BioInformatics 第8页

QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.2)

使用的分类学分类器标记基因参考数据库Greengenes(16SrRNA)数据库的各种版本及下载链接如下：Silva(16S/18SrRNA)数据库UNITE(fungalITS)数据库微生物组生物信息学评估Microbiomebioinformaticsbenchmarking

刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

Lecture 5——DNA-seq-2_Bioinformatics and Statistical Topics

本文图片来自于学习视频——新一代测序技术数据分析第五讲DNA-seq2_BioinformaticsandStatisticalTopicsSequencemappabilityHumangenomeTheminimumlength

weixin_42953727·2020-07-08 21:16

使用Snakemake搭建分析流程

##目前已有的框架Areviewofbioinformaticspipelineframework的作者对已有的工具进行很好的分类作者的看法：implicit，也就是Makerule语法更适合用于整合不同执行工具基于配置的流程更加稳定

徐洲更hoptop·2020-07-08 09:36

关于动态规划/dynamic programming

认识动态规划来自维基的解释Incomputerscience,mathematics,managementscience,economicsandbioinformatics,dynamicprogramming

威后·2020-07-07 09:15

Codeforces Round #295 (Div. 2)C - DNA Alignment 数学题

C.DNAAlignmenttimelimitpertest2secondsmemorylimitpertest256megabytesinputstandardinputoutputstandardoutputVasyabecameinterestedinbioinformatics.He'sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

weixin_34088838·2020-07-06 00:33

Codeforces520C-DNA Alignment

DNAAlignmentVasyabecameinterestedinbioinformatics.He'sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

Jack-Oran·2020-07-05 05:51

DNA Alignment CodeForces - 520C (思维+快速幂)

DNAAlignmentCodeForces-520CVasyabecameinterestedinbioinformatics.He'sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

Guuuuuu老师儿·2020-07-04 13:02

Codeforces 521A DNA Alignment【贪心+思维】

A.DNAAlignmenttimelimitpertest2secondsmemorylimitpertest256megabytesinputstandardinputoutputstandardoutputVasyabecameinterestedinbioinformatics.He'sgoingtowriteanarticleaboutsimilarcyclicDNAsequences

mengxiang000000·2020-07-04 00:09

每日文献:2018-01-11

AccurateStructuralVariationGenotypingandDeNovoMutationDetectionfromWholeGenomes原文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics

徐洲更hoptop·2020-07-02 12:09

Drug-Target Interaction 预测中的几个数据库

HondaW,etal.Predictionofdrug-targetinteractionnetworksfromtheintegrationofchemicalandgenomicspaces[J].Bioinformatics

Y-hit·2020-07-01 21:33

MatLab-simulink组件（模块）中文名大全

MATLAB矩阵实验室7.0.1Simulink仿真6.1AerospaceBlockset太空模块1.6.1BioinformaticsToolbox生物信息工具箱1.1.1CDMAReferenceBlockset

干了这碗汤·2020-06-29 08:52

每日文献：2018-01-08

2018年比对软件年鉴这张图的历史可以追溯到到6年前，bioinformatics的一篇文章Toolsformappinghigh-throughputsequenc

徐洲更hoptop·2020-06-28 07:34

Bulk RNA-Seq转录组学习

参考：https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/作业：RNA-seq基础入门传送门资料：RNA-seqDataAnalysis-APracticalApproach

weixin_33701294·2020-06-28 03:20

Big data drive bioinformatics

以下仅是个人感想：现在的生物信息学的发展是伴随着大数据的产生而到来的，就生物科学领域，由原来的人们仅仅通过在ncbiblast分析一条，两条基因的序列，到现在伴随着二代测序以及各种测序技术的发展，产生了庞大的数据，之前的分析技术已经远远不能满足人们获取信息的要求。所以，在计算机，数学等学科的交叉下，产生了生物信息学，其能够在短时间内，处理大量数据，产生大量信息，供后续的研究参考。所以一直以来，在我

翠_c9e6·2020-06-28 00:52

植物GO注释

1、选用AgriGo进行注释，在agriGO中点击species后，查看与你目标物种相近的物种作为库2、比如我以甜菜为例为了找到和GOterm对应的ID，先找到PLAZA，进入网站https://bioinformatics.psb.ugent.be

weixin_30300225·2020-06-27 15:52

WGCNA

pages.stat.wisc.edu/~yandell/statgen/ucla/WGCNA/wgcna.htmlSTEP6:WGCNA相关性分析-学习WGCNA总结|PublicLibraryofBioinformatics

MissL_78e0·2020-06-27 12:46

Docker使用心得 - *bioinformatics**中国第三季第七周seminar

Docker使用心得-bioinformatics*中国第三季第七周seminar本推核心信息本周大群seminar周日晚20点整大群群视频或者斗鱼直播！！！

生信札记·2020-06-26 18:48

snakemake--我最喜欢的流程管理工具

使用Snakemake搭建分析流程目前已有的框架Areviewofbioinformaticspipelineframework的作者对已有的工具进行很好的分类工具推荐作者的看法：implicit，也就是

徐洲更hoptop·2020-06-26 15:43

BUSCO使用笔记

TodayIdliketoreuseBUSCOtoassessqualityofgenomeassemblyforafungi.Thistoolcanberunonaunix-likeplatformlikeubuntu,likemostofothersusedinbioinformatics.Mycomputerisinstalledwithbi-OSwindowsandubuntu.Onubu

董八七·2020-06-25 19:47

Biostar学习笔记（2）

:Biostardatasite.Ijustskimmedthroughthewholebook.It'sagoodbookfornewbies.Youwillgettoknowaboutwhatisbioinformatics

天地本宽·2020-06-24 11:34

记安装win10和deepin双系统的经过（附一些常见问题和解决方案）

这一遭也算是踩了不少雷了……因为需要在linux环境下执行一些bioinformatics的程序，所以打算在win10基础上，安装一个linux双系统，选了deepin。

笠原JunE·2020-06-24 11:52

生信软件工具-trim_galore

网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/需先安装fastqc和cutadaptTrimgalore简介TrimGalore

WarningMessage·2020-06-24 09:00

生信软件工具-FastQC

FastQC注意：软件工具一般都会定期进行迭代更新，使用时如果出现问题，请查看官方文档用途：数据质控，评估数据质量网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/

WarningMessage·2020-06-24 09:00

Beginning Perl for Bioinformatics-chapter4 习题

#!/usr/bin/perl-w#@Date:2017-03-2800:41:52#@Author:ShixiangWang([email protected])#@Link:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3238131#exe4-2storesanintegerinavariableandthenprintsitout$in

王诗翔·2020-06-23 23:14

用AWK实现批量命名修改

.-.Beginning.Perl.For.Bioinformatics.pdf./[UNIX系统管理高手].O'Reilly.

iteye_11581·2020-06-23 18:23

分子生物学中常用数据库

综合数据库：最权威的生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.vg生物信息学网址链接：http://www.bioinformatics.ca/links_directory

banlucainiao·2020-06-23 08:40

Bioinformatics Data Skills_tricks_Part II

Charpter3这一章我觉得大家是可以好好看看的，这里面作者提到了一些我们有时候不太注意的概念：streamsredirectionpipesworkingwithrunningprogramscommandsubstitutionWorkingwithStreamsandRedirectionWorkingwithStreamsandRedirectionUnix利用stream（流）这种文本

城管大队哈队长·2020-06-23 05:01

R语言推特twitter转发可视化分析

loadpackageslibrary(twitteR)library(igraph)library(stringr)第2步：收集关于“生物信息学”的推文#tweetsinenglishcontaining"bioinformatics"dm_tweets

LT_Ge·2020-06-22 09:13

关于服务器数据验证，一种比较优雅简便的Python解决方法

http://bbs.chinaunix.net/thread-4111060-1-1.html感谢@Hadron74跨生物学界和编程界的博士后，业余时间也翻译了一本python书《PythonforBioinformatics

跟随内心·2020-06-22 04:19

美国生物信息工程师工资

cdn.frontlinegenomics.com/wp-content/uploads/Genomics-Salary-Report-2017.pdfInformaticsSpecialistforBioinformatics

xie186·2020-06-22 02:12

WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis

前言这篇文章讲WGCNA方法论这篇文章发在2008年BMCBioinformatics(IF=3.781)，但是到目前的引用量高达1926.1.为什么要开发这个软件在现有方法中（差异分析或趋势分析无法对基因进行有效分类

thinkando·2020-06-22 00:11

ROSALIND Bioinformatics(6-10)

刷题ROSALIND，练编程水平http://rosalind.info/problems/list-view/6.CountingPointMutations（点突变计数）image.png解题思路找两个序列的差异s='GAGCCTACTAACGGGAT't='CATCGTAATGACGGCCT'count=0foriinrange(len(s)):ifs[i]!=t[i]:count+=1pr

thinkando·2020-06-21 13:49

Survey | 深度学习方法在生物网络中的应用

作者|金淑婷单位|厦门大学今天介绍厦门大学刘向荣老师团队在BriefingsinBioinformatics上发表的一篇综述论文，该论文首先介绍了应用在网络数据上的深度学习几种典型的模型，然后根据不同的生物网络数据分类

qq2648008726·2020-06-20 21:42

GDCRNATools简介

简介这是2018年发表在bioinformatics上的R包。

小潤澤·2020-05-21 12:56

生物信息百科全书

小潤澤·2020-05-14 10:43

annvar下载数据库的网址

背景因为annovar默认的脚本下载数据库，总是中断，所以我选择用wget下载方法比如想下载hg19_gwava数据，那么需要下载原始txt数据和idx文件，路径如下http://www.openbioinformatics.org

ywliao·2020-04-24 12:00

[转]snakemake--我最喜欢的流程管理工具

使用Snakemake搭建分析流程目前已有的框架Areviewofbioinformaticspipelineframework的作者对已有的工具进行很好的分类工具推荐作者的看法：implicit，也就是

草野py·2020-04-09 19:29

TBtools系列之序列操作的使用与实现逻辑- *bioinformatics**中国第三季第八周seminar

核心信息bioinformatics中国大群seminar第八周时间：本周日（2018年03月25日）晚上20:00地点：https://www.douyu.com/tbtools（考虑到大群满了又满，

生信札记·2020-04-09 02:36

全外显子组数据分析笔记（五）：变异注释

http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/0wgxR2rIVP/annovar.latest.tar.gz，这是我收到的链接，下载解压出来就能看到这些了简

presentlife·2020-03-31 09:33

在线RNA-seq可视化网站-目前见过最流弊的（多图慎点）

先丢链接http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/image.png能做什么？

Js潜·2020-03-28 20:33

2017年12月12日～2018年1月21日学到的软件和方法的总结

BioinformaticsBlast我在LinuxMint中进行数据分析，使用linuxbrew和conda安装生物软件，用brewinstallblast和condainstallblast安装了好多次

热爱大自然的小和尚·2020-03-28 12:49

基因组和转录组组装质量评估利器BUSCO（以大肠杆菌基因组质量评估为例）

基因组和转录组组装质量评估利器——BUSCO（BenchmarkingUniversalSingle-CopyOrthologs）一，BUSCO简介BUSCO软件2015年发表在Bioinformatics

你猜我菜不菜·2020-03-26 14:01

M3Drop用法的修改

，文章最开始2017年发表在biorxiv的是：ModellingdropoutsforfeatureselectioninscRNASeqexperiments后来（2019）publishedinBioinformaticsdoi

生信技能树·2020-03-24 11:13

【生物学家用R做图】Lesson_2:数据输入与数据下载

这个课程适合初学bioinformatics和computationalbiology的同学。R编程语言非常适合数据分析，统计和科学制图。

Runuply·2020-03-23 22:14

mORCA: sailing bioinformatics world with mobile devices

But2017年『Bioinformatics』杂志刊出了一篇

生信family·2020-03-20 20:20

全基因组组装，注释与评估软件集锦（更新于2020.03.20）

1.1.1NOVOPlastyprogramlanguage：PerlReference：10.1093/nar/gkw955（NucleicAcidsResearch，2016）10.1093/nargab/lqz011（NARGenomicsandBioinformatics

原本随想·2020-03-20 15:59

2018-03-02

感觉自己像个井底之蛤~~~下面我把这张图放出，再放出ppt的链接，大家有时间可以看看，我也要认真学习一下~~image.pnghttps://bioinformatics-core-shared-training.github.i

生信family·2020-03-17 22:30

【生物学家用R做图】Lesson_1:快速入门