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ATAC-seq
RIC-seq讲座视频学习
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
·
2020-12-17 19:31
Ribo-seq讲座视频笔记
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
·
2020-12-17 19:26
CLIP、RIP-seq讲座视频笔记
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
·
2020-12-17 19:22
(eccDNA)circle-seq讲座视频学习
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
·
2020-12-17 19:47
ATAC-seq
分析干货-1
近两年应用
ATAC-seq
方法发表的文章数量也是飞速上升，可见
ATAC-seq
的火爆程度。现在，如果你还不了解ATAC，还不抓紧学起来！今天我们先来学习一下
ATAC-seq
相关的背景介绍。
生信阿拉丁
·
2020-10-08 00:20
pyGenomeTracks—表观多组学个性化track可视化工具
今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/
ATAC-seq
、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。
生信阿拉丁
·
2020-10-07 11:13
Single-Cell
ATAC-Seq
的初步了解
这一篇笔记是有关于单细胞
ATAC-seq
的初步了解。在阅读相关文献之前，我还是在网上找了些视频来看，想先对其有一个整体上的认识。这里有一个比较好的视频，讲的很浅显易懂。
生信start_site
·
2020-09-17 09:53
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞
ATAC-seq
测序数据（下）
image.pngGeneratingFASTQswithcellranger-atacmkfastqOverviewcellranger-atac软件提供了cellranger-atacmkfastq子程序，可以将Illumina测序仪产生的原始basecallfiles(BCLs)下机数据转换为FASTQ格式的测序文件。该子程序是bcl2fastq软件的封装，提供了以下功能：Translate
Davey1220
·
2020-09-15 11:54
使用cellranger-atac软件处理10x单细胞
ATAC-seq
测序数据（上）
image.pngCellRangerATAC简介cellranger-atac软件是用于处理10xGenomics平台ChromiumSingleCellATAC-seq测序数据的分析流程。该软件主要包括以下四个分析流程：cellranger-atacmkfastq：该子程序主要将Illumina测序仪产生的原始rawbasecall(BCL)测序文件转换为FASTQ文件，该命令中封装着bcl2
Davey1220
·
2020-09-13 21:57
16/10/2019 一步步学会分析
ATAC-seq
https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684关于illumina测序的原理so,我的测序结果是paired-endsequencing并且是在不同的lanes上测序的。原始名称为：larvae1_S1_L001_R1_001.fastq.gz,larvae1_S1_L001_R2_001.fastq.gz,larvae1_S1_L002_R1_001.fastq.gz
uqyuan0515
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2020-09-13 03:33
BI
2019/0715_生物信息学R语言教程——book
目录前言第一章R/Bioconductor入门第二章:基因芯片分析第三章RNA-seq数据分析第四章ChIP-seq数据分析第五章
ATAC-seq
数据分析第六章scRNA-seq数据分析第七章下游分析第八章上游分析第九章代码背后
uqyuan0515
·
2020-09-13 03:33
paper
20190904_chip-seq/
ATAC-seq
/DAP-seq 原理理解
染色质免疫共沉淀ChromatinImmunoprecipitation,ChIP技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富
uqyuan0515
·
2020-09-13 03:02
知识点
ATAC-seq
原理与步骤
ATAC-seq
,英文全称AssayforTargetingAccessible-Chromatinwithhigh-throughoutsequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。
Brickvstar
·
2020-08-30 17:05
第2篇：原始数据的质控、比对和过滤
ATAC-Seq
与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），因为线粒体DNA是裸露的，也可以被Tn5酶识别切割。
六六_ryx
·
2020-08-23 20:12
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十五章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:22
python
java
机器学习
大数据
数据分析
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十六章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:22
python
java
大数据
机器学习
人工智能
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十四章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:22
python
java
人工智能
大数据
数据分析
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十三章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:21
python
java
人工智能
机器学习
大数据
ATAC-Seq
入门加高阶传送门
最近看到小伙伴们很希望看到完整的
ATAC-Seq
分析教程，甚至在某群里呼吁众筹。
六六_ryx
·
2020-08-20 19:36
#3D基因组 #表观遗传
本篇简单介绍3D基因组在近期主流的两个获得数据的手段：Hi-C及
ATAC-seq
。
土豆_leah
·
2020-08-18 23:04
ATAC-seq
基础知识（资源整理）
ATAC-seq
全名AssayforTransposaseAccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing(基于高通量测序的染色质转座酶可接近性实验)，该技术使用改造后的
皈依yyy
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2020-08-18 23:55
NCBI组学数据上传流程
论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，
ATAC-seq
，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子数据库将其收集。
王忙
·
2020-08-13 15:58
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十二章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:51
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十一章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:41
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第九章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:30
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第十章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:21
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第八章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
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2020-08-13 14:07
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第七章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-08-13 14:54
转载
ATAC-Seq
、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
转自：生信技能树这是目前发现不错的ATAC系列，原作者在也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027ATAC系列连载：
ATAC-Seq
入门加高阶传送门（点击进入交流群
土豆学生信
·
2020-07-31 18:16
ATAC-seq
原理及现有技术的比较
ChromatinaccessibilityandtheregulatoryepigenomeSandy文献阅读及分析总结在开始讲述之前，我们先来了解一下本文中接下来的几种染色质可接近性的技术，主要包括早期的DNase-seq技术，
ATAC-seq
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
表观遗传学文章组学
ATAC-seq
以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展
ATAC-seq
技术及相关技术的发展RevelingintheRevealed这篇文章中，对DNase-seq和
ATAC-seq
还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。
forever luckness
·
2020-07-29 10:31
文献阅读分析
组学相关文献
sc-ATAC-seq细胞类型注释策略
由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞
ATAC-seq
数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitivecis-andtrans-regulatory），因此单细胞
ATAC-seq
数据中的细胞类型标注具有挑战性
周运来就是我
·
2020-07-28 14:04
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第四章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng
·
2020-07-28 10:07
使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第三章)
本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第一章)使用ArchR分析单细胞
ATAC-seq
数据(第二章)第3章:创建ArchRProjectArchRProject
xuzhougeng
·
2020-07-28 10:49
ATAC-seq
分析流程入门
ATAC-seq
全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序
BeeBee生信
·
2020-07-17 16:20
TF binding from
ATAC-seq
data
https://github.com/GreenleafLab/NucleoATAChttp://kzhang.org/Taiji/tutorial.htmlhttp://centipede.uchicago.edu/https://github.com/hiranumn/ATAC_peakhttps://github.com/ParkerLab/bioinf545#footprintinghtt
zhoujj2013
·
2020-07-15 17:51
ATAC-Seq
入门加高阶传送门
ATAC-Seq
入门加高阶传送门还记得生信技能树的传送门系列吗？
生信技能树
·
2020-07-15 16:19
Week11— methy-ATAC-seq同时测甲基化和染色质的可及性
导读伴随着10Xgenomics最近推出的sc-ATACseq的protocol，
ATAC-seq
技术将会掀起一股新的研究热潮。
六六_ryx
·
2020-07-14 14:49
【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1
大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,
ATAC-seq
,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容
XuningFan
·
2020-07-13 10:42
第6篇：重复样本的处理——IDR
前言
ATAC-seq
/ChIP-Seq中重复样本的处理
ATAC-Seq
要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。
六六_ryx
·
2020-07-13 08:39
部分研究兴趣
干湿结合的生物学表观测序可观测值是每个基因的表达量，隐变量是不同细胞类型的组成，比如建立某一类细胞和基因表达的关系，推断细胞丰度feature表达，可以是signature或者转录本，chromState等
ATAC-seq
Shaoqian_Ma
·
2020-07-02 15:05
ATAC-Seq
数据分析（上）
背景：染色质和染色体的结构和功能每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。包装分为多个水平，核小体核心颗粒(nucleosomecoreparticle)、染色小体(chromatosome)、30nm水平染色质纤丝(30nmfibre)和高于30nm水平
徐洲更hoptop
·
2020-06-30 20:21
Seurat的scATAC-seq分析流程
scRNA-seq和scATAC-seq,主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq的细胞进行聚类scRNA-seq和scATAC-seq共嵌入(co-embed)分析整合步骤包括如下步骤:从
ATAC-seq
徐洲更hoptop
·
2020-06-27 02:06
生物信息学
文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
High-throughputsequencingofthetranscriptomeandchromatinaccessibilityinthesamecell这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合
ATAC-seq
forever luckness
·
2020-06-24 03:19
文献阅读分析
组学相关文献
第10篇：
ATAC-Seq
、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从ChIP-Seq层面，我们可以研究某个特定转录因子的调控作用；从
ATAC-Seq
我们可以了解到染色质可及性的动态变化，由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关
六六_ryx
·
2020-06-22 05:17
ATAC-seq
寻找开放染色质区域的传统方法寻找开放染色质区域的传统方法主要是MNase-seq和DNase-seq。这两个实验的思路是相似的：在染色质开放时，DNA和组蛋白的浓聚程度会降低，有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase）所切割。然后，我们再把切割完的DNA拿来测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切掉的是哪些东西？没有被切掉的地方又
简boo
·
2020-06-11 23:48
使用HINT-ATAC进行
ATAC-Seq
的footprinting分析
关于
ATAC-seq
分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：
ATAC-seq
数据分析工具的比较和推荐（GenomeBiology综述）
ATAC-seq
生信分析综述翻译(GenomeBiology
生信start_site
·
2020-05-28 08:15
NGS012 转座酶建库及
ATAC-seq
转座因子Transposon一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来，环化后插入另一位点，并对其后的基因起调控作用，此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子。转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。I型转座子（复制-粘贴）I型转座子转座中间体是RNA。I型转座子又被称为逆元件（Retroelement）。该型转座子会先被转录为RNA，然后该RNA被逆转录，再次成为DNA，才被插
caoqiansheng
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2020-05-19 16:22
Snakemake搭建生信分析流程-步骤
snakemake官网地址：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/使用snakemake的好处processdatawiththesamepipeline自动生成拓扑图
ATAC-seq
RachaelRiggs
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2020-05-18 17:50
SNARE-seq：RNA-seq和
ATAC-seq
合体
直接通过转录组的结果并不能得到TF上游开放染色质的信息，也就是说，要构建一个完整的调控网络，RNA-seq和
ATAC-seq
往往是需要结合分析的。虽然已经有很多算法可以实现多组学数据整
Shaoqian_Ma
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2020-05-01 12:20
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