【百迈客生物】

利用基因组重测序技术进行大规模高通量SNP标记鉴定是当前国际上动植物基因组学的研究热点。利用得到的大量SNP标记，可以对群体进行高密度遗传图谱、BSA、GWAS、遗传进化等分析。

百迈客生物·2023-12-23 03:06

【隐马尔可夫模型】隐马尔可夫模型的观测序列概率计算算法及例题详解

【隐马尔可夫模型】用前向算法计算观测序列概率P（O｜λ）【隐马尔可夫模型】用后向算法计算观测序列概率P（O｜λ）隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状志的序列

F_D_Z·2023-12-22 18:39

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

来源：https://www.jianshu.com/p/da75f0753178高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget

__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

Transformer引领AI领域：从模型到平台，全方位探索与实践

BERT、T5和GPT等模型现在已成为计算机视觉、语音识别、翻译、蛋白质测序、编码等各个领域中新应用的基础构件。

清图·2023-12-22 02:32

TCR-seq数据分析(一)

该方法诞生的目的就是用生物信息学手段来全面高速地分析高通量测序技术检测靶向扩增后的T细胞抗原识别决定性表面分子，即T细胞受体多样性的检测技术，用以揭示机体在生理和病理状态下T细胞介导的细胞免疫应答状态

生信云笔记·2023-12-21 13:08

芯周刊·第29期 | 单细胞+转录组测序：揭示GABA信号调控神经发生

///01发现结肠癌转移复发的关键细胞群--EMP1+HRC细胞原发结直肠癌根治性切除术后的患者在几年后复发转移，转移的CRC病理分期不一，其中会有40%的III期CRC患者，寻找预防CRC复发的疗法仍然迫在眉睫。为了探究复发CRC的细胞来源，本文研究者首先在单细胞水平分析了预后不良CRC患者的转录组特征，共确定了2530个预测复发的基因，然后在两个单细胞转录组数据中发现这些预后不良基因在CAF、

生物芯时空·2023-12-21 08:56

多切片联合构建3D生物空间图谱

通过对多个切片进行联合建模，将其与单细胞RNA测序数据进行整合，STitch3D同时识别出具有一致基因表达水平的3D空间区域，并

tzc_fly·2023-12-21 07:47

2021-10-15

单细胞RNA测序显示微生物群的缺失使TME倾向于促肿瘤巨噬细胞。2.从机制上讲，本文发现微生物群衍生的干扰素基因刺激因子（STI

图灵基因·2023-12-21 06:47

2022的七大热点技术：靶向基因治疗、空间多组学……

主要是因为测序技术产生的读数准确但较短。它们的长度不足以明确地绘制出高度重复的基因组序列，包括覆盖染色体末端的端粒和在细胞分裂过程中协调新复制的DNA分配的着丝粒。

英格恩·2023-12-20 19:27

DNA 凝胶电泳注意事项

用于DNA测序反应的测序胶不在这儿讨论。每位实验室成员有不同的制胶方法。样品准备6X上样缓冲液：30%(V/V)甘油，0.25%(W/V)溴酚蓝，0.25%(W/V)二甲苯腈蓝，蒸馏水配制。

实验小助手·2023-12-20 17:12

2021-11-09

本文的模型EVE（变体效应的进化模型）不仅优于依赖标记数据的计算方法，而且与高通量实验的预测相比也表现得

图灵基因·2023-12-20 12:17

WISECONDOR NGS 检测CNV 介绍

低测序深度WGS数据无对照样本，检测新生儿染色体异常工具背景产前检测，传统使用绒毛膜绒毛或羊水取样，进行核型分析。但是取样会造成约1%的流产概率。

茄子_0937·2023-12-20 09:35

Aji·2023-12-20 01:44

2021-05-11 转录组分析学习笔记：关于ENSEMBL 转换 ENTREZID的一点心得

因工作太忙的缘故，上完课都一个多月了，才有时间来分析自己的RNAseq测序数据。凭着从生信技能树各位老师那里学来的技能，很快就顺利完成从数据质控和过滤、比对到参考基因组、到基因表达定量的全套上游分析

范旭_d6fc·2023-12-19 21:07

FASTA和FASTQ 介绍

参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节FASTA和FASTQ作者：碱基矿工前言在生物信息分析过程中，各种组学（基因、转录、蛋白等）各种数据库，不同类型的数据可能都有其特有的数据文件与特殊的存储格式

Peng_001·2023-12-19 12:29

日更第十五天－新的一年flag

今天完成了质粒构建的第一部分，要送测序，加油亲爱的！蛋白跑出来特别好看的条带，新的一年新气象！

Lucky_笑·2023-12-19 11:36

从比对到MA-plot

这次的流程是从ncbi的数据库上下载了别人发表的二代测序数据，先用subreads进行了比对，之后用subreads里面自带的featurecount进行了表达量统计。

小男神马克·2023-12-19 09:18

2021年第20周检视（5.24-5.30）

5月第4周要事：1.大姐基因测序找大夫（下周）孩子睡前仪式保证。周一发火。周四天津未完成。2.医美手术室参观安排（下周）花小妍日常。周二约见合作伙伴（完成）3.学习正面管教、无分别的爱，禅修、运动。

慧婕的成长笔记·2023-12-18 22:06

2021-04-10单细胞测序了解1

与高通量测序的区别？一般而言，高通量测序需要从大量细胞中获取足够的DNA样品，因此，测序结果是这些细胞的“平均值”，“整体”的表现。

八段锦1134·2023-12-18 16:17

中医药网络药理学研究

网络药理学作为中医药研究领域的前沿和热点之一，主要建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上，围绕生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示

沉迷工作的我·2023-12-18 10:26

生信数据挖掘单细胞测序

单细胞RNAseq揭示存在EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤异质性和免疫细胞群今天解读的这篇9+的文章也是刊登在《Oncogene》杂志上，该期刊是生化与分子生物学”子行业的优秀级杂志，居于一线期刊。其收稿要求涵盖了癌基因的结构和功能的各个方面，尤其是:细胞癌基因及其激活机制，其编码蛋白的结构和功能，DNA和RNA的癌基因，肿瘤病毒，人类肿瘤的分子肿瘤学，肿瘤抑制基因，生长调控基因，细胞周期控制生长

概普生信·2023-12-18 10:06

Ion Torrent系列产品性能统计

以下统计为个人根据网络可搜集到的资源进行的【测序仪、芯片、芯片通量、测序时间、测序长度】整理，时间通量可能会有出入，欢迎大家留言改进。image.png

九月_1012·2023-12-18 06:05

生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装

测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081556作为例子演示转录组组装的过程。

学术程稻属·2023-12-18 03:56

使用binmapr进行定位

原文网址：http://www.jintiankansha.me/t/xiyYdz1Rmfbinmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。

93830eddc2a4·2023-12-18 01:50

绘制大型细胞图谱，推动人体机制功能研究

单细胞测序技术的出现为深入“阅读”细胞带来了前所未有的机会。2009年，北京大学生科院汤富酬教授在博士后期间即发表了世界上第一篇单细胞mRNA测序的文章，实现了“从0到1”的跨越。

生物医学小站·2023-12-18 00:36

生信漫谈送你超级好用的多序列拼接软件

作为科研人员（生物专业从业者，医学生，临床医生等），接触的各种测序非常多，那么怎么快速的分析你测序的结果呢，测了正向，测了反向序列，是不是测通了，只有拼接在一起才知道，科研真是费脑https://mp.weixin.qq.com

生信漫谈·2023-12-17 22:27

Nat. Mach. Intell. | 通过深度神经网络联合建模多个切片来构建一个三维全生物体空间图谱

通过联合建模多个切片并将其与单细胞RNA测序数据整合，S

DrugAI·2023-12-17 19:06

基因-疾病数据库/工具大集合

科学技术的发展极大地改变了基因组领域，尤其是在基因图谱、数据库、疾病图谱、CRISPR/Cas9、大数据和下一代测序等方面。

尐尐呅·2023-12-17 15:26

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