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ATAC-seq
二月week4文献阅读:Lineage-Determining Transcription Factor TCF-1 Initiates the Epigenetic Identity of T...
一、介绍Introduction文章使用染色质开放检测技术(
ATAC-seq
)研究T细胞成熟过程中开放染色质的变化,发现成熟早、中、晚期启动的开放染色质都富集转录因子TCF-
米妮爱分享
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2023-02-18 13:10
干货 | 一文教会你如何分析
ATAC-seq
数据
哈喽大家好,好久没有跟新啦,小编最近面临博士三年级毕业的压力,所以公众号都没时间打理了,不过偶尔还是能看到有人关注我的公众号或者留言,还是很受鼓舞哒~所以还是想抽时间将之前学的
ATAC-seq
数据分析的代码分享给大家
拾柒Zzz
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2023-01-31 13:00
A paper A Week-2021-12-27
大家好,本周给大家分享的是一篇2020年9月17日发表在naturecommunication上使用
ATAC-seq
实验数据探究牛胚胎染色质重塑表明基因组激活的物种特异性调控的文章。
ZMQ要加油呀
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2023-01-29 11:34
ATAC-seq
分析:数据处理(5)
1.子集划分我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里,我们通过使用插入大小来过滤读取,为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建BAM文件。atacReads_NucFree 180 & insertSizes 315 & insertSizes 学习目录更多教程->转录组测序分析教程合集更多教程->单细胞系列教程:合集本文由mdnice多平台发布
冷冻工厂
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2023-01-12 13:14
程序人生
ATAC-seq
数据分析流程
Outline0.ATAC-seq原理0.1染色体结构0.2原理0.3结果0.4意义1.ATAC-seq数据分析流程1.1上游分析(1)序列质控和比对(2)序列筛选(3)Shiftingreads(4)Peakingcalling(5)峰文件bw的生成(6)组间标准化(7)上游处理后文件:bed、bw1.2数据质控1.3下游分析(1)TSS等位点的peakplot展示(2)Motif分析(3)Pe
小木亘
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2023-01-09 17:17
测序
其他
CHIP-seq流程学习笔记(13)-ATAC_seq 数据加工处理
先放个找好的参考文章:
ATAC-seq
/ChIP-seq分析方法1.建立相应目录对新数据建立对应实验人员(zhaoyingying)、测序类型(ATAC_seq)和日期(2021_05_03)的目录。
垚垚爸爱学习
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2023-01-09 17:17
ChIP-seq学习笔记
ATAC-seq
技术原理简介
ATAC-seqATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)isatechniqueusedinmolecularbiologytoassessgenome-widechromatinaccessibility.[1]In2013,thetechniquewasfirstdescribedasanalternati
whereis redhat
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2023-01-09 17:17
ATAC-seq
数据分析(一)
1.下载需要的SRR数据选择符合要求的数据(具体要看论文,这篇论文就提到了有的ATAC数据和RNA数据没有pass),选择完数据后点击AccessionList,会得到SRR_Acc_List.txt2.使用sratoolkit(NCBI有安装教程)批量下载SRR数据prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txt--output-directory/home/***/J
hyena_7
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2023-01-09 17:46
linux
生物信息学
数据分析
【生物信息学】
ATAC-seq
流程及代码分析、复现文章
1:
ATAC-seq
的定义及用途whatisATAC-seq全称是AssayforTransposase-AccessibleChromatinsequencing即借助Tn5转座酶对开放染色质区域进行高通量测序主要原理
爱做饭的电饭煲
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2023-01-09 17:16
中科大研究生考试
ATAC-seq
生物信息学ATAC
一般的
ATAC-seq
数据分析流程图
step1:质控step2:比对step3:峰的召回step4:峰的注释step5:差异分析step6:其他的分析,包括:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学分析的整合
hj99_
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2023-01-09 17:15
流程图
ATAC-seq
原理与步骤
ATAC-seq
,英文全称AssayforTargetingAccessible-Chromatinwithhigh-throughoutsequencing。用于研究染色质可及性/开放性的方法。
科研小行星
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2023-01-09 17:15
ATAC-seq
学习记录
ATAC-seq
意义为何同样DNA序列的细胞的表型会不同,为何肝细胞是肝细胞,神经细胞是神经细胞?是什么造成了他们生产蛋白不同,决定蛋白生成的RNA不同呢?原因可以用表观遗传来解释。
bannerDr
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2023-01-09 17:15
ATAC-seq
ATAC-seq
多组学-ATAC-seq-概念
ATAC-seq
:(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是美国Stanford大学WilliamGreenleaf
bannerDr
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2023-01-09 17:45
生物信息
组学
ATAC-seq
【
ATAC-Seq
实战】四、计算插入片段长度,FRiP,IDR值与deeptools可视化
2022年的最后一天,让我们继续
ATAC-Seq
的学习!
佳奥
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2023-01-08 15:04
ATAC-seq
分析:比对后处理(4)
1.结果处理现在我们已经处理了GreenleafATACseq双端数据,我们可以开始处理比对。首先,我们将确定ATACseq数据的预期片段长度分布。我们使用GenomicAlignments包读取新对齐的数据。这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用ScanBamParam()和scanBamFlag()函数来控制将读入R的内容。我们将scanBamFlag()函数参数isProperPair
冷冻工厂
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2023-01-07 06:19
程序人生
ATAC-seq
分析:比对(3)
1.质控在比对之前,我们建议花一些时间查看FASTQ文件。一些基本的QC检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差,例如读取质量的意外下降或非随机GC内容。2.Greenleaf在本节中,我们将稍微处理一下Greenleaf数据集。我们将处理从FASTQ到BAM的Greenleaf数据的一个样本,以允许我们审查ATACseq数据的一些特征,并创建一些处理过的文件以供审查和进一步分析。3.参考基因
冷冻工厂
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2023-01-07 06:49
程序人生
ATAC-seq
分析:教程简介(1)
简介本课程[1]介绍Bioconductor中的ATACseq分析。该课程由2个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peakcalling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。环境准备IGVIGV可以从BROAD网站安装。》https://www.broadinstitute.org/igv/MACS2MACS2[2]没有R包,但MACS2可在
冷冻工厂
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2022-12-29 13:51
程序人生
ATAC-seq
分析:数据介绍(2)
1.简介ATACseq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的DNA(DNA可极性)。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。与其他技术相比,ATACseq有几个优点,包括:所需输入材料少(>10,000个细胞)实验所需时间短(约4小时)ATACseq2.酶下面介绍几种不同酶
冷冻工厂
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2022-12-29 13:51
程序人生
SCS【11】单细胞
ATAC-seq
可视化分析 (Cicero)
点击关注,桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程,有需要生信分析的老师可以联系我们!首选看下转录分析教程整理如下:Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅,述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单
桓峰基因
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2022-12-07 17:59
单细胞系列
scATAC-seq
数据挖掘
机器学习
生信分析
SCI文章撰写
SCI绘图
染色质调控区域的研究:对CHIP-seq和
ATAC-seq
发展的深入思考
表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(
ATAC-seq
),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
易基因科技
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2022-09-24 07:39
文献科普
生物学
生物信息学
java
c++
python
单细胞多模态GAN揭示三阴性乳腺癌的空间模式
目录摘要引言结果scMMGAN整体架构空间、scRNA-seq和蛋白质组学数据之间的映射RNA-seq和
ATAC-seq
之间的映射三阴性乳腺癌数据的整合局限摘要生物实验数据越来越多地沿着多个不同的模态生成
tzc_fly
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2022-09-21 13:07
单细胞多组学分析
生成对抗网络
人工智能
深度学习
ATAC-seq
背景知识真核生物的DNA并不是裸露的,而是会与组蛋白结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结构,珠是组蛋白,线是DNA。这样的结构进一步折叠,并在其它蛋白的辅助下形成染色质。染色质,染色体在细胞周期的不同时期,DNA的浓缩程度不同,间期表现为染色质具有转录活性,而中期染色体是转录惰性。细胞主要处于分裂间期,所以DNA大部分时间都是染色质而不是染色体,只不过大家喜欢用染色体泛指染色质和染色体。间期染
ytbao
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2022-08-16 22:41
基因表达趋势分析-1:TCseq
TCseq包可以应用于转录组,单细胞转录组,
ATAC-seq
,Chip-seq等的表观基因组时序型数据分析。该包主要用于不同时间点的差异分析,时间趋势分析及可视化作图。
Hayley笔记
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2022-07-01 10:27
液滴型单细胞测序技术的比较
单细胞测序方法和原理系列:1.单细胞转录组建库原理:SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库:TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞
ATAC-seq
Hayley笔记
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2022-07-01 10:56
CITE-seq:同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序
单细胞测序方法和原理系列:1.单细胞转录组建库原理:SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库:TCR基因重排原理和TCR测序建库方法4.单细胞
ATAC-seq
Hayley笔记
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2022-07-01 10:46
单细胞
ATAC-seq
原理介绍与报告解读
SMART、TargetAmp和10Xgenomics2.DNA文库构建和Illumina测序化学原理3.单细胞免疫组库:TCR基因重排原理和TCR测序建库方法1.与scATAC-seq有关的基本概念
ATAC-seq
Hayley笔记
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2022-07-01 10:40
生信 |
ATAC-Seq
基础分析+高级分析+多组学分析
ATAC-seq
的首次提出:【文章原文】【scATAC原文】
ATAC-seq
植物界的里程碑:【文章原文】【中文解读】
ATAC-seq
针对不同植物物种进行研
生信卷王
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2022-06-07 12:00
利用
ATAC-seq
技术研究Ⅰ型干扰素通路活化后人单核细胞的染色质开放性改变
ATAC-seq
技术是近年
Kenmly墨雲
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2022-02-19 15:34
使用Signac包进行单细胞
ATAC-seq
数据分析(一):Analyzing PBMC scATAC-seq
目前,Signac包主要专注于分析单细胞
ATAC-seq
数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。
Davey1220
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2022-02-15 08:59
ChIP-Seq/
ATAC-Seq
/DNAse-Seq的一站式质量控制和分析流程
另一个分析流程是针对
ATAC-Seq
或者DNAse-Seq的,链接在这里。之所以说是宝贝,是因为这两个pipeline都提供了一体化的质量控制以及分析流程。
傅小潇
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2022-02-12 13:58
ATAC-Seq
Motif 富集分析
本文是《
ATAC-Seq
分析流程》的Motif富集分析部分。峰注释能够提供峰可能影响的基因和功能区域,但这不够直接解释开放区域的作用机制。
BeeBee生信
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2022-02-10 13:24
第4篇:对
ATAC-Seq
/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools
学习目标:探讨ChIP-seq数据质量低的来源理解链交叉相关性(strandcross-correlation)使用phantompeakqualtools计算交叉相关性和其他相关的质控度量值评估交叉相关图ChIP-Seq质量评估在下游分析前,最好是先对peakcalling后的ChIP-Seq数据进行质量评估。链交叉相关(Strandcross-correlation)链交叉相关是一个有效的评估
六六_ryx
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2022-02-08 14:16
Seurat包学习笔记(六):scATAC-seq + scRNA-seq integration
对于scATAC-seq,我们还开发了一个独立的Signac包,可以用于单细胞
ATAC-seq
的数据分析及其整合分析,详细的使用方法可以参考Signac包官网的说明文档。im
Davey1220
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2022-02-07 02:21
使用SnapATAC分析单细胞
ATAC-seq
数据(三):Integrative Analysis of PBMC scATAC-seq and scRNA-seq
image.png简介在本教程中,我们将对PBMC的两个scATAC-seq数据集(5K和10K)和一个scRNA-seq数据集进行整合分析。这三个数据集均来自10Xgenomics测序平台产生的数据,可以直接在10x官网下载使用。具体来说,我们将主要执行以下分析内容:CellselectionforPBMC5kand10kscATAC;Randomlysample10,000cellsaslan
Davey1220
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2022-02-05 20:17
生信 | IGV Web快速搭建(无需root,无需更改配置文件)
最近需要将
ATAC-Seq
生成的bw导入IGV查看peak的分布情况,但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到IGV里面太麻烦了,偶然间就看到了IGV官网上有一个叫做【igv.js】的东西,这一下让我想到了他可能和
生信卷王
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2021-12-10 15:39
通过
ATAC-seq
和FAIRE-seq研究开放染色质发现驱动体内肿瘤发育的转录因子和调控区域
DavieK,JacobsJ,AtkinsM,PotierD,ChristiaensV,HalderG,AertsS.DiscoveryoftranscriptionfactorsandregulatoryregionsdrivinginvivotumordevelopmentbyATAC-seqandFAIRE-seqopenchromatinprofiling.PLoSGenet.2015Fe
笺牒九州的怪咖
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2021-11-04 12:17
单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析
检测染色质开放性(Accessibility)结合高通量测序(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhigh-throughputsequencing,
ATAC-Seq
江湾青年
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2021-11-03 16:19
文献分享:从原始数据开始一步一步分析
ATAC-seq
最近在编写全新的
ATAC-seq
流程,看到一个非常好的文献《Fromreadstoinsight:ahitchhiker’sguidetoATAC-seqdataanalysis》文献堪称是目前最全的
ATAC-seq
xizzy
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2021-10-27 20:52
表观组学:call peak概念和MACS2算法原理,最简明清晰的call peak一文通
在诸如:ChIP-seq、
ATAC-seq
、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词CallPeak。CallPeak究竟是什么东西,得到的结果又有什么生物学意义呢?
xizzy
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2021-10-27 20:50
Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件
批量跑完了20个数据的
ATAC-seq
流程,结果发现样本的比对率参差不齐,有的能达到80-90%,有的
六六_ryx
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2021-06-26 06:22
Motif scanning tool: FIMO(在线版分析笔记)
换言之,你需要提供你的序列(比如ChIP-seq峰,或者
ATAC-seq
峰,或任何你感兴趣的序列片段);并且,你还需要提供motif文件,目的就是要查看感兴趣的序列里有没有这些motif。
生信start_site
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2021-06-21 01:54
ATAC-Seq
Protocol for Buck Cell
ATAC-SeqProtocolforBuckCell版权说明:(XMU_Zhang_Lab,V-2019-03-23,特别致谢:刘俊佳/边成林同学)参考资料:基本原理其他实验室的P材料准备1.转座酶试剂:TruePrepTMDNALibraryPrepKitV2forIllumina®(VazymeTD501/TD502/503)TD501->>500ngDNA,ATAC,3000-30000c
xmu_zhang_lab
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2021-06-20 12:02
单细胞数据分析神器——Seurat
近两三年,单细胞技术从最开始的基因组,转录组测序,发展成现在的单细胞DNA甲基化,单细胞
ATAC-seq
等等。
呆呆聊生信
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2021-06-20 07:03
从零开始学Circos绘制圈图(一)
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图,用来描述基因组的基因密度分布,转座子的密度分布,和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系,以及其他各种你只要测序就能加上的信息,比如说你要是测了
ATAC-seq
xuzhougeng
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2021-06-11 00:13
系统生物学课程相关文献
RNA-Seq、
ATAC-Seq
、单细胞分析等1.ATAC-seq技术及数据分析Buenrostro,J.,Giresi,P.,Zaba,L.etal.Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin
PureZhang
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2021-06-09 17:14
ATAC-seq
Guidelines
https://informatics.fas.harvard.edu/atac-seq-guidelines.html图片发自App好像需要翻墙。
热衷组培的二货潜
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2021-05-07 20:17
ChIp-Seq,
ATAC-seq
, DAP-seq
1ChIP-seq染色质免疫共沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的D
斩毛毛
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2021-03-13 15:43
如何提取
ATAC-seq
数据的差异peaks?(DiffBind包的使用)
在很久以前我写过一篇
ATAC-seq
分析流程(
ATAC-seq
分析练习),里面没有涉及到差异peak的分析。现在补起来。参考的是DiffBind的一份官方文档:这里。
生信start_site
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2021-01-02 12:56
ATAC-seq
讲座视频笔记
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
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2020-12-17 19:49
ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记
ChIP-seq和CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记-
ATAC-seq
讲座视频笔记-CLIP、RIP-seq讲座视频笔记-Ribo-seq讲座视频笔记-RIC-seq讲座视频学习-(eccDNA
小贝学生信
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2020-12-17 19:41
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