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ATAC-seq
「工具」使用BETA整合分析
ATAC-seq
/ChIP-seq和RNA-seq数据
BETA网址:http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html功能介绍数据准备：peakbedfile#chrstrend$headmep_ebDfpeak_deseq2_sig.bedchr81205080812052743chr96649299966494729chr4125632449125634758chr410182030101835
六六_ryx
·
2020-04-06 16:06
ATAC-seq
分析（上）
简介
ATAC-seq
的目的是鉴定DNA的可触及区域，即未被组蛋白保护的开放区域，相当于DNaseI能够起作用的区域。用来探究转录因子反式调控机制。
presentlife
·
2020-03-25 02:23
各种二代测序技术演变
ATAC-seqAssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing，简称
ATAC-seq
，即是运用测序手段研究转座酶接近的染色体片段。
国产在读博士
·
2020-02-28 09:37
2019-12-26 复习表观调控相关内容（图1-3）
此次表观调控课程是整合RNA-seq数据和表观数据，比如Chip-seq和
ATAC-seq
，主要是依托于文章GlobalchangesofH3K27me3doma
程良平
·
2020-02-26 23:49
《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 5
这一章主要介绍了
ATAC-seq
的基本分析方法
ATAC-seq
这种测序主要用于检测全基因组的染色体开放程度的一种方法它的基本原理是用Tn5transposase随机插入开放的染色体区域（未开放的区域Tn5
小潤澤
·
2020-02-26 16:29
Harvard FAS Informatics出品的
ATAC-seq
测序指南
HarvardFASInformatics出品的
ATAC-seq
测序指南github链接：harvardinformatics/
ATAC-seq
参考文献：
ATAC-seq
:AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-WideATAC-seq
天地本宽
·
2020-02-23 00:32
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，NexteraDNALibraryPreparationKit，比如
ATAC-seq
就有用到这个Tn5。
Runuply
·
2020-02-22 14:54
给学徒的
ATAC-seq
数据实战
给学徒的
ATAC-seq
数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树
·
2020-02-14 04:07
ATAC-seq
分析练习
这篇文章来练习一下
ATAC-seq
分析。
ATAC-seq
和CHIP-seq的分析非常相似，CHIP-seq检测的是抗体结合的DNA序列；而
ATAC-seq
检测的是“易接近”的DNA序列。
生信start_site
·
2020-02-13 15:12
给学徒的
ATAC-seq
数据实战
给学徒的
ATAC-seq
数据实战本次给学徒讲解的文章是:Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
生信技能树
·
2020-02-07 19:50
ATAC-seq
分析实操生信技能树健明教程
放在最前面的参考链接：给学徒的
ATAC-seq
数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
二货潜
·
2020-02-05 06:27
MACS2文档学习
文档链接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、
ATAC-Seq
、DNAsel-Seq等分析中callpeaks的常用软件。
六六_ryx
·
2020-01-05 16:17
第5篇：对
ATAC-Seq
/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC
1.学习目标讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法用ChIPQC产生质量统计报告鉴定低质量数据的来源概览图AdditionalQualityMetricsforChIP-seqdataENCODE评估数据质量采用多种指标，如前面已经讨论过的链相关的指标NSC和RSC。这一节将会讨论评估信号分布的其他指标。NOTE：这里给出的评估指标只是反映数据质量的好坏，符合阈值的并不意味着实验是成功的，不符
六六_ryx
·
2019-12-27 00:27
关于
ATAC-seq
，你需要知道的6点知识
ATAC-seq
已然成为表观遗传研究的利器，关于
ATAC-seq
，我们可能需要知道以下几件事情：1.何为
ATAC-Seq
？
华联科生物
·
2019-12-25 16:25
第1篇：
ATAC-seq
的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同
ATAC-Seq
简介
ATAC-seq
（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是2013年由斯坦福大学WilliamJ.Greenleaf
六六_ryx
·
2019-12-23 23:35
2019-01-07
20.SIW/SNF主要调控染色质对转录因子的可接近性，而PBAF属于SIW/SNF，因此该研究使用
ATAC-seq
评估了Pbrm1缺陷型细胞系在有和没有IFNγ处理的情况下，与对照组细胞相比24h的染色质可接近性
Mingyan_C
·
2019-12-22 22:28
HMMRATAC检测ATAC数据的开放性
比如，DNase-seq，FAIRE-seq和
ATAC-seq
，其中ATACA-seq方法试验技术简单、快捷、重复性好，得到了极大的发展和使用。
浩渺予怀
·
2019-12-15 11:33
老大哔哩哔哩-chip_seq视频
chip-seq参考的资料-三个链接总结目录一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了一个系列第10篇：
ATAC-Seq
、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）给学徒ChIP-seq
小梦游仙境
·
2019-12-13 05:12
第3篇：用MACS2软件call peaks
学习目标：学会用MACS2callpeaks理解MACS2callpeaks的结果PeakCallingPeakcalling即利用计算的方法找出ChIP-seq或
ATAC-seq
中reads富集的基因组区域
六六_ryx
·
2019-12-12 05:14
APLS：表观数据简化可视化工具（必备）
产生可用发表的可视化文件，主要针对全基因组表观基因组学数据，例如ChIP-seq，
ATAC-seq
等。
二货潜
·
2019-12-06 13:55
2019-10-13-周末班-表观调控技术day1-2
//mubu.com/doc/38y7pmgzLgChIP-seq学徒第4周，ChIP-seq数据分析实战训练https://mubu.com/doc/11taEb9ZYgATAC-seq学徒第5周-
ATAC-seq
程凉皮儿
·
2019-10-13 21:28
文献阅读-190621-
ATAC-seq
和转录组拼接相关新方法
aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用
ATAC-seq
思考问题的熊
·
2019-06-24 10:47
文献阅读-190621-
ATAC-seq
和转录组拼接相关新方法
aHiddenMarkovModeleRforATAC-seqDOI(url):https://doi.org/10.1093/nar/gkz533杂志：NucleicAcidsResearch发表日期：14June2019关键点本文利用
ATAC-seq
思考问题的熊
·
2019-06-24 10:47
ATAC-seq
简介
以下内容来自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355真核生物的DNA并不裸露在外面，而是与组蛋白相结合，即DNA缠绕在组蛋白上（即形成核小体），形成念珠状结构。然后，进一步折叠，压缩，并在其他架构蛋白的辅助作用下，形成染色体。DNA复制时，DNA需要先从核小体上解下，即打开染色质，这部分开放的染色质叫开放染色质（openchromatin）。而染色质一旦打开
zypiner
·
2019-06-20 15:00
「文献01」ATAC-pipe:
ATAC-seq
分析的工具包
日期：2019年1月6日——2019-Week1分类：「工具」题目：ATAC-pipe:generalanalysisofgenome-widechromatinaccessibilityDOI:10.1093/bib/bby056杂志：BriefingsinBioinformatics关键词：ATAC;chromatinaccessibility;transcriptionfactor;regu
六六_ryx
·
2019-06-08 14:04
bioRxiv-高通量单细胞染色质图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭
Massivelyparallelsingle-cellchromatinlandscapesofhumanimmunecelldevelopmentandintratumoralTcellexhaustion期刊：biorxiv日期：April18,2019 单细胞领域伴随着单细胞分离建库等技术的发展，不少优质实验室也产出了大量的高水平文章，对于新型的
ATAC-seq
基因侦探
·
2019-04-26 21:58
「文献08」转录因子足迹分析+启动子处染色质可及性与基因表达不一定成正相关
IdentificationoftranscriptionfactorbindingsitesusingATAC-seqDOI:10.1186/s13059-019-1642-2杂志/日期：GenomeBiol.,26Feb2019关键词：
ATAC-seq
六六_ryx
·
2019-04-01 23:01
有关
ATAC-seq
ATAC-seq
使用改造后的Tn5转座酶，并将转座DNA设计为测序接头，这样通过“剪切”和
Eva旭旭
·
2019-03-28 18:34
Single cell genomic day 2019||Overview of sci-RNA-seq
Comprehensivesingle-celltranscriptionalprofilingofamulticellularorganismsci-RNA-seq什么是「
ATAC-seq
技术」？
周运来就是我
·
2019-03-24 10:28
ATAC-seq
分析实操生信技能树健明教程
放在最前面的参考链接：给学徒的
ATAC-seq
数据实战（附上收费视频)数据来源的文章：Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30
热衷组培的二货潜
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2019-03-15 16:32
Week25 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-02
Week24—人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01上篇文章首先回顾了
ATAC-seq
方法的原理和优点，以及与其他研究染色质可及性方法的比较，然后介绍了这篇文章的主要结果和亮点，以及提供的数据资源。
六六_ryx
·
2018-11-18 21:10
如何使用deeptools处理BAM数据
如何使用deeptools处理BAM数据总体介绍deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq,ChIP-seq,MNase-seq,
ATAC-seq
等高通量数据。
xuzhougeng
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2018-01-18 18:17
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