16S高通量测序第6页

CUTANA™ pAG-Tn5 for CUT&Tag

与ChIP-seq相比，CUT&Tag在降低细胞需求量和测序深度的信噪比方面进行了显著改进。

Neobioscience·2024-01-11 07:16

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA测序已经已经成为分析细胞特异性和分解组织为细胞类型

瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

评估LLM在细胞数据上的实用性(1)-基本概述

tzc_fly·2024-01-11 03:01

【现代遗传学原理-基因和基因组学】

一、基本概念基因组学：研究基因组结构、功能及表达产物的学科，包括测序、基因组作图、基因组分析。蛋白质组学：研究各种基因组在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。

HuangXinyue1017·2024-01-11 01:46

10X单细胞（10X空间转录组）基因调控网络分析之DeepSEM

不同细胞类型中，基因调控网络存在差异，通过单细胞测序，可以

单细胞空间交响乐·2024-01-10 06:11

重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点

早在本科学习比较基因组学期间就有意做一些知识分享，毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折，一方面是自觉实力有限，怕误人子弟，一方面是有点空闲时间就想偷个懒。个人是希望做到干湿结合全面发展的，如果不想两边都学个半吊子，那必然得付出双倍努力了。我目前主要做俩物种，异源多倍体油菜和同源多倍体马铃薯，方向涉及多组学分析、细胞遗传和基因编辑。回归正题，基因编辑过的作物会有载体序

CallumZhao·2024-01-10 05:50

二代测序基础知识

二代测序基础知识二代测序基础概念（这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的）FQ数据格式高通量测序(如IlluminaHiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(BaseCalling

点滴生信·2024-01-10 05:57

全面解读｜“小”产品，“大”能量的 BSA 性状定位

对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，进而挑选差异较大的位点。图1BSA原理图群体的选择根据群体的形成

ee00dc6faab7·2024-01-10 00:10

数据的质量控制软件 | FastQC

拿到二代测序数据后，首先要查看一下测序质量如何，以评估该测序数据是否满能够进行后续的生信分析。这里介绍一款常用的二代测序数据质量评估软件，FastQC。

生信师姐·2024-01-09 23:12

如何快速查找物种间对应的同源基因

1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成基因组测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种，共44233组同源基

JeremyL·2024-01-09 19:29

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件

1yon·2024-01-09 18:21

单细胞测序探索小鼠胚胎时期脑组织的发育

标题：Moleculararchitectureofthedevelopingmousebrain期刊：NATURE影响因子：49.962哺乳动物大脑是在多种复杂因素相互作用下发展起来的，包括形态发生、细胞间相互作用和内在的遗传程序，最终形成一千多种不同的细胞类型。单细胞转录组和空间转录组揭示复杂组织分子异质性的能力，特别适合在大脑发育的整个时空范围内对细胞状态进行系统地研究。本文提供了小鼠胚胎从

felix108·2024-01-09 16:54

零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞GEO数据库数据检索方法（一）☞GEO数据库数据检索方法（二）☞GEO数据库数据页面介绍（三）在GEO数据库里面收录了各种各样的数据，不仅有芯片数据也有测序数据。

生信交流平台·2024-01-09 07:04

2022-12-06

重测序SNP分析------二代测序数据检测；SNPcalling；SNP过滤；遗传多样性分析；PCA分析；群体遗传结构分析；系统进化分析；QTL连锁不平衡分析；GWAS全基因组关联分析（关键基因挖掘）

王钦_ce33·2024-01-08 16:01

circRNA测序及机制全面讨论

纪伟讲测序，每周一讲，讨论组学，包括基因组，转录组，蛋白组，代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。

纪伟讲测序·2024-01-08 16:46

医学术语中的panel到底是什么意思

去查背景资料，简直大吃一惊：panel这个词竟然直接当中文用了，如下图：panelin中文1.pngpanelin中文2.png基因测序领域的panel似乎没有对应的中文翻译，连圈内人也会心生疑问。

易渔_·2024-01-07 22:23

IGV 自定义Reads 颜色

目的IGV经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。

茄子_0937·2024-01-07 16:51

16s—β多样性分析（R画三维PCoA图）

一、β多样性分析的概念Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，后续一般会利用PCoA、进化树聚类等分析对此数值关系进行图形展示。主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、braycurtis距离、Jaccard距离，这些方法优势在于算法简单，考虑物种丰度（有无）和均度（相对丰度），但其没有

walnutoil·2024-01-07 16:23

宏基因组组装神器-MEGAHIT使用及常见问题

文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏基因组测序获得海量短片段测序数据，这些数据混合着环境中各种各样的微生物基因组序列，如何恢复出这些微生物基因组序列，基因组组装成为至关重要的一步

Neptuneyut·2024-01-07 12:15

纯二代测序从头组装基因组(基础版）

基因组组装基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

wangchuang2017·2024-01-07 12:15

iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏基因组组装工具MetaTrass...

点击蓝字关注我们MetaTrass：基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏基因组组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15

生信宝典·2024-01-07 12:45

链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用

链读测序（Linked-readsequencing）通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起，能够消除其中的一些错读，从而改进宏基因组组装。

谷禾牛博·2024-01-07 12:44

原创||宏基因组干货分享专题———组装

就是一个微生物群落里面的全部DNA被提取出来，然后被随机进行剪断、测序，得到一系列短序列；把这些短的序列拼接成连续的长序列过程就叫组装。简单点说就是从短序列拼接

bioDeep·2024-01-07 12:44

宏基因组序列无参考基因组装工具idba-ud的介绍及详细使用方法

介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考基因组的工具，它可以将高通量测序数据转化为基因组序列。它是idba工具的升级版本，专门用于组装多样性的无参考基因组。

小果运维·2024-01-07 12:14

Guideseq分析流程

Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法，基本原理是CRISPR系统剪切基因组后，在进行基因组修复时可能会将一段设计好的双链DNA，即tag，插入到基因组中，通过tag设计引物可将基因组断裂位点两侧的序列扩增出来建库

WuYankang·2024-01-07 10:44

2022-07-17

NatBiotech|单细胞全长转录组分析新方法：实现廉价和高通量原创huacishu图灵基因2022-07-1608:36发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=68.164

图灵基因·2024-01-07 07:25

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

_十三·2024-01-07 05:24

WES学习2：外显子测序分析——小男孩的硬骨化病基因突变

首先感谢生信技能树！书接上回，看完了jimmyB站的WES视频及教程《给学徒的WES数据分析流程》。因为不知道他的原始数据在哪，找了一个乳腺癌WEScohort队列把整个流程跑完了。然后还想找一些WES/WGS的现成教程跟着学习的。结果找到这个教程：Exomesequencingdataanalysisfordiagnosingageneticdisease。是一个在线数据处理平台：galaxy。

颗粒神经园·2024-01-06 16:36

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1

微光**·2024-01-06 14:11

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)

璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie

微光**·2024-01-06 14:38

目标跟踪算法中的卡尔曼滤波学习

背景知识在理解卡尔曼滤波前，有几个概念值得考虑下：时序序列模型，滤波，线性动态系统1.时间序列模型时间序列模型都可以用如下示意图表示：这个模型包含两个序列，一个是黄色部分的状态序列，用X表示，一个是绿色部分的观测序列

AAI机器之心·2024-01-06 13:33

【单细胞组学】scCITE-seq（单细胞转录组+细胞表面蛋白表达）

单细胞水平的测序技术发展的越来越快，目前应用最多的是集中于mRNA表达的scRNA-seq和结合了空间信息的空间转录组。

SciNote·2024-01-05 13:43

疫情.怡情(之六百三十九)

今天，那不勒斯OspedaleCotugno医院实验室发出测序报告称，意大利Omicron变体零号感染者的妻子和两个孩子均被感染Omicron变体。当前全意共确诊4例Omicron变体病例。

飞扬的雪ing·2024-01-05 07:31

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--03

然而，全基因组测序工作还未

百迈客生物·2024-01-04 20:37

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

稀释曲线稀释曲线(RarefactionCurve，也称稀疏曲线)：一般在微生物组研究中用于评估测序量或样本量的饱和情况。

维凡生物·2024-01-04 19:29

关于Omisc Core WES 计算TMB的一点见解

上周FDA授予Nanthealth公司OmiscCoreWES基因检测许可，这是FDA批准的首个使用全外显子测序方法来检测实体瘤的体外诊断产品。

ciciv123·2024-01-04 16:34

植株计数-密度估计-从高分辨率RGB图像中快速实现高通量植物计数

TasselNetv2+TasselNetv2+亮点安装准备数据推断训练使用自己的数据集引用TasselNetv2+该存储库包含TasselNetv2+用于植物计数的官方实现，详见论文：TasselNetv2+:AFastImplementationforHigh-ThroughputPlantCountingfromHigh-ResolutionRGBImagery《植物科学前沿》,2020郝路

OverlordDuke·2024-01-04 11:22

植物空间||拟南芥单细胞空间转录组图谱文献解析

一、文章简介文章题目：单细胞空间转录组测序揭示拟南芥叶片中特定区域的细胞亚型和转录组图谱期刊：DevelopmentalC

畅背书·2024-01-04 07:58

ExpHunterSuite

它可以用于从高通量测序数据中提取差异表达基因，并对其进行注释和功能富集分析。

m1chiru·2024-01-03 23:09

了解长短期记忆 (LSTM) 网络：穿越时间和记忆的旅程

LSTM旨在解决传统循环神经网络(RNN)的局限性，尤其是在学习长期依赖性方面的局限性，彻底改变了我们在各个领域建模和预测序列的能力。

无水先生·2024-01-03 20:23

【单细胞测序】数据格式转换loomR

今天读文献，遇到比较感兴趣的样本，数据下载下来是loom文件，查了下loom文件转换为seurat对象的方法。做个笔记。背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。HDF5数据格式不将数据存储在内存中，而是提供高效的磁盘存储，甚至可以扩展到大型数据集(甚至是>1M细胞)。注意：

森尼啊·2024-01-03 20:18

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”一、理解⼀种疾病的某种现象仅使用⼀种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求

20220705·2024-01-03 12:07

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2024-01-02 16:05

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到

凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。

生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

GEOquery 下载 GEO 数据

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。

名本无名·2024-01-02 01:39

全基因组测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序

亦是旅人呐·2024-01-02 00:47

（日常记录）smRNA本地注释分类

准备：1、rfam数据库2、rfamclain文件3、软件infernal4、待测序列（fasta文件）一、数据库下载进入rfam官网，点击FTP，选择最新版本，下载这两个文件并解压。

重新开始_xy·2024-01-01 23:19

推荐频道

16S高通量测序