16S

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—关联与进化分析方法描述

一、关联分析&进化关系内容及意义a)RDA/CCA分析基于对应分析发展而来的一种排序方法，又称多元直接梯度分析。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。意义：可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。b)OTU共表达网络分析生态学中一般认为功能上关系密切的群落往往表现出丰度的“同升同降”，根据微生物群落丰度信息计算样本中物种之间的相关性，并据此划分不同的共变化组（CAG）。
JarySun·2023-08-19 02:39

号外号外，最经典的16S数据库Greengenes2更新啦！！！

没错，这是真的，沉积十年之后，多样性研究中最经典的16S数据库——Greengenes数据库，竟！然！更！新！了！惊不惊喜！意不意外！
SHANGHAILINGEN·2023-08-18 15:45

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上
生信宝典·2023-08-13 05:47

如何在vscode中使用gdb命令行与打印指针数组

,可使用-execcommand的格式在vscode对应的debug窗口中输出gdb命令：如何打印一个指针数组以main()函数的指令数组argv为例:可以通过如下指令打印其值:-execx/16s*argv0x7fffffffe435
另一种开始·2023-08-06 21:47

生信log24|cap3拼接16S的原理——常用软件论文精读（算是新系列）

很久之前就发现很多的教程和笔记比较专注于软件是怎么使用的，即使是有笔记也仅仅是原理的翻译，这个系列我自己想写很久了，那就是扒一扒这些软件是怎么实现的，以及实现的步骤是怎样的，软件是怎么验证他们的实验数据的呢。这算是一个新的系列？前段时间一直在赶毕业论文，产出极少，现在回归中。1、Cap3是什么Cap3是一款DNA序列拼接软件，向我们经常用来拼接16SrRNA基因的软件Chromas和Snapgen
周芷希Hazel·2023-08-03 11:02

微生物菌群多样性研究—原始数据质控

菌群多样性分析是通过测序技术对微生物基因组中的marker基因（细菌为16S序列，真菌为18S或ITS序列）全长区段或部分区段进行测序从而得到环境样本中微生物种类和丰度信息的，基于现在的基因测序技术和菌群多样性的研究目的
上海唯那生物·2023-08-02 11:16

16S 测序和宏基因组测序分析有哪些？

宏基因组学宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质（或获得新基因）的新理念和新方法。其主要含义是：对特定环境中全部微生物的总DNA（也称宏基因组，
Seurat_Satija·2023-07-28 05:05

2023.07.26【微生物】|qiime2组间分析，ANCOM算法介绍与结果解读

目录摘要ANCOM简介主要步骤数据聚合添加伪计数计算特征差异结果解读火山图差异显著特征统计表差异显著特征百分位数统计表优缺点总结摘要在使用qiime2进行16S/ITS分析的时候，少不了对样品进行组间分析
穆易青·2023-07-26 19:07

COUNT(*) 查询耗时过久

PageHelper进行分页时调用了.page(page,queryWrapper)方法,该方法首先会调用SELECTCOUNT(*)FROMtablename语句查询表内数据个数,使用该语句进行查询时26w条数据耗时16s
一条菜鸟鱼·2023-07-19 12:09

微生物实验之分菌（细菌）

分菌主要包含以下几个步骤：采集实验样本对实验样本进行处理接种分离纯化测16s测全基因组保藏菌株1.采集实验样本选取合适的样本，比如说土壤细菌，植物内生菌，海水等。（样本中含有
最怕被温柔以待·2023-06-23 07:41

小川综合评测之魅族16s

魅族16s魅族16s是魅族公司在2019年4月23日发布的最新魅族旗舰机，这款虽然与魅族前一款机器魅族16外形差距不大，只是下巴那更窄了一些，但是在功能和配置上更加料了，下面跟着我来了解下这款手机吧。
小川爱搞机·2023-06-15 21:42

华为荣耀20 Pro和魅族16S，麒麟980对战骁龙855，哪款才更值得入手？

现如今大多数人在购买手机时，都会先考虑它的性能和手机品牌方面。今天小编给大家推荐的这两款手机无论是在性能上还是在外观上面都是非常出色的。荣耀20PRO有着漂亮的外观设计，同时在性能和拍照方面，也有着非常强悍的表现。首先是性能方面，荣耀20PRO搭载麒麟980处理器。此外，荣耀20PRO在其他方面表现也是很优秀的，搭配的是一块6.26英寸的全面屏，前置摄像头藏在屏幕下面，使全面屏的效果更加令人震惊。
丫丫说科技·2023-06-14 02:36

Mafft Trimal Fasttree序列对齐修剪建树

导读barrnap预测细菌基因组16S，获取结果文件第二行最长16S，保留>1400bp的16S。mafft做序列对齐。trimal修剪序列。fasttree建树。ggtree可视化。
小白菜学生信·2023-06-07 14:20

DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期我们以一篇多组学研究揭示DNA甲基化在植物促生菌-植物-微生物互作关系中作用的文献案例来讲解多组学研究如何做，并对多组学研究分析方法和组学分子实验验证思路进行总结，一起来看看吧。2022年02月24日，南京农业大学沈振国和蒋建东教授团队合作在期刊《Microbiome》（IF:14.65/1区）发表了题为“Long-termeffe
易基因科技·2023-04-18 07:16

安卓调用系统录像

在跳转到录像界面时，需要设置一个画质属性，就是下面的这个，mIntent.putExtra(MediaStore.EXTRA_VIDEO_QUALITY,1)//画质结果在实际测试时，发现是有问题的，魅族16s
贾大师·2023-04-15 23:42

凌恩生物文献分享|微刊：三代全长16s扩增子——环境多样性研究的明星

在微生物研究领域，PacBio三代全长的时代已经来临，如果你还没用过那就太可惜了！要问三代有什么好，那我可得说道说道。相比于传统二代Illumina平台测序，PacBioSequellle平台获得的序列更长，信息量更多更准确！高精准鉴定，使“种”水平实现了大幅提升；PCR扩增无GC偏好性再加上V1-V9全区域测序，使数据更准确更真实的还原微生物群落结构。口说无凭，让我们来看一些三代全长扩增子的优秀
SHANGHAILINGEN·2023-04-14 14:16

扩增子分析

因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究；（9个可变区10个保守区）相对分子量大小适中，约1.5kb左右，便于测序和序列分析；种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80％），素在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S
小王的学习杂记·2023-04-09 22:59

写在16s发布前，你们还记得当初的魅族吗?

图片发自App1.16年初，高一。因为爸妈给了一千来块钱经费让我去挑选手机而不是直接甩给我现成的机子，也因为对于油嘴滑舌的店员的不信任感。我第一次开始阅读手机相关的资料，这一看就是整三天不停。而魅族就是那个时候闯入我眼帘的品牌。不同于同时代红米NOTE3的粗糙，魅蓝NOTE3的正面给了我一份同价位仅有的精致感。独一家的千元机2.5D玻璃，正面指纹，mBack的优秀交互体验。这些即使在如今的9102
重度拖延症_366d·2023-04-09 15:55

代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序

一.代谢组学与微生物组学关联分析[代谢组学与16S的检测主要是物种类别或者丰度与代谢产物丰度的关联。而宏基因组与代谢组学的关联主要是其代谢通路与基因功能和代谢产物的关联。]1.过
苏可_7fe6·2023-04-09 12:52

Picrust2学习

16S的细菌群落功能预测工具PICRUSt2学习2018年推出了全新版本的PICRUSt，即PICRUSt2（https://github.com/picrust/picrust2）PICRUSt2(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates
星空_2739·2023-04-09 11:58

16s分析

16s1.16S测序16SrDNA是编码原核生物核糖体小亚基的基因，常用于细菌系统分类学。其序列包含9个可变区和保守区，一般对可变区的V3，V3-V4和V6可变区域进行扩增和测序。Qimme1.qimme的启动sourceactivateqiime2-2018.6source/software/biosoft/software/centos6/anaconda3-python3.6/bin/act
苏可_7fe6·2023-04-07 15:28

微生物组16S rRNA数据分析小结：raw data sequence及其注意事项

rawsequencedata的简要介绍checklist:拿到rawsequencedata后，需要check的事情16srRNA是什么，测它有什么用细菌的核糖体RNA(rRNA)按照沉降系数分为5S,16S
GPZ_Lab·2023-04-07 11:26

如何从NCBI中获得16S rRNA序列

16SribosomalRNAsequence，可以进行下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/dbimage.png解压后是已经建好索引的文件：image.png并没有核苷酸文件，可以通过以下命令将全部16S
scdzzdw·2023-04-07 06:45

微生物组16S rRNA数据分析小结: vsearch

本次笔记内容：vsearch超简介绍installvsearch(linux)常用commandvsearch超简介绍usearch的可靠替代，代码开源，没有数据量大小限制，速度更快，免费。其文档vsearch_manual.pdf见https://github.com/torognes/vsearchinstallvsearch(linux)gitclonehttps://github.com/
GPZ_Lab·2023-04-06 09:38

2019-07-25

但选择16S/18SrDNA鉴定物种，存在以下几个问题：1）rDNA之间的平行转移来干扰rDNA鉴定的可靠性。2）在单个细菌中，16rDNA可能
YX_Andrew·2023-04-03 21:46

Immunity(31.428) | 单细胞转录组+16S揭示肠道微生物或能为机体免疫系统“充电”

肠道微生物群的组成与肿瘤的发展和抗肿瘤免疫的功效有关。匹兹堡大学医学院TimothyHand教授研究团队在Immunity(31.428)杂志上发表了一篇研究论文，名为“Microbiota-specificTfollicularhelpercellsdrivetertiarylymphoidstructuresandanti-tumorimmunityagainstcolorectalcance
中科新生命·2023-03-28 06:35

大概是16S从实验到数据分析最全流程了吧

原文：https://www.sohu.com/a/270075112_99971433本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多
斗战胜佛oh·2023-03-24 15:18

微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜

前几日宏基因组公号上推送了《iMeta：青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析套件PMS》一文，但软件中示例文件貌似是单端数据，于是想着拿手里一批已发表过的双端测序16S数据集尝试一番。
凯凯何_Boy·2023-03-22 12:34

最值得期待的3款手机，你钟爱谁?

魅族16S这次魅族16s只有一颗6.2英寸的型号，没有标准版和Plus版之分。但正是因为魅族16s只有唯一一款，所以它在设计方面就要更加趋于完美。
赵赵赵云·2023-03-19 05:29

Empress可视化你的16S进化树

我们知道，宏基因组中krona图来展示某个样品的详细信息，最近有点好奇16S的进化树可视化问题，这不，在qiime2官方视频教程里发现了一个方法，很不错，分享下！
zd200572·2023-03-15 21:54

科研快报|二代加三代扩增子测序探究苏铁植物根部复杂微生物群落组成

我国是世界上苏铁植物资源最丰富的国家之一，本文对我国的特有种德保苏铁（Cycasdebaoensis）和仙湖苏铁（Cycasfairylakea）的两种根型：正常根和珊瑚状根，利用PacBio三代测序技术，开展全长16S
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

科研快报|PacBio 16S全长测序探究游离唾液微生物群失调在牙周病中的潜在作用

背景介绍唾液是口腔中最重要的介质。唾液中游离细菌的生态失调可能与牙周病的发生、发展、预后和复发有关，但这种潜在的关系尚不清楚。本研究的目的是探讨游离唾液微生物群在不同牙周状态下的潜在作用，它们对非手术牙周治疗的反应，以及治疗后患病个体和健康人体之间的差异。样品收集研究共获得10例牙周健康成人(H组)、15例牙龈炎(G组)和15例全身牙周炎(I/II期)(P组)全唾液样本，共90例。G组和P组接受超
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩客户文章：16S全长鉴定癌症细胞组织特异性微生物谱

期刊：ApplMicrobiolBiotechnol影响因子：4.813发表时间：2022.04样本类型：食管鳞状细胞癌组织客户单位：东南大学刘冉课题组一、研究背景食管癌是常见的恶性肿瘤之一，具有发病率高、死亡率高的特点。通过全长16SrRNA测序技术研究食管鳞状细胞癌(ESCC)患者肿瘤和邻近非肿瘤组织中微生物群的分类差异，探究肿瘤与相邻非肿瘤组织中微生物的相互作用以及功能差异。二、实验设计研究
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:23

三代全长扩增子——微生物多样性HiFi 3.0时代全面来袭！

相信主攻微生物领域研究的老师们，一定纠结过到底测细菌16S的哪个区，V3+V4，或者V4+V5？细菌的16S一共有V1-V9九个区，全长约1500+bp，受限于N
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:52

FAPROTAX预测16s扩增子群落功能信息以及R语言可视化

FAPROTAX是一款适用于对环境样本（如海洋、湖泊等）的生物地球化学循环过程（特别是碳、氢、氮、磷、硫等元素循环）进行功能注释预测的软件。我们知道微生物与土壤养分的循环利用密切相关，许多养分被植物利用过程中离不开微生物的作用，比如，氮降解途径中的亚硫酸盐呼吸。FAPROTAX原理首先作者先根据文献资料手动构建了联系物种分类与功能注释的FAPROTAX数据库；后又编写了联系OTU分类表与FAPRO
小三的后一位小四·2023-03-10 12:20

16S扩增子之Vsearch使用

1.概览#目录mkdir-ptemp#临时文件mkdir-presult#最终结果#文件dp_16s_v18.fa#16S参考数据库第18版（可在http://www.drive5.com/sintax/rdp_16s_v18.fa.gz获得）seq/*.fq.gz#压缩的原始测序数据doc/design.txt#实验设计文件2.PEreads拼接（fastq_mergepairs）#测序数据解压
leoxiaobei·2023-02-18 10:08

PICRUSt2功能预测分析

16S高通量测序的群落数据分析中,更深层次的数据挖掘是很重要的一环,但是微生物群落标记基因测序的一个局限性就在于它无法提供有关采样群落功能组成的信息。所以我们引入了功能预测分析.
微基生物·2023-02-07 11:23

雷军气愤，怒降冰点价

性价比一直是小米手机的代言词，现在似乎有些厂商，抢走了小米的性价比，因为我们发现，除了华为荣耀外，近段时间OPPO和vivo都在蠢蠢欲动，而且魅族16s也疯狂降价，导致原本说RedmiK20Pro极致性价比
沐泽万物·2023-02-07 08:31

Tax4Fun2 16s扩增子群落功能预测 使用小结

Tax4Fun2是一个基于16SrRNA数据集预测微生物群落功能的R包，是Tax4Fun的升级版本。其发布在Github项目bwemheu/Tax4Fun2下，目前已更新到Tax4Fun2v1.1.6。下面以自带示例简单学习一下它的使用过程：1.下载、安装和配置#shellwgethttps://github.com/bwemheu/Tax4Fun2/releases/download/v1.1.
leoxiaobei·2023-01-28 20:42

纯css实现webpack的logo转动

原效果实现效果源码Document:root{--time:16s;}*{height:100%;width:100%;border:0;margin:0;padding:0;box-sizing:border-box
且随疾风而行·2023-01-25 08:59

影响因子14.65：16S全长测序+低丰度简化菌群，提供根腐病防控新视角

背景介绍当土壤中病原体入侵时，植物可以动态调节其根际微生物并适应这种生物胁迫。植物招募的保护性微生物群落中通常包含一些低丰度的类群，其作用尚不清楚。本研究首先分析了健康和患病黄芪之间根系微生物群落结构的差异，依据患病黄芪根部的低丰度细菌构建了一个简化合成群落，该群落可起到抑制病原菌生长与触发黄芪的宿主植物诱导的系统抗性反应（ISR）的作用，实现降低根腐病发病率的目的。实验设计首先分离纯化黄芪根腐病
SHANGHAILINGEN·2023-01-12 08:50

MATLAB 语音信号处理之计算频谱、功率谱、滤波

显示原始语音信号的特征频带（谱峰位置）利用Windows自带的录音机录制了一个16s的语音文件，编写
北征南风·2023-01-05 21:54

alpha值计算 qcolor_R语言绘制物种稀释曲线及其它多种Alpha多样性曲线

R语言绘制Alpha多样性曲线在微生物16S/ITS/18S测序分析及相关的文章中，我们经常可以看到这样的图，称为稀释曲线(Rarefactioncurves)。
weixin_39540271·2023-01-03 17:12

高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十四期 （线上线下开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-31 16:16

一门课程学习转录组调控分析和R可视化第十四期 （线上线下开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-31 16:16

16S全长测序解密转基因玉米根瘤菌群落组成

论文题目：Decipheringtherhizobacterialassemblagesundertheinfluenceofgeneticallyengineeredmaizecarryingmcrygenes期刊：EnvironmentalScienceandPollutionResearch研究背景玉米是我国的重要粮食作物，但虫害和草害一直是阻碍我国玉米丰收的两大绊脚石。本文的实验材料是携带
SHANGHAILINGEN·2022-12-30 04:16

【最新版protocol】16S qiime2 ASV分析

#一、导入数据Importdata分析前需要准备的文件见上一篇文章qiimetoolsimport\--type'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]'\--input-pathsample_data/pe-33-manifest.csv\--output-pathresults/paired-end-demux.qza\--input-formatP
???514·2022-12-23 01:30

图像语义分割网络FCN(32s、16s、8s)原理及MindSpore实现

一、FCN网络结构全卷积网络(FullyConvolutionalNetworks)，是较早用于图像语义分割的神经网络。根据名称可知，FCN主要网络结构全部由卷积层组成，在图像领域，卷积是一种非常好的特征提取方式。本质上，图像分割是一个分类任务，需要做的就是对图像上每一个像素按照人工标注进行分类。FCN大致网络结构如下：上图模型结构为针对VOC数据集的21个语义分割，即数据集包含21种不同分割类型
追猫人·2022-12-21 17:07

微生物多样性数据分析（16S）

微生物多样性数据分析（16S）9个可变区，10个保守区，扩增V3区、V4区、或者一起、或者V6、V9。
cling5899·2022-12-19 13:21

高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 （线上线下同时开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-09 03:58
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