ATAC-seq

Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程

Signac中的CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing
倪桦·2024-09-04 12:23

Week26 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-03

Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01:主要回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，并与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点以及提供的数据资源。
六六_ryx·2024-02-14 05:32

deeptools工具系列——比较不同bw_bam的信号差异

而这个的实际用途，可以是：分别有实验组和对照组ATAC-seq的bam/bw文件，此时我们可以直接通过
Z_bioinfo·2024-02-03 15:00

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客·2024-02-02 15:16

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

AlterationsofspecificchromatinconformationaffectATRA-inducedleukemiacelldifferentiation期刊：CellDeath&Disease影响因子：6.044主要技术：Hi-C、ATAC-seq
d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十三章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2024-01-04 14:17

ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

1.寻找开发区域ATACseq的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如Greenleaf论文中定义<100bp）。然而，为了识别开放的染色质，我们可以简单地使用在测序中正确配对的所有读数（<2000bp）。2.无核小体区域有许多方法可用于从ATACseq数据中调用无核小体区域，其中许多方法借鉴自ChIPseq分析。一种非常流行
冷冻工厂·2023-12-28 17:07

Nature Commun|ATAC-seq探究复发性小儿B系急性淋巴细胞白血病的染色质可及性图谱

使用测序(ATAC-seq)检测转座酶可及染色质的方法的出现和优化使得在原发性癌症的全基因组范
爱基百客·2023-12-25 15:34

从CNS封面文章中找数据 | Science：人类原发性肿瘤染色质可及性图谱

今天给大家分享的ATAC-seq数据资源来自2018年的Science封面文章，美国斯坦福大学研究人员绘制了23种癌症全基因组染色质可及性图谱，为癌症研究提供基础数据资源。
尐尐呅·2023-12-25 07:46

单细胞从理论到实践-这一本书就够了

前面给大家介绍过一些单细胞相关的理论和实践知识BD单细胞测序平台Rhapsody(视频)10X单细胞RNA-seq技术(视频)10X单细胞混样技术(视频)单细胞ATAC-seq技术介绍免疫组库10XGenomicsVDJ
生信交流平台·2023-12-23 03:13

软件9 —— MACS2

一、基本介绍※峰识别（peakcalling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq）、exomePeak（针对m6A-seq
果蝇饲养员的生信笔记·2023-12-15 17:38

BED文件与bedtools简介

：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand+or-2、bed格式的使用1、储存基因区2、储存基因组的某些位点信息3、储存CHIP-seq、ATAC-seq
筱贺学生信·2023-12-03 18:28

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第五章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-28 03:00

ATAC-seq经典之作

论文标题：Transpositionofnativechromatinforfastandsensitiveepigenomicprofilingofopenchromatin,DNA-bindingproteinsandnucleosomeposition表观测序领域大牛WilliamJGreenleaf和HowardYChang的经典之作，引用上千次的ATAC经典原文概述通过加上adaptor
Shaoqian_Ma·2023-11-21 22:28

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供
爱基百客·2023-11-07 22:54

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-11-06 12:05

Plant Cell | DAP-seq和ATAC-seq助力构建玉米胚乳发育调控网络

禾本科植物，如水稻（Oryzasativa）和玉米（Zeamays）的胚乳，不仅是种子发芽和幼苗早期生长的能量来源，也是人类食物、畜禽饲料及工业用途的重要原料。胚乳的发展经历两个主要阶段：一是细胞发展阶段，此时细胞会经历大量的分裂与分化；二是籽粒灌浆阶段，细胞在此期间积累淀粉和蛋白质等储存物质。三个关键转录因子，即NAKEDENDOSPERM1(NKD1)、NKD2和OPAQUE2(O2)，在玉米
爱基百客·2023-10-30 11:22

ATAC-seq分析干货-2

作者|Arno审稿|童蒙编辑|amethyst上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。
生信阿拉丁·2023-10-19 22:45

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第六章)

本文首发于我的个人博客，http://xuzhougeng.top/往期回顾:使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)使用ArchR分析单细胞
xuzhougeng·2023-10-11 00:22

ATAC-seq专题---生信分析流程

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。
诺禾致源·2023-10-09 21:06

ATACseq--染色质开放性测序

ATAC-seq：利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术染色体/质结构：细胞核DNA与组蛋白相结合，DNA缠绕在组蛋白上形成串珠式结构，因此染色质结构高度折叠（压缩）。
HOLLYxiao·2023-10-09 02:26

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同

ATAC-Seq与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度，可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息，一般用于不知道特定的转录因子
RachaelRiggs·2023-10-07 22:15

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是
概普生信·2023-09-28 12:36

Molecular Cancer|CDK9抑制诱导表观遗传重编程，揭示了规避淋巴瘤耐药性的策略

在淋巴瘤细胞中，如何通过ATAC-seq和ChIP-seq揭示CDK9抑制诱导表观遗传重编程？看看今天带来的这个文章。发表单位：美国希望之城国家医疗中心期刊：MolecularCance
爱基百客·2023-09-27 18:53

Week7—TFmapper: 用ChIP-seq/ATAC-seq/DNase-seq数据预测感兴趣基因的调控因子

原文：TFmapper:AToolforSearchingPutativeFactorsRegulatingGeneExpressionUsingChIP-seqDataDOI：10.7150/ijbs.28850发表日期：2018.09.07作者：JianmingZeng（大神哦）TFmapper：http://www.tfmapper.org/功能：用于搜索感兴趣的基因的调控因子感兴趣基因组区
六六_ryx·2023-09-21 20:18

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

ATAC数据一键处理基因组学研究生，公众号：基因组学研究生一个不成熟的小脚本，ATAC数据一键预处理从fastq到treatedbam后来看到有同学后台问我有没有ATAC-seq可视化教程，所以简单写了写
基因组学研究生·2023-09-14 10:55

秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）

写在前面最近在ATAC-Seq中callpeaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effectivegenomesize）方法一自己编写脚本#coding=utf-8importsysaList=[
生信卷王·2023-09-14 08:25

GenomicRanges 根据重合比例合并基因区间数据

最近在做ATAC-Seq分析，得到实验组和对照组peaksets（本文称为peaks1和peaks2）后想合并得到consensuspeaksets.用bedtoolsintersect做可以设置重合比例参数
BeeBee生信·2023-09-13 02:43

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫·2023-09-11 02:54

ATAC-seq总结

背景知识什么是ATAC-Seq?
otw_5f1c·2023-08-24 16:54

Chip-seq学习记录

关于概念问题，很重要第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同https://mp.weixin.qq.com/s/gLcNZkzzQI4AvZs-0DgG5Q流程image-20191014150758466ATAC
小梦游仙境·2023-08-10 11:11

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

1.1ATAC-seq术语介绍"fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。
夕颜00·2023-08-04 13:50

文献阅读记录--单细胞分辨率下的玉米顺式调控图谱

Acis-regulatoryatlasinmaizeatsingle-cellresolution关键词：chromatin；single-cell；epigenomics；maize；generegulation；ATAC-seq
chengchengSY·2023-07-28 00:18

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

批量跑完了20个数据的ATAC-seq流程，结果发现样本的比对率参差不齐，有的能达到80-90%，有的
六六_ryx·2023-07-23 17:15

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”
木语呆呆·2023-07-21 08:50

易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq

今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。
E_GENE·2023-07-15 23:10

关于 MACS call ATAC-seq 数据 Peak 时候的激烈讨论（MACS3 正在开发中）

Twitter热论：ATACpeakcallingwithMACS2问题MACS3github专门开放了一个征对ATAC-seqcallpeak的讨论模块：https://github.com/macs3-project/MACS/discussions/435image.pngliutao学生HMMRATAC开发者不同意xichen说法：https://twitter.com/epigeneti
热衷组培的二货潜·2023-07-15 15:55

综述：染色质调控区域分析：ChIP-seq和ATAC-seq发展的见解

表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局
笺牒九州的怪咖·2023-06-13 03:30

使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第二章)

本文免费阅读地址:http://xuzhougeng.top/archives/analysis-sc-atac-seq-with-archr-chapter2第2章:使用ArchR推断Doublet单细胞数据分析中的一个重要问题就是"doublet"对分析的影响。"doublet"指的是单个液滴(droplet)捕获了一个条形码珠(barcodebead)和多个细胞核。这会导致原本来自于多个细胞
xuzhougeng·2023-06-07 18:36

ATAC-seq实战 0 Tn5转座

这篇文主要参考Tn5asamodelforunderstandingDNAtransposition，来了解Tn5的转座机制。转座概念参与分子转座过程转座(transposition)可移动的DNA片段即可移动因子(Transposableelements)在基因组上自由转移称为转座，DNA与所插入的基因位点可以是非同源的。转座是产生基因多样性的重要机制，可移动因子可产生插入(insertion)
安然桑·2023-06-07 11:50

ATAC-seq 质控

1.写在前面1年前看技能树在的文字教程第一次跑ATAC-seq分析流程，当时还很懵懂，以为每一步只有一个工具，现在通过技能树刚发在b站的视频再次学习ATAC-seq分析流程，感觉眼界更开阔了，同时看视频总是能偷学到很多
大吉岭猹·2023-04-14 12:35

【珍藏版】热点综述 | 人类脑疾病的多组学数据资源和综合分析总结

回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究
尐尐呅·2023-04-07 22:28

如何根据染色体坐标批量提取对应的DNA序列（bedtools）

方法如下：Step1你需要先拿到差异peaks从ATAC-seq数据中分析得到的差异p
生信start_site·2023-04-05 10:17

使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装

SnapATAC简介SnapATAC(SingleNucleusAnalysisPipelineforATAC-seq)是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包，它可以对单细胞ATAC-seq
Davey1220·2023-04-05 10:37

利用TCseq包进行基因表达趋势分析

TCseq包提供了一个统一的套件去处理不同时序类型的数据分析，可以应用于转录组或者像ATAC-seq，Chip-seq的表观基因组时序型数据分析。
凯凯何_Boy·2023-04-03 16:20

Single cell ATAC-seq

https://www.nature.com/articles/nature14590http://cole-trapnell-lab.github.io/projects/sc-atac/https://github.com/ManchesterBioinference/Scasathttp://science.sciencemag.org/content/348/6237/910.full
zhoujj2013·2023-04-03 11:45

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（CellStemCell2017Nov2;21(5):650-664.e8.）
生信start_site·2023-04-03 02:49

Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序！—钟鼎生物

随着生物技术的创新发展，特别是高通量测序技术的日益成熟，近几年涌现出Dap-seq，Cut&tag,ATAC-seq等一系列新的技术手段，转录因子蛋白与DNA结合的面纱被一层层
钟小博·2023-03-29 05:31

【ATAC-Seq 实战】三、比对与Peaks Calling

这里是佳奥！我们继续clean数据的比对。1使用bowtie2进行比对用bowtie2进行比对和统计比对率,需要提前下载参考基因组然后使用命令构建索引，或者直接就下载索引文件：下载小鼠参考基因组的索引和注释文件,这里用常用的mm10#索引大小为3.2GB，不建议自己下载基因组构建，可以直接下载索引文件，代码如下：mkdirreferece&&cdreferencewget-4-qftp://ftp
佳奥·2023-03-18 09:57

分享 | ATAC-seq建库protocol

哈喽大家好，前面小编和大家分享了ATAC-seq数据分析的流程，那么，ATAC-seq建库是否也可以DIY呢？
拾柒Zzz·2023-03-10 07:25
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